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17 歲，十三世達賴喇嘛開始聆聽普覺經師講授《現觀莊嚴論》、《中論》、《釋量論》和《律經根本律》等典籍，為了學習五世達賴喇嘛的著作，他下令重新刻印了五世達賴喇嘛的《現觀莊嚴論善慧思飾》、《中論大乘船》、《俱舍倫釋運寶庫》等著作，並補充刻印了尚未出版的一世達賴喇嘛有關法相方面的著作。 1893 年，十三世達賴喇嘛18歲，開始跟隨普覺活佛學習《菩提道次第廣論》。這一年的8 月15 日，普覺經師為他授密乘灌頂，從此以後，十三世達賴喇嘛開始學習密宗知識。1893年10 月，上密院卸任堪布林倉活佛羅桑龍多、旦增赤列·白桑布等開始擔任他的經師，主要講授《菩提道次第教捷經》及因明學辯論法等課程。
1894 年後，十三世達賴喇嘛的密宗課程越來越多，這也是藏傳佛教培養高僧大德的途徑，先學習顯宗著作，等具備一定基礎後，再轉入密宗的學習，因為象達賴喇嘛這樣的特殊人物，必須是顯密雙通。這一年的春天，他聆聽了普覺經師傳授密乘灌頂，並接受了其他兩位經師所授的長壽灌頂和相關知識。1896 年，當十三世達賴喇嘛21 歲的時候，他又跟隨經師林倉活佛學習了金剛橛灌頂的傳承。
1898 年，是十三世達賴喇嘛的學業走向金秋收穫的季節。這一年他將參加拉薩三大寺舉行的遊學誓願辯經大法會，屆時，他將經受各寺高僧和著名學者的考試。
4 月11 日，達賴喇嘛為參加遊學誓願辯經大法會儀式，從布達拉宮移往哲蚌寺著名的甘丹頗章大殿。6 天以後，他在大殿門庭下的寶座上接受僧俗官員的祝賀，隨後，第一場辯經開始。首先是著名的智者哲蚌寺洛色林扎倉卸任軌範師欽熱丹增倫珠與達賴喇嘛辯論佛法。接著是在場的軌範師、經師、活佛以及學識淵博的格西們先後輪番引用《五部大論》的正文和釋文提出一些極其尖稅、疑難的問題，達賴喇嘛胸有成竹，依據各教派的典籍和教義，一一回答。之後，三大寺的學者們開始上場，如同打擂似的輪番與達賴喇嘛進行辯論。然而這位年僅23 歲的達賴喇嘛極為沉著冷靜，引用的經典原文和講述的道理都十分精確，學者們口服心服，多次稱頌他是陳那和法稱的再現，再沒有提別的問題。第一場辯經就這樣在諸位大師的祝福和讚美聲中結束。
1898 年4 月30 日，十三世達賴喇嘛提前住進色拉寺準備參加第二場遊學辯經。5 月3 日，辯經儀式開始，達賴喇嘛在色拉寺色拉基大殿前的廣場首端升座，首先接受噶廈地方政府和經師的敬禮，然後辯經開始。色拉寺傑扎倉的軌範師慶熱塔堆等堪布、活佛、格西根據《五部大論》要義，逐一向達賴喇嘛提出問題，達賴喇嘛舌戰群雄，對答如流。隨後開始由達賴喇嘛向各位學者提問，結果問題疑難深奧，許多學者難以對答。辯經結束後，達賴喇嘛返回布達拉宮。很快達賴喇嘛在哲蚌寺、色拉寺舌戰群雄、大獲全勝的消息不徑而走，人們終於看到了十三世達賴喇嘛的才華。
