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首先也是最重要的理由是，當時施琅身陷黃崗，面臨著被郝尚久消滅的危險。而清軍並未施以援手，八百將士處於進無去路、退有追兵的艱難境地。在這危急關頭，為了自身及投奔自己的舊部的生命安全，追隨鄭成功是施琅最為明智的也是惟一的選擇。
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反正重歸輔佐鄭氏創業(3)
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其次，施琅對鄭成功較為了解，確信鄭成功是非凡之人，跟隨鄭成功不僅能得到重用，還可以成就一番大業，比較符合施琅長期以來渴望建功立業的心理追求。鄭成功在施琅遭受挫折、處境困難之際，遠至黃崗迎請他入海，在時機的選擇上顯得十分高明，這也易於打動施琅。可以說，此時的施琅對鄭成功是充分信任的，而且自始自終都佩服鄭成功的才能。施琅從十七歲起就加入鄭芝龍的軍隊，後來成為其手下的著名將領，直到鄭芝龍降清，前後達九年。而鄭成功從日本回國，此後一直生活在鄭芝龍身邊，加之施琅比鄭成功年長三歲，彼此當有所了解。鄭成功謂“素悉公（施琅）英名”，說明鄭成功對施琅的才能頗為賞識，而施琅對鄭成功的敬佩可以從後來他和李光地之間一段關於“奇士”的談話中得知。據《榕村語錄》中記載，一天，李光地與施琅閒聊，曾談及有關當世奇士的話題。李光地問：“施尊侯其生平所見人物有奇士否？”施琅答曰：“滿州開國老將或有能者，不及見矣，今日殊少，漢人亦少也。黃石齋先生自是忠烈，自幼鐵骨，肢體俱殘，百折不回，卒就義……只是無用人，做不成甚麼事。”李光地執意相問，施琅良久答道：如果一定要我說出今世奇人的話，當首推鄭成功，他秉性剛毅果斷，廣有謀略，其次，比我略微遜色一點的應算是劉國軒。足見其對鄭成功的才能評價之高。
另外還有一個因素也不可忽略，那就是施琅具有很強的孝悌觀念，他必須為親人家眷的安危著想。鄭軍的主要活動地區在閩南和粵東，距晉江不遠，而且當時活動的中心安平與南潯鄉僅咫尺之遙，施琅投奔鄭成功一方面便於與親人相聚，另一方面解除了後顧之憂。事實正是如此，施琅加入鄭軍後不久，施顯也因家鄉正經受著戰亂，便護送家人來到鄭軍中與施琅團聚。這樣，施琅、施顯一道效力於鄭軍中，共同征戰，開始了幼年時嚮往的“著勛名於千古”的征戰歷程。
最後一點是，當時的施琅並無強烈的忠君愛國的思想，對建功立業的渴望之強烈使他並不在乎建功立業的地點與方式。隨鄭芝龍降清本非他的政治追求，事實上他當時也沒有明確的政治追求。那麼脫離清軍也就不存在心理障礙了。
無論基於何種原因，總之施琅率其八百壯士，追隨鄭成功走上了反清的道路。在以後的征戰中，施琅所統率的這批勁卒，成為鄭成功部隊的重要力量。
1647年下半年，鄭成功還只是定國公鄭鴻逵的助手，由於加強了自身力量的積聚，到1648年，已形成一支清軍不可小視的軍事力量。
鄭成功部將主要來自四個方面：一是跟隨他起兵的洪旭等少數將領；二是福建沿海應募而來的有志之士，如海澄人甘輝、漳浦人藍登等；三是跟隨鄭芝龍降清後撥歸的佟養甲、李成棟部下，即1648年李成棟反正後由粵返閩的將領，如施琅、洪習山、黃廷等；四是清廷派駐東南沿海的少數仍懷故國之思的將領自發來歸。鄭成功對於這些不同出身的將領，大體上都能做到一視同仁，惟才是舉。在軍事組織方面，鄭成功做了精心的改編，主要為了防止出現將領擁兵自重、飛揚跋扈的局面，這是他總結了弘光、隆武政權姑息養奸的教訓而採取的措施。鄭成功治軍嚴厲，絕不允許部下對自己的命令有絲毫的違抗，否則將嚴懲不貸。正是由於建立了極為嚴格的軍事組織和紀律，鄭成功才成為了一名真正的統帥，而不是徒有虛名的盟主。但同時這種嚴酷治軍的指導思想，也使鄭成功顯得寡恩薄情，即御下極嚴，吝於獎賞，苛於責罰，用法嚴峻，稍拂其意，動輒殺戮，是後來造成鄭軍將領紛紛叛離的原因之一，尤其後來在處理施琅一事上，更是鄭成功的重大失策和過錯。
施琅歸入鄭軍後，成為鄭成功部下最為知兵善戰的年輕驍將。鄭成功對他格外器重和信任，不僅授以左先鋒鎮之職，而且將其視為得力助手，凡軍機大事都與之商議、謀劃，施琅也一心一意為鄭成功效勞，鄭軍的樓艦、旗幟、伍陣等各種戰術和布陣之法，均由施琅傳授。李光地在《榕村語錄》中曾經說：“鄭國姓（成功）用施琅如手足。”左先鋒是鄭軍中很重要的鎮將，相當於總兵；其弟施顯也為鄭成功所重用，先封為左先鋒鎮副將，後又晉升為援剿左鎮。鄭成功對施琅兄弟“深相結納”，兄弟二人也盡心效力。
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反正重歸輔佐鄭氏創業(4)
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施琅加入鄭軍後僅一個多月，即順治六年（1649年）的三月，奉命攻打彰浦，清軍副將王起俸暗中向其示降，並在不久後投了鄭軍，因而鄭軍很快即奪取了彰浦。十月十八，鄭成功揮師攻打雲霄。陳錦在《為雲霄失守旋經恢復事揭帖》中描寫了雲霄在軍事上的重要性：“雲霄一城，處於閩廣交錯之地，乃士商往來之所。雖非縣城可比，然為漳郡咽喉，全閩門戶，且逼鄰海濱，誠要區也。”雲霄守備張國柱留旗鼓中軍姚國泰守城，自己率兵千餘於離城五里外列陣迎戰。左先鋒施琅等從左翼前進，未行數里便與清軍相遇，施琅隨即揮師直衝張國柱，兩人交鋒，戰約數合，右先鋒楊才領軍趕到，清軍陣勢大亂。施琅部下左先鋒鎮副將、其弟施顯躍馬提刀，沖向張國柱，一刀將其斬於馬下。清軍潰敗，鄭軍乘勝掩殺，直殺得屍橫遍野，鄭軍遂攻破雲霄城，活捉中軍姚國泰。這是施琅、施顯加入鄭軍後的第一次大戰，彰顯英勇與善戰，從而在鄭軍中初建威名。