第46頁
葉的動機已經明了，傅斯年的“暴怒”之火卻未完全消解，他對葉的所作所為表示“盛意可感”之後，沒有就此打住，而是在覆信中不厭其煩地大談清華、北大與中研院發聘書的不同，謂“此次清華發聘，系繼續舊辦法;本院發聘，是更改舊辦法”。言外之意是中研院的辦法要比清華先進和高明得多，你作為中研院的總幹事何以不明二者之高下?又謂“若當時兄囑毅侯兄去信時，末了寫上一筆'盼大駕早來李莊，為荷'，弟亦不至著急矣”。言語中似乎仍是不依不饒。最後，傅斯年表示“為國家保存此一讀書種子”，還是要聘請陳寅恪就任史語所職，並以長者對待孫子的架勢，指令葉企孫再給陳寅恪發一聘書，並在信中親自列出了聘書的文字格式：
專任研究員暫適用兼任研究員之待遇
月薪一百元外暫加薪四十元
註：此為十年相沿之公式(最初“為適用特約待遇”)。有換文，兩方輪轉，後來不轉了。如改此式，恐須先在本所所務會議中一談，弟覺此式似可不必改也。
葉企孫接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清華的地位與勢力，曾幾度出任代理校長，掌管清華一切事務，就連德高望重的梅貽琦也讓著七分。而今自己身為中央研究院一人之下的總幹事，居然連發個兼職人員聘書這種小事也要由一個小小的所長親自授命，真是莫大的恥辱。想到此處，葉企孫憤怒地當著總辦事處工作人員的面大聲說道：“傅斯年此人太過於high-handed(霸道)了!”②遂把傅信棄之一邊不再理會。儘管傅斯年“氣魄大，要錢、花錢，都有本領”，在別人看來“歷來的總幹事，都敬重他而又多怕他”(董作賓語)，但葉企孫卻不吃這一套，敬傅而不懼傅，心中有自己的主張。見傅斯年來勢兇猛，大有不依不饒之勢，於心灰意冷中理智地採取了敵進我退、惹不起躲得起的戰略戰術，萌生了掛起烏紗帽一走了之的打算。儘管在傅斯年的遙控、施壓下，葉企孫最終還是給陳寅恪寄發了“兼任”的聘書，但從此不再過問此事，至於陳寅恪是走是留，是死是活，一切都與他無關了。
1943年1月16日，借梅貽琦赴重慶辦理公務之機，與葉企孫進行了密談，二人商定葉可於夏秋離渝返昆，重操舊業。當天的梅氏日記有“午飯後與企孫久談”，“特種研究所將來併入各系。企孫明秋可返校”之語(按：“明秋”是指陰曆)。8月，葉企孫不顧朱家驊再三挽留，堅決辭去中央研究院總幹事職，返昆任教。辭職的公開理由是，“覺得長期脫離教書，不合適”，“當初離開昆明時，是向聯大請的假，按當時規定不能超過兩年”云云。但據葉的家人(侄女)說，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一個原因則是“跟傅斯年合不來”。葉在中研院的助手、後為清華物理系教授的何成鈞證實了這一說法，並謂：“葉企孫有東南大學(後並為中央大學)、清華大學與美國學術機構的學術與人脈背景，當時的中央研究院十幾個研究所，人員大多都是這個系統的。葉人緣好，處事公道，很得這些所長與研究人員的歡心。而傅斯年是北大與歐洲系統的人物，這個系統在中研院的人數並不多，傅之所以能在此立腳，還有些作為，就是靠他性格中具有的山東響馬與水泊梁山好漢們那股敢打硬沖的狠勁。但他那一套不是很受人歡迎，葉先生就曾親自跟我講過傅斯年太過於high-handed(霸道)，不能跟他共事等話。據說傅斯年到了台灣也還是很high-handed，這是他本人性格決定的，是沒辦法改變的事。”③
重返清華(2)
葉企孫於1943年秋辭去中央研究院總幹事之職，回到西南聯大，繼續擔任清華大學“特種研究事業”委員會主席。中研院總幹事一職，由留法博士、生物物理學家李書華繼任。1945年，李辭職，朱家驊聘請物理學家薩本棟出任總幹事兼物理研究所所長。
1945年8月，西南聯大理學院院長吳有訓調任重慶中央大學校長，葉企孫繼任其職。抗戰勝利後，西南聯大常委梅貽琦因頻繁往來於重慶、南京、北平之間辦理學校復員事宜，葉企孫被國民政府教育部指定代理清華大學校長、聯大常委並主持聯大校務。在此期間，西南聯大分到了兩個公費留學生名額，葉企孫力薦年少聰敏的物理學天才李政道。許多年後，榮獲諾貝爾物理學獎的李政道頗為感激地說道：“葉師破格地推薦當時只是大學二年級學生的我去美國作博士生……所以沒有葉師和吳大猷教授，就沒有我後來的科學成就。葉師不僅是我的啟蒙老師，而且是影響我一生科學成就的恩師。”
