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2006年8月，希勒米·奧茨柯克退休，陸軍司令雅薩爾·布於卡尼特出任總參謀長，軍方再度關注伊斯蘭主義組織的政治活動。雅薩爾·布於卡尼特在通過電視向全國直播的總參謀長就職儀式上宣布，強調伊斯蘭主義組織對於世俗國家體制的威脅，保衛共和國的基本原則是軍方的神聖職責，其與正義與發展黨的關係出現緊張的跡象。同年9月，雅薩爾·布於卡尼特在出席軍事學院開學儀式上通過直播電視警告正義與發展黨政府，軍方不允許世俗主義原則受到侵犯，伊斯蘭主義正在威脅共和國的世俗體制，告誡軍人恪守捍衛世俗主義原則作為憲法賦予的職責。前總參謀長海珊·基弗里克古魯（1998—2002年任職）就此預言，正義與發展黨與軍方之間維持4年的平靜狀態終於結束了。
2007年2月，政府建議與伊拉克北部的庫爾德自治政府談判，遭到以雅薩爾·布於卡尼特為首的軍方反對，理由是庫爾德工人黨民兵將伊拉克北部作為基地從事恐怖活動，得到庫爾德自治政府的默許，計劃擱置。隨後，軍方試圖越境打擊伊拉克北部的庫爾德工人黨武裝，遭到政府反對。
四、2007年大選
2007年是土耳其共和國的大選之年，包括總統選舉和議會選舉。正義與發展黨代表的伊斯蘭主義陣營與世俗主義陣營，圍繞總統選舉和議會選舉展開博弈。
2002年議會選舉之後，主要反對黨共和人民黨作為世俗主義政黨無力抗衡占據大國民議會多數席位的正義與發展黨，軍方、憲法法院和總統成為抵抗伊斯蘭主義的三大支柱。長期以來，總統扮演凱末爾主義捍衛者的角色，有權批准和否決內閣總理提名的高官人選，有權任免憲法法院法官和高等教育會議成員以及大學校長和高級法官，是武裝部隊最高統帥，主持國家安全會議，頒布緊急狀態令。2007年，總統賽澤爾任期屆滿。賽澤爾出生於1941年，曾任憲法法院院長，2000年5月繼德米雷爾後出任總統。雷賽普·埃爾多安以內閣政府總理和正義與發展黨主席的身份，提名外交部長阿卜杜拉·居爾作為新的總統人選。
阿卜杜拉·居爾是正義與發展黨和21世紀土耳其政壇僅次於雷賽普·埃爾多安的第二號人物，是賢德黨內部伊斯蘭主義運動陣營資深領導人埃爾巴坎的第一個反叛者，是正義與發展黨的首任內閣總理，在土耳其政壇可謂舉足輕重。阿卜杜拉·居爾（Abdullah Gül）1950年出生於開塞利，畢業於伊斯坦堡大學，獲得博士學位，曾經留學英國，回國後就職於土耳其的薩卡里亞大學，1983—1991年任職於沙烏地阿拉伯的伊斯蘭發展銀行，1991年成為議員，擔任繁榮黨國際事務委員會副主席，1995年進入埃爾巴坎領導的繁榮黨內閣，任國務部長和新聞發言人，1999年當選賢德黨議員，呼籲放棄對於世俗主義內涵的狹隘界定，主張重新解讀凱末爾確立的世俗主義，解除女性披戴頭巾的禁令，強化與中東伊斯蘭國家的聯繫，2002年大選後一度出任正義與發展黨內閣總理，2003年埃爾多安復出政壇後辭去總理職務，轉任外交部長。
繼任總統的人選成為正義與發展黨與所謂世俗陣營關注的焦點，雷賽普·埃爾多安提名阿卜杜拉·居爾繼任總統，遭到包括軍方、司法界、知識界和諸多反對黨在內的世俗陣營的反對，引發土耳其政壇的劇烈震盪。在反對派看來，伊斯蘭主義的正義與發展黨已經占據大國民議會的多數席位，總統職位是捍衛世俗主義原則的最後堡壘。共和人民黨領導人丹尼茲·巴伊卡爾宣稱，如果總統職位落入正義與發展黨的手中，將意味著世俗共和國失去抵禦伊斯蘭主義的最後堡壘，反對正義與發展黨提名的總統候選人阿卜杜拉·居爾。
根據憲法，總統選舉的條件是超過2/3的議員即367名議員出席，總統候選人必須在前兩輪投票時贏得全體議員中2/3即367議員的支持，如果舉行第三輪投票，則只需要大國民議會267票的簡單多數。2007年4月，控制大國民議會363個席位的正義與發展黨動議舉行總統選舉，雷賽普·埃爾多安提名外交部長阿卜杜拉·居爾作為總統候選人。隨後，“阿塔蒂爾克思想協會”在安卡拉、伊斯坦堡、伊茲密爾、麥妮薩、卡納卡勒和薩姆森等城市舉行百萬人集會，可謂土耳其共和國歷史上的首次大規模街頭政治，發起者包括退役軍官和世俗反對派，要求捍衛共和國的世俗體制，反對具有伊斯蘭主義背景的居爾繼任總統。民眾集會的口號是：“土耳其現在是世俗國家，將來也是世俗國家”、“我們都是土耳其人”、“不要沙里亞，也不要軍人政變”。
2007年4月27日，大國民議會舉行總統選舉的第一輪投票表決。由於共和人民黨的抵制，出席投票的議員沒有達到法定的2/3多數，而阿卜杜拉·居爾作為正義與發展黨提名的總統候選人未能獲得2/3的法定票數支持。
4月27日當晚，總參謀部網站發表聲明，重申捍衛凱末爾主義和共和國世俗體制的決心：“圍繞總統選舉進程所產生的問題，集中表現為對於世俗主義的不同看法。土耳其武裝力量決心履行法律賦予的使命，保衛土耳其共和國不可動搖的現行體制。近來，某些政治勢力竭盡所能地試圖改變土耳其共和國的基本價值觀，特別是試圖顛覆世俗主義的原則。他們要求重新界定共和國的基本價值觀，淡化象徵國家統一的民族節日，代之以其他的節日慶典。他們公開挑戰國家體制，不惜利用廣大國民的神聖宗教情感，試圖利用宗教的偽裝，達到其不可告人的目的……偉大的領導人穆斯塔法·凱末爾·阿塔蒂爾克曾經說過：‘將自己稱作土耳其人，是多麼幸福的人。’反對這樣的原則的人，是土耳其共和國永遠的敵人。土耳其武裝力量堅決履行法律賦予的使命，捍衛土耳其共和國不可動搖的現行體制。土耳其武裝力量的態度和立場是堅決的和不可懷疑的。”總參謀部網站發表的上述聲明，也稱“電子備忘錄”，被視作軍方發出威脅的信號。然而，面對正義與發展黨的驕人政績，反對派以堅持凱末爾主義和捍衛世俗國家體制的名義譴責正義與發展黨奉行伊斯蘭主義的言論變得蒼白無力。所謂的“電子備忘錄”並未產生1997年2月軍方干預的政治效果，正義與發展黨內閣對軍方的威脅作出了強硬的反應，表示軍方的威脅違背民主制的政治原則，是民選政府所無法接受的。司法部長凱米爾·西切克表示，根據憲法，總參謀部隸屬內閣總理，無權批評政府。