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沒多久，以左諫議大夫肖則上書為契機，天子趙昚下旨為趙良嗣等數位當年的靖康事變前舊臣平反，並允許他們的後人回歸大宋。
在諸位中興大臣的支持下，天子趙昚開始調整作為朝廷核心的三省六部，精簡集中過多的部門和官員。
首先，將原來職權重疊、互相扯皮的門下省、中書省、尚書省三省合為一個中樞省，並以左、右僕射兼同中書門下平章事，為正職宰相；將原來的數個副相門下、中書侍郎等改為參知政事，為副職宰相；廢除尚書左、右丞的名號。以上五相成為了最高中樞機關，輔助皇帝執政。
下面的六部中只設尚書、侍郎為長官或副長官，負責主持各部事務。各部所屬司級機構，除戶部因事務繁多未多加減少外，其他五部大量裁減了各個機構，並明確了各自的職級和責任，對上對下的辦事效率也有了大大的提高。
建炎初，為了應對金人的侵略、加強對地方的控制力度，朝廷設御營司主掌兵權，由宰相和執政兼任御營使和御營副使，中樞與軍事最高機構合併，後又設諸路軍事都督和三衙等，以方便軍事上的臨陣指揮；地方上設置招討司、宣撫使司、鎮撫使司、制置使司等諸司，負責地方上的軍事。
建炎末年，太上皇趙構收回地方軍權之後，又恢復原樞密院管軍舊制，但三院兩府已經比以往有了大量的縮減。天子趙昚又按原來太子行在的機構，把原來有管理作戰事務的樞密院變成了參謀機構，行在的謀士團大部進入了樞密院任職，原負責調兵的太尉府被撤消。
這樣，雖然武將還不能直接領兵，但文官原來可以在朝堂上與天子商議的調兵職責在不動聲色之中被分薄，不能再直接控制軍隊的調動，軍權從此完全控制在皇帝手中。
原來被文官利用來控制軍隊的樞密院和太尉府，現在只能給皇帝提提意見，皇帝可以將軍權直接授予他選中的將領，戰事結束後再交回皇帝手中。
在此基礎上，為了保護現在得之不易的局面，天子趙昚登基後，對全國的軍事力量進行了調整：一，加強西部、西北部邊境上的防禦，防止金人、西夏和吐蕃諸部的入侵；二、建全從淮東直到長江的江淮防禦體系，以多層防禦的設置，阻止金軍從中部可能的進攻；三、以荊襄為基地，虎視河朔、河南，威脅大金以保證雙方共存的戰略。
第九節
新帝登基後連續出台的措施，讓百姓們看到了希望，開始盼著能過上平安、穩定的生活。雖然朝廷現在還只是局部的調整，卻已經侵犯了大宋最有實力的士大夫集團的利益，讓他們難以接受。
裁減冗官、減少吏員，都減輕了朝廷和百姓的負擔；而加強軍事、提高武將的地位，則又使得一直被文人輕視的武將漸漸的進入朝廷，並開始掌握部分實權。這些措施，都使得一班的文人進入朝廷為官的渠道變窄，也使得士大夫階層高高在上的地位受到了影響。
守舊一派文官們因為支持帝後改革的大臣，有不少都是士林中宗師一級的人物，在天下人心中地位極高，明顯壓過了他們，暫時無法反對天子趙昚的舉措，只能在外戚不得專權的傳統上做文章，逼迫岳帥交出軍權。
為了保護水靈和自己的家人，岳帥主動要求退役，放棄了軍權，不再領兵。世子岳雲也被迫離開指揮的位置，接手軍隊訓練之事，不再直接在軍中任職。
連岳帥的其他幾位小公子，也被迫從此放棄了從軍的打算，呆在家中幫助父兄整理有關戰爭記敘。只有岳帥次子岳雷，因為文武雙全之故，按朝廷規據以軍功轉任文官，擔任了地方上的文職官員。
甚至，為了不讓那些守舊的文臣再有向天子和皇后發難的機會，中興名將還在世的另兩位韓世忠和張義也放棄了手中的兵權，正式退出軍隊。天子趙昚下旨，封他們為郡王，享受朝廷禮遇。
好在，金宋兩國現在再無戰事，武將們也大都忙於邊境上的守衛和訓練，岳帥他們被迫離開軍隊，才沒有嚴重影響到宋軍的實力。
為了給大宋培養軍事人才，也是為了大宋朝野對軍人根深柢固的不信任，加強軍人對國家的認同和忠誠之心。
在重臣們的支持下，天子趙昚下令以《孫子兵法》、《武經總要》等兵書為基礎，改革武將升職的制度。從低級、中級再到高級將領，中間設了三個階段，從下一個階段升到上一階段，必須經過武功和兵書、戰策的綜合考試。以前因軍功升上來的軍官不算，從天子趙昚登基之年開始，所有武將必須通過全部測試，方能升職。
同時，天子還下令在臨安城東郊設武校，宗旨是“忠君愛國”，岳帥被任命為第一任學政，在這四個字上，的確也沒人能跟岳帥爭。
武校分成戰事、後勤、謀略等數個分院，其他已經回朝不再擔任實際軍職的高級將領，如韓世忠、張義等人都進入武校擔任分院的學政。
各級將領按朝廷的要求，都要把自己多年征戰的經驗寫下來，不能寫的由朝廷派去的書辦幫忙，連皇后虞水靈也抽時間完成了《臨安防守策略》一書。以上實際經驗通過原太子行在的參謀官員們整理，綜合成了一本教材《大宋武經》，與《孫子兵法》、《武經總要》等兵書一起成為了臨安武校的教學用書。