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鄭芝龍降清時，鄭成功痛哭勸諫而無果，只得離去，在叔叔鄭鴻逵幫助下秘密前往廈門。鄭芝龍被脅迫北上後，清軍又迫降鄭成功。鄭成功不肯屈節污名，為明志，他在南安豐州的孔廟，焚燒了象徵書生身份的儒衣青巾，並言：“昔為儒子，今為孤臣，向背去留，各行其是，謹謝儒服，惟先師昭鑒之！”長揖而去。1646年（順治三年）十二月，鄭成功率領陳輝、張進、陳霸、洪旭等願從者九十餘人，分乘兩艘戰艦入海，樹起“殺父報國”義旗，招兵買馬。不久鄭鴻逵、鄭彩也各率所部追隨鄭成功入海抗清。
在明朝，儒家思想的教育尤以忠君為先。鄭成功自幼習儒，參加過鄉試，進過太學，可以說忠君思想在他的頭腦中根深蒂固，隆武帝對他的恩遇更使他感到“粉身難報”，產生了鞠躬盡瘁、死而後已的報國之心，即使那是萎靡不振的南明小朝廷。因而他不願與父同行，獨自走上了一條布滿荊棘的坎坷之路。
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投軍從戎追隨恩主附清(7)
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關於施琅跟隨鄭芝龍降清，從他的個性和史料來分析，可以說是命運使然，也可以說是時勢弄人。施琅雖然讀書不多，但主動降清的可能性不大。事實上，在隨鄭芝龍降清之前的那段時間，施琅一直在參加抗清鬥爭。鄭芝龍是順治三年十一月降清的，而順治二年的七月，施琅還隨黃道周赴江西抗清，直到順治三年五月，施琅仍率兵駐守閩境。不過短短數月間，施琅便隨鄭芝龍降清了。箇中緣由關乎施琅的品行操守，因而引發史家聚訟。
首先，施琅少時受業於私塾，接受儒家思想教育，從小即有忠孝情結，並影響其一生。可以說，成年後的施琅行為的出發點均是基於忠君思想和孝悌觀念。鄭芝龍乃鄭軍主帥，施琅作為鄭軍的一名總兵，隨鄭芝龍轉戰各地，在他心目中，聽命於鄭芝龍乃是其本分。
其次，施琅成長於明末清初動盪時代，政權更迭頻繁，先是明朝，之後是李自成的“大順”政權，明朝滅亡，清軍入關，最後是南明小政權。當時的中國局勢混亂不堪，社會思想意識形態也較為混亂。他所眼見的只是政權的更迭所導致的戰火紛飛，百姓深受其禍。對於年輕的施琅來說，明朝的專制殘暴及不斷的戰禍使他的家庭陷入貧困，在他的思想中既無明朝政權的至上，感情上也未體會到明朝政權的親切。至於北方的大清，施琅就更無感情可言，他的降清與清廷毫無關係。這個時期的施琅在思想意識中，“忠”即是效命於軍隊統帥鄭芝龍，因而此次降清實為一種無從選擇的追隨。
第三，當初施琅依其叔施福投於鄭芝龍旗下，很快為鄭賞識和提拔，施琅得以掌握兵權，有了獨立率軍作戰的機會，以及展示自己軍事才能的舞台，地位也得到提高。俗語云“滴水之恩，當湧泉相報。”何況施琅所受乃知遇之恩，這對素重知恩圖報的施琅來說，自是難以割捨。施琅跟隨鄭芝龍投降清軍，以及後來又追隨鄭成功反清（儘管有諸多原因），都與他對鄭氏的報恩之心有很大的關係。
縱觀施琅的成長經歷、性格以及思想意識的形成，可以肯定地說，當時的施琅並不具備明確的政治理念，心中談不上國家、民族的概念，也不存在如同前朝舊臣那樣的道義和情感負擔，更沒有也不可能有上升到民族概念的精神追求，朝廷之於他遙遠而神聖，不同的朝廷無論從概念上還是從感受上都是大同小異的。
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*第三部分