1946年秋，清華大學復員回到北平，重新在美麗的清華園複課。葉企孫擔任校務委員兼理學院院長，再度成為梅貽琦之下清華園響噹噹的二號實力派人物。1948年底，在解放軍圍城之際，梅貽琦倉皇南飛，清華大學很快被解放軍接管，校務暫由文學院院長馮友蘭署理。梅貽琦在南飛之前，曾與葉有過相商，據葉企孫在“交待材料”中披露：“清華復員以後，吾曾一度向梅貽琦說：倘有短期出國研究物理學或1949年10月，陳毅參觀清華大學與教授們在大圖書館銅門前合影留念。前排左起：葉企孫、張奚若、陳毅、吳晗;後排左起：潘光旦、張子高、周培源
科學史的機會，吾可以考慮。後來，美國某基金會(我記不清那一個了)來信，說已給我一個研究科學史的學侶補助金(fellowshipstipend)，研究地點在麻省理工大學或哈佛大學。吾收到這封信時，人民解放軍已接近北京郊區。吾願意留在清華，等候解放。我沒有答覆基金會來信，也沒有去領款。”當葉企孫決定放棄這個機會時，梅貽琦仍想拉葉離開北平，並有了與葉一同到福建省利用海外一批基金重新建立清華大學基地的打算。但葉在硝煙炮火中經過一番搖擺、觀望，最後“自信作孽無多，共產黨也需要教書匠”，便決定既不出國也不南飛，堅持留下來迎接對他來說並不了解的新政權。後來由於國民黨政權在大陸迅速土崩瓦解，梅貽琦南飛後在福建重建清華的夢想隨之破滅。
1950年3月，根據新中國中央人民政府指令，清華大學校務委員會改組，馮友蘭被踢出圈外，由葉企孫出任主任委員(校長)，主持全校工作，成為清華大學當之無愧的一號人物。據與葉共事幾十年的一位清華老教授說：就葉的性格和思想言，屬於敦厚學者型人物，性溫口訥，“似不能言者”，且有牢固的自由、獨立思想，原不適於寄身“仕”位。雖曾幾次代理校務，但那只是他很少有人與之匹敵的聲名與學術地位使然，而且多屬維持和留守性質，真正長期搞行政工作，既不是他的特長，也不是他的願望。至於政治，更是他一向唯恐避之不及的。當年在重慶任中研院總幹事時，身為國民黨中央組織部長的朱家驊不止一次拉他入國民黨，都為其所拒，因而葉的一生一直是個無黨派人士。不僅如此，他獨善其身，終身不娶，視學生為兒女，度過了悲欣交集的一生。(按：據清華大學物理系教授虞昊說，葉之所以不娶，是由於暗戀著一直孀居的寡嫂之故。)
專任研究員暫適用兼任研究員之待遇
月薪一百元外暫加薪四十元
註：此為十年相沿之公式(最初“為適用特約待遇”)。有換文，兩方輪轉，後來不轉了。如改此式，恐須先在本所所務會議中一談，弟覺此式似可不必改也。
葉企孫接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清華的地位與勢力，曾幾度出任代理校長，掌管清華一切事務，就連德高望重的梅貽琦也讓著七分。而今自己身為中央研究院一人之下的總幹事，居然連發個兼職人員聘書這種小事也要由一個小小的所長親自授命，真是莫大的恥辱。想到此處，葉企孫憤怒地當著總辦事處工作人員的面大聲說道：“傅斯年此人太過於high-handed(霸道)了!”②遂把傅信棄之一邊不再理會。儘管傅斯年“氣魄大，要錢、花錢，都有本領”，在別人看來“歷來的總幹事，都敬重他而又多怕他”(董作賓語)，但葉企孫卻不吃這一套，敬傅而不懼傅，心中有自己的主張。見傅斯年來勢兇猛，大有不依不饒之勢，於心灰意冷中理智地採取了敵進我退、惹不起躲得起的戰略戰術，萌生了掛起烏紗帽一走了之的打算。儘管在傅斯年的遙控、施壓下，葉企孫最終還是給陳寅恪寄發了“兼任”的聘書，但從此不再過問此事，至於陳寅恪是走是留，是死是活，一切都與他無關了。
