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在此期間，鄭成功在廣東和福建沿海一帶堅持與清兵作戰，起初跟隨他的僅三百餘人，糧餉和器械都很缺乏。順治四年（1647年），鄭成功自稱“招討大將軍”，在南澳招募軍隊，籌措糧餉，修船練兵，之後將所招募的數千人帶至鼓浪嶼進行訓練，又派黃愷到安平鎮繼續籌餉。鄭成功廣召文武人才，沿海農民、漁民、水手以及不願隨鄭芝龍降清的將士悉數投於其麾下。原浙江巡撫盧若騰、進士葉翼雲、舉人陳鼎等相繼而來，鄭成功對他們禮敬有加，每遇重大事情均徵求其意見，逐漸形成了一個共同決策、聯絡各地抗清勢力和治理地方的文官幕僚班子。同時，鄭成功憑藉其在隆武政權的地位以及鄭芝龍的關係，不斷擴大軍事實力。不過一年時間，鄭成功組建了一支兵卒十萬餘、戰船五百艘的聲勢浩大的軍隊。順治五年（1648年）三月，鄭成功攻同安，戰於店頭山，清守將棄城逃遁。五月攻泉州，圍攻了七十天，直至九月清總督陳錦率師來救，方才撤退。鄭成功退兵後，得知永曆帝即位，不禁以手撫額歡呼道：“明室有主！”當即遣人赴肇慶，奉表朝見永曆帝。十月，永曆帝遣使封鄭成功為威遠侯，鄭成功從此奉永曆為正朔。
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反正重歸輔佐鄭氏創業(2)
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1648年（順治五年、永曆二年）正月二十七日，清朝的江西提督金聲桓、王得仁擒殺巡按董學成、布政使遲變龍、湖東道成大業等，宣布反清復明，在整個東南隅引起強烈震動，而此時鄭成功也攻下了福建同安。東南地區四處戰火不斷，清政府窮於應付。
李成棟攻占廣東後，自以為功勳卓著，兩廣總督一職非己莫屬，豈料清廷在人事任用方面總是優先選用所謂遼人。同李成棟一道從福建進入廣東的漢軍總兵佟養甲儘管沒有多少軍隊，也沒有多大戰功，卻因其遼人身份而被任命為兩廣總督兼廣東巡撫，李成棟僅被任命為兩廣提督，不僅無權過問地方政務，而且在軍事行動上還要受佟養甲的調度和節制。原先的同僚地位變成了上下級關係，李成棟內心的不滿逐漸積蓄。到1648年正月，當江西提督金聲桓、副將王得仁反清歸明的消息傳來時，李成棟認為時機成熟，決定反正易幟。四月十五日，他在廣州發動兵變，剪辮改裝，用永曆年號發布告示，宣布反清歸明。總督佟養甲倉皇失措，被迫剪辮，違心地附和反正。李成棟搜出佟養甲所藏總督印章，在廣東全境發布文告，並派兵駐守各個關口，尊奉永曆帝為正統，一時間完全控制了廣東全境。
此時，施琅正率兵在廣東北部的南雄，李成棟因為貪圖個人利益而起兵反清的行徑為他所不齒，因而對其起兵之事不予支持，率部離開了李成棟所控制的南雄，撤往粵東的潮州地區。由於李成棟的勢力範圍很廣，控制又嚴，而從南雄至潮州千里之遙，沿途的艱難困苦可想而知。“余歷險間關馳歸”，這段艱難的行程共歷時九個月，直到翌年（1649年）一月，施琅才抵達潮州。然而，更大的危險在等待著他。
其時駐守潮州的是李成棟手下的健將郝尚久，由於起兵誅殺了原清朝派駐的潮州總兵，攻占潮州後，被李成棟委任為總兵。施琅“自南雄抵潮郡。適潮將郝尚久者，粵師轄也。陽犒師牛酒，而包藏禍心，召諸部陰為圖公。公偵知其事，急拔眾走饒平，據守月余。”施琅在饒平堅守待援。然而，被困月余，郝尚久的部隊越圍越多，攻勢也越來越兇猛，急切盼望的援兵卻不見蹤影。無奈之下，施琅“踞守閱月突圍出，且戰且行，連日夜間關險阻。”可以想見這場追逐戰的慘烈。經過殊死拼搏，在付出了慘重代價後，施琅率領僅餘的幾十人突出重圍，暫時擺脫了郝尚久的追擊。
此時，一些舊部下前來投奔。此前施琅從閩入粵時，曾在潮陽招降過鄭芝龍的舊部，這些人由於不願到廣東北部，因而未隨施琅前往，大多散落在附近的村落。此時這些人“聞公至，皆迎拜擁護以行”，施琅“遂集勁卒，得八百人，至黃崗暫憩焉。”
施琅率部撤到黃崗，處境依然危險，但接下來究竟何去何從，施琅心裡茫然。廣東被李成棟所控制，郝尚久的追兵仍然虎視眈眈，隨時可能形成圍剿之勢，而清軍見死不救，這支八百多人的小隊伍時刻處於覆滅的危險境地。混沌亂世，路在何方？
正當施琅深陷焦困之際，一位白衣客突然造訪，此人便是改變了施琅一生，又與之恩怨相伴一生的鄭成功。
鄭成功原本駐兵於鼓浪嶼等小島，因素知施琅兄弟能征善戰，智勇雙全，遂一直希望藉助其才能，進一步壯大自己的實力。當他聞聽施琅受困於黃崗，特意率兵趕往迎接。走投無路的施琅能得到鄭成功的如此禮遇，內心自然十分感激，因而傾心順從。就這樣，順治六年（1649年）的二月，施琅跟隨鄭成功走上了反清復明的道路。
施琅不願加入李成棟的反清武裝，卻捨近求遠加入了鄭成功的抗清鬥爭，是基於他的認識和情感的。施琅與李成棟相處時日總計不過一年有餘，難以對其產生信任感。況且，施琅胸懷大志，就李成棟的才能而言，也不是可以託付之人。此外，如果施琅在粵北參加李成棟的反清行動，勢必連累其在晉江的親人，而粵北又距晉江甚遠，倘若家中有難，則鞭長莫及。事實證明，施琅脫離李成棟是明智的選擇。到了第二年（1649年）的二月，清軍收復了廣東各地，李成棟兵敗身死。而加入鄭成功的抗清隊伍，則有著多方面的原因：