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鄭軍北伐失敗，陸軍損失近半，僅將領就戰死數十人。回到廈門，鄭成功認真總結北伐失利的經驗教訓，正待重整旗鼓，清軍已尾隨追擊而至。為保存實力，鄭成功一面調兵遣將，整編操練將士，一面徵集糧餉，修造船隻，製造武器彈藥等，嚴陣以待。
在鄭軍北伐時，施琅趁廈門兵力空虛之機，多次主動出擊，與留守廈門的黃廷交戰，屢獲戰功。據《明清史料》福建巡撫劉漢祚上奏的《福建巡撫劉漢祚揭帖》所述，順治十五年（1658年）六月，被施琅多次襲擊而損兵折將的黃廷，抑制不住心中的惱怒，率二千餘名鄭軍士兵，乘戰船從小崎登陸。黃廷將大隊人馬埋伏於小崎，然後分兵一支直接進入同安，行誘敵之計。施琅識破了黃廷的計策，於是將計就計，先派兵百餘名前去騷擾，纏住黃廷的主力部隊，自己則率部以迅雷不及掩耳之勢，殲滅了小股鄭軍，之後立即前去增援攻打小崎的部隊，對鄭軍形成前後夾擊之勢。施琅因父亡弟殞而積攢了數年的怨氣，在對鄭軍的拼殺中迸發出來，他殺入陣中，猛不可當。黃廷不覺心膽俱寒，不敢與之交鋒，急忙下令退兵。施琅率軍乘勝追殺，直抵海岸。鄭軍見形勢急迫，爭相上船逃命，慌亂中兩船翻覆，船上鄭軍士兵盡皆淹死。這一戰施琅大獲全勝，斬殺無數，並繳獲許多武器裝備。
施琅在鄭軍中曾與兩個人不睦，一個是陳斌，另一個就是黃廷。順治八年，施琅與黃廷曾為部下兵丁的爭吵而發生矛盾，並因此加深了鄭成功對施琅的不滿，後黃廷又奉鄭成功之命，率兵包圍施宅並將其逮捕。現今陳斌已死，施琅與黃廷分別駐守清、鄭雙方鬥爭的相鄰陣地同安和廈門，並且均為主將，正所謂冤家路窄。黃廷憤施琅以前擒殺自己的部下官兵，不顧廈門因鄭成功北伐而兵力空虛，竟親自率兵上岸襲擊同安，卻又一次損兵折將，敗於施琅之手。施琅憑其勇猛善戰，屢敗黃廷，既盡了同安副將之責，也泄了心中之恨。
施琅還利用鄭軍北上內部治軍鬆懈之機，大事進行招撫活動，以瓦解鄭軍的力量，收效明顯。據劉興祚上奏的《福建巡撫劉漢祚揭帖》稱，順治十五年（1658年）六月二十一日，據同安副將施琅報：偽正兵鎮左營都督僉事郭祿、游擊陳昌、黃賢、偽援剿後鎮副中軍參將吳升、偽五軍效用守備許壯、偽木武鎮中軍游擊林勝，前來投誠。七月初二，又據施琅報稱：招到偽副將王仕璋自中左攜家眷，並都司王旭、家丁曾唐等共七名前來投誠，繳到偽懷遠將軍印一顆、偽總兵關防一顆、偽牌一張等情。……七月二十五日，又據施琅報：偽後提督下領班都司王興國、偽援剿左鎮右營下總班守備呂春，前來投誠。
鄭成功北征失敗，實力大損，被迫退回廈門。清政府決定乘勝追擊，企圖在鄭軍喘息未定之機，攻取廈門，一舉消滅多年來的心頭大患。順治十六年（1659年）十月，福建總督李率泰親臨沿海各地察看形勢，施琅、黃梧陪同巡視同安、潯美等各進攻廈門的前沿陣地。順治十七年（1660年）三月，清寧南將軍達素率兵至泉州，調集各路人馬，催促船隻，配備兵員，準備攻廈戰役。
此時，西南抗清武裝大勢已去，鄭軍在進攻南京時又遭受慘敗，整個抗清形勢轉入了低潮。鄭成功不愧為傑出的軍事家和政治家，在危急時刻，顯示出不同凡響的軍事和政治才能，為迎接清軍對廈門的進攻做好了一切準備。
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*第五部分
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清軍與鄭軍在廈門海域展開激戰，不習海戰的八旗軍以慘敗告終。清政府除繼續“遷界禁海”對鄭軍進行經濟封鎖外，還實行招撫恩養的新的策略，以分化瓦解鄭軍。同時，清政府認識到必須加強水師建設，這給熟悉風潮水汛的施琅提供了再次晉升的機會。順治十八年（1661年）的三月初一，鄭成功率領眾將士在金門“祭江”，表達誓死收復台灣的決心。鄭成功的這次遠征，將使他的名字在史冊上永放光輝。
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揚帆啟航鄭氏收復台灣(1)
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由於南京一役清軍大敗鄭軍，便心生驕傲，並沒有清醒地認識到鄭成功所損失的僅是陸軍，而水師卻毫髮未傷，因而低估了鄭軍的力量，在戰前單純準備武力進攻，完全忽略了對鄭軍的招撫工作。鄭成功攻南京嚴重受挫，將士傷亡慘重，這勢必使鄭軍內部對堅持抗清產生消極影響，倘清廷能抓住這一有利時機，在大兵壓境的形勢下，對鄭軍展開政治攻勢，進行招撫，完全可能使鄭軍內部分化瓦解，更有利於武力進攻。然而，清軍盲目樂觀，認為此役即可重創鄭軍，海疆可就此安靜，因而不僅在戰術上不予重視，而且還放棄了對鄭軍實行剿撫並用的策略。清軍在戰略上的失誤，客觀上不但造成了鄭軍內部的穩定團結，而且還把鄭軍官兵逼向了破釜沉舟的絕境，反而令他們作戰更加神勇。
順治十七年（1660年）五月初八，清軍布置進攻廈門：由福建總督李率泰、海澄公黃梧督率百艘大型兵船出海澄港到廈門；由安南將軍達素、同安副將施琅統率小型兵船，從同安港橫渡高崎到廈門。是日，官兵皆下船待發，約定初十進兵。
原本李率泰曾約廣東碣石總兵蘇利、饒平總兵吳六奇、南洋水師副將許龍率部赴閩，共同圍攻廈門。吳六奇接信後，即會同兩位將領整頓戰船，統一旗幟顏色，準備出征。然而，廣東的平南王尚可喜卻以鄭成功尚有戰船在廣東海面游弋為由，仍令三人駐守廣東，後雖經吳六奇等人力爭而得以入閩作戰，但已延誤了戰機。當他們到達福建海面之時，廈門之戰已結束兩日了。吳六奇、蘇利、許龍所轄之三鎮清軍，長期駐紮於沿海地區，是清軍中僅有的較為熟悉海戰之部隊，而且已與鄭軍有過多次交鋒，積累了與鄭軍作戰的經驗，他們未能參戰，在相當程度上削弱了清軍的進攻力量，為清軍慘敗的原因之一。