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陳炯明和一般軍閥不同的地方，在於他具有民主思想，反對軍治、黨制，提倡民治。孫中山的理想是成立一個正式的中央政府，領導全國革命，而陳炯明所傾心的，是聯省自治。“五四”運動後，一些文人學者認為，既然南北政府都無力統一全國，與其連年征戰，不如各省先行自治，把自己的事情辦好了，再實行聯省自治。如此便可以不通過武力而最終實現全國統一。因此，聯省自治的主張一經提出，不僅風靡南方各省，而且迅速波及北洋政府治下的北方省份。
然而孫中山成立正式政府和選舉總統的主意已定。1921年1月12日，非常國會在廣州復會。孫中山號召國民黨人，像推翻清政府、袁世凱那樣，再發動一次全國性的革命，來推翻北洋政府，他宣稱：“北京政府實在不是民國政府。我等要造成真正民國。”陳炯明則反對孫中山的意見，在他看來，一旦廣東成立正式政府，結局只有一個：南北之間將再次陷入戰爭之中。在一次談話中，他說，“因現下時機未熟，如廣東選出總統，北方必藉口來打，是自樹目標，使人攻擊”。陳炯明認為廣東基礎尚未鞏固，一有戰事，實在危險；屆時他期望的“地方自治”還是建設“模範省”，統統都變成鏡花水月。
但贊成孫中山意見、主張成立廣東政府的還是主流派。1921年4月召開的非常國會上，表決通過了中華民國政府組織大綱，在這個大綱中，只規定了大總統的產生和權限，卻沒有任期，也沒有規定政府的組織架構。一切政務、軍務、內閣任免，均由大總統“乾綱獨斷”。會議採用記名投票，“以示負責”。結果孫中山得218票，陳炯明得3票，廢票一張。孫中山當選為中華民國大總統。整個過程僅用了不到兩個小時。
以下情勢發展也正如陳炯明所料。1921年10月，國會非常會議通過了孫中山提出的北伐議案，在做北伐準備的巡視中孫中山到了南寧，多次召見陳炯明，商談北伐事宜，反覆向其說明北伐的重要意義，希望不要錯過時機。但陳炯明仍然主張先定省憲，以確立民治的基礎；再議國憲，循序漸進地推進統一。他說自己並不反對北伐，只是現在兵疲將憊，囊空如洗，根本不可能遠征北方。
10月12日，孫中山致電陳炯明催付北伐費400萬元，陳電復只允付200萬元，而且還要等到北伐軍出發後再交。孫中山得電後極為憤怒，想罷了陳炯明的職。胡漢民唯恐事情鬧大、造成分裂，因此竭力調停。孫中山後來又多次電召陳炯明回廣東，但陳一拖再拖，拒不回粵。
10月29日，孫中山在梧州設大本營，一面派汪精衛回廣州籌餉；一面躬親督師，溯江北上，向桂林前進。他憤然表明：“我已立誓不與競存（陳炯明字）共事。我不殺競存，競存必殺我。”看得出，兩人關係此時已幾近崩潰。
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炮轟總統府（1）
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1922年2月3日，孫中山以大元帥名義發布動員令，10萬餘大軍分路出師北伐。但由於連年戰亂，湖南方面宣布保境息民，公開拒絕北伐假道。入湘計劃於是告吹。3月26日，孫中山在桂林召開會議，決定班師回粵，改道江西北伐。
4月9日，孫中山決意變更計劃，令在桂各軍一律返粵，潛師而行，到了梧州，陳炯明才知道。16日，孫中山在梧州召開軍事會議，陳炯明仍避而不見。孫中山再一次憤怒，想將陳炯明的總司令、陸軍總長、內務總長、省長等職一概免去，但胡漢民以操之過急恐生變為由，極力勸阻；另一面，胡漢民又勸陳炯明去孫中山面前認錯，“照總理素來待人寬大的胸襟，定可以不咎既往的”。但等了三天，陳炯明還是沒有出現，孫、陳二人的矛盾再次激化。孫中山隨後解除了陳炯明粵軍總司令一職，令其所屬部隊直屬於大元帥。
4月23日下午，孫中山在越秀山總統府召開全體幕僚會議。大本營內有兩種意見，一是主張暫緩北伐，先清內患，解決“陳家軍”；二是立即轉道北伐，避免與陳炯明直接衝突，雙方仍留轉圜餘地。
孫中山贊成第二種意見，“競存叛跡未彰，在桂粵軍數年奮鬥，猶欲保存”，因此，他決定親自督師北伐，“兩廣仍交競存辦理，給以殊恩，當能感奮”。
孫中山急圖北伐，與北方形勢的發展，不無關係。4月下旬，第一次直奉大戰爆發。孫中山與奉、皖軍閥一直有秘密接洽，結成三角同盟。孫中山深感這是聯合奉、皖軍閥，夾擊直系的千載良機，必須立即出兵策應，他已無暇顧及解決陳炯明問題了。
但出乎意料的是，直奉開戰，僅及一周，奉軍便被吳佩孚擊敗，狼狽退回關外，南北夾擊直系的計劃，化為泡影。但南方的北伐，卻如弦上之箭，不得不發了。
1922年5月4日，孫中山以陸海軍大元帥名義下令從韶關北伐，李烈鈞為北伐軍總司令，許崇智為三路總指揮。北伐軍在前進途中秋毫無犯，紀律嚴明，聲勢大振，勢如破竹。
