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為了保衛7月6日舉行的人民解放軍入城式和群眾慶祝遊行的安全，市委決定在七一前夕進行一次全市性大搜捕，並在瑞金路的原國民黨勵志社召開了專門會議。到會的有市委、市府、軍隊、公安、法院和工會、青年團等部門負責人，潘漢年同志主持會議。他針對主管部門制定的搜捕計劃打擊面過大指出：寄希望於通過一次大搜捕來徹底肅清上海特務、反革命破壞分子的想法是不正確的。如果採取斷絕交通，挨戶搜查的辦法，群眾必然反映很大。過去國民黨經常採用的擾民辦法我們不能採用。他強調這次搜捕目標要明確，行動計劃要周密，搜捕面不能過大。
6月間，市公安局社會處對國民黨特務布置潛伏在上海各角落極深的秘密電台進行了一次掃蕩。同志們徹夜戰鬥，第二天，漢年同志親自來到社會處接見勝利完成任務的同志，一面給予鼓勵和慰勉，一面教育我們不要只知道破案，過於簡單化，要提高反間諜鬥爭的水平。
在漢年同志領導下，市公安局在策動、團結、教育原國民黨人員方面作了大量工作：
國民黨軍委會東方經濟研究所所長鄧葆光，解放前夕去香港，該所重要圖書資料均已運往香港。我們利用鄧的女友吳嫣(吳麗麗)同鄧通信，引橋鋪路，果然把鄧爭取回來，潘漢年、揚帆同志親自接見了他，經過做工作，鄧即把100多箱、約萬餘冊珍貴圖書資料交還祖國，這批圖書資料不少是善本、孤本，相當珍貴，曾獲周恩來總理的嘉許。
解放前，著名民主人士張瀾、羅隆基，曾被國民黨軟禁於上海虹橋療養院，受警備司令部稽查處控制。軍統曾有意加害張、羅，因得到稽查大隊長閻錦文的保護未逞(閻受與我地下情報工作負責人吳克堅有聯繫的楊偉的影響)。解放後，黨中央邀張、羅赴北京共商國是，閻害怕我們因他的歷史不放過他，他定要跟去，張、羅也執意要把閩錦文帶去。潘副市長出面做了許多工作，認定閻保護他們有功，並特別對閻作了妥善安排後方才了事。
1950年1月25日與2月6日，美制蔣機先後對上海楊樹浦發電廠及江南、英聯船廠等濫施轟炸。市公安局全力以赴，1月26日即將由台灣派滬不久，頻頻提供轟炸目標的羅炳乾特務電台及時偵破，於“二六”轟炸的第二天，報潘將羅犯判處死刑，立即執行。1951年2月4日，將對我危害甚烈的國民黨保密局上海站徐松堅一舉破獲。在市公安局召開的慶功會上，潘副市長到會祝賀。
漢年同志對公安保衛隊伍的建設一貫高度重視。1950年7月，社會處第一期干訓班開學，陳毅、潘漢年、劉長勝、宋時輪同志都親臨講話。潘還時常留下與訓練班幹部一起進餐。技術偵察部門肩負著特殊的使命，終年埋頭工作。潘亦專門去看望他們。
潘漢年執行的是黨的正確路線
我手邊尚保存1950年3月22日在華東公安會議上潘漢年講話的記錄，不妨摘要重溫一下。
漢年同志詳盡分析了國際國內形勢後指出：上海度過由於美蔣封鎖造成的經濟困難，恢復生產，安定秩序，為保證500萬人民的生活，糧食公司以低於收購價供應市民。他強調顧大局、講政策的重要性。工人打老闆，資本家不會認為是部分工人不諒解，而會對政府政策發生懷疑。他指出中國大陸解放多是軍事解放，但內在政治因素起很大作用。《約法八章》的頒布，對解放全國有極大作用。政策照顧起義人員，這樣就有很多留下來的舊人員，給他們機會能為人民服務。但這些因素不免也成為特務得以暫時存在的客觀條件。他指出，要打倒敵人必須熟悉敵人，要戰勝敵人必須學習敵人的長處。敵人的方法對我們有利無害的可用，不好的東西不能用。如肉體處罰、嚴刑拷打，反革命認為是唯一法寶，我們決不能用。
公安部門建立起來的首要任務，是肅清那些公開破壞的特務，對城市中帶短槍、炸彈的破壞分子和特務組織，只要發現，力求追蹤消滅，不能讓其得手，助長敵人氣焰。
關於穩步前進的方針，他指出，不管任務如何重大，情況如何複雜，一定要把情況弄清楚，不能急躁。反革命活動最易激起我們急躁情緒，產生過急做法，這樣容易到處去抓，牽連過廣。“不打沒有準備的仗”，“不打沒有把握的仗”。亂抓，抓了再清理很不好。這樣，真正的敵人抓不到反而溜掉了。在鬥爭策略上，他堅持在“准”、“穩”基礎上的“狠”。要打得准，就要看的准，誘敵深入，當敵人暴露要對我破壞時，一定要給予有力的打擊。
他舉例說，對流氓打架喜歡採取形式上的處罰，不了解只有將其後台弄出來才能解決問題。
他概括地說：上海解放已經9個月，有些成績，貫徹基本方針，樹敵不太多。
他特別指出，由於我們由農村到城市，工作改變，環境改變，和黑暗面接觸多，容易產生蛻化墮落。加上我們公安人員有權在手，容易違反政策。他告誡說，不能利用權力侵犯人民的利益。他最後提醒老同志，要在提高自己方面下狠功夫。
在另外場合，他批評我們只會埋頭苦幹，而不懂得用現實材料去教育提高群眾。批評我們不善於更有效地執行專門機關與群眾路線相結合的方針，他曾當著許建國局長的面批評提籃橋監獄關押的案犯中有許多未能及時依法處理，他說：“再不解決這個問題，你們這些公安局長要受處分。”