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青年順帝已懂得玩弄政治手腕，他在棕毛殿端坐，見脫脫入殿跪拜，劈頭就問：“我讓你在甘州侍父，是誰召你來京？”這一問，順帝身邊的奇氏皇后嚇得花容失色。脫脫很鎮靜，回答說：“陛下命我侍親，現服喪已滿，故回京見至尊。”順帝念憶舊情，也不再裝，忙起身降階，與脫脫相抱而泣。
轉天，元廷下詔，再拜脫脫為相。
至正十年（1350年），戶部尚書薛世南、武子春揣摩脫脫心意，知道他再入相後想大有興作，便勸他只有大行更張，才能“垂名竹帛於無窮也”。他們兩人首先勸脫脫進行鈔法“改革”。改革手段很拙劣，即印製新的中統交鈔，以中統交鈔壹貫文省權銅錢一千文，准至元寶鈔二貫。說是新鈔，實際是用先前的中統交鈔加蓋“至正交鈔”幾個字而已，故而又稱“至正中統交鈔”。同時，又鑄銅錢，準備以紙幣為母，銅錢為子。元代初期的中統鈔，以絲為本；中統元寶鈔以及後來的至元鈔、至大鈔皆以銀為本，而現在的新鈔本末倒鈔，目的只有一個，多印交鈔，用紙錢掠奪民間財富。漢臣呂思誠等人馬上提出異議，認為新鈔法一行，民間定會把銅錢藏起而棄用紙幣。順帝、脫脫皆不大懂經濟，不聽勸阻，下詔大量印鈔，最終導致通貨膨脹，物價騰飛，新鈔變成廢紙一樣。如此一來，元朝國內的經濟凋敝，先前那鈔票通行無阻的神話終於破滅。
自1342年以來，黃河流域災禍頻頻，多次泛濫，睢陽、歸德一帶數為澤國。同時，河北、山西等地又發生幾十年不遇的大旱，出現重大饑荒，已有人相食景象出現。1243、1245、1246、1248數年，黃河在曹州、濟陰、汴梁等地數次決口，漂毀民房，死人無數。脫脫復相後，以工部郎中賈魯為治水總管，大舉治河。賈魯有兩策，一策是修築黃河北堤，一策是挽河東行，疏塞並行。前策容易，後策不僅實施艱難，且耗費人力物力巨大。脫脫是幹大事的人，最後拍板，決定採納後策。當然，脫脫和賈魯的出發點是一致的：根治黃河，不僅疏災，還能制止“盜賊滋蔓”。但對此議，元朝內部反對聲浪甚高，首先，反對者認為工程量巨大，施行不易；其次，一二十萬人聚在一起開工，加之黃河各個工地連年饑饉，萬一有人鬧事，一呼萬應，百姓如果藉機造反，那可比河患要大上一萬倍。
脫脫“大政治家”氣魄，當然不聽，堅持“役不大興，害不能已”，要干就一勞永逸。甭說，賈魯治河效果真不錯。至正十一年陰曆四月開工，七月鑿疏工程完畢，八月底放水，九月通船並堵塞掘口，到十一月全部工程完工，總共用了不到二百天時間，使得黃河南河一線日後二十多年沒有發生大的水災（歸惠於明朝了）。
治河過程中，雖然並無出現大規模暴動，但韓山童、劉福通那“一隻眼”的石人，正是埋在黃河工地，日後燎原之火，正是閃自這一點“星星”火焰。於元朝而言，治小害大，得不償失。當時就有人做詩曰：“丞相造假鈔，舍人做強盜。賈魯要開河，攪得天下鬧。”
元朝大廈之傾，開河造鈔，由漸而蔓，終於傾塌。
至正十一年（1251年）陰曆四年二十二日黃河治理工程正式開工前，河北欒城人韓山童已經與劉福通等人事先雕刻石人一具，背鐫“莫道石人一石眼，此物一出天下反”，埋在河工必經的黃陵崗上。結果，當月月底，工人們已經把這獨眼石人挖出，消息傳出，遠近震駭，人心思亂。
