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算起來，這已是革命黨人與保皇黨人的第3次論戰，這次論戰在海外引起很大反響，當時南洋、香港甚至日本的報紙，幾乎天天都有關於中國前途大論戰的文章，從某種角度可以說，這次論戰決定了中國的政治前途和命運。
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第一次倒孫風潮
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同盟會成立後，革命內部出現了分裂，章太炎、陶成章、張繼、劉師培等掀起倒孫風潮，無疑使艱難的革命雪上加霜，孫中山又面臨一場新的考驗……
促使同盟會分裂的導火線，是孫中山離日時所接受的捐款。據日本方面記載：經與外務省政務局長山座圓次郎會商結果，以孫中山3年以後可以重返日本為條件，由山座給一筆7000元的離開費用。就在孫中山離開日本的當天，革命派內部傳出“孫文被日本人收買”的責難聲。
第一次倒孫風潮的主角是同為革命黨人的《民報》主編章太炎。
當日本政府被迫下令驅逐孫中山時，同情革命的日本股票商人鈴木久五郎也贈送了一萬元，孫中山撥了2000元交給章太炎作為《民報》經費，但章太炎嫌太少。這時，章太炎等人又聽說了日本政府贈款以“換取”孫中山永遠離境的傳聞，張繼、劉師培也加入到責難孫中山的隊伍中，聲討孫中山“受賄”、“被收買”。
章太炎不喜歡孫中山，這是公開的秘密，對孫中山的領導地位，他從心裡也沒有認可。這一次，章太炎更是把掛在民報社的孫中山相片撕下來，批上“賣《民報》之孫文應即撤去”幾個字，寄到同盟會香港分會，表示羞辱孫中山。
一時間，同盟會本部議論紛起，鬧得不可開交。正在這時，黃岡起義、七女湖起義失敗的消息陸續傳到東京。同盟會內部的矛盾，猶如乾柴遇烈火，火上再加油，終於掀起了第一次倒孫風潮。
反對孫中山的人日益增多，張繼等於是催促同盟會庶務幹事劉揆一召集大會，罷免孫中山，改選黃興為總理。
一波未平，一波又起。1907年6月17日，為籌備欽、廉起義，孫中山派萱野長知回日本購買武器。在宮崎寅藏幫助下，購得村田式快槍2000支，子彈120萬發。村田式快槍在日本雖說已經落後，但在當時的中國，還不失為先進武器。這事，本來是無可非議的，但給平山周他們知道了，轉告了章太炎，立即又掀起了一場風波。
章太炎大吵大嚷：“孫某所購的村田式軍火在日本老早不用了，用到中國去不是使同志白白丟了性命嗎？可見得孫某實在不是道理，我們要破壞他！”他出於意氣，用民報社名義明碼電告香港《中國日報》：“械劣難用，請停止另購。”購械計劃由此擱淺。
馮自由連忙將這件事轉告孫中山。購買槍彈事屬軍事秘密，章太炎竟以明碼泄露。孫中山非常氣惱，便令胡漢民寫信給東京同盟會本部，譴責章太炎。接著，又派林文返回東京，禁止章太炎、宋教仁再干預軍事。
1907年初，黃興曾因國旗圖式問題也與孫中山發生過爭執。孫中山主張沿用興中會的青天白日旗，黃興則認為青天白日旗與日本旗相近，“有日本並華之象”，必須迅速毀棄。黃興的堅決態度讓孫中山也很激動，爭論中，他厲聲說：“仆在南洋，託命於是旗者數萬人，欲毀之，先擯仆可也。”黃興也因而激動起來，發誓要退出同盟會。但冷靜下來後，黃興接受了孫中山的方案，他致書胡漢民說：“余今為黨與大局，已勉強從先生意耳！”
儘管國旗風波沒有使孫黃關係破裂，但是，卻在孫中山和宋教仁之間投下了陰影。宋教仁本來就認為孫中山“待人做事，近於專制跋扈”，聞知此事，宋對孫中山更加不滿。1907年3月1日，宋教仁向孫中山辭去了孫盟會庶務幹事一職，並一度加入到倒孫行列中。
但緊要關頭，被章太炎、劉師培擁戴的黃興從革命大局出發表現出了高姿態。他回劉揆一說：“革命為黨員生死問題，而非個人名位問題。孫總理德高望重，諸君如求革命得以成功，乞勿誤會而傾心擁護，且免陷興於不義。”由於黃興拒任同盟會總理，東京的倒孫風潮暫時平息下來，但雙方的對立情緒仍然存在。這年7月6日，光復會會員徐錫麟在安慶發動起義失敗，清吏在審訊時問及行刺是否為孫文指使，徐錫麟答道：“我與孫文宗旨不合，他亦不配使我行刺。”在此之前，徐錫麟因為與孫中山“宗旨不合”而拒絕加入同盟會，這也反映出光復會領導人對孫中山遠非一般的不滿。
風潮雖然暫時平息了，但卻給同盟會留下了難以癒合的創傷。風潮之後，孫中山對東京同盟會本部持冷淡態度。章太炎則對中國革命感到迷茫、失望，醉心於佛教，想到印度去當和尚。張繼、劉師培則提倡無政府主義，否定三民主義。
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第二次倒孫風潮
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1909年，章太炎、陶成章掀起了第二次倒孫風潮，終於使同盟會走上了分裂的道路。
這一次由陶成章而起。
1908年9月，陶成章遠赴新加坡，此行目的有二：一是為民報的繼續生存籌款，二是為籌備中的五省革命協會募集經費。
