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會議印發了所謂饒漱石、揚帆在上海“重用、包庇和掩護一批反革命分子”的材料。饒漱石問題發生後，所謂被“包庇”的胡均鶴已於1954年9月間被捕。上海市公安局局長揚帆也已於1954年12月31日被送往北京隔離審查。面對這些情況以及會議的有關提法，潘漢年作為上海市委第三書記、又是主管政法工作的常務副市長自然而然要聯繫自己的責任。而且1943年他到淪陷區和李士群接觸時，意外地被李士群挾持去同汪精衛見面(當時是由胡均鶴帶去的)一事，因種種原因一直沒有向中央作過報告，這也是他的一個思想負擔。這次會議，潘漢年下決心響應毛主席的號召，向中央講清楚自己的問題，徹底解除自己的思想包袱。
3月31日會議結束。當晚，心事重重的潘漢年到同住北京飯店的夏衍的房間裡，向這位知交交心說：“我心裡有一件事，還沒有向組織上說清楚。不說，我是睡不著覺的。”夏衍感到這一定是件要緊的事，便誠懇地對潘說：“那你就趕快向陳老總(指陳毅)去說清楚。”是什麼事?潘漢年當時沒有說，夏衍也不便問。
第二天(4月1日)，潘漢年找陳毅面談了自己在12年前被一李士群、胡均鶴挾持去見汪精衛的詳細情況，檢討了自己長時期沒有向組織上匯報的原因，同時要求陳毅將他寫的有關報告轉呈中央。陳毅認為這是一個重大問題，答允親赴中南海向毛主席報告並轉交他寫的書面材料。陳毅還安慰了潘漢年幾句，要他不要緊張，要相信組織，相信中央。
報告到了毛主席那裡，毛主席先批示：此人從此不能信用。隨後即作出了立即逮捕審查潘漢年的決定。4月3日中央公安部立刻向最高人民檢察院提出請求批准逮捕潘漢年的報告，列舉逮捕的”理由”主要是兩條：一是說他在抗戰時期曾經背著黨同汪精衛勾結，並長期隱瞞，欺騙組織;二是說他在饒漱石、揚帆“包庇掩護特務分子和反革命分子”問題上負有直接責任。
就在4月3日晚上8時許，潘漢年在北京飯店301房間內接到電話，說樓下客廳里有人等他，請他馬上下去一趟。原來是中央公安部部長羅瑞卿帶著幾名便衣幹警在等著。潘漢年下樓後，羅瑞卿宣布了對他逮捕審查的決定，當即將潘押上小車直送功德林監獄。
對於逮捕潘漢年的事，潘的秘書、警衛員以及同住北京飯店的許多熟人都毫不知情。潘的警衛員相其珍當晚看京戲回來，時已12點多。他發覺潘不在房裡，馬上到陳丕顯、夏衍處打聽，都說沒見到他。夏衍的秘書說：“好像是中南海周總理那裡打電話找他，他下樓去了。”第二天、正當夏衍、相其珍在打聽潘的去向時，上海市委第二書記陳丕顯趕來對他們說：“你們不要著急，潘漢年有要事離開北京了，來不及找你們。他到什麼地方去了，我也不清楚。”同日，中共中央副秘書長譚震林為防止張揚，直接通知夏衍，潘已被捕，並囑夏一定要保密。
當時，第一屆全國人大常委會第九次會議正在北京召開。4月5日，上海市市長陳毅在人大上海代表團開會時宣布了潘已被捕的消息。他誠懇地、留有餘地地對上海代表說：潘從事革命工作多年，上海的人大代表很多人同他熟識，請不要擔心。潘是因內奸問題而被捕的，那是發生在1943年。在此之前，他做過許多工作，都是黨中央交給他的任務。並無叛黨嫌疑。4月7日，人大常委會第九次會議追請大會批准將對潘漢年的逮捕列為議程。因為根據憲法，逮捕人大代表必須經全國人大或人大常委會批准。
潘漢年因“內奸”、“反革命”被捕的消息，除了上述通報的範圍之外，被嚴格地保密著。全國黨代表會議結束後，在上海代表團回程的火車上，市委第一書記柯慶施召集代表和工作人員開會，特地布置：潘漢年出了問題，你們回上海有人問起潘，就說他出國去了。不要說別的。相其珍不久就被“隔離”起來，因為向他打聽潘情況的人很多。直到報上公開發表潘漢年被捕的消息，相才得以露面。
1955年7月16日，全國人大常委會在全國人大第二次會議上的工作報告中第一次向全國公布了潘漢年被捕的事。報告中提到：“因為已經發現”潘漢年、胡風兩代表“有進行反革命活動的證據”，常委會“已先後批准將他們逮捕審判”。第二天，全國新聞媒介公布了這個報告。這個消息引起了黨內外、國內外的莫大震驚和關注。而這個報告所提到的“證據”還是同年4月3日經最高人民檢察院批准，同意公安部要求逮捕潘漢年的報告中所列舉的那兩條。
從1955年4月3日到1960年3月15日，潘漢年在功德林監獄被關了近5年。1960年3月秦城監獄建成，他被轉移到那裡。由於他已“定性”，他的一些戰友、他領導的一些幹部，包括他的夫人董慧都先後受到株連，蒙冤入獄。沒有被捕而在本地區、原單位受隔離審查或抄家的人就更多了。揚帆即因潘漢年被捕而在1955年4月12日從隔離審查升級為正式逮捕。以後被稱為“潘揚反革命集團”，簡稱為“潘揚案件”。在當時政治運動接連不斷，階級鬥爭的調子愈唱愈高的形勢下，對這樣一件中共黨史上罕見的高級幹部被直接指控為“內奸”、“反革命”的集團性大案、要案，勢難進行實事求是、合情合理的審查、處理。就在1955年潘被定為“內奸”、“反革命”後;周恩來總理即布置中央有關部門領導李克農組織專門班子查閱解放前潘漢年和中央的來往電文等全部檔案。查檔結果由李克農向中央政治局提出了正式報告。報告對潘漢年案提出了五條反證材料，要求中央鄭重考慮潘漢年的問題。先後三次報告都沒有回音，被擱置起來。