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1976年10月，禍國殃民的“四人幫”被一舉粉碎後，潘漢年夫婦重新鼓起昭雪沉冤的期望，相信黨會重新考慮自己的問題。董慧曾經出面向當時的中共中央負責人寫過簡略的申訴信，陳述她和潘漢年“並無兩心”。但是，在同年冬天，潘漢年的健康狀況卻嚴重惡化，多病並發。為了要從茶場醫院轉到省城醫院作進一步檢查，經過層層審批，1977年3月24日，潘漢年才得以用“肖叔安”的化名住進長沙湖南省醫學院第二附屬醫院的病房。儘管醫院採取了治療搶救措施，但畢竟無法挽救潘漢年垂危的生命。4月14日19時54分，71歲的潘漢年終於含冤逝世。一個大革命時期入黨，在黨內歷任重要職務，對黨和人民事業作出許多重要貢獻的共產黨員，經過22年冤獄的災難，不明不白的死去，能不死而無憾、死而無怨嗎?黨的十一屆三中全會之後，恢復了黨的實事求是、有錯必糾的優良傳統，潘漢年的沉冤才得以平反昭雪，恢復了他作為真正的共產黨員在中國革命歷史上應有的地位。
歷史真相
歷史是公正的，27年後歷史終於還了潘漢年以清白。1982年8月23日，中共中央下達了為潘漢年平反昭雪、恢復名譽的正式文件。歷史事實證明：潘漢年是一貫忠於革命的好同志，那些所謂“投降國民黨”、“投靠日、汪”、“上海解放後掩護包庇反革命，供給敵人情報”以及“內好”、“特務”的罪名都不能成立。
1963年1月9日，最高人民法院對潘漢年的《刑事判決書》中認定：潘漢年1936年在國共談判中投降國民黨的。1940年前後，投靠日本特務機關和秘密會見汪精衛;上海解放以後，掩護大批反革命分子並供給台灣情報，引起“二六”轟炸(即1950年2月6日台灣國民黨飛機對上海的轟炸)。根據這三條“罪名”，潘漢年被定性為“內好”、“特務”、“反革命”。
歷史的真相是怎樣的呢?
第一，在1936年的國共談判中，潘漢年並沒有“投降國民黨”，相反地，他是促成國共第二次合作，共同抗日的有功之臣。
1935年8月，中共駐共產國際代表團以中華蘇維埃中央政府和中共中央的名義發表《為抗日救國告全國同胞書》(即《八一宣言》)後，國民黨政府曾派其駐蘇大使館武官鄧文儀與中共駐共產國際代表團多次會談，時在莫斯科的潘漢年奉命參加了會談。後來，中共駐共產國際代表團決定派潘回國與國民黨代表陳果夫、陳立夫正式洽談國共抗日合作事宜。潘漢年於1936年4月離開莫斯科回國，同國民黨代表聯繫後，秘密到達保安向中共中央報告了共產國際代表團關於爭取國共合作抗日的意見，以及與國民黨當局取得聯繫的情況。不久，中共中央就決定派他為國共談判的正式代表，帶著中共中央致國民黨的信，去南京進行談判，直到1937年抗戰全面爆發。在此期間，潘漢年與陳立夫、張沖等國民黨方面的代表經常聯繫國共談判事宜。他根據《八一宣言》、陝北瓦窯堡中共中央政治局擴大會議以及中共中央關於建立抗日民族統一戰線的文電的精神，向國民黨有關人士提出了中共對時局發展的見解和國共談判的方針和條件，並介紹了自己的一般經歷。這些都是屬於執行中央指示的正常的工作往來。他和中共中央關於談判情況來往的文電檔案都可證明，在整個談判過程中，他是堅定地按照中央的談判方針行事的。第二次國共合作的實現，中國抗日民族統一戰線的形成，潘漢年作出了不可磨滅的貢獻。在此後的幾十年中，也沒有任何事實表明潘漢年有勾結國民黨、危害共產黨的行為。因此，所謂潘漢年“秘密投降國民黨，充當國民黨特務”的罪名，是根本不能成立的。
第二，抗日戰爭時期，潘漢年與日、汪特務機關及其頭目有過來往，見過汪精衛，決不是“投靠日、汪”，而正是為了了解敵方意圖和動向，不計個人安危所表現的深入虎穴的過人膽識。他發揚了黨的情報工作的優良傳統和作風，出色地完成了黨的特殊
1941年12月太平洋戰爭爆發前後，中共中央和中央有關主管部門曾一再指示敵占區的對敵隱蔽鬥爭的系統，需要派人打入敵偽組織，相機開展工作，了解日、汪、蔣之間的政治動向。爭取重要的情報來源。潘漢年堅決執行黨中央指示，千方百計利用各種社會關係進行這方面的工作。當時，潘漢年同日、汪特務機關和頭面人物之間的活動是工作的需要，其情況均及時向中央作過正式報告。中央主管部門還為此從延安等地選調了一些幹部給潘。為了執行這些任務，他決定採取的一些特殊手段，也都是組織上允許的。潘漢年系統在抗戰時期的敵占區上海、南京等地開展隱蔽鬥爭，功績顯著。經過他們機智勇敢的工作，成功地派人打入了敵偽重要的特務機關，取得了不少重要的戰略情報供延安決策時作參考，曾經多次得到中央的表揚。他們利用各種關係掩護了一批打入敵人內部工作的同志和上海地下黨組織及其領導人，保證了地下黨組織的安全。他們在敵占區建立了秘密交通線，不僅保證了淮南根據地與上海之間秘密聯繫的暢通而且在環境惡化時還通過合法掩護，把在上海難以立足的地下黨幹部和領導人，安全撤至抗日根據地。太平洋戰爭爆發後中央派在香港從事對敵隱蔽鬥爭的一批同志和秘密電台處境危險，潘漢年王動地報經中央同意後利用他的特殊關係，派人前往將他們全撤至內地，得以繼續工作。這一切都表明，潘漢年和日、汪來往，是利用敵人、爭取各種機會完成黨交給他的特殊使命、而沒有任何事實可以證明他是“投靠日本特務機關”的“特務”、“內奸”。