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位於朱棣身後的高熾三人此刻也是膽戰心驚。朱棣此舉同樣大大出乎他們意料。幾個兒子實在不明白父王到底在想什麼。但此時他們也不敢多說，只管自顧自地按制行禮。
待禮行畢，內贊官戰戰兢兢地走了出來。他也被朱棣的不敬之舉嚇了一大跳，無奈此時建文並未發話，他可沒燕王的勇氣，敢亂了規矩，便只得小心翼翼地將朱棣從殿東門引至御座之前，方如蒙大赦般退下。
此時又到了跪拜的時候，禮樂聲響。若在平時，此刻燕王應帶諸子跪下致朝拜之詞，行一拜之禮。但只見高熾三兄弟倒是跪了，立於最前的朱棣仍是不拜，口中也不念什麼“欽詣皇帝陛下朝拜”的套話，依舊只一長揖，隨後便自顧自站了起來。
方才朱棣在外不拜，殿內官員因都面北而立，雖聽得外頭有些騷動，因不能違禮回頭，因此尚不知情；此刻朱棣於大殿之內仍是如此，百官都看得是一清二楚。這殿內官員都是四品以上，其中不乏王公貴戚。他們不像殿外小官那樣恪於禮制，任何時候都不敢違反。眾人見此情景，個個震驚不已，一時間打眼色的、交頭接耳的紛紛出來，大殿之上頓起“嗡嗡”之聲。
瞧見燕王於殿外不拜，建文便大吃一驚，簡直懷疑自己看錯，一時之間竟沒有反應。此時朱棣於御座之前仍是不跪不賀，大違禮制，且一副傲然之態，這簡直是赤裸裸的挑釁！建文已是氣得滿面通紅，竟一時說不出話來。
“陛下，燕王登殿不拜，目無君上，臣請陛下問燕王大不敬之罪！”殿下站出一官，持笏板大聲奏道。
“爾是何人？”建文尚未發話，朱棣卻扭過頭來冷冷問道。
“監察御史曾鳳韶！”曾鳳韶正聲答道，“殿下登殿不拜，無人臣禮，臣身為今日侍班御史，職在糾劾，豈容殿下此般舉止！”
“一個小小七品御史，也配在本王面前撒野！”朱棣冷哼一聲道，“今日本王有家事與陛下說，用不著爾這等下官在此聒噪！”
曾鳳韶毫不畏縮，一身正氣道：“此處乃奉天殿！洪武二十六年定製：諸王來朝，於殿上主君臣禮，於宮中主家人禮。殿下身為朝廷臣子，於此處應行跪拜之禮，奏君臣之事；若要說家事，待到偏殿處行完家禮，王爺自說便是，豈能在此逾越！”
見曾鳳韶如此，朱棣一陣惱火。不過他不想與其再做口舌之爭。朱棣此番冒險進京，又於今日行此大不敬之舉，實是另有深意，目標所指正是建文本人。此時再與這個御史爭論下去實是無益之舉。念及於此，朱棣不再理會曾鳳韶，轉身對建文道：“非是臣不敬陛下，臣之所以不拜，實是心中不平！”見建文一言不發，朱棣接著道，“臣此番進京，便是要問陛下：是否要將我皇室長輩斬盡殺絕方才安心！”
朱棣一問，四座皆驚！眾人這時方才明白，這位燕王此次入朝，根本就是存了挑事之心，竟當面向建文發難！
齊泰見朱棣如此囂張，早已是怒不可遏，此時又見朱棣連出驚人之語，竟敢當面指責皇上有意屠戮親族，不禁又驚又氣。他本是性格急躁之人，此時再也隱忍不住，當即出班大聲道：“王爺怎可如此？你身為臣子，不拜君王，已為不敬！而今又無端指責皇上，更是以下犯上！皇上仁愛孝悌，何時生過殺戮之心？殿下言此大逆之語，可知該當何罪？”
朱棣見是齊泰，心中頓生熊熊怒火，恨不得一劍把他刺個透心涼，當即咬牙笑道：“該當何罪？這話該是本王問爾！爾身為九卿大員，本應輔佐皇上，多行仁義。奈何爾這小人竟心懷叵測，整日蠱惑聖上，實是韓侘胄、賈似道之流，也配立於我大明朝堂之上？”說完，朱棣又面向建文，激動地說道，“陛下，五弟何罪？七弟何罪？十三弟又有何罪？此三王均乃太祖親子，陛下親叔！陛下素來仁愛，怎能受奸佞蠱惑，陷諸叔於囚牢之中？”
“王爺此言好沒道理！”黃子澄見朱棣一口一個奸佞、小人，心中也是十分惱火，“周王、代王心懷不軌，齊王暴虐，均是罪證確鑿！三王之罪，朝廷早已布告天下，皇上乃天下之主，豈能徇私廢公？”
黃子澄與齊泰二人乃削藩主謀。朱棣心知若不將他二人問倒，不但此番冒進是徒勞無功，就連自己也會被扣上不敬之罪名。略為一想，朱棣冷笑道：“朱有爋十歲小童，便知父王謀逆？爾等奸佞，僅憑一面之詞便構陷親藩，也敢說是罪證確鑿？齊王進京，本為祭奠先帝，此乃兒臣盡孝之舉，爾等怎能以此為契，蠱惑聖上扣拿親叔？代王謀反，更是無稽之談，爾等可在代府抄得一件物證？今日爾說三王有罪，便把罪證拿出來給本王看看！”
黃子澄一時語塞。這諸王之罪，本就只是個削藩的由頭，若要往實了究，還真不好說出口。
齊、黃二人與朱棣爭論之際，方孝孺一直冷眼旁觀。此時見子澄被問住，他覺得有必要挺身而出，否則局面將陷被動。想了一想，孝孺沉聲道：“王爺此話差矣！國有國法，三王過錯，自有朝廷命付有司，按律處置。王爺身為藩王，自當謹守藩臣之禮；藩國以外之事，實非王爺所該過問！”
“爾是何人？”朱棣面帶疑惑問道。方孝孺在洪武年間一直為京外小吏，朱棣倒沒見過他。