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當時，在黨內某些同志中存在瞧不起民主黨派和民主人士的現象，對民主黨派的發展問題有不正確的認識和理解。1950年上海九三學社上海分社成立，有人認為：他們總共沒有多少人，也要建立一個組織，是否有必要。對於這一情況，潘漢年在黨內做工作，強調說，黨不是孤立的，要團結最大多數的人民一同前進，對民主黨派的作用要有足夠的估計。
1951年3月16日，潘漢年根據中央指示精神在市委統戰工作會議上正式提出要“有計劃、有步驟地幫助各民主黨派發展”。並要組織部挑選一批較好的黨團員進民主黨派幫助工作。他並且親自做到民主黨派內部幫助工作的同志的思想工作。華東軍政委員會副秘書長金學成去民建幫助工作，潘漢年對他說，上海是一個工商業城市，民族資產階級的工作很重要，“政府工作要做，民主黨派工作也要做，白天沒時間，晚上也可以去”。金接受了工作，和許滌新、蔡北華、楊延修等一些人去了民主黨派，幫助他們開展組織發展工作。到1956年，上海各民主黨派總人數從1951年的1300餘人發展到11000人，為上海地區中共領導下的多黨合作的政治制度打下基礎。
積極開展工商統戰工作
上海是全國私營工商業最集中的城市，解放初期約有10多萬戶私營工商業，中國規模較大的一些民族資本企業，如申新紡織公司、福新麵粉廠、永安紡織印染公司，大隆機器廠、大中華橡膠廠、南洋兄弟菸草公司、永安公司等都開設在上海。如何利用和限制民族資本企業，團結和教育民族資產階級，對他們開展統戰工作，是個重要問題。上海剛解放第六天，市政府就召集二百多名有代表性的工商界人士開座談會。陳毅、潘漢年都在會上講了話，從發展生產、繁榮經濟、公私兼顧、勞資兩利的政策去啟發大家，使工商界聽了之後認為是吃了一顆“定心丸”。一些在上海解放前夕去香港的人士陸續回滬。劉鴻生一回到上海，潘漢年就同他進行了親切的談話。當時，幾位有代表性的人士邀請陳毅、潘漢年等市政府領導去吃飯。有人怕吃資本家的飯犯政治錯誤。陳毅笑著說：“不怕帝國主義，不怕國民黨蔣介石。卻怕起民族資產階級了，真是怪事!”潘漢年支持陳毅的意見，應邀作客。實際上邊吃飯邊做思想工作。潘漢年曾說：“要同資本家搞統戰工作，首先是要同他們接觸，要同他們交朋友，要了解他們的思想狀況——正確的和錯誤的。如果彼此隔得遠遠的，甚至令人望而生畏，統戰工作如何做起呢?當然，政治立場是要站得穩的。”
潘漢年十分重視團結民族資產階級投入恢復生產的工作。他對市軍管會工商處的幾位幹部說：上海這個工商業大城市，如果工商界袖手旁觀，隔山觀望，光靠黨、政府和工人階級的力量，還是不容易迅速把生產與市場搞好的。他要求工商幹部接近工商界人士，不要擺官架子。當潘漢年得知上海紡織工業的資本家為勞資糾紛和資金缺乏而苦惱時，立即向陳毅匯報，親自走訪榮毅仁、劉靖基等人，指示銀行低息貸款，並通過市總工會做工作，說服工人大力支持。潘漢年想方設法幫助郭氏的永安紗廠，將擱在日本、香港的價值250萬美元的紡織機械和原料運回上海。
1950年冬，周作民在黨的政策感召下回到上海，潘漢年設宴為他洗塵，金融界各方面的負責人應邀作陪。周經營的金城銀行由於受國民黨金圓券風潮後遺症的影響，赤字無法彌補，不得不將投資的一個廠售給政府，以抵償赤字。潘漢年認為，周作民在香港時，對轉移民主黨派負責人秘密離開香港赴東北、華北解放區曾作出貢獻，我們不能忘記人家的功勞，就派市財政局局長顧准幫助周解決困難，同時表示願意以較優惠的價格購廠。周作民對此十分感激。這樣，既解決了金城銀行的困難，又團結了工商界人士，加深了他們對黨的信任。上海工商界中的盛康年，經潘漢年同意組織了一個工商俱樂部，定名為“七一學習會”，潘漢年第一個應邀前往作報告，使工商界的一些上層人士及時了解黨的政策，並且溝通了和黨的聯繫。
解放初期，由於政府對資本主義工商業採取加工定貨、統購包銷等積極扶助的措施，上海的經濟逐步好轉，資本主義工商業得到發展，資產階級歡呼“難忘的1951年”。但是，隨即也出現了一些資本家偷工減料、偷稅漏稅、盜騙國家資產、盜竊國家經濟情報和行賄的“五毒”罪行。根據中央決定，上海開展了“五反”運動，成立了領導運動的市增產節約委員會，潘漢年任主任。經中央批准，上海對303戶上層工商業者在市政協集中學習，採取背靠背的方式，幫助他們自學和自查，推動他們自己交代問題，接受教育。這項工作由薄一波、陳毅和潘漢年領導，許滌新具體負責。潘漢年天天詢問情況，強調“把鬥爭和團結結合起來”。當獲悉有兩個資本家神色不對，就關照要做好細緻的思想工作。在市委統戰部工作的潘漢年夫人董慧這時也參加做303戶的工作。她動員湯蒂固帶頭交代。湯看到別人交代問題像擠牙膏，她想出倒軋帳的辦法，一口氣坦白了5億元(舊幣，1億元相當於改為新幣後的1萬元，下同)，成了積極分子。潘漢年知道後找她談話，詢問湯坦白的數字是否真實。當了解到湯由於坦白多了，正擔心今後如何做生意時，潘笑著說：“黨的政策歷來是實事求是。凡是對國計民生有利的工商業，國家一定是要扶植的。”潘漢年領導“五反”定案評議委員會，認真複查、評議、核實。湯後來定案核實為2億元。也有人自報240億元，結果核實定為3億元的。“五反”期間，潘漢年還關心支持市婦聯大膽做好303戶家屬工作。變阻力為動力，減輕資方的緊張情緒。由於中央和市委的正確領導，參加學習的303個資本家個個過關，定為完全守法戶或基本守法戶。上海“五反”運動既打擊了資產階級的進攻，又嚴格執行政策，讓資產階級重新靠攏我們。