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重視政治協商工作
潘漢年十分重視政治協商工作。1949年12月，上海市成立了統一戰線性質的市協商委員會，在人民和政府之間發揮橋樑作用。上海市各界人民一屆三次代表會議，選舉成立了新的協商委員會，陳毅任主席，潘漢年任副主席。下設工商、勞資、稅務、文教等5個小組，隸屬市協商委員會常委會領導。潘漢年經常參加各個小組的討論，聽取意見，解答問題。市協商委員會每月開一次全體會議，陳毅和潘漢年經常出席會議，和委員們一起協商許多重大問題。參加市協商會議的民主黨派、工商界人士都很高興，認為每次聽陳、潘兩人講話，都很“解渴”，能解決一些思想認識問題。
潘漢年注意發揮市協商委員會的民主協商作用。解放初，上海面臨各種困難：私營商業缺乏資金，原材料不足，生產停滯，公私和勞資關係緊張等。潘漢年在這方面做了大量的工作，協商解決了不少實際問題。
1950年國家發行人民勝利折實公債，上海成立市推銷委員會，潘漢年擔任主任委員。動員全市人民認購人民勝利折實公債，解決資金短缺和財政經濟困難，是市協商委員會成立後的第一件大事。陳毅曾邀請了幾百名工商界人士開會，動員認購，榮毅仁當場認購了很多，但到付款時卻交不出來。這時，他說了心裡話：我榮毅仁不多購一些，別人還會認購多少呢?潘漢年派人進行調查，得知情況屬實，於是就如實向陳毅和來上海調查的陳雲匯報上海認購公債工作中遇到的困難。中央了解了上海工商界的實際情況，實事求是地削減了部分認購數目。
進城之初，收稅困難，逃稅漏稅嚴重，影響國家財政收入。為此，市協商委員會成立了“上海市工商業稅民主評議委員會”，吸收專家和工商界人士參加，對稅收中有爭議的問題進行協商和討論，協助政府順利完成收稅任務，同時也提高了納稅人對納稅義務的認識。同時，陳毅、潘漢年根據工商界人士的反映，也調整減免了一部分不合理的稅收。當時，潘漢年和許滌新還聯名寫信給陳雲，提出了經過調查研究，和工商界協商後的比較符合實際的定稅原則，既促進了工商業發展，又達到了公私兩利的目的。
上海解放初期開展了抗美援朝、鎮壓反革命和土地改革運動。市協商委員會推動各界人士積極參加三大政治運動，擴大了人民民主統一戰線。1950年下半年，上海掀起了轟轟烈烈的抗美援朝、保家衛國的群眾運動。潘漢年被市協商會、各人民團體和民主黨派推選為上海抗美援朝分會主席。當時，上海舉行了反帝愛國講座達41次。上海抗美援朝分會發動上海各界捐獻飛機、大炮，支援前線。1951年9月12日，潘漢年出席市協商會召開的勞資雙方座談會，會上，他強調指出：必須全心全意地依靠工人階級。上海原計劃捐獻334架飛機，計人民幣508億元(舊幣)。由於上海抗美援朝分會放手發動群眾，依靠廣大工人，各界踴躍捐獻達8491萬(新幣)，約合飛機566架。1952年，潘漢年等接見來上海參觀訪問的中國人民志願軍歸國代表團和朝鮮人民訪華代表團華東分團的全體代表，向他們講述了上海人民的這一無私的奉獻。
為了推動市郊土地改革，市協商會組織了各界人士二百多人參加市郊土改。通過實踐，使各界人士對黨的土改政策有了進一步了解，促進了自我教育和自我改造。
1951年上海大張旗鼓地開展了鎮壓反革命運動。潘漢年向市協商委員會提出建議，成立反革命案件審查委員會，組織各民主黨派和各界人士參加對反革命案件的調查審理。對某些案件在量刑上有重大分歧時，或對某一案件認為材料不足等，通過市審查委員會調查核實，作出正確結論。例如申新紡織廠惡霸黃龍華一案，主審人員量刑意見不一。潘漢年得知後，一方面及時做工作，另一方面要市協商委員會組織調查團，由各陪審員、機關、團體代表與報社記者20餘人組成，到工廠訪問被害者，提訊與黃有關的在押犯，進行深入調查，查明黃犯重大罪行，在量刑問題上取得了一致意見。
鞏固發展統一戰線
解放初期，上海市協商委員會根據全國政協關於組織各界人士學習《中國人民政治協商會議共同綱領》的精神，組織上海各民主黨派、市工商聯等二千多人參加了為期一年的學習。針對黨內外存在解放後統一戰線工作還需要不需要的思想，潘漢年向各界人士作了《關於人民民主統一戰線問題》的學習輔導。他著重指出：中國新民主主義革命勝利以後，人民民主統一戰線不但需要存在，而且在社會主義改造和建設事業中，統一戰線還要進一步鞏固與擴大。他指出，由於中國經濟的落後，要實現國家的工業化，就一定要讓中國的資本主義有一個相當大的發展，才能走向社會主義;民族工商業在五種經濟並存中有一定發展前途，但同時存在著社會主義同資本主義的矛盾，工人階級同資產階級之間的矛盾，統一戰線必須由工人階級(通過中國共產黨)領導。潘漢年還談了人民民主統一戰線內部關係問題，他指出：各個階級的代表都有依據共同綱領平等發言，共商國家大事的權利。各個階級階層在共同綱領的大前題下，都代表著各自的合法利益。在統一戰線內部有團結有鬥爭。
上海解放之後，中共上海市委和市人民政府為了加強和鞏固統一戰線，妥善安置了13萬國民黨軍政人員和9000多名失業知識分子。著名學者和愛國民主人士還被提名當了全國政協委員，體現了黨最廣泛的團結各階層人士的統戰政策。1951年和1953年，上海先後設立了市府參事室和文史館，安排了一些德高望重的名流。“味精大王”吳蘊初、“煤炭大王”劉鴻生從香港回滬後不久，即被任命為華東軍政委員會委員。韋愨、盛丕華、金仲華、榮毅仁、趙祖康、胡厥文等黨外人士先後就任副市長。陳毅和潘漢年都很重視黨外副市長，要求辦公廳為他們配好秘書，及時送閱文件，要求政府有關部門及時向他們匯報，請示工作，讓黨外副市長做到有職有權，發揮應有的作用。