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當他住進布達拉宮以後，噶廈和攝政就給他指定了兩位佛學知識極為淵博的經師指導他的學習。按照西藏佛教的觀點，他雖然是活佛，但具有人的體形，所以必須象凡人一樣學習。
他從藏文的30 個字母學起，然後才是閱讀、抄寫、背誦經書和學習書法。除此以外，他的課程還有打坐參禪、呈獻祭品，他必須經常在文殊菩薩像前完成這一課程，因為以後他還要學習密宗經典和其中的一些瑜伽精要。藏文史料上記載，他在兩位經師的指導下，第一次打坐參禪時，還只是一個小孩，據說這次打坐的時間是85 天，在此期間，他隱居靜室，除了他的經師外，任何人都不准見他。
十三世達賴喇嘛的課程表中還有算術，教師是他的基巧堪布。他還時常同這位算術老師一起閱讀《西藏王臣史》。此外，他的學習計劃中還有最重要的一課，那就是要儘可能地灌輸給他一些有關政、教事務方面的知識，因為數年以後他就要掌管前世留給他的宗教和世俗方面的權力，據藏文史料記載，在達賴喇嘛的身邊有專職的經師負責這方面的培養和訓練。
象達賴喇嘛這樣的至尊活佛，從他們的童年時就表現出了與眾不同的慧根和靈氣，再加之隨時都有名師教授指導，所以他所獲得的知識是非常寬泛的，掌握的程度與一般的孩重也迥然不同。
當他具備了一定的閱讀和理解能力後，他的學習開始集中在佛學範圍內，沒過幾年，他那幼小的心靈中就已銘刻了西藏佛教五花八門的神秘學問。他除了要學習種種密宗著作深奧玄秘的教義外，許多早已公之於世的西藏佛教著作也是他必不可少的課程，據記載他還學完了108 卷《甘珠爾》和225卷《丹珠爾》大藏經。
在西藏和其他藏區，檢驗一個喇嘛或者活佛學習成績的好壞，往往不採用人所共知的考試辦法，而是通過辯經來反映。一般情況下，十三世達賴喇嘛的身邊經常有8 名著名的格西（佛學博士）同他一道進行辯經訓練，當他13 歲左右的時候，他先後去過哲蚌寺、甘丹寺和色拉寺，同一些頗有名望的高僧進行了辯經，結果人們發現他們的領袖年紀雖輕，但知道的學問和能說會道的口才都是一流的。
辯經，用最通俗的話說就是辯論，但內容只是圍繞藏傳佛教經典來進行。辯經是藏傳佛教寺院最為普遍的一種學習方式，不論在拉薩的三大寺，還是在後藏的札什倫布寺以及甘、青藏區的拉卜楞寺和塔爾寺，每年都有各種各樣的辯經大法會。
甘肅的拉卜楞寺建於清初，距今僅有200 多年的歷史，但由於寺主歷代嘉木樣活佛的努力，該寺後來終於成為藏傳佛教六大寺院中的一個，它擁有六個學院，而其中的聞思學院就有13 個年級2000 多名學經僧人。每年的冬季和夏季，聞思學院都要舉行盛大的辯經大會。辯論者以年級為單位，高年級與低年級相互問答，辯經內容是低年級的課程，地點在該寺夏季辯經院，時間是每天12 點開始，下午5 點結束。
一般上午10 點左右，低年級的喇嘛們首先來到辯經院，解下外氅和袈裟，開始拍手吼叫，這時高年級的僧人也隨著他們的掌聲和吼叫聲，陸續進入辯經院。當各年級僧徒大致到齊後，主持辯經儀軌的領經喇嘛翁則和維持秩序的喇嘛格貴也先後到場，此時，不同年級的信徒紛紛站起，拍手吼叫，聲大如雷。
