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脫脫不責怪弟弟無能，反而深防漢人，只要是商議軍國大事，他嚴命杜絕漢人官僚參加，並上奏順帝：“方今河南漢人反，宣榜示天下，令一概剿捕。諸蒙古色目（人），因遷謫在外者，皆召還京師”，也就是說，脫脫把“階級矛盾”上升為“民族矛盾”，擴大打擊面，準備又像元初那樣藉助蒙古、色目人打壓漢人。榜告一出，“河北之民亦有變而從紅軍者矣！”
亂起中原，脫脫身為宰輔，內心很是惶恐，不敢如實向順帝報告。順帝身邊的紅人哈麻當時與脫脫兄弟關係不錯，也常常為其開脫責任。但是，亂子越鬧越大，居於深宮的順帝終於得知情實，立刻招脫脫入宮責問：“汝曾言天下太平無事，如今紅軍半邊天下都是，丞相你有何策平滅之！”聽皇帝如此訊責，脫脫“汗流浹背”。
為顯示自己勇於承擔責任，脫脫自請率軍首攻徐州。
占領徐州的李二是蕭縣人，因曾以家中所貯芝麻賑濟災民，綽號“芝麻李”。李二占徐州是個“傳奇”，他在城外率七人裝扮成挑河工夫，城內只有四人做內應，一夕突然發難，奪守門卒兵器，十幾個人高呼叫殺，竟然一舉拿下徐州城。轉天，他們樹旗募兵，幾天內就有十多萬災民、河夫投奔，一下子占據了徐州及附近數個縣城。由於徐州控扼黃河與運河相交的要衝，脫脫只能把這裡當成首先“開刀”的地方。
脫脫領軍，治河的賈魯也隨他而行。但是，脫脫所領大都的蒙古“官軍”，體虛膽怯，不堪一擊。倒是身為淮東元帥的漢人逮善出主意，招募身體壯健的場下鹽丁為軍，這些人能戰善斗，加上淮東土豪王宣又招募了不少身板結實的流民，組成一支三萬多人的軍隊，皆身著黃衣黃幅，號稱“黃軍”，直殺徐州城。
“芝麻李”及其部下雖勇悍，畢竟很少實戰，苦戰不支，徐州被元軍攻克。脫脫怒城中人抵抗，下令屠城。此舉甚失民心，身為朝廷正規軍，攻取一地後竟然盡殺當地人民，良莠不分，可謂是脫脫政治生涯中最大的污點。
勝訊傳至大都，順帝遣大臣馬上往軍中宣詔命脫脫為“太師”，驅使他還朝輔政，廣賜金寶。皇太子本人還在私宅宴請脫脫。
徐州城破，“芝麻李”逃脫，脫脫謊稱首惡已死，隨筆削下一個腦袋號稱是罪魁的“首級”。一個月過後，“芝麻李”真身才被擒獲，送往京師。脫脫得知，半路命人把這真禍首殺掉，以遮己羞。
脫脫回朝，賈魯以中書左丞的身份仍舊帶兵圍攻濠州的郭子興。城堅磚厚，元軍數攻不下，未幾，治河大能人賈魯身染疾疫，竟然病死於軍中。雖如此，元軍連續派軍隊鎮守，南方“紅巾軍”損失慘重，各地首領又皆心懷鬼胎，不能團結，被接連各個擊破，彭瑩玉、項普等人相繼被殺，“天完”政權真的一下子就玩完了。（“天完”是“大元”二字上面分別加“一”和“寶蓋”，即壓倒“大元”之意）。
天下之亂稍定，脫脫不思如何剿盡殘敵，反而在京畿大行屯田，自己還領大司農事，“西至西山，東至遷民鎮，南至保定、河間，北至檀、順州，皆引水利，立法佃種”，這些小惠小利，大亂之下，幾乎是讓人感覺可笑了。脫脫是個強人，可是他不會施展強人政治。為了避免權力下放到地方，無論是行軍打仗還是治河種糧，他似乎都想親力親為。這難免可笑。
而且，看似平靜的大都宮城，正涌動著不可告人的逆動之流。即將上演陰謀劇的主策劃，乃是順帝寵臣哈麻。