五月份，韓、劉二人聚眾三千多在潁州起義，宣布韓山童為宋徽宗八世孫，打著興宋滅元的旗號舉事。元政府知道消息，地方迅速出兵，韓山童命不好，混亂中被元軍抓獲，在鬧市中凌遲，但其妻楊氏與其子韓林兒逃出。
劉福通善戰，殺出血路後，攻占了潁州城。由於這隻軍隊的信眾多是白蓮教徒，天天燒香拜佛，時人稱為“香軍”。他們另一個特色是頭裹紅巾做標識，所以又被稱作“紅軍”。韓、劉二人剛剛起事時力量並不大，但示範效應極大。暴動如同傳染病一樣，越傳越快，越傳越遠，蘄州有徐壽輝、彭瑩玉，徐州有李二，鄧州有王權，襄陽有孟海馬，濠州有土豪郭子興等等，烽煙四起，天下大亂。“民久不見兵革，一時見亂殺，皆束手聽命。”
亂聞上報，中書省官吏抱大疊檔案題為“謀反事”想上呈元順帝，丞相脫脫仔細閱觀，為轉移視線和減輕自己的責任，他用筆改“謀反事”為“河南漢人謀反事”，如此，大興族群打擊，隱藏起義規模，引起更大的矛盾，“識者知元朝不能有天下矣”。
元廷得知劉福通在潁州興兵，也很重視此事，馬上派出樞密院同知（國防部副部長）赫廝禿率六千“阿速軍”為主力，調集各路漢軍，與河南行省漢人一位姓徐的左丞一起，集兵數萬往討“紅軍”。
所謂“阿速軍”，乃“綠睛回回也”，是西域種人高馬大的勇悍職業軍人，“素號勇悍，善騎she”。但是，這一行官軍一路剽掠百姓，幾位主將天天酒色成性，根本沒有打仗的心理準備。所以，到達潁州後，赫廝禿遠遠望見“紅軍”的戰陣，立刻嚇得肝膽俱破，揚鞭大叫：“阿卜！阿卜！”意即蒙古語“快跑！”其手下阿速軍和各部漢軍此時特別聽命令，轉身狂逃，一路上自己人和自己人馬踏人撞，傷亡不少，“淮人傳以為笑”。
其後不久，赫廝禿因驚嚇過度及逃跑過度，得急性肺炎病死，漢軍將領徐中丞被元廷誅殺，而那數千名綠眼珠的“阿速軍”，水土不服，病死大半有餘。這些純種的西亞重騎兵，只是看著唬人的“道具”軍隊，禁看不禁用，完全是繡花枕頭一大堆。
為撲滅“紅軍”，脫脫派其弟時任御史大夫的也先帖木兒“知樞密院使”，帶著幾個宗王以及禁衛精兵十多萬殺往河南。同時，元廷又以鞏不班代替死掉的赫廝禿為大將，這拔元軍仗打得不錯，攻上蔡，陷汝寧，殺掉不少義軍。得意忘形之際，元軍大飲勝利美酒，一夕醉倒營中。半夜，殘餘的義軍偷營，元軍慌忙抵拒，卻一直不見主將身影，轉天一大早，元兵檢視昨夜惡鬥中雙方死掉的兵將，赫然發現主將鞏不班渾身滿是血洞的屍體，一手還緊握酒瓶。心慌之際，這部元軍撒丫子後撤數百里，屯軍項城。此時，元廷下詔，以也先帖木兒任總兵官，掌管各道軍兵，“凡精兵三十餘萬，金銀物帛車數千輛，河南北供億萬計，前後兵出之盛，無如此者。”這位脫脫弟弟根本不知兵，行至沙河後，他按兵不動，天天求神問卜，沒有一天發動過真正的進攻。結果，一個多月後，軍營“夜驚”，即不知就裡的半夜“炸營”。如果主將有智有威，只要稟燈開帳，殺幾個人即可平定。但也先帖木兒庸才，以為是軍變，自己撒丫子就跑，結果“盡棄軍資、器械，糧運車輛山積”，元兵全部跑散，最後僅能收散卒一萬餘人。一行人逃至汴城下，守城元將氣惱，也不讓也先帖木兒進城。結果，他悄悄溜回大都，轉天“仍為御史大夫”。正是有哥哥撐腰，朝臣中也無人敢彈劾他。