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上海解放後，帝國主義和國民黨反動派不甘心他們的失敗，不斷派飛機來上海轟炸。1949年6月23日，美國指使國民黨蔣介石公開宣布對上海口岸實行武裝封鎖，企圖切斷上海的海上交通運輸線，破壞上海的經濟建設。1950年2月6日，台灣國民黨反動派對上海的發電廠和自來水廠等實施狂轟濫炸，給人民生命財產造成重大的損失。事件發生後，潘漢年立即陪同陳毅親赴被炸現場視察，慰問工人和災民，並動員組織各方面力量，全力搶救，恢復生產。
潘漢年在主持市政府日常工作期間，非常重視抓好上海的經濟建設工作，他堅決貫徹黨中央關於要使上海從消費性城市轉變為生產性城市的方針，花大氣力抓了上海的經濟建設工作。1952年3月，潘漢年在一次幹部會議上的講話中指出，“改造舊上海為新上海，必須思想上明確以生產為中心，一切為生產服務”。
潘漢年還處處關心人民群眾的生活和疾苦。他常對市政府工作的同志說，人民政府的工作千條萬條，最重要的一條，就是為人民多辦幾件好事。1950年初，就決定建造工人新村，逐步改善人民群眾的居住條件。為了貫徹落實這一方針，潘漢年領導督促主管部門，組織力量對工人的居住情況進行調查，並多次召開會議，討論研究工人新村的修建規模、標準等問題，抓緊落實，使解放後第一個工人新村——曹楊新村很快建造完工，一大批工人勞模搬進了新房。曹楊新村的建立，開了上海建造新村工房的先例。
上海解放後，潘漢年除了協助陳毅同志主持市政府工作之外，還擔任中共中央華東局統戰部副部長兼上海市委統戰部部長，主持日常工作。
當時，團結爭取愛國的工商界人士，共同建設新上海是一項極其重要而迫切的任務。潘漢年曾經向統戰部的同志指出，上海這個大工商業城市，如果工商界人士袖手旁觀，隔山觀望，光靠黨、政府和工人階級的力量，是不容易迅速把生產和市場搞好的，一定要爭取他們站到我們這一邊來。
但是，許多工商界人士對中國共產黨的政策心存疑慮，解放前夕，紛紛把資金抽調到國外和香港，有的人雖然留在上海，但也是隨時準備席捲而走。針對這種情況，陳毅和潘漢年等曾多次召集民主黨派和各界愛國人士，特別是工商界人士開會，反覆向他們闡述黨的城市政策和工商經濟政策。同時，潘漢年還充分利用在民主革命時期結識的工商界朋友，廣泛深入地開展說服勸導工作，努力爭取許多移居海外和港澳的工商界人士重返上海，為新中國的建設事業作貢獻。並且動員留在上海的工商界人士從國外和香港調回資金和設備，重新開工生產。
潘漢年在統戰工作中堅持實事求是，和黨外人士推心置腹的做法，當時受到過一些人的批評，說他是右傾。但他堅信自己的做法是符合黨的政策原則和利益的。因而毫不動搖，始終貫徹黨的統戰政策，和黨外人士交朋友，在和諧友好的氣氛中開展工作。
潘漢年還注意抓市政府機關內部的統戰工作。1952年間，他根據1951年政務院秘書長會議精神，主持召開市政府機關內部統一戰線工作組成立大會。潘漢年在會上作了《關於進一步加強市府機關內部統一戰線工作的報告》，受到與會同志的熱烈歡迎。後來，他又對機關統戰工作作了批示：“政權中黨委及黨組應經常討論本單位的統戰情況，支部應將統戰工作列入經常議事日程中。”並“要求政府首長綜合本單位統戰工作情況，將成績、缺點，聯繫今後如何提高統戰認識，向黨外幹部作報告”。他還主張把統戰工作貫徹到各個部門，從政權部門到生產部門，都要做好這一工作。他說：凡是統戰政策思想貫徹好的部門，工作就搞得好，反之就不會搞好。
上海解放初期，市委市政府的工作千頭萬緒，紛繁複雜，但潘漢年對黨的統戰工作始終傾注了滿腔熱情和大量精力。正如當年在他領導下工作過的同志所說的那樣：“潘漢年同志在解放前地下鬥爭時期和掌握政權後，長期和民主人士相處。幾十年來，這些民主人士雖歷經風浪，但仍然堅持跟黨走，他們中不少人後來還擔任了很重要的領導工作，這是同潘漢年同志的努力工作分不開的。”
上海歷來是國民黨特務機關的一個重要活動基地。解放以後，在上海潛伏下來的特務有6000餘人。此外，台灣國民黨還不斷派遣特務潛來上海，進行暗殺和破壞活動。潘漢年對上海的反特工作和治安保衛工作抓得很緊，經常聽取公安部門的匯報，並及時給予具體指示，有時還親臨第一線指揮戰鬥。
為了保證上海的公安保衛工作順利開展，潘漢年很重視公安幹警隊伍的思想建設和素質訓練，他一再向公安戰線的同志指出：要打倒敵人，必須熟悉敵人;要戰勝敵人，必須學會敵人的長處。他還反覆強調，做好公安保衛工作，一定要堅持廣泛深入的調查研究工作，要把專業工作和發動群眾有機地結合起來，認真貫徹執行專門機關和群眾路線相結合的公安保衛方針，發動群眾，依靠群眾。
潘漢年不僅為保衛上海傾注了極大的精力，而且在改造上海的鬥爭中作出了突出貢獻。近百年來，帝國主義統治上海，培植了一批為它服務的上海流氓勢力。他們長期橫行上海，給上海人民帶來了深重的災難。如何解決這一問題，是潘漢年長期考慮的問題。他憑藉著長期在上海開展對敵鬥爭的經驗，順利清除了上海流氓勢力。當時，上海人民對共產黨能不能清除這勢力心存疑慮，他們說，“共產黨要是能把上海的流氓勢力打倒了，才真正稱得上翻身”。當他們看到這一要求變為現實時，無不拍手稱快。