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新中國成立前夕，潘漢年和中共華南分局的同志根據黨中央召開新政協、成立民主聯合政府的號召和指示，承擔了為新政協的召開做思想準備和組織準備的重要任務。他們及時向當時轉移到香港的各民主黨派領導人和其他愛國民主人士通報中共中央的有關方針政策，並廣泛深入地和他們交換意見，討論研究召開新政協的有關問題，通過他們和民主黨派領導人的密切聯繫和磋商，及時溝通中國共產黨和各民主黨派及其他愛國民主人士在召開新政協問題上的意見，為黨中央制定相應的方針政策和新政協的勝利召開奠定了初步基礎。
1948年7、8月間，潘漢年等開始組織護送在港民主人士赴解放區參加新政協的籌備工作。當時，國民黨特務雲集香港，港英方面警戒森嚴，極力破壞我方活動，阻撓民主人士北上。在這樣困難的情況下，潘漢年指揮若定，調動各方面的力量，以高度負責的精神，妥善地安排李濟深、沈鈞儒、黃炎培、馬寅初、馬敘倫、郭沫若、沈雁冰等大批民主人士秘密離港轉到東北、華北解放區。從1948年8月至1949年3月，先後送走了20餘批民主人士，總數達350人以上，沒有一次失誤，為人民政協的順利召開，作出了重要的貢獻。
1949年4月28日，遵照黨中央電令，潘漢年和夏衍、許滌新離開香港，趕到北平，準備參加接管上海的工作。他們在北平先後受到毛澤東、劉少奇、周恩來、朱德的親切接見。
5月16日，潘漢年一行乘火車南下，5月23日傍晚到達丹陽，先後向陳毅、饒漱石、曾山等匯報了毛澤東、劉少奇、周恩來所作的指示。隨後，他們便隨解放軍向上海進發，迎接上海的解放。
八
1949年5月27日，上海解放。
5月28日下午，潘漢年作為新上海的市政府副市長，陪同陳毅市長，接受原國民黨上海市代理市長交出的舊市政府印信。從此，領導新上海的緊張繁重的工作開始了。
從上海解放那天起，潘漢年就擔任上海市人民政府副市長、市政府黨組書記、市委副書記、第三書記等重要職務，主持市政府的日常工作，成為陳毅市長的得力助手。
潘漢年協助陳毅領導上海工作是多方面的，搞好城市接管工作是其中的一個重要方面。當時，陳毅是上海市軍管會主任，粟裕是副主任。潘漢年兼秘書長，領導軍管會的日常工作。當時，在軍管會下面，設立了軍事、政務、財經和文教4個接管委員會，具體負責各系統各部門的接管工作。潘漢年主要是抓面上的工作，如綜合情況，處理問題，協調步驟等，工作千頭萬緒，任務極其繁重。在兩個月的接管工作時間裡，潘漢年度過了許多不眠之夜，他經常主持或參加軍管工作會議，聽取匯報、作出決定。會議每次都開到深更半夜，有時甚至通宵達旦。由於潘漢年長期戰鬥在上海，對上海各行各業的情況非常熟悉，而且思想敏銳，作風踏實細緻，因而對接管工作中出現的新情況新問題都能提出中肯的意見和解決辦法。經過兩個月的日以繼夜的緊張工作，基本上完成了接管任務。
對潘漢年在接管上海的工作中所作出的貢獻，當時擔任市政府副秘書長的周林作過這樣的評價。“他長期在上海從事對敵隱蔽鬥爭，熟悉上海各方面的情況，在接管上海中立下了汗馬功勞，起了別人起不了的作用。”
接管工作完成以後，在市委、市政府的領導下，各個系統重新建立了政權機關。潘漢年領導主持了這項工作，並親自參加各局和公司的成立大會，代表市委、市政府講話、作報告、分析上海的形勢，號召廣大幹部群眾為建設新上海而努力。各系統、各部門政權建設工作的完成，有力地保證了上海的經濟建設和各項工作的順利進行。
解放初期，提上市政府議事日程的一個迫切問題是打擊金融投機，穩定貨幣和市場，保障人民生活。國民黨統治後期，通貨膨脹十分嚴重，物價指數如天文數字，國民黨通用貨幣金圓券毫無信用可言。一解放，市軍管會於1949年5月28日立即頒布金字第一號布告，規定即日起使用人民幣，並限期於6月5日禁止使用金圓券，並宣布以人民幣1元兌換金圓券10萬元的比價。人民幣開始進入市場。但一些投機奸商卻肆無忌憚地進行銀元投機，哄抬銀元價格，隨後黃金、外幣價格也跟著而起，造成金融市場一股投機浪潮，帶動商品市場物價上漲，有的商店甚至拒收人民幣。
面對上述情況，市軍管會除了採取必要的經濟措施以外，於1949年6月10日，經請示中央同意採取了第一次大規模的行動。經過周密的研究部署，在陳毅、潘漢年、宋時輪等的親自指揮下，組織了金融、公安、警備區等有關部門的人員，分成5個小組，於6月10民在非法交易最集中的上午10點鐘，突然封鎖了金融投機的大本營證券大樓，當場逮捕了犯有嚴重罪行的投機商238人，移交法院審理，並繳獲一大批黃金、銀元和美鈔。
通過這次鬥爭，黨和人民政府在群眾中的威信空前提高。同時徹底消滅了以銀元金鈔計價的現象，人民幣占領了市場，政府完全掌握了金融領導權，對穩定上海的市場、經濟發展和人民生活起了重要作用。
金融投機市場被擊潰後，投機勢力又把投機資金轉向了商品市場，從1949年7月到1950年春，連續三次掀起“漲價”風潮。面對這種情況，當時擔任上海市財經委員會主任的潘漢年，在中共華東局、上海市委的領導下，領導經濟戰線的黨員幹部，研究各種對策，努力抑制物價上漲風潮。當時，他幾乎天天晚上參加各部門的領導幹部會議，聽取匯報，討論解決的辦法。經過幾個月的艱苦努力，終於戰勝了投機勢力的猖狂進攻，鞏固了新生的人民政權，穩定了市場物價。