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進入21世紀，世俗陣營與伊斯蘭主義陣營之間的力量對比發生了明顯的變化。不同於1997年2月的所謂溫柔干預，土耳其軍方並未對正義與發展黨的所謂伊斯蘭主義舉措作出強烈反應，而是保持沉默的態度。2007年8月，軍方儘管拒絕出席阿卜杜拉·居爾的總統就職儀式，隨後又拒絕出席10月舉行的新一屆大國民議會召開的儀式，表達對於伊斯蘭主義陣營的不滿，卻已經無力改變選舉結果。2008年1月，正義與發展黨與民族行動黨領導人就解除女性披戴傳統頭巾的禁令達成一致意見，總參謀長雅薩爾·布於卡尼特僅在媒體代表軍方表示反對，並未採取進一步的過激行動。相比之下，司法機構以及主要反對黨共和人民黨逐漸取代軍方，成為進入21世紀以來捍衛世俗主義原則的最後據點。
2008年3月，總檢察長阿卜杜勒·拉赫曼·亞爾辛卡亞啟動取締正義與發展黨的司法程序，向憲法法院提交長達162頁的文件，指控正義與發展黨延續繁榮黨的伊斯蘭主義傾向，反對世俗主義原則，包括強化伊斯蘭主義宗教教育、任命伊斯蘭主義者擔任重要政府職務、以健康為由禁止售賣酒精飲料、解除女性披戴傳統頭巾的禁令，涉嫌違憲活動，要求取締正義與發展黨，禁止包括總統阿卜杜拉·居爾和總理雷賽普·埃爾多安在內的正義與發展黨71名成員在未來5年內從事政治活動。阿卜杜勒·拉赫曼·亞爾辛卡亞聲稱，正義與發展黨是業已遭到取締的繁榮黨的翻版，土耳其共和國面臨來自政治伊斯蘭的威脅已經達到了前所未有的程度。針對總檢察長阿卜杜勒·拉赫曼·亞爾辛卡亞的指控，雷賽普·埃爾多安引用《古蘭經》的啟示作出回應，聲稱拒絕接受宗教信仰的人無異於牲畜，而阿卜杜勒·拉赫曼·亞爾辛卡亞對於正義與發展黨的指控違背了民眾的意願。美國和歐盟方面也認為，正義與發展黨是民選政府，司法機構應當尊重選民的意志和民眾的選擇，而試圖取締正義與發展黨的起訴無疑背離民主的原則。據2008年6月的民意調查，53.3%的受訪者反對取締正義與發展黨，34.3%的受訪者支持取締正義與發展黨，30.3%的受訪者宣布，如果重新舉行大選，會將選票投給正義與發展黨，12.7%的受訪者表示將選票投給共和人民黨，11.7%的受訪者宣布將選票投給民族行動黨。總檢察長阿卜杜勒·拉赫曼·亞爾辛卡亞的起訴得到憲法法院11名法官中6名法官的支持，卻未達到憲法規定3/5多數即憲法法院11名法官中7名法官的多數票。2008年7月，憲法法院駁回關於正義與發展黨違憲和取締正義與發展黨的上訴，只是向正義與發展黨發出司法警告和作出予以經濟處罰的司法裁定。憲法法院隨後發表聲明，認定正義與發展黨具有伊斯蘭主義政黨的政治傾向，與世俗主義原則不符，同時強調正義與發展黨並未訴諸政治暴力，而是致力於提升土耳其的政治民主化程度。正義與發展黨沒有因為被指控違背世俗主義原則而如同以往伊斯蘭主義政黨一樣遭到取締。對於憲法法院的上述裁決，軍方再次持沉默的態度，並未作出進一步反對的強硬姿態，表明世俗政治與宗教政治的天平業已發生改變。2002年和2007年兩次大選中民眾的支持，給予了正義與發展黨以合法的地位。
庫德人是土耳其最大的少數民族，人數約1 500萬人，分布在東南部山區和西部諸多沿海城市。凱末爾主義強調土耳其共和國民族構成的單一性以及土耳其民族之語言和文化的同一性，否認庫德人延續其語言文化的合法性，長期以來引發庫德人的強烈不滿。始建於1978年的庫爾德工人黨（Kurdistan Workers‘ Party）是最具影響力的庫德人政黨，致力於訴諸暴力手段維護庫德人的民族權益，庫德族的鄉村貧困人口和游離於社會邊緣的城市青年是庫爾德工人黨的主要支持者。1980年9月，在敘利亞政府的支持下，庫爾德工人黨領導人阿卜杜拉·奧賈蘭（Abdullah Öcalan）在大馬士革附近的貝卡谷地建立訓練營。1984年的庫德人新年之日，成為庫爾德工人黨游擊隊發動武裝襲擊的起點。土耳其政府軍屢次進剿，始終沒有取得明顯的戰果。20世紀80年代末開始，庫爾德工人黨逐漸弱化其在安納托利亞東南部鄉村的暴力傾向。20世紀90年代前期，繁榮黨呼籲承認庫德人語言文化的合法地位，給予庫德人自治的政治地位。然而，繁榮黨自1996年執政後，並未兌現承諾，再度強調庫德人與恐怖主義的聯繫，進而繼續保持對於庫德人的高壓態勢。
庫爾德民族主義並非渾然一體，而是表現為極端與溫和的不同傾向。庫爾德民族主義的極端派別致力於暴力活動和創建獨立的庫德人國家，庫爾德民族主義的溫和派別則強調在多黨制議會選舉的框架內維護庫德人的語言和文化傳統以及區域自治的政治權利。土耳其官方的高壓態勢無疑助長了庫爾德民族主義的極端傾向，而寬鬆和民主的政治環境則有助於庫爾德民族主義的溫和傾向。另一方面，凱末爾主義的世俗民族主義排斥了庫德人的政治參與，而伊斯蘭主義在淡化民族差異的基礎上則有助於實現庫德人融入土耳其社會。伊斯蘭教強調宗教的紐帶而淡化世俗的民族界限，是為伊斯蘭主義政黨與世俗政黨的區別。
1999年阿卜杜拉·奧賈蘭被土耳其政府拘捕後，庫爾德工人黨宣布單方面停火。2002年正義與發展黨執政後，放棄對庫德人的高壓政策，逐漸改善政府與庫德人之間的關係。自從2003年伊拉克戰爭以來，庫爾德工人黨宣布終止停火決定，庫爾德工人黨武裝的恐怖襲擊呈上升的勢頭，活躍在伊拉克北部地區的庫爾德工人黨武裝人員頻繁向土耳其滲透，策劃和發動恐怖襲擊活動。然而，儘管軍方強烈要求出兵圍剿，正義與發展黨內閣拒絕採取武力鎮壓的手段。2006年1月，廣播電視管理委員會宣布，允許私立電台和電視台每天播放不超過45分鐘的庫爾德語節目。2008年6月，廣播電視管理委員會宣布，允許國有電台和電視台播放非土耳其語的節目。2009年元旦，庫爾德語電視頻道開播，每天播放24小時，雷賽普·埃爾多安在首播中向庫德人表達了良好的祝願。