十三世達賴喇嘛辯經的最後一站是拉薩東邊的甘丹寺。4 月16 日，他離開布達拉宮，在密宗德慶寺小住一夜後，於第二天到達甘丹寺。4 月20 日，甘丹寺在強孜扎倉舉行了慶祝達賴喇嘛初入佛門的儀式，然後達賴喇嘛來到辯經場，接受甘丹寺法台代表扎倉的獻禮。禮畢，達賴喇嘛開始領誦《菩提道次第禱祝經》，然後講《緣起贊經》。最後與強孜扎倉的軌範師以及因明學者辯論了《五部大論》中的疑難問題。經過對教理經義長時間的辯論，達賴喇嘛以其尖稅的言辭回答了對方的提問。4 月24 日，十三世達賴喇嘛在甘丹寺第二次辯經，由強孜扎倉卸任堪布巴蘇洛桑旦白堅贊活佛作為評判與軌範師、活佛、格西等廣通經義的學者們進行了辯論。對方不斷從《五部大論》中提出問題，達賴喇嘛對答如流。
至此，十三世達賴喇嘛在三大寺的遊學誓願辯經全部結束，大獲全勝。看到這樣的好成績，達賴喇嘛的經師們都無比欣慰。 1899 年，普覺經師和拉薩功德林寺請求十三世達賴喇嘛參加拉薩祈禱大法會。該法會由宗喀巴大師創立，其法會上有一重要內容，這就是通過辯經，考取藏傳佛教最高佛學學位格西。普覺活佛正是出於這種考慮。他曾多次對達賴喇嘛說：“五世達賴喇嘛曾參加三大寺的嶺色格西答辯，七世達賴喇嘛也參加過哲蚌寺的多讓巴格西答辯，均獲得了學位。達賴喇嘛您具備了各方面的才能，為給後輩做出榜樣，懇請參加拉讓巴格西答辯。”達賴喇嘛接受了請求，於1899 年1 月7 日住進了大昭寺，準備參加拉薩祈願大法會上的格西學位答辯。
1 月11 日，在僧眾誦經法會上，十三世達賴喇嘛接受了功德林寺敬獻的祈禱文。兩天以後，達賴喇嘛開始在大昭寺佛像前頂禮上供，給參加法會的僧眾發放布施，並供養了一天的茶飯。拉讓巴格西學位答辯儀式上，達賴喇嘛首先接受了噶廈地方政府、團體以及個人奉獻的禮物，然後由普覺經師擔任主考官，開始答辯。十三世達賴喇嘛答辯時，針對學者們提出的疑問，引經據典，口若懸河，對答如流。在答辯的間隙，他還與三大寺、熱堆寺等寺的普通僧眾就《中論》和《現觀莊嚴論》等經典進行辯論；此外還與各活佛和噶讓格西們就《律經》和《俱舍論》中的數百條要義進行辯論，對提出的難度很大的疑問，都逐一解答。在一邊觀看答辯持中立態度的學者們無不心服口服，一些德高望眾、出類拔萃的格西們一致讚嘆說：“至尊全知佛主如此通曉五部大論，尤其精通於《現觀莊嚴論》、《中論》，在目前三大寺的活佛和格西當中也是屈指可數的。”
1894 年後，十三世達賴喇嘛的密宗課程越來越多，這也是藏傳佛教培養高僧大德的途徑，先學習顯宗著作，等具備一定基礎後，再轉入密宗的學習，因為象達賴喇嘛這樣的特殊人物，必須是顯密雙通。這一年的春天，他聆聽了普覺經師傳授密乘灌頂，並接受了其他兩位經師所授的長壽灌頂和相關知識。1896 年，當十三世達賴喇嘛21 歲的時候，他又跟隨經師林倉活佛學習了金剛橛灌頂的傳承。
1898 年，是十三世達賴喇嘛的學業走向金秋收穫的季節。這一年他將參加拉薩三大寺舉行的遊學誓願辯經大法會，屆時，他將經受各寺高僧和著名學者的考試。
4 月11 日，達賴喇嘛為參加遊學誓願辯經大法會儀式，從布達拉宮移往哲蚌寺著名的甘丹頗章大殿。6 天以後，他在大殿門庭下的寶座上接受僧俗官員的祝賀，隨後，第一場辯經開始。首先是著名的智者哲蚌寺洛色林扎倉卸任軌範師欽熱丹增倫珠與達賴喇嘛辯論佛法。接著是在場的軌範師、經師、活佛以及學識淵博的格西們先後輪番引用《五部大論》的正文和釋文提出一些極其尖稅、疑難的問題，達賴喇嘛胸有成竹，依據各教派的典籍和教義，一一回答。之後，三大寺的學者們開始上場，如同打擂似的輪番與達賴喇嘛進行辯論。然而這位年僅23 歲的達賴喇嘛極為沉著冷靜，引用的經典原文和講述的道理都十分精確，學者們口服心服，多次稱頌他是陳那和法稱的再現，再沒有提別的問題。第一場辯經就這樣在諸位大師的祝福和讚美聲中結束。