辯經大會開始前半小時，寺主嘉木樣活佛入場，各年級信眾起立脫帽致敬。這時會場一下變得莊嚴肅穆，聽到的只是和諧幽雅的笙蕭管笛聲。
辯經開始後，高年級和低年級各出一名優秀者一問一答。一般來說，他們提的問題在一個月以前已準備好，因此，每個問題又長又難，如果看的經書不多，自然莫名其妙難以回答。至於辯論的方式，相當於形式邏輯中的歸納和演繹。問答雙方誰好誰壞，不懂藏語的人是分不清楚的，而懂藏語卻不懂經典的人，也會不知所云，當然只要注意他們的動作和表情，也可知道一二。如果是問者占了上峰，答的人就不能馬上回答，而問方的拉拉隊就會做出各種表情或發出感嘆聲，如“咦”（長呼），每長呼一聲拍一次掌，一連三次；“哦”（短呼），每呼一聲拍掌三次；連呼“差”、“差”；手轉念珠，口呼“嘉唐巴”，表示答方錯誤之多已達100 等等。如果問的一方問題簡單，不值一辯，答方的拉拉隊也會有種種反應，而答辯者也會立起反駁，並卸去袈裟，將念珠套在頸上，雙手平伸，右手豎起大姆指表示自己獲勝，左手豎起小姆指表示對方敗，這些動作，對辯經者是很難堪的。由此可知，十三世達賴喇嘛在13 歲時就敢在西藏最高學府三大寺參加辯經大會，沒有平時的勤學苦練為基礎是難以做到的。
十三世達賴喇嘛的前面四位達賴喇嘛都是在短期內先後夭折的，因此人們希望把十三世達賴喇嘛培養成一位象五世達賴喇嘛似的偉大人物，而十三世達賴喇嘛在以後確實多少相同於五世達賴喇嘛。
當十三世達賴喇嘛11 歲的時候，他開始學習因明學。1890 年，十三世達賴喇嘛已滿15 歲，這時他的佛學知識已經大有長進，就在這一年的1 月15 日，他在松覺熱講經場給僧俗百姓講授了《釋迦牟尼傳》。此時，他的佛學知識已經使他可以與7 位侍讀經師共同研究教理。
他從藏文的30 個字母學起，然後才是閱讀、抄寫、背誦經書和學習書法。除此以外，他的課程還有打坐參禪、呈獻祭品，他必須經常在文殊菩薩像前完成這一課程，因為以後他還要學習密宗經典和其中的一些瑜伽精要。藏文史料上記載，他在兩位經師的指導下，第一次打坐參禪時，還只是一個小孩，據說這次打坐的時間是85 天，在此期間，他隱居靜室，除了他的經師外，任何人都不准見他。
十三世達賴喇嘛的課程表中還有算術，教師是他的基巧堪布。他還時常同這位算術老師一起閱讀《西藏王臣史》。此外，他的學習計劃中還有最重要的一課，那就是要儘可能地灌輸給他一些有關政、教事務方面的知識，因為數年以後他就要掌管前世留給他的宗教和世俗方面的權力，據藏文史料記載，在達賴喇嘛的身邊有專職的經師負責這方面的培養和訓練。
象達賴喇嘛這樣的至尊活佛，從他們的童年時就表現出了與眾不同的慧根和靈氣，再加之隨時都有名師教授指導，所以他所獲得的知識是非常寬泛的，掌握的程度與一般的孩重也迥然不同。
當他具備了一定的閱讀和理解能力後，他的學習開始集中在佛學範圍內，沒過幾年，他那幼小的心靈中就已銘刻了西藏佛教五花八門的神秘學問。他除了要學習種種密宗著作深奧玄秘的教義外，許多早已公之於世的西藏佛教著作也是他必不可少的課程，據記載他還學完了108 卷《甘珠爾》和225卷《丹珠爾》大藏經。
