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因這位“高足”的揭發交待，朱家驊、葉企孫二人的關係變得複雜嚴重起來。在提審人員冷峻與凌厲的目光逼視下，葉於1968年1月22日，向中央軍委專案組就自己與朱家驊的相識與共事經過作了自述式的交待：“1918年8月，我同朱家驊同船赴美國留學。那時吾同朱並不熟識。朱不是清華公費生。到美後，吾同朱並不同學，也不通信。朱留美不久，即轉往德國留學。”又說：“在同類地質學家中，吾同丁文江、翁文灝和李四光相熟在前，同朱相熟在後……朱就院長時，總幹事為任鴻雋，不久辭職。1941年春，朱來信要吾擔任總幹事。吾應允了，但須秋間方能到職。”
中央研究院總幹事(2)
葉的此次交待與他一個月後，即9月7日的說法略有不同，在專案組人員進一步審問中，葉企孫更加詳細地說道：“我從1918年同朱家驊認識的，是一同去美國的。1918年8月在南京號輪船上認識的。朱到紐約，我到芝加哥。1924年3月(我)回國在南京東南大學任物理系副教授。1933年在南京中央研究院開評議會時同朱家驊見面。他是地質組，我是評議員，議長是蔡元培，物理組組長是丁燮林(現叫丁西林)或李書華。1941年開始同朱家驊往來多了。1941年春夏時期，我在昆明受(收)到朱家驊的來信，叫我到國民黨政府中央研究院工作擔任總幹事。當時朱家驊是該院院長，又是國民黨黨內的反動特務，是中央組織部部長。我應允朱家驊的邀請到了重慶作了中研院的總幹事。我管計劃、預算、審查著作、聘請人籌備開會等……”
由於葉交待的人員名單中涉及到了翁文灝，專案組人員立即找到時在北京居住的翁，讓其寫“揭發”材料。在由他人代筆、翁文灝本人閱後簽字的材料中，翁文灝說：“葉在清華大學，作物理學系主任。我也在那裡教過書。解放以前，聽人家說，那時是偽中央研究院，朱家驊想請葉當總幹事。權力第一是院長，第二位就是總幹事。葉去過一下，時間很短，沒有做下去，很快就離開了。……朱家驊作過交通部長，北洋軍閥時期朱是北大教授，後來做過很多國民黨的工作。朱與葉一定認識，否則，朱請不動葉到中央研究院當總幹事。”
聽翁文灝的口氣，似乎國民黨在重慶期間，他沒有同朱家驊爭奪過中央研究院院長的位子，也不是大權在握的中研院評議會的秘書，更不知朱與葉此前是否相識，只是“聽人家說”，那時有個偽中央研究院的機構云云。翁氏真不愧是宦海名宿，從官場名臣李鴻章那裡學來的“搗漿糊”的迴旋術，可謂至絕至妙矣!
