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但是，豐田大將卻不允許，結果，形成了相持的局面，最後只好等待時機，這時，有馬少將沉不住氣了，就在台灣附近的海戰中（10 月14 日），決心以肉體撞沉美航空母艦。激戰中，有馬少將進行自殺攻擊，將一美戰艦炸傷（大概是重型巡洋艦“休斯敦”號），自己也在艦舷側陣亡了。不言而喻，有馬將軍的這一舉動，給部下正在如火焰般燃燒的特攻精神一個非常強烈的刺激，於是，大西中將終於答應了要求參加自殺攻擊的請求，並於10月21 日從宿務基地派出了第一神風特攻隊“大和隊”的兩架飛機，23 日又從同一基地同一戰鬥隊派出了另外兩架，這4 架飛機出擊後無一架歸艦，從此沓無音信，於是，24 日和25 日，大西又派出了由“敷島隊”的5 架、“山櫻隊”的2 架、“大和隊”的7 架、“若櫻隊”的4 架、“菊水隊”的2 架、“朝日隊”的2 架組成的22 架飛機，以殲滅美航空母艦為目的，向著萊特島——塔克洛班方面出擊了，結果，通過無線電獲知，只有“若櫻隊”的1 架突進雷伊泰灣內向美艦進行了攻擊，其它音訊皆無。
只要在空中看不到直接護衛的戰鬥機，就無法獲知“神風特攻隊”的戰果。結果，連直接護衛機也投入了以自殺為目的的特攻作戰，所以，戰果除從美方獲知一二之外，別無他法。在這一期間，還有一個有關戰術方面的驚天動地的報告沒有傳來：24 日上午9 日38 分，日本的神風特攻隊向美海軍哈爾西艦隊中的一群——“埃塞克斯”、“朗格來”、“列克星敦”、“普林斯頓”4 艘航空母艦發動了襲擊，結果用炸彈擊沉了“普林斯頓”，同時，前來救援的美巡洋艦“伯明罕”因“普林斯頓”的最後大爆炸而遭受重傷，失去了作戰能力。
上述情況皆為戰後獲悉。
此時的大西中將並不罷休，除了在26、27 日派出了“大和隊”的7 架自殺飛機之外，又分別從第二神風特攻隊的“忠勇隊”、“義烈隊”、“純忠隊”、“誠忠隊”各派遣了3 架自殺飛機，拼死出擊，可是仍然沒有取得令人滿意的戰果，又白白地葬送了若干飛機。這樣，在雷伊泰灣之戰中，日本基地航空部隊殺身成仁的特攻作戰一無所獲，而均以失敗告終。實際上，即使是特攻，也需要高超的技術。發現美艦，發動奇襲，迴避炮火，力求命中，都不是一件輕而易舉的事情。此後不久，由於美航空母艦“埃塞克斯”號被擊毀，其他它美艦隻也不同程度地遭受傷亡，從而使“神鳳特攻”戰術成為日本海軍的“最有效的戰術”，但這已是雷伊泰灣大海戰以後的事情了。
至此，日本海軍方面終於承認由於基地航空兵力量極其薄弱，從而在雷伊泰灣海戰中無所建樹這一鐵的事實。那麼，這一結局是不是因為日本海軍的潛艇在這一海戰中沒有發揮作用而造成的呢。美國方面當時以Where issubmarine ？（潛艇在哪裡？）的通欄大字充斥著每天的報紙版面。
日本海軍潛艇部隊的狀況是，開戰時擁有64 艘，戰爭中又增加了126 艘，合計190 艘，約25.4 萬噸。這一實力雄厚的潛艇部隊，至雷伊泰灣海戰爆發之際，究竟還擁有多麼大的實力呢？
在歷時3 年的戰爭中，日軍大本營報導部沒有發表任何關於潛艇部隊的消息。潛艇部隊是否還健在呢？這一不解之謎深深地埋藏在人們的心靈深處。其實，這個謎並非難解，一句話，潛艇部隊仍然健在！這就是三輪義茂中將為司令的第六艦隊。然而，這支艦隊的實力與上述潛艇數目相比，已經是秋風掃落葉之勢了。三輪義茂和部下大和田、石崎、魚住、工藤等專家（司令、少將）常常聚集在一起，為該艦隊日益枯竭下去而嘆息不已。當時，日軍剩餘的潛艇數僅有32 艘（除210 艘老朽不堪之外），其中有兩艘專門用於運輸，有4 艘用於破壞印度洋交通線，13 艘正在修建過程中，換言之，能夠參加雷伊泰灣海戰的僅僅只13 艘潛艇。
本來，“捷一號作戰”是日本海軍集中全部力量，進行決死拼搏的一場戰鬥，對日潛艇部隊來說，是一個極好的大顯身手的機會，因此，即便是由13 艘潛艇組成的小規模艦隊，也應該搶先一步在雷伊泰灣戰場待機。可是，潛艇部隊出擊的時間比小澤艦隊還要晚，這似乎可以證明日本聯合艦隊司令部已經對潛艇部隊不抱多麼大的希望了。由於發生了一些事故，最終只有11艘潛艇出擊成功。
按計劃，應該於24 日在拉蒙灣布下3 艘，在薩馬島海面布下4 艘，在蘇里高海峽布下4 艘。但是，由於拖延了航期，潛艇在25 日到26 日間才布置妥當。在這期間，日潛艇發現了許多艦隻，也許是栗田艦在激戰，也許是美機動部隊在激戰。可惜的是，由於擔心發生誤傷，只有“伊—56”號潛艇發射了幾枚魚雷，除此之外，就再也沒有接到關於日潛艇的攻擊報告。來自潛艇的關於美軍一方損失的報告，除美護航航空母艦受輕傷這一消息以外，幾乎等於零（“伊—56”號潛艇攻擊了美運輸船1 艘，航空母艦1 艘）。而結果卻有5 艘日本潛艇沒有返回，這個數目也不亞於參加雷伊泰灣海戰的其它艦隊所蒙受的損失。