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長期以來，軍方不僅是國家安全的保衛者，而且在土耳其的政治舞台上扮演著重要的角色。一方面，在理論和法理上，1923年憲法規定了軍人與政治分離的法律原則，軍人當選議員者必須辭去軍職；其後的相關法律規定，軍人不得具有政黨身份，不得加入政治組織，不得參與集會示威。另一方面，相關法律規定，軍人的職責是根據憲法賦予的權力保衛土耳其領土和保衛土耳其共和國，進而延伸為軍人是凱末爾主義作為共和國基石的捍衛者。文官政府與軍方的博弈，構成土耳其民主化進程的鮮明特徵。1960年、1971年和1980年的3次軍事政變，以及1997年向文官政府施加壓力進而迫使埃爾巴坎辭去總理職務，顯示出軍方干預的政治傾向。
土耳其軍方發動的政變緣起於不同的政治環境，針對不同的政治危機。1960年軍方政變的背景是，執政黨民主黨與反對黨共和人民黨矛盾激化，執政黨日趨獨裁，進而喪失民主政治的合法性。然而，1960年軍方政變後頒布的憲法即1961年憲法，試圖在尚不成熟的條件下構建過度寬鬆自由的政治環境，超越了土耳其民主化政治進程的歷史階段，引發民主化的負面影響，極端政治勢力膨脹，政治暴力蔓延，民選政府無力掌控，政局失控，經濟形勢由於社會動盪而趨於惡化，民主政治的收縮和政治秩序的重建成為實現社會穩定的條件。1971年和1980年的兩次軍方政變，無疑構成重建政治秩序和實現社會穩定的重要歷史環節。1980年軍方政變後頒布的憲法即1982年憲法，旨在壓縮民眾參與的政治空間，進而強化社會秩序的穩定和避免經濟形勢的惡化。
在中東現代化進程中產生政治影響的新軍人抑或所謂的青年軍官組織，是新興階層特別是中產階級的代言人，試圖從傳統地主貴族手中奪取權力，進而改造傳統經濟社會秩序。第二次世界大戰後諸多中東國家均經歷了軍人政治的發展階段，普遍表現為威權統治的國家模式，而土耳其1960年、1971年和1980年3次軍事政變以及由此形成的所謂軍人政治則獨具特色，可謂推動民主化進程的良性元素和積極因素。軍人政治並非表現為新興階層與傳統貴族的對立，而是表現為新興階層內部的博弈和角逐，軍人儼然是凌駕於社會之上、駕馭社會和遏制矛盾的政治力量。另一方面，土耳其軍方似乎無意建立威權政治，只是在文官政府陷於政治危機的關頭充當國家秩序的捍衛者。因此，土耳其的軍人政治並未成為民主化進程的逆向因素，儼然是民主化進程的保駕護航者。
土耳其軍方的特權地位，與伊朗伊斯蘭共和國的憲法監護委員會頗有異曲同工之處，均與民選政府處於平行的狀態，進而形成國家政治體制的二元色彩。不同之處在於，伊朗的憲法監護委員會象徵宗教政治，民選政府具有相對世俗的政治色彩，而土耳其的軍方持世俗主義的意識形態，民選政府具有宗教色彩。
世紀之交世俗政治與宗教政治的消長，標誌著土耳其共和國的政治文化從凱末爾主義的單一形態逐漸轉化為伊斯蘭主義色彩的多元形態，土耳其人的公民屬性隨之從土耳其民族的單一屬性逐漸演變為土耳其族和庫德族的二元民族屬性。另一方面，在所謂的伊斯蘭主義與凱末爾主義之間的意識形態之爭的背後，是文官政府與軍方之間的政治博弈，而捍衛凱末爾主義的世俗原則和維護社會穩定，提供了軍方干預政治和維護自身特權地位的合法性來源。軍方以凱末爾主義的捍衛者自居，持保守的政治立場。伴隨著世俗政治與宗教政治的消長，軍方的政治影響力逐漸削弱，多黨制基礎上的民選文官政府逐漸主導政治舞台。與此同時，軍人政治與文官政治的二元傾向逐漸淡出，世俗政治與宗教政治之間的界限逐漸淡化，民主政治進入新的階段。
1997年軍方的所謂溫柔干預以及憲法法院於1998年取締繁榮黨和2001年取締賢德黨，未能遏制土耳其政壇的伊斯蘭主義浪潮。作為凱末爾主義和世俗國家代言人的軍方，指責伊斯蘭主義是威脅土耳其安全的頭號敵人。然而，正義與發展黨在2002年大選中的勝出，與軍方的指責形成鮮明的對比，也折射出軍方意志與民眾意志的悖論傾向。另一方面，世俗反對派和軍方的指責，印證了正義與發展黨的伊斯蘭主義屬性。正義與發展黨在2002年大選中的勝出，可謂對凱末爾主義之世俗主義政治原則的最大挑戰。軍方在土耳其政壇扮演著凱末爾主義和世俗政治捍衛者的角色，是具有濃厚伊斯蘭主義色彩的正義與發展黨的首要政治對手。宗教政治與世俗政治的博弈，體現為正義與發展黨內閣與軍方之間的權力角逐。削弱軍方的政治影響力，則是正義與發展黨內閣所致力的主要目標之一。
正義與發展黨與軍方之間的關係，2002年年底至2006年年底，處於有限衝突的狀態。在此期間任職的總參謀長希勒米·奧茨柯克作為軍方的核心人物，對正義與發展黨政府持相對溫和的立場，與雷賽普·埃爾多安保持良好的私人關係，被雷賽普·埃爾多安稱作“我的老師”，軍方上層也表現溫和。2002年11月4日，在正義與發展黨在大選中勝出的第二天，希勒米·奧茨柯克發表聲明，表示軍方接受人民的選擇和大選的結果，尊重人民的意願和新政府的權威。儘管如此，以奧茨柯克為首的軍方在一些關鍵的政策上多次與政府發生分歧。2002年年底，政府著手解決賽普勒斯問題，接受聯合國秘書長科菲·安南提出的在賽普勒斯實行希臘族和土耳其族分治的聯邦共和制，撤走駐軍3萬人，遭到軍方的強烈反對。2003年1月，陸軍司令奧伊塔克·雅爾曼視察所謂的北賽普勒斯土耳其共和國，宣布聯合國的賽普勒斯方案是不可接受的。2003年8月，國家安全會議秘書長圖恩切爾·基里尼克持強硬立場，批評正義與發展黨政府的自由化改革。2004年8月，陸軍司令奧伊塔克·雅爾曼和憲兵司令賽尼爾·埃魯古爾因蔑視總參謀長的溫和立場而被解除職務。2005年8月駐守伊斯坦堡的第一軍團司令胡爾希特·托倫被解除職務。