事實上，葉企孫離開清華專任中研院總幹事一職，翁文灝在中間起了相當關鍵的作用。
當蔡元培去世，朱家驊經過激烈角逐如願以償登上中央研究院代院長的寶座後，新內閣總幹事的最佳人選非傅斯年莫屬。遺憾的是，傅氏的身體狀況實在太差，勉強答應就任後，因體力漸漸不支，朱家驊不得不重新考慮找人頂替。經過與翁文灝、傅斯年反覆商量權衡，最後決定請葉企孫出山。
從葉企孫的人生經歷和後來他的“高足”與同事們“揭露”的材料看，朱與葉在成為中央研究院同事之前，僅是一般的熟悉而已，並不像後來馮友蘭“揭發”材料中所說“關係相當密切”。朱家驊之所以瞄上了葉企孫，除了葉自己所說受到“正統思想”和“歐美資產階級思想”的雙重教育，一個重要原因是葉的學術地位和組織、處世能力非一般人可比。當時中央研究院各所的主要支柱，基本都是清華出身或與清華相關的歐美系統，而葉企孫在這個系統的地位之高、之重是有目共睹的。正如1968年葉企孫被捕後，馮友蘭親筆向中央軍委專案組提供的“揭發”材料所言：“葉企孫，按解放前北京教育界的派系說，是清華派的第二號人物(第一號人物是梅貽琦)，在清華幾次代理校務，當過理學院院長，負責清華的幾個研究所的工作，在清華有很大的影響。”馮友蘭此話大致不差，正是緣於這種其他人無法企及的影響力，葉企孫才能做到“對於學者間的糾紛，尚能公平處理”。加之葉是一個無黨派人士，以此面目出現，對於各政治派別和學術利益集團的平衡，更有一種無形的親和力與說服力--這便是朱家驊請其出山的根本動機。
中央研究院總幹事(3)
據可靠的資料顯示，朱家驊最初實施這個計劃是在1940年夏，身為西南聯大常委並主持校務的梅貽琦因公赴渝與朱家驊相見。朱向梅表示，傅斯年因病幾次住院，身體越來越差，欲辭職赴李莊史語所靜養，自己有意聘葉企孫接替傅擔任中央研究院總幹事一職。此前朱家驊與翁文顥、傅斯年已與葉單獨做過溝通談及此事，葉表示“亦未嘗不可盡其綿力，逐漸使該院之研究事業更上軌道”云云。但又說要看梅的態度再商定。梅聽罷朱家驊的要求，頗感為難，表示清華方面的事務很難離開葉。當時西南聯大的情況如馮友蘭在回憶中所言：“除了聯大的總部外，三校各有其自己的辦事處，自己設立一些機構，與聯大無干。清華的辦事處最大，自己設立的機構也比較多，主要的是那些原來辦的研究所，有農業、航空、無線電、金屬和國情普查等研究所，這些所都不招學生，與聯大毫無關係。清華還有研究院，招收研究生，他們雖然也往聯大聽課，可是不算聯大的學生。北大辦有文科研究所，招收研究生，也與聯大無關。”又說：“當時的聯大，好像是一個舊社會中的大家庭，上邊有老爺爺，老奶奶作為家長，下邊又分成幾個房頭。每個房頭都有自己的'私房'。他們的一般生活靠大家庭，但各房又各有自己經營的事業。'官中'、'私房'，並行不悖，互不干涉，各不相妨，真是像《中庸》所說的'小德川流，大德敦化，此天地之所以為大也。'”
所謂“特種研究事業”，是指清華大學在戰前辦的農業、航空工業、無線電三個研究所，以及到昆明之後增辦的金屬學及國情普查等兩個研究所。為便於統籌管理，清華校方把五個所組成一個“特種研究事業委員會”，葉企孫為主任，主持全面工作。為了不駁朱家驊的面子，梅貽琦最後答應如果中研院非要葉出山赴重慶就任，最好不脫離清華而兩邊兼顧。這一條件令朱家驊未置可否，表示與同仁商量後再作決定。
