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訓練教育部部長初期由園田大佐擔任，後期由西俊英中佐接任。下設衛生兵教育隊、特種人員訓練隊、少年隊等。這個部專門培訓從事細菌研究、細菌生產、細菌實驗和使用細菌武器的專業人員。
資材部由大谷章一少將任部長。下設第1倉庫、第2倉庫、兵器庫、菌苗血清庫等。負責貯存與供應各種生產器材設備，同時還承擔實驗動物的運輸和各類菌苗、疫苗的貯存保管。
“石井”動物飼養班設置了繁殖細菌傳播媒介物的分部，該班班長是石井四郎的三哥石井三男。
診療部部長為永山太郎大佐擔任。設門診部、日本軍人家屬醫院，負責對日本人疾病的預防和治療。
牡丹江支隊又稱海林支隊、643支隊，第一任支隊長是池井貞夫，第二任支隊長是尾上正男少佐。設在海林鎮東北6公里處的後腰屯(現在的福利屯)，編有日本研究人員200名。當時這裡以一條南北道為界，西半部是中國居民，東半部是643支隊的營區。營區占地28萬平方米，長方形的四周圍有帶刺鐵絲網。
營舍占據地盤不大，大部分土地為農田。從海林車站延伸過來的鐵路專用線，從該支隊營區東部通過。
林口支隊又稱162支隊，第一任支隊長是山口吾一，最後一任是癨原秀夫少佐。設在林口鎮和古城鎮（現叫新城）之間。
林口是牡佳線和林密鐵路的交通樞紐，是東北地區東部的邊防要塞。該支隊的人員共226名，其中有3名軍醫、1名司藥官、1名軍需官和5名將佐級軍官以及60名軍人。下設總務處(計劃、經理、庶務)，第1處(負責細菌傳染的研究和動物培養)，第2處(負責防疫給水研究)，資材處(負責器材保管，備有甲式濾水器2台、汽車40輛、顯微鏡20台、大型高壓菌槽2個，外有其他物品甚多)。
林口支隊的主要任務是配製跳蚤和各類動物。通常在動物室東面的一個大房間內飼養著從日本運來的白鼠2000餘只，由日本人親自飼養；西面的五個房間裝有本地的各種鼠類，由一名日本兵領著四名中國勞工進行飼養。在其餘各房間內，飼養著兔子四五十隻，荷蘭豬七八十隻，還有12條狗。每隔一個星期，癨原秀夫帶領日本研究人員到動物舍給動物抽血，有時在地下室內{{{{{宰殺當地鼠取血。由於鼠類供不應求，這個支隊還不止一次地組織隊員到附近各地捕捉黃鼠。據曾在162支隊服役的上野證實：“在林口支隊，捕鼠工作比培養細菌還重要。我在第2處防疫室工作階段，曾參加兩三個月的捕鼠工作。外出捕鼠時，不准提部隊的名稱，穿著便服讓人看不出是哪個部隊的。從1944年末開始，僅用兩三個禮拜的時間，就在千振、佳木斯一帶活捉50000隻老鼠。”該支隊也很重視跳蚤培養工作。據癨原供稱，為加速培養跳蚤，1945年6月，根據哈爾濱731部隊的命令，派細矢少佐到本部領來一公斤母本跳蚤，由細矢少佐及四名軍人負責進行培養。
162支隊還負責細菌研究和細菌生產。據在該支隊第1部細菌實驗室擔任見習實驗員的久留島佐詞供稱：“我在宮豐軍曹和細尾軍醫少佐的領導下，把結核菌、傷寒菌、副傷寒菌放到營養液上去，準備實驗儀器，調節孵育器的溫度。”這顯然是在試製細菌。
162支隊敗退前，把文件資料、貴重儀器投進鍋爐里燒掉了。8月11日，他們又慌忙地把部隊的房舍全部點火燒光。據癨原秀夫被俘後說：1945年8月9日蘇聯出兵後，支隊受命配屬於駐延吉的第3軍。11日蘇軍進駐八面通。本部裝載物資向牡丹江進發，因道路已壞，在樺林被蘇軍襲擊，部隊人員多數陣亡。
