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  打著“關東軍防疫給水部”招牌的石井部隊,歷時三年在平房鎮建成。從表面上看,它只是背蔭河細菌工廠的搬遷,實質上它是日軍細菌部隊的擴編與發展。1938年,其本部正式移駐平房鎮。哈爾濱市內的“南棟”成為它的第3部。此時,對外使用的“加茂部隊”這一名稱也改為“東鄉部隊”。秘密番號是“滿洲第659部隊”。1941年法西斯德國侵犯蘇聯兩個月後,啟用了“滿洲第731部隊”的番號。1945年5月,德國投降後,為掩人耳目,又改為“滿洲25202部隊”。儘管番號變化頻繁,但實際上是同一支部隊在不同時期的不同名稱,因此在目前的一些論著中,均統稱為“731部隊”。

  731部隊在規模上遠遠超過了德國納粹建立的“波茲南細菌學研究所”,據731部隊林口支隊少佐隊長癨原秀夫在筆供上說,731部隊的隸屬關係是:大本營(陸軍大臣)→關東軍司令官→關東軍防疫給水部部長→各分部部長及衛生研究所所長。

  從編制上來看,名義上它屬於關東軍,但實質上是日本參謀本部直接領導的特種部隊。因此731部隊人員配備比其他部隊略高一等。全部人員有2600人,編配有1名中將、4名少將、800多名佐級軍官和300多名技師等。

  731部隊的部隊長,1933年至1942年7月為石井四郎少將,1942年7月石井四郎因貪污軍費被撤職後,8月由北野政次少將接任,直至1945年2月。1945年隨著日本在戰場上的漸漸失利,為進行最後的掙扎,3月1日石井四郎又重新調回哈爾濱{擔任部隊長,並晉升為中將。

  731部隊下設8個部、4個支隊和1個所。

  8個部是細菌研究部、細菌實驗部、防疫給水部、細菌生產部、總務部、訓練教育部、器材供應部、診療部、憲兵室。

  4個支隊是林口支隊、孫吳支隊、海拉爾支隊、牡丹江支隊。

  1個所是大連滿鐵衛生研究所。

  此外還有一些野外實驗靶場。

  下面分別予以介紹。

  第1部為細菌研究部,設在平房鎮,部長依次是田部井和、北上正隆和菊池齋。其中菊池齋是少將軍銜。其任務是研究能夠用於細菌戰的細菌種類、細菌的毒性、細菌戰中作為傳播媒介的昆蟲及危害農作物的病原菌。此外還研究傳染病新種的病原體,調查在關東軍管轄區域內的傳染病及凍傷等。

  部內基本實行的是以負責人命名的班制度。以笠原技師為首的“笠原班”從事病毒研究,以田中技師為為首的“田中班”從事細菌傳播媒介物———昆蟲的研究,以吉村技師為為首的“吉村班”從事凍傷研究,以江島技師為為首的“江島班”從事赤痢研究,以湊正男為為首的“湊班”從事霍亂研究,以岡本技師和石川技師為為首的“岡本班”和“石川班”從事病理研究,以內海技師為為首的“內海班”從事血清研究,以四部技師為首的“四部班”從事傷寒研究,“二木班”從事結核研究,“笠原班”從事立克次氏體(包括跳蚤)研究,“川上班”從事細菌對人傳染適應性研究。其中川上班由於川上技師病死而停止,僅存在四個月。此外,還有一個與各部平行的管理監獄“特別班”。它由石井四郎的二哥石井剛男負責。

  第2部為細菌實驗部,設在平房鎮,部長依次由早川工{{敏、大田澄、村上隆、碇常重擔任。其任務是從事實施細菌戰及實施方法的研究,即攻擊方法、製造細菌彈、繁殖毒化昆蟲等的研究。該部主要使用動物和活人進行細菌試驗,其中“田中班”由731部隊設立以後一直在該部隊工作的田中英雄負責,主要任務是培養跳蚤。“八木澤班”從事植物病毒研究和傳染試驗,在正黃旗三屯西南城子溝設立了臨時實驗場,在安達鎮東35華里{{{{的鞠家窯附近設置了特別實驗靶場,還有為細菌實驗服務的“動物班”、“航空班”、“無線電班”和“氣象班”。

  第3部為防疫給水部,部長依次是由今江一夫、江口豐潔、增田知貞擔任。該部宣化班設在哈爾濱市內,是在原“加茂部隊”舊址上重新組建的。它下轄濾水器製造廠和細菌瓷彈殼製造廠(位於楊馬架子)。在製造濾水器的幌子掩護下,秘密生產“石井式”陶製細菌彈殼。同時,還在731部隊本部所在地平房鎮設置了各類小型細菌武器的研製、生產場所。此外,為整個731部隊服務的“運輸班”也歸該部領導。

  第4部為細菌生產部,部長依次為川島清少將、大田澄大佐。該部下設兩個分部,按照各自的分工獨立製造各類細菌。從細菌繁殖到細菌武器裝配的全套工序由柄澤班、野口班、有田班、三谷班、小瀧班和植村班完成。

  總務部設在平房鎮,部長初期由中留金藏中佐擔任,後期由太田澄大佐兼任。該部是731部隊的中樞部門,其任務是擬定{{細菌戰計劃,統管本部和各部的業務。它的權力很大,不僅負責整個部隊的文秘、人事、財務、計劃、後勤和勞工管理等工作,還負責與憲兵隊聯繫和接收供細菌試驗用的受試者。該部下設調查處、管理處、後勤處、人事處、會計處、計劃處,其中調查處下設翻譯班、印刷班、照相班、調查班、兵要地誌班、圖書室;{{}{}{}{}{{{後勤處下設勞務班、庶務班、酒吧、食堂、學校;管理處下設建設班、工務班、動力班、運輸班、電話班等。

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