北洋總統徐世昌在巨大的壓力之下，宣布辭職。由於孫中山曾一再發表政治宣言，承諾只要徐世昌下台，他亦將同時下野。因此，輿論普遍認為，徐世昌下台後，停止內戰，和平統一，終現一線曙光。6月3日，蔡元培、胡適、高一涵等200多位各界名流，聯名致電孫中山和廣州非常國會，呼籲孫中山實踐與徐世昌同時下野的宣言，可見這個要求在當時是頗得人心的。但徐世昌下台後，皖系又藉機抬出黎元洪復任大總統，遭到孫中山的通電反對。
然而孫中山成立正式政府和選舉總統的主意已定。1921年1月12日，非常國會在廣州復會。孫中山號召國民黨人，像推翻清政府、袁世凱那樣，再發動一次全國性的革命，來推翻北洋政府，他宣稱：“北京政府實在不是民國政府。我等要造成真正民國。”陳炯明則反對孫中山的意見，在他看來，一旦廣東成立正式政府，結局只有一個：南北之間將再次陷入戰爭之中。在一次談話中，他說，“因現下時機未熟，如廣東選出總統，北方必藉口來打，是自樹目標，使人攻擊”。陳炯明認為廣東基礎尚未鞏固，一有戰事，實在危險；屆時他期望的“地方自治”還是建設“模範省”，統統都變成鏡花水月。
但贊成孫中山意見、主張成立廣東政府的還是主流派。1921年4月召開的非常國會上，表決通過了中華民國政府組織大綱，在這個大綱中，只規定了大總統的產生和權限，卻沒有任期，也沒有規定政府的組織架構。一切政務、軍務、內閣任免，均由大總統“乾綱獨斷”。會議採用記名投票，“以示負責”。結果孫中山得218票，陳炯明得3票，廢票一張。孫中山當選為中華民國大總統。整個過程僅用了不到兩個小時。
以下情勢發展也正如陳炯明所料。1921年10月，國會非常會議通過了孫中山提出的北伐議案，在做北伐準備的巡視中孫中山到了南寧，多次召見陳炯明，商談北伐事宜，反覆向其說明北伐的重要意義，希望不要錯過時機。但陳炯明仍然主張先定省憲，以確立民治的基礎；再議國憲，循序漸進地推進統一。他說自己並不反對北伐，只是現在兵疲將憊，囊空如洗，根本不可能遠征北方。
10月12日，孫中山致電陳炯明催付北伐費400萬元，陳電復只允付200萬元，而且還要等到北伐軍出發後再交。孫中山得電後極為憤怒，想罷了陳炯明的職。胡漢民唯恐事情鬧大、造成分裂，因此竭力調停。孫中山後來又多次電召陳炯明回廣東，但陳一拖再拖，拒不回粵。
10月29日，孫中山在梧州設大本營，一面派汪精衛回廣州籌餉；一面躬親督師，溯江北上，向桂林前進。他憤然表明：“我已立誓不與競存（陳炯明字）共事。我不殺競存，競存必殺我。”看得出，兩人關係此時已幾近崩潰。
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炮轟總統府（1）
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1922年2月3日，孫中山以大元帥名義發布動員令，10萬餘大軍分路出師北伐。但由於連年戰亂，湖南方面宣布保境息民，公開拒絕北伐假道。入湘計劃於是告吹。3月26日，孫中山在桂林召開會議，決定班師回粵，改道江西北伐。
4月9日，孫中山決意變更計劃，令在桂各軍一律返粵，潛師而行，到了梧州，陳炯明才知道。16日，孫中山在梧州召開軍事會議，陳炯明仍避而不見。孫中山再一次憤怒，想將陳炯明的總司令、陸軍總長、內務總長、省長等職一概免去，但胡漢民以操之過急恐生變為由，極力勸阻；另一面，胡漢民又勸陳炯明去孫中山面前認錯，“照總理素來待人寬大的胸襟，定可以不咎既往的”。但等了三天，陳炯明還是沒有出現，孫、陳二人的矛盾再次激化。孫中山隨後解除了陳炯明粵軍總司令一職，令其所屬部隊直屬於大元帥。
4月23日下午，孫中山在越秀山總統府召開全體幕僚會議。大本營內有兩種意見，一是主張暫緩北伐，先清內患，解決“陳家軍”；二是立即轉道北伐，避免與陳炯明直接衝突，雙方仍留轉圜餘地。
孫中山贊成第二種意見，“競存叛跡未彰，在桂粵軍數年奮鬥，猶欲保存”，因此，他決定親自督師北伐，“兩廣仍交競存辦理，給以殊恩，當能感奮”。
孫中山急圖北伐，與北方形勢的發展，不無關係。4月下旬，第一次直奉大戰爆發。孫中山與奉、皖軍閥一直有秘密接洽，結成三角同盟。孫中山深感這是聯合奉、皖軍閥，夾擊直系的千載良機，必須立即出兵策應，他已無暇顧及解決陳炯明問題了。
但出乎意料的是，直奉開戰，僅及一周，奉軍便被吳佩孚擊敗，狼狽退回關外，南北夾擊直系的計劃，化為泡影。但南方的北伐，卻如弦上之箭，不得不發了。
1922年5月4日，孫中山以陸海軍大元帥名義下令從韶關北伐，李烈鈞為北伐軍總司令，許崇智為三路總指揮。北伐軍在前進途中秋毫無犯，紀律嚴明，聲勢大振，勢如破竹。
北洋總統徐世昌在巨大的壓力之下，宣布辭職。由於孫中山曾一再發表政治宣言，承諾只要徐世昌下台，他亦將同時下野。因此，輿論普遍認為，徐世昌下台後，停止內戰，和平統一，終現一線曙光。6月3日，蔡元培、胡適、高一涵等200多位各界名流，聯名致電孫中山和廣州非常國會，呼籲孫中山實踐與徐世昌同時下野的宣言，可見這個要求在當時是頗得人心的。但徐世昌下台後，皖系又藉機抬出黎元洪復任大總統，遭到孫中山的通電反對。