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施琅及八百將士身陷絕境，鄭成功救施琅於危難之中，由此改變了命運……施琅追隨鄭成功轉戰各地，接連取得軍事勝利，鄭軍力量逐漸強大。施琅獻計智取廈門，不僅使鄭軍有了穩固的後方基地，更為鄭氏集團堅持六十餘年的抗清鬥爭奠定了基礎。
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反正重歸輔佐鄭氏創業(1)
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施琅及八百將士身陷絕境，鄭成功救施琅於危難之中，由此改變了命運……施琅追隨鄭成功轉戰各地，接連取得軍事勝利，鄭軍力量逐漸強大。施琅獻計智取廈門，不僅使鄭軍有了穩固的後方基地，更為鄭氏集團堅持六十餘年的抗清鬥爭奠定了基礎。
鄭芝龍被裹脅前往北京之時，跟隨其一同降清的施福被“題受原爵”，並被授予總督十鎮官軍的大權，施琅則仍任總兵，表面上頗受重用，但這不過是清政府對歸降將士採取的羈縻手段，同時也是利用鄭芝龍舊部征剿東南抗清武裝的策略而已。
1647年十月，施琅囑咐施顯在家奉養父母，自己則奉命跟隨施福、鄭芝豹，率兵入粵，持鄭芝龍的牌扎，到白沙開展招撫活動。他們在甲子門擊潰了“海寇”蘇成，招降了明總兵林瑜等人。爾後，施琅又受施福、鄭芝豹的派遣，隨同廣東提督李成棟、監軍戚無弼等援剿順德的海寇，不多時日，施琅就協助李成棟肅清了廣東境內的土匪及一些反清武裝，控制了整個廣東。
此時中國南方的局勢十分混亂。隆武政權滅亡後兩個月，即順治三年（1646年）十月初十，朱由榔在廣東肇慶就任監國。他生性懦弱，遇事毫無主見，擔當中興大明重任實在是難為他了。朱由榔任監國七日之後，傳來贛州失守的消息，頓時驚惶失措，急忙逃往廣西梧州。這一舉動使永曆政權在廣東失去了人心，其直接惡果是上演了一出同室操戈的鬧劇。十一月初五，唐王朱聿*（左為釒,右為粵）搶在朱由榔之前，在廣州正式稱帝，改明年號為紹武元年。儘管這個政權在這年十二月即被清軍摧毀，其年號從來沒有使用過，但在南明史上仍習慣稱之為紹武政權。朱由榔等人聞知朱聿*（左為釒,右為粵）登基消息後甚為後悔，又於十一月十二日急忙東返肇慶，於十八日宣布即皇帝位，以明年為“永曆”元年。這樣，在廣東一省之內，同時建立起了兩個南明政權，各自擁有抗清武裝，並各有擁有追隨臣民。然而，兩個政權卻不顧大敵當前，彼此間為爭奪所謂的皇室正統，置國家大局於腦後，原本就不強的抗清力量遂為爭奪名號而相互攻訐，乃至兵戎相見：先戰於三水，官僚們仍然因襲了過去朝廷內的黨爭故態，一切都以個人和小集團的利益為中心，儘管有少數正派官僚以民族大義為重，希望共赴國難，挽救危局，但其呼聲也湮沒在紛爭的鴉噪之中。就在紹武政權同永曆政權自相殘殺之時，清軍在佟養甲、李成棟統率下由福建經潮州、惠州向廣州急速推進，一路摧枯拉朽，以迅雷不及掩耳之勢直撲廣州。十二月十五日，僅存月余、其“業績”就是打了一場爭奪帝位內戰的紹武政權猶如曇花一現、轉瞬覆亡。佟、李占領廣州以後，隨即揮師向肇慶進發。永曆皇帝又故伎重演，倉皇逃至梧州，復又逃至桂林。永曆政權自建立之初便處於顛沛流離之中，到1662年，永曆帝父子被吳三桂用弓弦絞死，南明最後一個政權結束。這一政權存活了十五、六年之久，反倒是南明小朝廷中氣數最長者。