孫吳支隊又稱673支隊，第一任支隊長是佐佐木義孝少佐，1944年由西俊英少佐接任。該支隊設在孫吳鎮的西山，編有研究人員136名。孫吳地處邊境要塞，位於大興安嶺東麓，北安與黑河之間，戰略地位十分重要。1940年6月日本開始在距該鎮西南115公里的西山上營建孫吳支隊，同年冬完成。當時動用了從外地抓來的近千名勞工，為了不使其秘密泄露，日軍在竣工後把這些勞工全都秘密殺害。
最初編有研究人員30多人，到1942年增至80多人，最後達到136人。整個支隊有營舍300餘間，其中15間用於培養鼠類和各種動物，共養鼠千餘只，豚鼠200餘只，兔子50餘只，羊3隻。此外，還配製跳蚤。這裡每年興辦兩期培訓班，負責人為金澤少尉，培養細菌研究的各類專業人員，每期學員十五六名，從1944年到1945年8月中旬，僅1年半的時間就培訓學員近50名。
從1945年3月起，日軍在南太平洋一帶遭到嚴重挫折的同時，加緊了對蘇作戰的準備，根據石井四郎的命令，孫吳支隊也加緊了戰備，增建了設備室，抓緊安裝731部隊本部調撥來的各種細菌生產設備，但這些設備尚未使用，日本就投降了。投降之前的1945年8月11日，日軍將動物舍、營舍和宿舍以及各種文件、資料全部燒毀。現在孫吳支隊的遺蹟依然存在。
海拉爾支隊又稱543支隊，首任支隊長是清水富士夫，最後一任是加藤恆則少佐。設在海拉爾市西南115公里處，編有研究人員226名。海拉爾位於大興安嶺西麓、呼倫貝爾草原東部、伊敏河與海拉爾的匯合處。它是內蒙古東部的邊陲重鎮。1934年，偽滿洲國設立興安北省，以海拉爾為省會，當時居住在海拉爾的中國蒙漢居民僅25000人，而日偽軍警人員卻高達十多萬，海拉爾實際上變成了進攻蘇聯的前哨。
資材部由大谷章一少將任部長。下設第1倉庫、第2倉庫、兵器庫、菌苗血清庫等。負責貯存與供應各種生產器材設備，同時還承擔實驗動物的運輸和各類菌苗、疫苗的貯存保管。
“石井”動物飼養班設置了繁殖細菌傳播媒介物的分部，該班班長是石井四郎的三哥石井三男。
診療部部長為永山太郎大佐擔任。設門診部、日本軍人家屬醫院，負責對日本人疾病的預防和治療。
牡丹江支隊又稱海林支隊、643支隊，第一任支隊長是池井貞夫，第二任支隊長是尾上正男少佐。設在海林鎮東北6公里處的後腰屯(現在的福利屯)，編有日本研究人員200名。當時這裡以一條南北道為界，西半部是中國居民，東半部是643支隊的營區。營區占地28萬平方米，長方形的四周圍有帶刺鐵絲網。
營舍占據地盤不大，大部分土地為農田。從海林車站延伸過來的鐵路專用線，從該支隊營區東部通過。
林口支隊又稱162支隊，第一任支隊長是山口吾一，最後一任是癨原秀夫少佐。設在林口鎮和古城鎮（現叫新城）之間。
林口是牡佳線和林密鐵路的交通樞紐，是東北地區東部的邊防要塞。該支隊的人員共226名，其中有3名軍醫、1名司藥官、1名軍需官和5名將佐級軍官以及60名軍人。下設總務處(計劃、經理、庶務)，第1處(負責細菌傳染的研究和動物培養)，第2處(負責防疫給水研究)，資材處(負責器材保管，備有甲式濾水器2台、汽車40輛、顯微鏡20台、大型高壓菌槽2個，外有其他物品甚多)。
