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1931年5月中央特科改組，陳賡將楊度的組織關係轉給潘漢年。後來，潘又奉周恩來命交給夏衍。楊當時作為秘密黨員起了別人無法代替的作用。1931年9月14日，楊度逝世，周恩來、潘漢年等曾秘密地親去弔唁致哀。
4、保護張浩(林育英)。當時，在國民黨上海市黨部吳開先手下當文書的沈壽亞，早期曾任中共嘉定縣委書記，內部叫他“老槍”。潘同他建立了聯繫，要他隱蔽下來，長期埋伏，爭取吳開先信任。1931年至1932年間，沈被調任國民黨上海市黨部組織部門某科的登記員，在他負責發放的登記表中，有一部分向國民黨市黨部秘密自首的共產黨叛徒的登記表。潘授意沈向吳開先建議，自首登記表應與一般國民黨員登記表分開處理、保存;並須有照片存底。這一建議被吳採納，並決定由沈專管自首登記表。沈向中共黨組織反映，上海某區一中共黨員，秘密自首，並向敵提供了全國總工會常委、海員、總工會黨團書記張浩(林育英)的職務和住處。敵特要這個叛徒繼續與張浩來往，了解張浩上下左右關係。特科要沈取出此人的登記表和照片，核對屬實後，全力保護張浩夫婦安全轉移，並制裁了這個叛徒。張浩後來任中共駐共產國際代表團成員，1935年參加起草著名的《八一宣言》，同年11月回到中共中央所在地瓦窯堡，傳達了共產國際關於建立反法西斯統一戰線的精神，對中央制定抗日民族統一戰線的方針政策和恢復中共同共產國際的聯繫作出重大貢獻。並按黨中央指示，以共產國際代表身份，同張國森分裂黨的錯誤路線進行了堅決的鬥爭。
以上僅是潘漢年在中央特科工作的片斷。對他這個時期工作的評價，1981年冬，在關於特科歷史的座談會上，陳雲同志在肯定了中央特科重要的歷史作用之後，說：“一二八”後，“就由潘漢年具體負責特科”，“應該說潘漢年是一個很重要的角色，不是一般的，實際上是他領導”。當然，特科局部工作的努力和成就，不能改變當時由於王明錯誤路線所造成的損失和被動局面。
二
1933年5月14日，潘梓年、丁玲被捕，潘漢年奉命撤離上海，到達江西瑞金。
在蘇區，他先後任蘇區中央局宣傳部副部長、部長，中華蘇維埃中央臨時政府教育人民委員會委員，中華蘇維埃共和國中央執行委員會委員，中共贛南省委宣傳部長等職。1934年10月，隨中央紅軍長征，任總政治部宣傳部長兼地方工作部長。
在此期間，潘漢年兩次被委派為蘇維埃政府和工農紅軍的代表，先後同福建國民黨十九路軍、廣東省主席陳濟棠的代表談判。這兩次談判都是成功的。前一次談判，促成了福建事變。但因當時的“左”傾領導者的錯誤指導，喪失了利用福建事變打破圍剿這一良好機會。後一次談判則為紅軍長征突破南線封鎖線創造了有利條件。
這兩次談判都為潘漢年廣泛聯繫反蔣上層人士和社會各界人士積累開展統一戰線工作經驗打下了基礎。
遵義會議後，張聞天於1935年3月代表黨中央通知陳雲和潘漢年，要他們去上海，準備恢復白區工作，並設法恢復同共產國際的聯繫。潘先行。抵滬後，中央軍委和特科留在上海的同志告訴他，一時無法與共產國際聯繫，他在滬不安全，於是，潘就到香港等候。8月，陳雲到滬，潘漢年返滬與陳會晤。9月，陳雲、潘漢年先後從上海赴蘇。他們抵莫斯科時，共產國際“七大”已開過，他們一起參加了少共國際的“六大”。
此前不久，1935年8月1日，中國共產黨駐共產國際代表團，以中華蘇維埃中央政府和中共中央名義，發布了《為抗日救國告全體同胞書》，即《八一宣言》，標誌著中國共產黨方針任務的新轉變。12月瓦窯堡會議和毛澤東的《論反對日本帝國主義的策略》的報告，對黨的抗日民族統一戰線方針政策作了更切實、更深刻的論述。特別是“一二九”運動後，黨的抗日民族統一戰線深入人心，得到各派政治勢力的響應，黨同地方實力派開始了廣泛的聯繫。
1935年5月，日本策劃華北五省自治，損害了英美在華利益，1935年下半年英美對日態度轉硬。1935年11月19日國民黨第五次全國代表大會上，蔣介石的態度也有所變化。
1936年1月，南京政府駐蘇使館武官鄧文儀，找到中共駐共產國際代表團。中共駐共產國際代表團團長王明表示，國共兩黨中央都在國內，談判以在國內進行為好，並指定將由蘇返國的潘漢年同國民黨聯繫。1936年7月，國民黨與中共聯繫的代表張沖在香港找到潘漢年，陪他從香港到南京。主持談判的陳立夫，指定鐵道部次長曾養甫見潘，表示要潘先去陝北，取得中共中央對兩黨合作談判的意見後同陳立夫正式會談。
兩黨談判的目的不同，共產黨是為民族最高利益，國民黨是為了融共，所以談判過程中充滿了鬥爭。但這個時期，面對日本的高壓，國民黨的態度還比較緩和。5月中旬，陳立夫在曾養甫家口授四條，由湛小岑記錄。(1)K方(國民黨)歡迎C方(共產黨)的武裝隊伍參加對日作戰;(2)C方武裝隊伍參加對日作戰時與中央軍同等待遇;(3)C方如有政治上的意見，可通過即將成立的民意機關提出，供中央採納;(4)C方可選擇一地區試驗其政治經濟理想。