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據藏文十三世達賴喇嘛傳記載，卸任的攝政第穆呼圖克圖向來很受清朝皇帝的器重，被認為是有貢獻的攝政。但是攝政卸任後不久，執掌丹吉林寺扎倉事務的正直的長者們都相繼去逝，大權落在了第穆之弟洛布次仁和頓珠等人的手中。這兩個人對十三世達賴喇嘛親政十分不滿，根本不承認達賴喇嘛執掌西藏政教大權的顯赫偉績，企圖將十三世達賴喇嘛謀害殺死，然後擁立第穆呼圖克圖再為攝政。出於這種動機，他們買通了瓊結地方的白熱活佛和雅隆活佛，把達賴喇嘛的生辰八字和名字等寫在紙條上放入“糌粑人”中，使十三世達賴喇嘛的神魂、壽命、生命進入“糌粑人”像，然後加以詛咒。為了使西藏眾生背離和詆毀十三世達賴喇嘛，他們還把祈願魔鬼給西藏降來水患、火災、瘟疫等不吉利的咒經筒和印有咒文的圖案埋在布達拉宮四周、桑耶地方的赫布山和供有凶神的地方，當然他們也沒有忘記在為十三世達賴喇嘛新做的皮靴底中放一張這樣的詛咒圖。
卸任攝政第穆及其親眷用咒術加害於十三世達賴喇嘛貴體的陰謀被揭穿後，噶廈當即進行了追查，主犯和同夥以及知情人都寫了供文，承認了全部犯罪事實。
事件發生後，西藏群情激憤。噶廈很快召集了三大寺及全體僧俗官員大會，會議經過討論決定嚴厲懲處所有的同謀者，其中包括前攝政本人，他們認為他施展這樣陰謀，是為了保持自己的權力。會議還向十三世達賴喇嘛呈送了一份沒收罪犯和丹吉林寺一切財產的意見書。
十三世達賴喇嘛從一開始就反對死刑，他沒有對卸任攝政採取危及生命的任何措施，只罰他在丹吉林寺經堂閉門修行。但其他同謀者及其家屬卻受到了懲處，其中就有洛布次仁的妻子，她是貴族仁多之女，但是儘管她出身高門，仍然受鞭苔，她戴上手銬和沉重的枷板，接連一個星期，每天坐在拉薩的主要街道上示眾，最後被發配流放。
根據目前的材料，有關對第穆處置的說法是不相同的，牙含章先生的《達賴喇嘛傳》中說，噶廈在審訊主犯洛布次仁時，第穆呼圖克圖正在丹吉林寺靜坐，聽到破案的消息後，於當晚暴病而死。而劉家駒的《西藏政教史略》則說：藏政府假護法神口，誣藏王第穆呼圖克圖陰謀不軌，詛咒達賴，旋將第穆佛禁斃獄中，查抄闡宗寺財產。同時加罪于丹吉林之巨僚羅布頓珠等，先後抄殺，達賴喇嘛於是威服全藏，莫敢有違。
第穆活佛是否被殺？真實的內幕究竟怎樣？現在已很難弄清，但有關查抄一事確有記載：事件發生後，十三世達賴喇嘛下令將第穆所屬乃東，江孜、墨竹工卡等地的莊田、寺院的名號予以革除，禁止以後轉世。
十三世達賴喇嘛在第穆事件後，既取得了神權，也取得了世俗權力，成了實實在在的西藏政教領袖，執政時間長達40 年之久。十三世達賴喇嘛在世俗方面的事務是非常繁雜的，所以他必須有以自己為中心的權力機構，然後才是主要的噶倫。當時他的手下有四位噶倫。噶倫以下是噶廈和譯倉，而主掌噶廈的實質上就是幾位噶倫。