哈麻乃康里人，其母是順帝弟弟元寧宗的辱母，憑這層關係，哈麻與其弟雪雪二人一直在禁衛軍中做中級軍官。順帝在位後，喜歡哈麻的口才與善解人意，“深眷寵之”，日與哈麻在殿中玩雙陸遊戲，一日不見，恍有所失。一次，哈麻穿一件新衣陪順帝下棋，順帝開玩笑，隨口把茶水噴在哈麻新衣服上，小伙兒大怒，厲聲說：“天子就幹這種事嗎！”如此，“帝一笑而已。其（哈麻）被愛幸，無與為比”。順帝與脫脫關係好，乃是君臣互敬互重的關係；順帝與哈麻，乃是老友鬼鬼、輕鬆無間的親狎關係。“由是哈麻聲勢日盛，自藩王戚里，皆遺賂之。”別兒怯不花為相時，進讒言把脫脫父親馬札兒台貶於甘肅，多次誣害脫脫兄弟，全賴哈麻從中回護，出力甚多。所以，脫脫復相後，為哈麻專門在中書設一個“右丞”的官職，以報答他先前救護之功。
但是，脫脫當時非常信重其手下汝中柏，把他從左司郎中超擢入中書，參議中書省事。官員們知道汝寧柏是脫脫親信，“平章以下見其（汝中柏）議事莫敢異同”，唯唯諾諾。哈麻與脫脫有舊，又是順帝寵臣，自然不拿汝中柏當回事，多次因事與這人在省中爭論。小人心窄，汝中柏便日夜在脫脫面前說哈麻的壞話。脫脫憤怒，藉故把哈麻從中書省弄出去，給他個“宣政院使”虛官，又位列第三，由此，哈麻開始深恨脫脫，二人由恩變怨。
汝中柏不稱意，怕哈麻日後為後患，力主脫脫找碴殺掉哈麻。脫脫意不決，與弟弟也先帖木兒商議。此公本無遠謀，性格軟弱，又認定先前哈麻救過自己一家，堅執不可。
哈麻知道脫脫有意要除掉自己，先下手為強，在皇后奇氏和皇太子面前說脫脫壞話，表示脫脫對冊立皇太子的儀式久拖不決，時有異議。婦人耳朵淺，果然相信哈麻之言，便與皇太子一起多次在順帝前大講脫脫的“不是”。確實，奇氏皇后所生子長大，順帝一直想即刻立其為皇太子。但考慮到順帝的正後以後還有可能生孩子，所以脫脫曾講過這樣的話：“中宮（正宮皇后）有子，將置之何所？”從實際上說，脫脫完全出於公心。經哈麻渲染，奇氏與皇太子母子不得不惱怒。
至正十四年（1354年），鹽販子張士誠在高郵建立“大周”，自稱誠王。元廷多次派軍征剿均失敗。由於高郵處於戰略和運輸要地，斷隔南北，元廷不得不再派脫脫“總制諸王諸省軍討之”。
此次行軍，元順帝下詔：黜陟予奪一切庶政，悉聽（脫脫）便宜行事，“西域、西番皆發兵來助。旌旗累千里，金鼓震野”，元朝大軍號稱百萬，浩浩蕩蕩，直撲高郵。
年底，元軍數戰，每戰皆捷，把高郵圍成鐵桶一樣，一隻蒼蠅飛出也難。被圍數月的張士誠與部下堅持不住，商議著怎樣出降才能活命。正因為自忖“罪過”太大，張士誠等人遲遲不敢開城投降。
正在這節骨眼上，元廷的皇帝詔使策馬趕到脫脫軍營。
由此，不僅脫脫的命運、張士誠的命運，包括整個大元朝的命運，均被這突如其來的一道詔書改變了。
脫脫出大都後，其弟也先帖木兒因病在家休養沒能上班。哈麻指使御史數人上章彈劾脫脫：“出師三月，略無寸功，傾國家之財為己用，半朝廷之官以自隨。其弟也先帖木兒，庸才鄙器，玷污清台，綱紀之政不修，貪yín之心益著。”彈章上達順帝。這一次，哈麻、奇氏以及皇太子皆落井下石，隨聲附和。耳軟而又忙於宮中yín樂的順帝大怒，馬上派中使前往陣前卸脫脫軍職。