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五月，先破兗州黃巾賊卜已、梁仲寧、張伯眾四萬於蒼亭，又破其眾二萬於東武陽，計獲首自張伯以下萬餘級，降萬餘，赴河死者自卜已、梁仲寧以下，凡七千眾人。東郡乃平。
太祖既入東郡，搜賊者，得錢鉅億，其以家富，盡分軍糧於民，散財帛於軍。上下遂稱其德。中常侍趙忠聞之，自以後從父名，遣家人往東郡求財貨。太祖曰：「無一文錢與宦者。」
太祖既平東郡賊，旋赴長社。城中左中郎將朱儁、右中郎將皇甫嵩引軍四萬，賊波才眾十萬，圍之。太祖知不可攻，乃與儁、嵩約用火，遂覆十萬賊眾。
七月，臨下曲陽，賊以寶為首，據滹沱河，與太祖相峙。太祖發三路，自領一路渡滹沱，以張頜戟兵兩百為前驅，先登過河。敵熾，不得進，乃令義從呼喝：「五官中郎將向前五十步！」俄而，再喝：「五官中郎將向前百步！」漢軍聞之奮氣，一前在前。三喝：「五官中郎將已向前兩百步！」賊之陣轟然崩，遂破下曲陽，獲寶首。
九月，臨廣宗。同月，張角死，南陽漸平。遂與嵩合，進廣宗，張梁惶而走。太祖發騎兵與漳水，克梁，獲其以下首三萬級。黃巾遂平。
十月，太祖以功至衛將軍、薊侯、領河內太守。時河內屢遭匪患，聞太祖至，盜賊逃匿，士民鼓舞，沿途見白馬轍簞瓢迎之。
中平初，太祖為河內守，春社日，令郡中名士辯經於縣北射犬，以敬時節。其儉不著僕役，乃使司馬朗為從，長公主年幼，遂親抱於懷步行於道。既至，購陶器於射犬市中，復於辯經處席地坐，置長公主於膝。於時，太史奏曰：「真龍北行也。」
後漢中平二年，二月，中常侍張讓、趙忠說靈帝斂天下田，畮十錢，以修宮室，帝許之，乃加賦。詔至河內，太祖曰：「十月方免，二月即加，此亂命也，使天下亂復生也！」
同年冬，逢師故太尉劉寬薨，太祖以遺言辭河內守理喪，入洛。及面帝，盡言算賦事。不聽。出，謂左右曰：「今日方知，上甚聰明，盡知天下虛實，但貪鄙無度，明知而不為，實無救藥矣。」復曰：「天下洶洶而無能為也，今日知何謂憂心如醉！」太祖既棄職而走，遂遺衛將軍印綬於洛。靈帝從議，遣使追而與之。凡三次，乃受。太祖之心，自此興矣。
於回遼西之路，太祖居廣陽，稍傾，冀州刺史王芬以許攸為使，言廢立之事，太祖怒而斥之。及攸走，太祖夜臨星河而嘆，左右或知其意，俱勸：「天子昏亂，遂令君侯不容於朝。今天下已叛，而兵不足自守，幽州鄉里被君恩德，願必從之。當安居廣陽，率厲義徒，見有道而行之，以濟天下。」太祖大嘆：「天子固昏，然關西之亂，傅南容何辜？王芬之悖，冀州百官何苦？兼兩地黔首，固多牽累，我何忍害之，夫大丈夫生於世，當有所為。」左右遂止。
將歸，路見流民紛落，甚不忍，遂止行，引眾安於昌平道口，親耕棗栗於燕山以哺民，兼阻絕胡路。凡數年，往來投者百萬計。或曰：「燕武之德，自此始也。」
太祖屯於昌平，自挖溝渠於西，復使王修執刑於南，常林分糧於北。陶謙為幽州刺史，駐廣陽薊縣，聞太祖屯於近處，乃素衣斗笠行驢車出薊，其自南往北，初見修，再見林。及營中呂范聞之，大禮往迎，言太祖在西，固請。謙不語，自轉車往南，歸薊縣。左右疑而問之，謙乃嘆曰：「王叔治寬嚴有度，常伯槐一絲不苟，呂子衡彬彬有禮，此三者，皆人傑也，何須復見其主，廣陽事，當歸公孫為之。」
中平年，涼州復叛，賊勢大，進長安，太祖同門傅燮戰死。
中平六年，冬，大將軍何進以信與太祖，言失兵權，或礙誅宦事，太祖聞之，自引私兵輕騎至河內，洛中北軍、西園多太祖舊部，紛紛來謁。洛中宦官聞之，俱驚，乃語於靈帝，以詔付司隸校尉張溫，使其拘太祖入洛。及至，太祖懸劍於轅門，以示本心，張溫見而嘆之，竟羞慚而走。
靈帝又詔太祖往涼州，以行其叛。太祖以天下任，遂受命行。詔書拜董卓前將軍，復起皇甫嵩為左將軍，各率二萬人拒之，又以太祖持節督二將，各交本部騎兵兼五千眾為太祖驅。即以呂布為前驅，破當面韓遂、馬騰，繼大破之，獲王國、李相如、黃衍以下首萬餘，俘三萬，遂、騰僅以身免。涼州遂平。
太祖既覆涼州叛軍於渭水，拜冀州牧，授節杖，督幽冀武事。
中平末，遼西烏桓反，舉兵數萬破柳城，隔斷幽州，兼奉漁陽豪族張舉為天子，中樞以為堪憂，乃拜太祖持節督塞內諸郡。
三月，破管子城，斬張舉。四月，太祖與烏桓戰，渡大凌河，眾七千餘，忽有段部鮮卑遣使來報，以告烏桓單于丘力居引兵兩萬伏於小凌河東，星夜來攻。時眾篝火啜熱湯於野，咸失色驚立，湯流滿地，唯太祖不動容，徐徐啜引，復舉碗曰：「此碗可扣賊！」眾迺安。乃夜雨發軍，烏桓不備，大敗之，得復柳城，斬賊酋丘力居、塌頓。
會靈帝崩，太子即位，何太后臨朝。大將軍何進與袁紹謀誅宦官，何太后不聽。進乃召邊軍三路，募兵五路，又欲以太祖為後援，鎮壓局面，以脅何太后。書至遼西，太祖見而笑之曰：「閹豎之官，古今宜有，但世主不當假之權寵，使至於此。既治其罪，當誅元惡，一獄吏足矣，何必紛紛召外將乎？欲盡誅之，事必宣露，恐吾未至而見其敗也。」