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總之施琅未能洞悉鄭成功的心理。他以為勸阻鄭成功放棄南下計劃是正確的，錯不在己，無罪而受罰，是為不公，因而心存怨氣，全然沒有考慮到後果的嚴重性。從後來施琅重奪廈門的事情來看，儘管被削奪了兵權，但他依然有表現自己能力的渴望。然而，心存猜忌的鄭成功此時已不為所動了，決意不復其職。這對於渴望建功立業、光宗耀祖的施琅的打擊，無疑是致命的。如此這般施、鄭關係勢必惡化。決裂的種子已然埋下了。
罷免施琅的兵權後，鄭成功即刻率兵南下。順治八年（1651年）三月初十，鄭軍舟師進至大星所（今廣東平海海口），一夥夫上岸砍柴，被清兵和當地百姓趕走，鄭成功大怒，傳令紮營，進攻大星所城。部將萬禮奉命阻擊惠州來援的清軍，在龍盤嶺伏擊得勝，全殲惠州來援之敵。十五日，鄭軍攻克大星所，繳獲了城中囤積的米谷。就在鄭軍取得小勝之際，卻傳來了一個令人震驚的消息：廈門失守！
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嫌隙漸生施氏全家被囚(5)
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清朝福建巡撫張學聖、巡道黃澍、福建右路總兵馬得功早就對鄭氏家族壟斷海外貿易積累下的巨額財富垂涎三尺，獲悉鄭成功主力南下，廈門守兵力單，決定攻取廈門。順治八年（1651年）閏二月二十七日，清福建巡撫張學聖和提督馬得功調集同安縣十八堡、劉五店等各處之軍隊，然後找到隨鄭芝龍降清後一直被清軍派駐於安平的鄭芝豹，向他借調了八艘戰船，又從其他地方搜集小船數十條。一切準備妥當之後，馬得功領清軍乘坐戰船渡海，悄然偷襲廈門。鄭軍守將前沖鎮阮引、後沖鎮何德事先毫無防備，在清軍臨近之時方才發現，匆忙率兵迎敵，卻因兵力不足而一觸即潰，無奈之下率舟師撤至金門。負責廈門軍務的鄭芝莞聞知清軍來攻，嚇得驚惶失措，不敢迎戰，急忙自卷珍寶棄城下船，逃往海上。臨逃之際，為不讓清軍查知其去向，竟下令城內居民不准轉移，連鄭成功的妻子董氏也一併被瞞。三月初一，清軍攻入廈門城內。董氏懷抱木主及祖宗牌位，乘小舟逃至鄭芝莞船上。清軍把鄭氏家族的金銀財寶和百姓的財物掠奪一空，並焚毀店舍，城中百姓及出征將士之家眷紛紛四散逃難。初四，馬得功行牌於各鄉安民，意欲長期據守。
廈門丟失的消息讓鄭軍極為震驚。《先王實錄》中記載，眾將士獲知廈門失守，軍中人心惶惶，有人甚至失聲痛哭，一致主張立即回師廈門，但鄭成功卻堅不回兵，一心繼續南下勤王計劃。他對部下將領說：“奉旨勤王，今中左既破，顧之何益？且咫尺天顏，豈可半途而廢？國難未報，遑顧家為？”然而，此時全軍上下已是人心思鄉，部下將領盡皆前來勸歸，認為三軍各懷家屬，若不迅速回軍廈門，恐怕軍心不穩。無奈之下，鄭成功向南叩拜，說道：“臣冒涉波濤，冀近天顏，以佐恢復，不意中左失守，將士思歸，脫巾難禁。非臣不忠，勢使然也。”言罷揮淚痛哭，眾將士聞言哀慟不已。鄭成功召集諸將商議：“班回殺虜，須足糧食，先就近處取糧滿載，俟風開駕，何如？”諸將再無異議，均表贊同。
鄭成功為他的剛愎自用付出了慘重的代價。事已至此，只得下令回師廈門了。三月二十五日，鄭成功率舟師從大星所一帶返航。然而，四月初一，當鄭成功回到廈門時，廈門已經失而復得，清軍馬得功部已逃回大陸。更出乎鄭成功意料的是，重新為鄭軍奪回廈門的人，正是被他削官免職的施琅。
廈門被攻占四天之後，鄭鴻逵率領部分人馬反攻廈門。馬得功率軍迎戰，一箭射死鄭鴻逵的部將吳渤，各將領見狀，盡皆不敢與之交戰。此時，被罷職遣回的施琅驚聞廈門失守，遂率領部下親兵陳塤、鄭文星等六十人從廈門港上岸，正遇馬得功所部，於是與近千人的清軍展開了廝殺。馬得功被施琅殺得敗回城內，堅不應戰。施琅與鄭鴻逵圍攻廈門城，馬得功勢窮，向巡撫張學聖求援，張學聖派漳州參將馮君瑞領兵六百前往援救，遭到鄭軍阻擊，無法進城。馬得功困於廈門城內無法脫身，又估計鄭成功主力回師後必遭滅頂之災，於是想到了鄭鴻逵之兄鄭芝龍受困於京城，家眷又居於安平，都掌握在清政府的手中，遂派人就近去安平向鄭芝龍的母親求情，請她寫信給鄭鴻逵，放清軍返回大陸。鄭鴻逵接信後，礙於母命，索性人情送到底，除了歸還繳獲清軍的八艘戰船外，另派三十艘兵船將馬得功及其部將送回大陸。
關於施琅主動奮勇收復廈門的事跡，許多史料中都做了詳細記載。《先王實錄》對此有言：“時左先鋒施琅率陳塤、鄭文星等數十人與虜戰，殺敗之，進至城下。”阮旻錫在《海上見聞錄》中敘述說：“施琅率陳塤、鄭文星百餘人登廈門港與戰，敗之，得功幾為所及”。《襄壯施公傳》中寫道：“祖僅有親丁六十餘人，敵殺馬得功之弟，馬得功遽逸。”在清軍占領廈門島、形勢極為嚴峻的時刻，施琅主動率領六十名親兵攻打馬得功之近千清兵，真可謂以一當十，神勇無比，並取得了勝利，最終奪回了廈門。施琅之英勇善戰，於此可見一斑。更為難能可貴的是，施琅雖無守城之責，並未對廈門的失守置之不理，反而主動帶兵出戰，為收復鄭軍的這一根本重地立下了大功，忠勇之外，也表現出了強烈的責任感，以及對鄭軍的認同和歸屬感。