自第一次“倒孫風潮”之後，傷心失望的孫中山將熱情和心血都投到南洋方面，對東京同盟會愈來愈冷淡，而《民報》在章太炎的主持下，漸漸傾向於談論國粹與佛學，失去了對最熱點問題的關注，銷路銳減，經費緊張。
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第一次倒孫風潮
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同盟會成立後，革命內部出現了分裂，章太炎、陶成章、張繼、劉師培等掀起倒孫風潮，無疑使艱難的革命雪上加霜，孫中山又面臨一場新的考驗……
促使同盟會分裂的導火線，是孫中山離日時所接受的捐款。據日本方面記載：經與外務省政務局長山座圓次郎會商結果，以孫中山3年以後可以重返日本為條件，由山座給一筆7000元的離開費用。就在孫中山離開日本的當天，革命派內部傳出“孫文被日本人收買”的責難聲。
第一次倒孫風潮的主角是同為革命黨人的《民報》主編章太炎。
當日本政府被迫下令驅逐孫中山時，同情革命的日本股票商人鈴木久五郎也贈送了一萬元，孫中山撥了2000元交給章太炎作為《民報》經費，但章太炎嫌太少。這時，章太炎等人又聽說了日本政府贈款以“換取”孫中山永遠離境的傳聞，張繼、劉師培也加入到責難孫中山的隊伍中，聲討孫中山“受賄”、“被收買”。
章太炎不喜歡孫中山，這是公開的秘密，對孫中山的領導地位，他從心裡也沒有認可。這一次，章太炎更是把掛在民報社的孫中山相片撕下來，批上“賣《民報》之孫文應即撤去”幾個字，寄到同盟會香港分會，表示羞辱孫中山。
一時間，同盟會本部議論紛起，鬧得不可開交。正在這時，黃岡起義、七女湖起義失敗的消息陸續傳到東京。同盟會內部的矛盾，猶如乾柴遇烈火，火上再加油，終於掀起了第一次倒孫風潮。
反對孫中山的人日益增多，張繼等於是催促同盟會庶務幹事劉揆一召集大會，罷免孫中山，改選黃興為總理。
一波未平，一波又起。1907年6月17日，為籌備欽、廉起義，孫中山派萱野長知回日本購買武器。在宮崎寅藏幫助下，購得村田式快槍2000支，子彈120萬發。村田式快槍在日本雖說已經落後，但在當時的中國，還不失為先進武器。這事，本來是無可非議的，但給平山周他們知道了，轉告了章太炎，立即又掀起了一場風波。
章太炎大吵大嚷：“孫某所購的村田式軍火在日本老早不用了，用到中國去不是使同志白白丟了性命嗎？可見得孫某實在不是道理，我們要破壞他！”他出於意氣，用民報社名義明碼電告香港《中國日報》：“械劣難用，請停止另購。”購械計劃由此擱淺。
馮自由連忙將這件事轉告孫中山。購買槍彈事屬軍事秘密，章太炎竟以明碼泄露。孫中山非常氣惱，便令胡漢民寫信給東京同盟會本部，譴責章太炎。接著，又派林文返回東京，禁止章太炎、宋教仁再干預軍事。
1907年初，黃興曾因國旗圖式問題也與孫中山發生過爭執。孫中山主張沿用興中會的青天白日旗，黃興則認為青天白日旗與日本旗相近，“有日本並華之象”，必須迅速毀棄。黃興的堅決態度讓孫中山也很激動，爭論中，他厲聲說：“仆在南洋，託命於是旗者數萬人，欲毀之，先擯仆可也。”黃興也因而激動起來，發誓要退出同盟會。但冷靜下來後，黃興接受了孫中山的方案，他致書胡漢民說：“余今為黨與大局，已勉強從先生意耳！”
儘管國旗風波沒有使孫黃關係破裂，但是，卻在孫中山和宋教仁之間投下了陰影。宋教仁本來就認為孫中山“待人做事，近於專制跋扈”，聞知此事，宋對孫中山更加不滿。1907年3月1日，宋教仁向孫中山辭去了孫盟會庶務幹事一職，並一度加入到倒孫行列中。
但緊要關頭，被章太炎、劉師培擁戴的黃興從革命大局出發表現出了高姿態。他回劉揆一說：“革命為黨員生死問題，而非個人名位問題。孫總理德高望重，諸君如求革命得以成功，乞勿誤會而傾心擁護，且免陷興於不義。”由於黃興拒任同盟會總理，東京的倒孫風潮暫時平息下來，但雙方的對立情緒仍然存在。這年7月6日，光復會會員徐錫麟在安慶發動起義失敗，清吏在審訊時問及行刺是否為孫文指使，徐錫麟答道：“我與孫文宗旨不合，他亦不配使我行刺。”在此之前，徐錫麟因為與孫中山“宗旨不合”而拒絕加入同盟會，這也反映出光復會領導人對孫中山遠非一般的不滿。
風潮雖然暫時平息了，但卻給同盟會留下了難以癒合的創傷。風潮之後，孫中山對東京同盟會本部持冷淡態度。章太炎則對中國革命感到迷茫、失望，醉心於佛教，想到印度去當和尚。張繼、劉師培則提倡無政府主義，否定三民主義。
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第二次倒孫風潮
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1909年，章太炎、陶成章掀起了第二次倒孫風潮，終於使同盟會走上了分裂的道路。
這一次由陶成章而起。
1908年9月，陶成章遠赴新加坡，此行目的有二：一是為民報的繼續生存籌款，二是為籌備中的五省革命協會募集經費。
自第一次“倒孫風潮”之後，傷心失望的孫中山將熱情和心血都投到南洋方面，對東京同盟會愈來愈冷淡，而《民報》在章太炎的主持下，漸漸傾向於談論國粹與佛學，失去了對最熱點問題的關注，銷路銳減，經費緊張。