林口支隊的主要任務是配製跳蚤和各類動物。通常在動物室東面的一個大房間內飼養著從日本運來的白鼠2000餘只，由日本人親自飼養；西面的五個房間裝有本地的各種鼠類，由一名日本兵領著四名中國勞工進行飼養。在其餘各房間內，飼養著兔子四五十隻，荷蘭豬七八十隻，還有12條狗。每隔一個星期，癨原秀夫帶領日本研究人員到動物舍給動物抽血，有時在地下室內{{{{{宰殺當地鼠取血。由於鼠類供不應求，這個支隊還不止一次地組織隊員到附近各地捕捉黃鼠。據曾在162支隊服役的上野證實：“在林口支隊，捕鼠工作比培養細菌還重要。我在第2處防疫室工作階段，曾參加兩三個月的捕鼠工作。外出捕鼠時，不准提部隊的名稱，穿著便服讓人看不出是哪個部隊的。從1944年末開始，僅用兩三個禮拜的時間，就在千振、佳木斯一帶活捉50000隻老鼠。”該支隊也很重視跳蚤培養工作。據癨原供稱，為加速培養跳蚤，1945年6月，根據哈爾濱731部隊的命令，派細矢少佐到本部領來一公斤母本跳蚤，由細矢少佐及四名軍人負責進行培養。
162支隊還負責細菌研究和細菌生產。據在該支隊第1部細菌實驗室擔任見習實驗員的久留島佐詞供稱：“我在宮豐軍曹和細尾軍醫少佐的領導下，把結核菌、傷寒菌、副傷寒菌放到營養液上去，準備實驗儀器，調節孵育器的溫度。”這顯然是在試製細菌。
162支隊敗退前，把文件資料、貴重儀器投進鍋爐里燒掉了。8月11日，他們又慌忙地把部隊的房舍全部點火燒光。據癨原秀夫被俘後說：1945年8月9日蘇聯出兵後，支隊受命配屬於駐延吉的第3軍。11日蘇軍進駐八面通。本部裝載物資向牡丹江進發，因道路已壞，在樺林被蘇軍襲擊，部隊人員多數陣亡。
孫吳支隊又稱673支隊，第一任支隊長是佐佐木義孝少佐，1944年由西俊英少佐接任。該支隊設在孫吳鎮的西山，編有研究人員136名。孫吳地處邊境要塞，位於大興安嶺東麓，北安與黑河之間，戰略地位十分重要。1940年6月日本開始在距該鎮西南115公里的西山上營建孫吳支隊，同年冬完成。當時動用了從外地抓來的近千名勞工，為了不使其秘密泄露，日軍在竣工後把這些勞工全都秘密殺害。
最初編有研究人員30多人，到1942年增至80多人，最後達到136人。整個支隊有營舍300餘間，其中15間用於培養鼠類和各種動物，共養鼠千餘只，豚鼠200餘只，兔子50餘只，羊3隻。此外，還配製跳蚤。這裡每年興辦兩期培訓班，負責人為金澤少尉，培養細菌研究的各類專業人員，每期學員十五六名，從1944年到1945年8月中旬，僅1年半的時間就培訓學員近50名。
從1945年3月起，日軍在南太平洋一帶遭到嚴重挫折的同時，加緊了對蘇作戰的準備，根據石井四郎的命令，孫吳支隊也加緊了戰備，增建了設備室，抓緊安裝731部隊本部調撥來的各種細菌生產設備，但這些設備尚未使用，日本就投降了。投降之前的1945年8月11日，日軍將動物舍、營舍和宿舍以及各種文件、資料全部燒毀。現在孫吳支隊的遺蹟依然存在。
海拉爾支隊又稱543支隊，首任支隊長是清水富士夫，最後一任是加藤恆則少佐。設在海拉爾市西南115公里處，編有研究人員226名。海拉爾位於大興安嶺西麓、呼倫貝爾草原東部、伊敏河與海拉爾的匯合處。它是內蒙古東部的邊陲重鎮。1934年，偽滿洲國設立興安北省，以海拉爾為省會，當時居住在海拉爾的中國蒙漢居民僅25000人，而日偽軍警人員卻高達十多萬，海拉爾實際上變成了進攻蘇聯的前哨。