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潘漢年於1936年7月24日到達西安，8月8日到中央所在地保安。他向中央作了匯報後，中共中央於9月1日發布了《關於遏蔣抗日問題的指示》，把抗日反蔣改為逼蔣抗日。8、9月間，潘漢年曾兩次奉命到西安，遵照中央指示，把與國民黨談判的方針和張所關心的共產國際對中國抗日和抗日民族統一戰線的積極態度告訴了張學良。
10月，潘漢年到上海與國民黨繼續談判。他在赴滬途中把有關致國民黨的信在浦口交張沖轉交，到上海後，他以中共駐上海辦事處主任身份開展統戰活動。首先會見宋慶齡，面交了毛澤東致她的信，取得了宋慶齡對中共工作配合和協助的允諾。接著，又將毛澤東致沈鈞儒、陶行知、章乃器、鄒韜奮等人的信交給了他們，並與原中央特科留在上海的同志如徐強、李雲等取得聯繫。在此時期，潘漢年以談判為主，也領導支持了群眾性的抗日救亡運動。10月21日中共中央正式委派潘為中共談判代表，由他直接和國民黨方面進行談判。
11月10日，潘漢年在上海滄州飯店會見陳立夫，正式轉達了中共中央提出的《國共兩黨抗日協定草案》的停止內戰、聯合抗日、釋放政治犯、開放言論自由等八項條件，並希以此為談判基礎。陳立夫代表蔣介石提出國共合作的條件：對立的政權與軍隊必須取消;紅軍目前可保留3000人;師以上領袖一律解職出洋，半年後召回，量才錄用。他還說，如軍隊能如此解決，則你們所提政治上各點都好辦。潘漢年當即嚴肅指出：這是蔣先生站在剿共立場的收編條件，不能說是抗日合作的談判條件。蔣先生大概誤以為紅軍已到無能為力的時候。陳立夫急忙轉了話題說：你我均非軍事當局，可否請周恩來先生出來一次，蔣答應願和周面談。他要潘不把蔣的條件向中共中央報告。潘立即回答：如不把貴黨的條件報告，僅說蔣願見周，豈不是要我騙他出來?暫時停戰問題不解決，我想他是無法出來的。
對於這次會談，潘漢年向中央匯報後，中央正式復電：(1)彼方條件如使紅軍無法接受，恩來出去無益。近日蔣先生猛力進攻紅軍，不能不使將領生疑。(2)提了在曾養甫家陳立夫口授的四條(見前文)。11月19日，陳立夫在南京約見潘漢年說，他已攜中共中央復電去過洛陽向蔣介石請示，但蔣介石見復電後仍堅持原提各點，無讓步可能。當談到曾養甫提出合作四條件時，陳竟抵賴說：“純屬子虛!”12月10日毛澤東致電潘漢年：“至今蔣介石似尚無抗日救亡之決心。……談判顯無速成之望。……紅軍不能減少一兵一卒，離開實行抗日救亡任務，無任何商量餘地。”同日，蔣召開嫡系的軍事會議，確定第六次圍剿計劃，預定12日上午蔣離西安時公布，並撤換張學良。中共中央也於是日向張學良通報，國共談判有了波折，“陳立夫第三次找潘漢年談，紅軍留3萬，要我方讓步。我們根本不同意蔣氏對外妥協、對內苛求之政策，更根本拒絕其侮辱紅軍之態度。……彼方如有誠意，須立即停戰，並退出蘇區之外，靜待談判結果……我們願以戰爭求和平，絕對不作無原則讓步。”於是，張、楊“兵諫”即西安事變不可避免發生了。
在西安事變中，潘根據中央方針，促成宋子文、宋美齡去西安談判。蔣介石扣留張學良後，潘又按中央指示為西北撤軍、釋張、國民黨實踐諾言、紅軍給養、防地、改編、釋放政治犯等，配合中共中央代表團同宋子文、陳立夫多次交涉。在整個談判過程中，潘漢年同志堅定地執行了中央方針，維護了黨和紅軍利益，對第二次國共合作，作了重要貢獻。
三
抗戰開始，國共合作抗日局面正式建立，潘漢年任八路軍駐滬辦事處主任。他全力以赴地開展抗日民族統一戰線工作，在鄒韜奮主編的《抗戰》(後改《抵抗》)三日刊發表署名文章10餘篇，宣傳變單純的政府抗戰為全民抗戰;促成《救亡日報》出版;幫助成立好幾個戰地服務團，使救亡運動擴展到各地;用各種方式開展國際宣傳;掩護王稼祥出國;籌募了我軍經費、醫療器材等。同時，和“八辦”秘書長劉少文等一起，按中央要求，報告了上海各界對抗戰、對國、共的態度;救亡運動舊寇侵華計劃、策略舊軍裝備、番號;美英法對中日態度舊使領館、海軍武官府派遣軍、日特務機關、滿鐵等機構的情況。上海淪陷，他參與安排宋慶齡、何香凝、郭沫若和救國會、文化界大量知名人士安全離開上海後，12月離滬赴港。1938年春經武漢去延安。列席黨的擴大六屆六中全會，後留在延安參加中共中央社會部的領導工作，任社會部副部長。
1939年春，潘漢年受命到香港、上海開展對敵隱蔽鬥爭。同年秋，中央批准成立華南情報局，由潘負責，助手有張唯一、李默農等，領導機構設香港，在滬、港、南洋展開工作。為了協助潘的隱蔽活動和開展情報工作，中央社會部派內勤幹部十餘名到上海，1942年江蘇省委也調史永等10多個同志給潘漢年系統，其中有打入汪偽重要機關的同志。1941年初皖南事變，中央電廖承志、劉曉、潘漢年接待從新四軍轉移到滬、港的同志，幫助他們回新四軍;接待從重慶、桂林等地到香港的文化界和民主人士。這樣，香港一度成為進步文化活動、民主活動、開展國際宣傳和開闢南洋工作的中心。1941年底，太平洋戰爭爆發，香港淪陷。中央指示廖承志、劉曉、潘漢年幫助在港民主人士安全離港。潘漢年單位，經中央同意，由潘親自部署，通過特殊掩護將內勤部分轉移到上海，外勤部分轉移到內地。1942年11月，經中央同意，利用李士群掩護江蘇省委領導人劉曉、王堯山等與潘一起撤退到新四軍淮南根據地。翌年成立以潘漢年、賴傳珠、胡立教為委員的華中局情報委員會，以潘為書記(主任)。同時成立以潘為部長的華中局情報部，以徐雪寒為主要助手。潘部上海單位1940至1941年由喬犁青負責，1942至1947年由張唯一負責。南京有徐楚光、馬蘊平、白莎、呂一峰等同志，由華中局情報部直接聯繫。