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1957年潘案的審查告一段落，1958年有關辦事機構也解散，但案件本身卻成了一樁懸案，只審不判，也無法定案、結案。有關部門對潘漢年的處理有一條既定原則：不殺。這是因為毛主席於1956年4月在中共中央政治局擴大會議上作《論十大關係》的報告中說：機關、學校、部隊裡面清查反革命，要堅持一個不殺，大部不捉。毛主席說：“什麼樣的人不殺呢?胡風、潘漢年、饒漱石這樣的人不殺”，“不殺他們，不是沒有可殺之罪，而是殺了不利。”
事情拖到1962年，國內各方面政策有所調整的時候，毛主席在1月30日七千人大會上的講話中又提到了潘漢年;他說：“有個潘漢年，此人當過上海市副市長，過去秘密投降了國民黨，是個CC派人物，現在關在班房裡頭，但我們沒有殺他。像潘漢年這樣的人，只要殺一個，殺戒一開，類似的人都得殺。”這番話似乎是從政策寬容的角度講的，但卻又給潘漢年增加了一條罪名：“投降國民黨、是CC派人物”。5月30日，中央對公安部關於處理潘案的請示報告作了正式批示：潘漢年是一個暗藏在黨內很久的內奸分子。他的罪行極為嚴重，論罪該殺，由於是從內部查出的，因此給予寬大處理。
1963年1月9日，最高人民法院對潘漢年案正式開庭審理，並當場宣布終審判決：判處潘漢年有期徒刑15年，剝奪政治權利終身。不久，根據寬大處理的精神，認為潘漢年在押期間認罪服法，確有悔改，而且服刑期已超過刑期一半以上，宣布將潘漢年假釋後交公安機關管制。
2月13日潘漢年出獄，以“刑釋管制分子”的身份和夫人董慧一起被安置在北京南郊團河農場。他的生活境遇雖然有所改善，每月發生活費200元。能夠探親訪友、看書寫作;但是，他依然是戴著“反革命”帽子的刑釋犯，他的“罪名”已經法律認定，能不委屈嗎?據他的知友唐瑜回憶，他和唐瑜在這時重逢時，潘自責對人輕信，幾乎陷入敵人的圈套，但沒有承認自己犯罪和對革命事業有什麼損害。潘還說過，幾年中他一直在寫材料。有一次，潘漢年夫婦去逛頤和園時，巧遇正在陪同外賓的陳毅。陳毅親切地問了他們的近況，並說要設法催促上面一下。可見，在團河農場時期，有人在關心解決潘漢年的問題，潘漢年自己也在耐心地企盼著柳暗花明的那一天會到來。
“文革”劫難
禍害全國的“文化大革命”發生以後，一切都出乎人們的意料。在這場政治風暴中，潘漢年當然也難逃厄運。“中央文革”為了徹底砸爛所謂舊的公、檢、法，給中央公安部領導人和辦“潘揚案件”的人員強加了“包庇反革命分子潘漢年”的罪名，將他們都送進了監獄。1967年3月，中央文革小組一紙命令：“請謝富治同志再把揚帆、饒漱石、潘漢年抓起來。”於是，潘漢年和董慧又被收監受審。1981年審理林彪、江青反革命集團案件時，陳伯達親筆供認;這個沒頭沒尾的紙條“是我開會時受命寫的”，“筆跡是我的”。
潘漢年在這一次坐牢期間受到的“審訊”和生活待遇，和上一次有天壤之別。在無休止的折磨下，年已61歲的潘漢年的健康狀況迅速惡化。1967年10月，監獄當局給上級主管部門提出了潘漢年已初步診斷為肝癌的病情報告。有關負責人當即請示謝富治，建議專案組抓緊審訊，並給潘增加一點營養，使他多活一些時間，“以利搞清潘犯的問題和挖出更多潘所知道的材料”。這個報告經過謝富治、戚本禹等人審閱同意，最後經江青批准。從這之後的三個月內，潘漢年竟遭到了47次突擊審訊。一個多月以後，為了審訊他解放後的“罪行”，又在38天內對“連續作戰”41次。身患重病，倍受虐待的潘漢年的身體進一步垮了下來。
經過近三年的突擊審訊，大規模的內查外調，在沒有發現任何新材料的情況下，1970年7月3日，專案組向“中央文革”提出了關於潘漢年的“罪行審查”和“判刑意見”的報告，提出了對潘漢年“永遠開除黨籍，判處無期徒刑，剝奪政治權利終身”的處理意見。這一報告經江青送“主席、林副主席、永勝、富治、葉群、作鵬”等圈閱同意。
真正執行這一處理意見卻是1975年3月後的事。1975年，在恢復整頓、加強落實政策的形勢下，當時的中央加快了各專案工作結案處理的步伐，統一部署將重要犯人分散安置到各地去。潘漢年專案組報經批准，決定對他“維持原判”(即維持1970年7月的判刑處理意見)，將他和董慧放到湖南勞改單位，每月各發生活費100元。但是，1970年決定的判處無期徒刑，是在沒有辦過任何改判的法律手續下否定了1963年的15年有期徒刑;而且是在沒有發現任何“新罪行”下的“從嚴”處理，怎麼能說是“落實政策”呢?所以，當專案組向潘漢年宣布安置他到湖南去時，對審查結論和具體處理意見，避而不提。
1975年5月29日，潘漢年在度過了“四人幫”時期的8年冤獄生活之後，被押送到湖南省公安局(“文革”時廳都改為局)所屬第三勞改農場——茶陵縣洣江茶場安置。他沒有公民權，沒有通訊自由，不准接近其他犯人，離開場部要經省勞改局批准。儘管是個特殊犯人，但他畢竟可以和同時進秦城監獄而又8年未見的董慧重逢了。夫婦倆相依為命的農場生活，是潘漢年苦難生涯的最後的安慰。