到了這年的9月29日，朱家驊致信梅貽琦，說已同翁文灝與傅斯年二人商量，不同意葉企孫兩邊兼顧，只能放棄清華而專任中研院總幹事職。其理由是按中研院章程規定，凡院內專任人員不能兼職。為使問題更加清楚明了，在朱家驊的授意下，1940年10月15日，翁文灝以中研院評議會秘書的名義致信梅貽琦：“葉企孫兄至渝後接理中央研究院各事，朱騮先及傅孟真諸君均熱誠匡助，可以順利進行。惟有一事竊願以友誼奉商者：兄前次至渝時，曾經談及企孫兄於短時間內暫兼清華教務名義，但可以隨時商停。此事固僅為一名義問題，但事實上亦有若干影響。中研院總幹事一職向為專任，丁在君兄初受院聘時，方任北京大學教授，當經商定，俟功課教畢，完全離開北大(教授名義亦辭卸)，然後方至院內任事。企孫兄最好能免兼大學教授(但如聘為名譽教授則似尚可行)。此事弟與企孫兄面談時亦經提及，並已奉陳，敬希察照酌采，至為企幸。”梅貽琦接信後，對這種“霸王條款”表示不能接受，遂置之不理，坐看朱、翁等人如何處理。
中央研究院總幹事(2)
葉的此次交待與他一個月後，即9月7日的說法略有不同，在專案組人員進一步審問中，葉企孫更加詳細地說道：“我從1918年同朱家驊認識的，是一同去美國的。1918年8月在南京號輪船上認識的。朱到紐約，我到芝加哥。1924年3月(我)回國在南京東南大學任物理系副教授。1933年在南京中央研究院開評議會時同朱家驊見面。他是地質組，我是評議員，議長是蔡元培，物理組組長是丁燮林(現叫丁西林)或李書華。1941年開始同朱家驊往來多了。1941年春夏時期，我在昆明受(收)到朱家驊的來信，叫我到國民黨政府中央研究院工作擔任總幹事。當時朱家驊是該院院長，又是國民黨黨內的反動特務，是中央組織部部長。我應允朱家驊的邀請到了重慶作了中研院的總幹事。我管計劃、預算、審查著作、聘請人籌備開會等……”
由於葉交待的人員名單中涉及到了翁文灝，專案組人員立即找到時在北京居住的翁，讓其寫“揭發”材料。在由他人代筆、翁文灝本人閱後簽字的材料中，翁文灝說：“葉在清華大學，作物理學系主任。我也在那裡教過書。解放以前，聽人家說，那時是偽中央研究院，朱家驊想請葉當總幹事。權力第一是院長，第二位就是總幹事。葉去過一下，時間很短，沒有做下去，很快就離開了。……朱家驊作過交通部長，北洋軍閥時期朱是北大教授，後來做過很多國民黨的工作。朱與葉一定認識，否則，朱請不動葉到中央研究院當總幹事。”
聽翁文灝的口氣，似乎國民黨在重慶期間，他沒有同朱家驊爭奪過中央研究院院長的位子，也不是大權在握的中研院評議會的秘書，更不知朱與葉此前是否相識，只是“聽人家說”，那時有個偽中央研究院的機構云云。翁氏真不愧是宦海名宿，從官場名臣李鴻章那裡學來的“搗漿糊”的迴旋術，可謂至絕至妙矣!
事實上，葉企孫離開清華專任中研院總幹事一職，翁文灝在中間起了相當關鍵的作用。
當蔡元培去世，朱家驊經過激烈角逐如願以償登上中央研究院代院長的寶座後，新內閣總幹事的最佳人選非傅斯年莫屬。遺憾的是，傅氏的身體狀況實在太差，勉強答應就任後，因體力漸漸不支，朱家驊不得不重新考慮找人頂替。經過與翁文灝、傅斯年反覆商量權衡，最後決定請葉企孫出山。