1898 年4 月30 日，十三世達賴喇嘛提前住進色拉寺準備參加第二場遊學辯經。5 月3 日，辯經儀式開始，達賴喇嘛在色拉寺色拉基大殿前的廣場首端升座，首先接受噶廈地方政府和經師的敬禮，然後辯經開始。色拉寺傑扎倉的軌範師慶熱塔堆等堪布、活佛、格西根據《五部大論》要義，逐一向達賴喇嘛提出問題，達賴喇嘛舌戰群雄，對答如流。隨後開始由達賴喇嘛向各位學者提問，結果問題疑難深奧，許多學者難以對答。辯經結束後，達賴喇嘛返回布達拉宮。很快達賴喇嘛在哲蚌寺、色拉寺舌戰群雄、大獲全勝的消息不徑而走，人們終於看到了十三世達賴喇嘛的才華。
十三世達賴喇嘛辯經的最後一站是拉薩東邊的甘丹寺。4 月16 日，他離開布達拉宮，在密宗德慶寺小住一夜後，於第二天到達甘丹寺。4 月20 日，甘丹寺在強孜扎倉舉行了慶祝達賴喇嘛初入佛門的儀式，然後達賴喇嘛來到辯經場，接受甘丹寺法台代表扎倉的獻禮。禮畢，達賴喇嘛開始領誦《菩提道次第禱祝經》，然後講《緣起贊經》。最後與強孜扎倉的軌範師以及因明學者辯論了《五部大論》中的疑難問題。經過對教理經義長時間的辯論，達賴喇嘛以其尖稅的言辭回答了對方的提問。4 月24 日，十三世達賴喇嘛在甘丹寺第二次辯經，由強孜扎倉卸任堪布巴蘇洛桑旦白堅贊活佛作為評判與軌範師、活佛、格西等廣通經義的學者們進行了辯論。對方不斷從《五部大論》中提出問題，達賴喇嘛對答如流。
至此，十三世達賴喇嘛在三大寺的遊學誓願辯經全部結束，大獲全勝。看到這樣的好成績，達賴喇嘛的經師們都無比欣慰。 1899 年，普覺經師和拉薩功德林寺請求十三世達賴喇嘛參加拉薩祈禱大法會。該法會由宗喀巴大師創立，其法會上有一重要內容，這就是通過辯經，考取藏傳佛教最高佛學學位格西。普覺活佛正是出於這種考慮。他曾多次對達賴喇嘛說：“五世達賴喇嘛曾參加三大寺的嶺色格西答辯，七世達賴喇嘛也參加過哲蚌寺的多讓巴格西答辯，均獲得了學位。達賴喇嘛您具備了各方面的才能，為給後輩做出榜樣，懇請參加拉讓巴格西答辯。”達賴喇嘛接受了請求，於1899 年1 月7 日住進了大昭寺，準備參加拉薩祈願大法會上的格西學位答辯。
1 月11 日，在僧眾誦經法會上，十三世達賴喇嘛接受了功德林寺敬獻的祈禱文。兩天以後，達賴喇嘛開始在大昭寺佛像前頂禮上供，給參加法會的僧眾發放布施，並供養了一天的茶飯。拉讓巴格西學位答辯儀式上，達賴喇嘛首先接受了噶廈地方政府、團體以及個人奉獻的禮物，然後由普覺經師擔任主考官，開始答辯。十三世達賴喇嘛答辯時，針對學者們提出的疑問，引經據典，口若懸河，對答如流。在答辯的間隙，他還與三大寺、熱堆寺等寺的普通僧眾就《中論》和《現觀莊嚴論》等經典進行辯論；此外還與各活佛和噶讓格西們就《律經》和《俱舍論》中的數百條要義進行辯論，對提出的難度很大的疑問，都逐一解答。在一邊觀看答辯持中立態度的學者們無不心服口服，一些德高望眾、出類拔萃的格西們一致讚嘆說：“至尊全知佛主如此通曉五部大論，尤其精通於《現觀莊嚴論》、《中論》，在目前三大寺的活佛和格西當中也是屈指可數的。”