在西藏和其他藏區，檢驗一個喇嘛或者活佛學習成績的好壞，往往不採用人所共知的考試辦法，而是通過辯經來反映。一般情況下，十三世達賴喇嘛的身邊經常有8 名著名的格西（佛學博士）同他一道進行辯經訓練，當他13 歲左右的時候，他先後去過哲蚌寺、甘丹寺和色拉寺，同一些頗有名望的高僧進行了辯經，結果人們發現他們的領袖年紀雖輕，但知道的學問和能說會道的口才都是一流的。
辯經，用最通俗的話說就是辯論，但內容只是圍繞藏傳佛教經典來進行。辯經是藏傳佛教寺院最為普遍的一種學習方式，不論在拉薩的三大寺，還是在後藏的札什倫布寺以及甘、青藏區的拉卜楞寺和塔爾寺，每年都有各種各樣的辯經大法會。
甘肅的拉卜楞寺建於清初，距今僅有200 多年的歷史，但由於寺主歷代嘉木樣活佛的努力，該寺後來終於成為藏傳佛教六大寺院中的一個，它擁有六個學院，而其中的聞思學院就有13 個年級2000 多名學經僧人。每年的冬季和夏季，聞思學院都要舉行盛大的辯經大會。辯論者以年級為單位，高年級與低年級相互問答，辯經內容是低年級的課程，地點在該寺夏季辯經院，時間是每天12 點開始，下午5 點結束。
一般上午10 點左右，低年級的喇嘛們首先來到辯經院，解下外氅和袈裟，開始拍手吼叫，這時高年級的僧人也隨著他們的掌聲和吼叫聲，陸續進入辯經院。當各年級僧徒大致到齊後，主持辯經儀軌的領經喇嘛翁則和維持秩序的喇嘛格貴也先後到場，此時，不同年級的信徒紛紛站起，拍手吼叫，聲大如雷。
辯經大會開始前半小時，寺主嘉木樣活佛入場，各年級信眾起立脫帽致敬。這時會場一下變得莊嚴肅穆，聽到的只是和諧幽雅的笙蕭管笛聲。
辯經開始後，高年級和低年級各出一名優秀者一問一答。一般來說，他們提的問題在一個月以前已準備好，因此，每個問題又長又難，如果看的經書不多，自然莫名其妙難以回答。至於辯論的方式，相當於形式邏輯中的歸納和演繹。問答雙方誰好誰壞，不懂藏語的人是分不清楚的，而懂藏語卻不懂經典的人，也會不知所云，當然只要注意他們的動作和表情，也可知道一二。如果是問者占了上峰，答的人就不能馬上回答，而問方的拉拉隊就會做出各種表情或發出感嘆聲，如“咦”（長呼），每長呼一聲拍一次掌，一連三次；“哦”（短呼），每呼一聲拍掌三次；連呼“差”、“差”；手轉念珠，口呼“嘉唐巴”，表示答方錯誤之多已達100 等等。如果問的一方問題簡單，不值一辯，答方的拉拉隊也會有種種反應，而答辯者也會立起反駁，並卸去袈裟，將念珠套在頸上，雙手平伸，右手豎起大姆指表示自己獲勝，左手豎起小姆指表示對方敗，這些動作，對辯經者是很難堪的。由此可知，十三世達賴喇嘛在13 歲時就敢在西藏最高學府三大寺參加辯經大會，沒有平時的勤學苦練為基礎是難以做到的。
十三世達賴喇嘛的前面四位達賴喇嘛都是在短期內先後夭折的，因此人們希望把十三世達賴喇嘛培養成一位象五世達賴喇嘛似的偉大人物，而十三世達賴喇嘛在以後確實多少相同於五世達賴喇嘛。
當十三世達賴喇嘛11 歲的時候，他開始學習因明學。1890 年，十三世達賴喇嘛已滿15 歲，這時他的佛學知識已經大有長進，就在這一年的1 月15 日，他在松覺熱講經場給僧俗百姓講授了《釋迦牟尼傳》。此時，他的佛學知識已經使他可以與7 位侍讀經師共同研究教理。