1943年1月16日，借梅貽琦赴重慶辦理公務之機，與葉企孫進行了密談，二人商定葉可於夏秋離渝返昆，重操舊業。當天的梅氏日記有“午飯後與企孫久談”，“特種研究所將來併入各系。企孫明秋可返校”之語(按：“明秋”是指陰曆)。8月，葉企孫不顧朱家驊再三挽留，堅決辭去中央研究院總幹事職，返昆任教。辭職的公開理由是，“覺得長期脫離教書，不合適”，“當初離開昆明時，是向聯大請的假，按當時規定不能超過兩年”云云。但據葉的家人(侄女)說，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一個原因則是“跟傅斯年合不來”。葉在中研院的助手、後為清華物理系教授的何成鈞證實了這一說法，並謂：“葉企孫有東南大學(後並為中央大學)、清華大學與美國學術機構的學術與人脈背景，當時的中央研究院十幾個研究所，人員大多都是這個系統的。葉人緣好，處事公道，很得這些所長與研究人員的歡心。而傅斯年是北大與歐洲系統的人物，這個系統在中研院的人數並不多，傅之所以能在此立腳，還有些作為，就是靠他性格中具有的山東響馬與水泊梁山好漢們那股敢打硬沖的狠勁。但他那一套不是很受人歡迎，葉先生就曾親自跟我講過傅斯年太過於high-handed(霸道)，不能跟他共事等話。據說傅斯年到了台灣也還是很high-handed，這是他本人性格決定的，是沒辦法改變的事。”③
重返清華(2)
葉企孫於1943年秋辭去中央研究院總幹事之職，回到西南聯大，繼續擔任清華大學“特種研究事業”委員會主席。中研院總幹事一職，由留法博士、生物物理學家李書華繼任。1945年，李辭職，朱家驊聘請物理學家薩本棟出任總幹事兼物理研究所所長。
1945年8月，西南聯大理學院院長吳有訓調任重慶中央大學校長，葉企孫繼任其職。抗戰勝利後，西南聯大常委梅貽琦因頻繁往來於重慶、南京、北平之間辦理學校復員事宜，葉企孫被國民政府教育部指定代理清華大學校長、聯大常委並主持聯大校務。在此期間，西南聯大分到了兩個公費留學生名額，葉企孫力薦年少聰敏的物理學天才李政道。許多年後，榮獲諾貝爾物理學獎的李政道頗為感激地說道：“葉師破格地推薦當時只是大學二年級學生的我去美國作博士生……所以沒有葉師和吳大猷教授，就沒有我後來的科學成就。葉師不僅是我的啟蒙老師，而且是影響我一生科學成就的恩師。”
1946年秋，清華大學復員回到北平，重新在美麗的清華園複課。葉企孫擔任校務委員兼理學院院長，再度成為梅貽琦之下清華園響噹噹的二號實力派人物。1948年底，在解放軍圍城之際，梅貽琦倉皇南飛，清華大學很快被解放軍接管，校務暫由文學院院長馮友蘭署理。梅貽琦在南飛之前，曾與葉有過相商，據葉企孫在“交待材料”中披露：“清華復員以後，吾曾一度向梅貽琦說：倘有短期出國研究物理學或1949年10月，陳毅參觀清華大學與教授們在大圖書館銅門前合影留念。前排左起：葉企孫、張奚若、陳毅、吳晗;後排左起：潘光旦、張子高、周培源
科學史的機會，吾可以考慮。後來，美國某基金會(我記不清那一個了)來信，說已給我一個研究科學史的學侶補助金(fellowshipstipend)，研究地點在麻省理工大學或哈佛大學。吾收到這封信時，人民解放軍已接近北京郊區。吾願意留在清華，等候解放。我沒有答覆基金會來信，也沒有去領款。”當葉企孫決定放棄這個機會時，梅貽琦仍想拉葉離開北平，並有了與葉一同到福建省利用海外一批基金重新建立清華大學基地的打算。但葉在硝煙炮火中經過一番搖擺、觀望，最後“自信作孽無多，共產黨也需要教書匠”，便決定既不出國也不南飛，堅持留下來迎接對他來說並不了解的新政權。後來由於國民黨政權在大陸迅速土崩瓦解，梅貽琦南飛後在福建重建清華的夢想隨之破滅。
1950年3月，根據新中國中央人民政府指令，清華大學校務委員會改組，馮友蘭被踢出圈外，由葉企孫出任主任委員(校長)，主持全校工作，成為清華大學當之無愧的一號人物。據與葉共事幾十年的一位清華老教授說：就葉的性格和思想言，屬於敦厚學者型人物，性溫口訥，“似不能言者”，且有牢固的自由、獨立思想，原不適於寄身“仕”位。雖曾幾次代理校務，但那只是他很少有人與之匹敵的聲名與學術地位使然，而且多屬維持和留守性質，真正長期搞行政工作，既不是他的特長，也不是他的願望。至於政治，更是他一向唯恐避之不及的。當年在重慶任中研院總幹事時，身為國民黨中央組織部長的朱家驊不止一次拉他入國民黨，都為其所拒，因而葉的一生一直是個無黨派人士。不僅如此，他獨善其身，終身不娶，視學生為兒女，度過了悲欣交集的一生。(按：據清華大學物理系教授虞昊說，葉之所以不娶，是由於暗戀著一直孀居的寡嫂之故。)