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經過半年的努力，上海這個爛攤子得到初步整頓，稍見起色，工業生產、市場物價、財經情況逐步好轉，上海人民正在歡度新年、春節之際，美帝國主義和國民黨反動派不甘心他們的失敗，在1950年2月6日，大肆轟炸上海。“二六”轟炸後，潘漢年副市長立即陪同陳毅市長到被炸現場視察慰問。據當時同去的隨從人員回憶，當他在現場看到人民生命財產受到嚴重破壞的情景時，心情非常沉重，充滿了對受害人民的同情和對美蔣反動派暴行的無比憤恨。
當時正值舊曆年關前後，“二六轟炸”造成的新的困難，使原來潛在的上海私營工商業企業內部的各種矛盾和問題一齊爆發出來，正如大病初癒的人，又染上了新的病痛。那時，上海一個尖銳的問題，就是勞資關係緊張，勞資糾紛迭起。為了克服“二六轟炸”引起的工商界困難，劉長勝和潘漢年親自負責處理勞資糾紛工作。他倆以極大的毅力，一方面通過工會組織說服工人，主動採取留職停薪、減薪、輪班工作等辦法，協助廠方克服暫時困難，及時糾正了個別單位中某些不正確的做法;另一方面，積極督促工商業者改善經營管理，實行精簡節約，爭取保本自給。當時，對一些尖銳的勞資糾紛案件，還親自處理。最近，一位著名的老工業家回憶那時的情景說，解放初期，我同潘副市長常常見面，有時他還到我家來。在“二六轟炸”後，有一天晚上，因勞資爭議較為緊張，勞動部門打電話來家中找我，恰巧潘副市長剛到我家談話，他接過話筒在說明自己身份後說：你們怎麼在夜裡還打電話找人，明天再說吧!把緊張的局面緩和下來了。又有一天晚上，某紗廠一些工人因勞資爭議問題，上門找一位著名的工業家。那位工業家打電話給潘漢年反映情況，他立即打電話轉告陳毅市長，並果斷地排解了一場嚴重的糾紛。這位工業家說：潘副市長精明幹練，處事有魄力，至今印象還很深。
在調整勞資關係的同時，政府通過貸款、代紡、代織、代染和訂貨等措施，調整公私關係，許多廠商紛紛復業開工。當時有一家由金城銀行投資的紗廠，發生資金困難。潘漢年獲悉後，指示金融業要同生產事業相結合，並責成有關部門主動找他們商談，在公平合理原則下，使該廠問題及時獲得了解決。還有一位棉紡業大戶，解放初期從國外帶進一筆資金，恰巧遇到“二六”轟炸，這筆錢全部用罄，生產發生困難，結果也是在潘漢年親自關心下，通過貸款幫助他度過了困難。事後，這位工商業者說：“共產黨辦事乾脆，有肩胛。”
還值得一提的是，“二六”轟炸後，引起上海市場物價很大的波動，市民紛紛排隊購買大米和煤球。儘管政府千方百計從外地調運大量物資來滬加強供應，平抑物價，但市場上的擠購現象仍很突出，特別是大米，在私商糧食代銷店門前排成長龍。那時，有位外國專家向我們工商局建議說，光靠私商代銷，還不能把大米直接接國營零售牌價分配到市民手裡，米價也很難穩定，必須立即開設國營零售糧食商店。我們就把這建議向劉曉和潘漢年作了匯報，很快得到了批准。我們馬上行動起來，短短兩天之內，就在市內各區，特別是勞動人民聚居的地區，開設了50多家國營零售糧食店，敞開供應大米，緊張的排隊現象隨即消失，市場和人心也都穩定下來。我們還在主要地區開設合作社門市部，供應日用工業品。從此，上海人民那種長期受“二白一黑”(白米、白布和煤炭)嚴重威脅的日子一去不復返了。當年潘漢年在這一重大問題上，堅決果斷決策的情景，至今還歷歷在目。
潘漢年十分重視民主協商工作。早在1949年12月5日，上海市就成立了統一戰線性質的市協商委員會，在人民和政府之間發揮橋樑作用。上海市各界人民一屆三次代表會議，選舉成立了新的協商委員會，由陳毅任主席、潘漢年等任副主席，下面分工商、勞資、稅務、文教、一般等小組，在常委會領導下，經常集會討論，研究各項工作。潘漢年常常參加小組討論，直接聽取意見，並即席發言，對提出的問題分別作出解答或解釋，使到會同志都感到滿意。潘漢年一再說：“對政府提供建議和幫助，經常反映各界人士意見，對各種重要工作及時協商，各部門負責人到會報告各項重要措施，並答覆所提問題，這樣使政府與人民之間、各界人士之間，經常氣息相通，交換意見。”1952年間，潘漢年根據1951年政務院秘書長會議精神，召開了機關內部統一戰線工作組成立大會。到會的有市府委員，各委、局、處、院、署、區政府負責人和在市府內工作的共產黨員、民主黨派成員、無黨派民主人士代表、專家、技術人員、人事部門幹部等二千餘人，交流機關內部統戰工作情況，反映問題，提出批評和意見。潘漢年在會上作了《關於進一步加強市府機關內部統一戰線工作的報告》，受到了與會同志的熱烈歡迎。後來，他對機關統戰工作還作了重要批示：“政權中黨委及黨組應經常討論本單位的統戰情況，支部應將統戰工作列入經常議事日程之中”，並“要求政府首長應綜合本單位統戰情況，將成績：缺點，聯繫今後如何提高統戰認識，向黨外幹部作報告”。與此同時，潘漢年還切實妥善執行安排黨外民主人士的工作，並為擔任領導職務的民主人士配備秘書。他還囑咐政府有關部門及時向他們匯報請示，使這些擔任領導職務的民主人士做到有職有權，盡職守責，發揮他們參政議政的作用，體現了在政權內部黨與非黨民主人士合作共事的關係。