從葉企孫的人生經歷和後來他的“高足”與同事們“揭露”的材料看，朱與葉在成為中央研究院同事之前，僅是一般的熟悉而已，並不像後來馮友蘭“揭發”材料中所說“關係相當密切”。朱家驊之所以瞄上了葉企孫，除了葉自己所說受到“正統思想”和“歐美資產階級思想”的雙重教育，一個重要原因是葉的學術地位和組織、處世能力非一般人可比。當時中央研究院各所的主要支柱，基本都是清華出身或與清華相關的歐美系統，而葉企孫在這個系統的地位之高、之重是有目共睹的。正如1968年葉企孫被捕後，馮友蘭親筆向中央軍委專案組提供的“揭發”材料所言：“葉企孫，按解放前北京教育界的派系說，是清華派的第二號人物(第一號人物是梅貽琦)，在清華幾次代理校務，當過理學院院長，負責清華的幾個研究所的工作，在清華有很大的影響。”馮友蘭此話大致不差，正是緣於這種其他人無法企及的影響力，葉企孫才能做到“對於學者間的糾紛，尚能公平處理”。加之葉是一個無黨派人士，以此面目出現，對於各政治派別和學術利益集團的平衡，更有一種無形的親和力與說服力--這便是朱家驊請其出山的根本動機。
中央研究院總幹事(3)
據可靠的資料顯示，朱家驊最初實施這個計劃是在1940年夏，身為西南聯大常委並主持校務的梅貽琦因公赴渝與朱家驊相見。朱向梅表示，傅斯年因病幾次住院，身體越來越差，欲辭職赴李莊史語所靜養，自己有意聘葉企孫接替傅擔任中央研究院總幹事一職。此前朱家驊與翁文顥、傅斯年已與葉單獨做過溝通談及此事，葉表示“亦未嘗不可盡其綿力，逐漸使該院之研究事業更上軌道”云云。但又說要看梅的態度再商定。梅聽罷朱家驊的要求，頗感為難，表示清華方面的事務很難離開葉。當時西南聯大的情況如馮友蘭在回憶中所言：“除了聯大的總部外，三校各有其自己的辦事處，自己設立一些機構，與聯大無干。清華的辦事處最大，自己設立的機構也比較多，主要的是那些原來辦的研究所，有農業、航空、無線電、金屬和國情普查等研究所，這些所都不招學生，與聯大毫無關係。清華還有研究院，招收研究生，他們雖然也往聯大聽課，可是不算聯大的學生。北大辦有文科研究所，招收研究生，也與聯大無關。”又說：“當時的聯大，好像是一個舊社會中的大家庭，上邊有老爺爺，老奶奶作為家長，下邊又分成幾個房頭。每個房頭都有自己的'私房'。他們的一般生活靠大家庭，但各房又各有自己經營的事業。'官中'、'私房'，並行不悖，互不干涉，各不相妨，真是像《中庸》所說的'小德川流，大德敦化，此天地之所以為大也。'”
所謂“特種研究事業”，是指清華大學在戰前辦的農業、航空工業、無線電三個研究所，以及到昆明之後增辦的金屬學及國情普查等兩個研究所。為便於統籌管理，清華校方把五個所組成一個“特種研究事業委員會”，葉企孫為主任，主持全面工作。為了不駁朱家驊的面子，梅貽琦最後答應如果中研院非要葉出山赴重慶就任，最好不脫離清華而兩邊兼顧。這一條件令朱家驊未置可否，表示與同仁商量後再作決定。
到了這年的9月29日，朱家驊致信梅貽琦，說已同翁文灝與傅斯年二人商量，不同意葉企孫兩邊兼顧，只能放棄清華而專任中研院總幹事職。其理由是按中研院章程規定，凡院內專任人員不能兼職。為使問題更加清楚明了，在朱家驊的授意下，1940年10月15日，翁文灝以中研院評議會秘書的名義致信梅貽琦：“葉企孫兄至渝後接理中央研究院各事，朱騮先及傅孟真諸君均熱誠匡助，可以順利進行。惟有一事竊願以友誼奉商者：兄前次至渝時，曾經談及企孫兄於短時間內暫兼清華教務名義，但可以隨時商停。此事固僅為一名義問題，但事實上亦有若干影響。中研院總幹事一職向為專任，丁在君兄初受院聘時，方任北京大學教授，當經商定，俟功課教畢，完全離開北大(教授名義亦辭卸)，然後方至院內任事。企孫兄最好能免兼大學教授(但如聘為名譽教授則似尚可行)。此事弟與企孫兄面談時亦經提及，並已奉陳，敬希察照酌采，至為企幸。”梅貽琦接信後，對這種“霸王條款”表示不能接受，遂置之不理，坐看朱、翁等人如何處理。