西藏地方政府通稱為噶廈，由一僧三俗組成，噶廈成員一般被稱為“夏丕”，有時也用兩個藏文字“薩旺”，含義是掌握西藏大權的人。西藏的事務不管是政治還是司法，噶廈地方政府都有權控制。噶廈還負責審理有關法官及地方長官判決的上訴案件。當然，在牽涉到貴族或高級僧俗官員時，地方官員往往無權判決，須由噶廈親自過問處理。在西藏，貴族和世家有很大的特權，有些大貴族本身就是達賴喇嘛或班禪的家族，不少的貴族家庭成員中還產生過噶倫或其他高級僧俗官員；另一方面，長期以來貴族間的相互通婚，已使貴族與貴族連成一個繁雜的貴族網，在這樣一個複雜的社會環境中，只要涉及貴族案，噶廈和譯倉都必須將事關重要的報告，通過首席噶倫呈送給達賴喇嘛，由他裁決。
噶廈的工作方式很特別，四位噶倫一般不會輕易發號施令，如有分歧，誰也不相讓，遇到大事，總是通過一種會商的辦法來解決。其方法就是由噶廈出面，召集有噶倫、三大寺代表及其他高級僧俗官員參加的會議討論決定，再呈報達賴喇嘛、駐藏大臣轉奏清朝皇帝批准，當然屬於這種情況的一般都是極為重要的大事，諸如達賴喇嘛或班禪的靈童認定、坐床、執政等重大問題，或者說凡按慣例應上報達賴喇嘛或駐藏大臣轉奏皇上的事都必須照例行事。
西藏人把噶廈的種種小黑方印稱之為“黃灰官印”，因為黃教戴黃帽，而灰色代表俗人，因為他們習慣穿灰色的藏袍。噶廈官員使用的印章其顏色是有嚴格規定的，一般來說，達賴喇嘛、班禪和首席噶倫使用紅印。而其他官員，則根據等級使用其他顏色的官印。
一切重要的報告由噶倫直送或通過他們送交首席噶倫，必要時再由他轉呈達賴喇嘛和駐藏大臣。噶廈議事廳里設有一個神龕，神龕上有宗喀巴大師的一尊塑像，神龕的左面據說就是達賴喇嘛的寶座。如果噶廈請他來給噶倫或在拉薩任職的下屬官員摸頂祈福時，他就坐在這個位置上。
3.獨特的政教領袖
在十三世達賴喇嘛以前，噶廈的工作人員並沒有一個相對固定的工作時間。多少年來，西藏地方政府就這樣工作，誰也沒有想到過要改變這種做法。但是，當達賴喇嘛看了印度是怎麼工作的情況之後，便在拉薩的官員中採用了定時工作制，這在西藏歷史上是從來沒有過的。儘管如此，十三世達賴喇嘛並沒有讓他的噶廈官員們工作很長的時間，只是從早上9 點到中午2 點，然後吃一頓由噶廈提供的免費午飯，一天的工作就算結束了。也許是這種定時的工作制給西藏地方政府的官員們帶來了一種新奇的東西，有些人在午後也不願離去，而是一直呆在下午4 點。
卸任攝政第穆及其親眷用咒術加害於十三世達賴喇嘛貴體的陰謀被揭穿後，噶廈當即進行了追查，主犯和同夥以及知情人都寫了供文，承認了全部犯罪事實。
事件發生後，西藏群情激憤。噶廈很快召集了三大寺及全體僧俗官員大會，會議經過討論決定嚴厲懲處所有的同謀者，其中包括前攝政本人，他們認為他施展這樣陰謀，是為了保持自己的權力。會議還向十三世達賴喇嘛呈送了一份沒收罪犯和丹吉林寺一切財產的意見書。
十三世達賴喇嘛從一開始就反對死刑，他沒有對卸任攝政採取危及生命的任何措施，只罰他在丹吉林寺經堂閉門修行。但其他同謀者及其家屬卻受到了懲處，其中就有洛布次仁的妻子，她是貴族仁多之女，但是儘管她出身高門，仍然受鞭苔，她戴上手銬和沉重的枷板，接連一個星期，每天坐在拉薩的主要街道上示眾，最後被發配流放。
根據目前的材料，有關對第穆處置的說法是不相同的，牙含章先生的《達賴喇嘛傳》中說，噶廈在審訊主犯洛布次仁時，第穆呼圖克圖正在丹吉林寺靜坐，聽到破案的消息後，於當晚暴病而死。而劉家駒的《西藏政教史略》則說：藏政府假護法神口，誣藏王第穆呼圖克圖陰謀不軌，詛咒達賴，旋將第穆佛禁斃獄中，查抄闡宗寺財產。同時加罪于丹吉林之巨僚羅布頓珠等，先後抄殺，達賴喇嘛於是威服全藏，莫敢有違。
