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作為“七大”代表，潘漢年在大會期間對白區工作提了許多重要意見。抗日戰爭勝利後，他又迅速趕到香港，在港、澳、滬之間展開情報與統一戰線工作。
天亮前後履險如夷
1946年初，正是和戰未決之時，潘漢年又到上海從事秘密工作，在夜色的掩護下不時到“周公館”傳遞情報，請示工作。當年在“周公館”工作的同志如許滌新等人後來回憶與潘漢年的接觸，還大為讚嘆：“潘漢年的消息實在靈通!”
內戰全面爆發後，中共代表團撤回解放區，潘漢年也去了香港，從事情報工作和統戰工作，他在上海建立的情報機構，則繼續發揮巨大的作用。解放戰爭時期，國統區的民主運動風起雲湧，潘漢年叱吒風雲，大展宏圖，在解放戰爭後期貢獻更為突出。這個時期，他大部分時間在香港。中共中央上海局的負責人劉曉、劉長勝、錢瑛、劉少文、沙文漢、張執一等同志則輪流去香港開會或辦訓練班，同潘漢年建立密切的工作關係。潘漢年在香港沒有固定的公開機關，他的“輪流辦公室”設在香港各種酒家和咖啡館內，與各方人士談話、接頭就是在這些地方。
1947年，李濟深先生等人在香港組織國民黨革命委員會，民主同盟、農工民主黨的主要領導人也在香港進行組織活動。潘漢年在各民主黨派中間耐心細緻的工作和“肝膽相照”的風采，深得愛國民主人士的讚賞。1948年底，根據中央指示，他不顧改方特務的破壞與港英當局的森嚴戒備，排除萬難，精心組織，分批將350餘名民主人士從海路安全送抵東北解放區。這項工作難度之大局外人很難想像，而潘漢年組織工作的周密穩妥，在當時就獲得高度讚譽。其時潘漢年的工作千頭萬緒，但他都能從容應付。當時原國民黨資源委員會和上海海關的主要負責人先後到香港與潘漢年聯絡，在潘漢年的部署下起義，使這兩個系統的檔案和美援物資完整地交我方接收。中國、中央民航兩家航空公司在香港的員工率領了二十架飛機起義，也是潘漢年組織策動的。再如南京市委策動的俞勃駕機起義，也是由潘漢年通知他領導的上海秘密電台負責人劉人壽，請他與中央聯繫，確定降落地點與信號。最後，這架B24大型轟炸機安全降落在石家莊，對渙散國民黨的軍心起了很大作用。
對香港的文化宣傳工作，潘漢年更是駕輕就熟。他廣泛聯繫文化人，包括在港的京劇演員。如為東江游擊隊添置冬衣，他通過關係請馬連良、張君秋義演，又發動工商界推銷票子，籌到了一筆款項。他支持夏衍同志領導香港文化工作、辦《華商報》，還為香港《文匯報》的創刊、發展解決了許多困難問題，如編輯人才、經費、發行等，難怪有人說潘漢年是香港《文匯報》的真正創辦人。
1949年4月24日，中央電召潘漢年北上，他和夏衍、許滌新等在參加慶祝南京解放酒會的第三天早晨，由香港起程搭“東方號”輪船抵天津，5月5日到北京，毛澤東、周恩來、劉少奇、朱德先後接見了他。周恩來對他說：“上海即將解放，中央決定派陳毅去當市長，你要當好陳毅的助手，做好各方面的工作。”上海解放後，潘漢年即到上海就任副市長、市人民政府黨組書記、上海市軍管會秘書長。由於他對上海的情況熟悉，因此在接管上海時，得以克服許多困難，順利地完成接管任務並立刻投入恢復生產、建設新上海的戰鬥。
那時，潘漢年還兼任華東局統戰部副部長(部長由陳毅兼任)、上海市委統戰部長。陳毅很懂得統戰工作的重要性，他認為在解放初期要迅速恢復上海的生產，解決工人的失業問題，保障人民生活必需品的供應，必須取得工商業者的合作，按《共同綱領》辦事。潘漢年在陳市長的領導之下努力做好各項工作，對民族資產階級的統戰工作做得特別出色，致使不少挾資跑到香港的資本家回上海開辦企業為恢復國民經濟效力，如劉鴻生先生就是這樣重返上海的。劉靖基先生的回憶可以讓我們看到潘漢年工作作風的一斑：在盛康年同志特意安排的一次家宴上，劉靖基第一次見到潘漢年，在座的工商業者有榮毅仁、盛丕華等人，當時劉靖基有些緊張，但潘漢年“穿著便衣，講著上海話，談笑風生，平易近人”，致使工商界人士的緊張情緒煙消雲散。可見政策對頭、工作細緻，會產生多大的感召力。
上海初解放時，投機倒把、販賣銀元、搗亂金融的現象十分嚴重，潘漢年力主堅決取締，使市場很快恢復正常。在他推動下，把上海原有的16.3萬家商號按行業整理，改組為200多個同業公會，並安排上海工商界中愛國的、有代表性的人物，擔任各種職務，使之各得其所，領導各行各業恢復生產、繁榮商業。此外，在解決上海的“二白一黑”(大米、棉花和煤炭)問題和處理勞資關係方面，潘漢年的工作都是既果斷又嚴密，充分證明他既是破壞舊世界的鬥士，也是建設新世界的行家。
建國之初，上海百廢待舉，情況十分複雜，鬥爭尤為劇烈，要在這樣的大舞台上指揮若定，履險如夷，需要過人的精力，傑出的才華，更需要忠貞的黨人膽魄。作為當時上海黨的傑出領導人之一的潘漢年，鬥爭藝術極具光彩。在短短的6年裡，在鎮壓反革命，取締流氓、妓女，解決政府機關不純問題，“三反”“五反”運動中，潘漢年團結廣大群眾建設新上海，其功績足以彪炳史冊。