第穆活佛是否被殺？真實的內幕究竟怎樣？現在已很難弄清，但有關查抄一事確有記載：事件發生後，十三世達賴喇嘛下令將第穆所屬乃東，江孜、墨竹工卡等地的莊田、寺院的名號予以革除，禁止以後轉世。
十三世達賴喇嘛在第穆事件後，既取得了神權，也取得了世俗權力，成了實實在在的西藏政教領袖，執政時間長達40 年之久。十三世達賴喇嘛在世俗方面的事務是非常繁雜的，所以他必須有以自己為中心的權力機構，然後才是主要的噶倫。當時他的手下有四位噶倫。噶倫以下是噶廈和譯倉，而主掌噶廈的實質上就是幾位噶倫。
西藏地方政府通稱為噶廈，由一僧三俗組成，噶廈成員一般被稱為“夏丕”，有時也用兩個藏文字“薩旺”，含義是掌握西藏大權的人。西藏的事務不管是政治還是司法，噶廈地方政府都有權控制。噶廈還負責審理有關法官及地方長官判決的上訴案件。當然，在牽涉到貴族或高級僧俗官員時，地方官員往往無權判決，須由噶廈親自過問處理。在西藏，貴族和世家有很大的特權，有些大貴族本身就是達賴喇嘛或班禪的家族，不少的貴族家庭成員中還產生過噶倫或其他高級僧俗官員；另一方面，長期以來貴族間的相互通婚，已使貴族與貴族連成一個繁雜的貴族網，在這樣一個複雜的社會環境中，只要涉及貴族案，噶廈和譯倉都必須將事關重要的報告，通過首席噶倫呈送給達賴喇嘛，由他裁決。
噶廈的工作方式很特別，四位噶倫一般不會輕易發號施令，如有分歧，誰也不相讓，遇到大事，總是通過一種會商的辦法來解決。其方法就是由噶廈出面，召集有噶倫、三大寺代表及其他高級僧俗官員參加的會議討論決定，再呈報達賴喇嘛、駐藏大臣轉奏清朝皇帝批准，當然屬於這種情況的一般都是極為重要的大事，諸如達賴喇嘛或班禪的靈童認定、坐床、執政等重大問題，或者說凡按慣例應上報達賴喇嘛或駐藏大臣轉奏皇上的事都必須照例行事。
西藏人把噶廈的種種小黑方印稱之為“黃灰官印”，因為黃教戴黃帽，而灰色代表俗人，因為他們習慣穿灰色的藏袍。噶廈官員使用的印章其顏色是有嚴格規定的，一般來說，達賴喇嘛、班禪和首席噶倫使用紅印。而其他官員，則根據等級使用其他顏色的官印。
一切重要的報告由噶倫直送或通過他們送交首席噶倫，必要時再由他轉呈達賴喇嘛和駐藏大臣。噶廈議事廳里設有一個神龕，神龕上有宗喀巴大師的一尊塑像，神龕的左面據說就是達賴喇嘛的寶座。如果噶廈請他來給噶倫或在拉薩任職的下屬官員摸頂祈福時，他就坐在這個位置上。
3.獨特的政教領袖
在十三世達賴喇嘛以前，噶廈的工作人員並沒有一個相對固定的工作時間。多少年來，西藏地方政府就這樣工作，誰也沒有想到過要改變這種做法。但是，當達賴喇嘛看了印度是怎麼工作的情況之後，便在拉薩的官員中採用了定時工作制，這在西藏歷史上是從來沒有過的。儘管如此，十三世達賴喇嘛並沒有讓他的噶廈官員們工作很長的時間，只是從早上9 點到中午2 點，然後吃一頓由噶廈提供的免費午飯，一天的工作就算結束了。也許是這種定時的工作制給西藏地方政府的官員們帶來了一種新奇的東西，有些人在午後也不願離去，而是一直呆在下午4 點。