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馬札兒台和他親哥伯顏一樣，是個財迷。堂堂宰相，竟然派手下在通州開酒館賺錢，又讓人販長蘆淮鹽贏利。脫脫見親爹如此，心中很是憂慮，於是密召馬札兒台平素言聽計從的一個高參名叫佛喜的，說：“我父對您言聽計從，不如勸說他老人家，解職閒居，享享清福。否則，別人會議論他逐兄而占其相位，傳出去太不好聽。”
這老頭兒倒是聽勸，稱疾辭相，“詔以太師就第”。於是，元廷任命脫脫為中書右丞相、錄軍國重事。由此，脫脫放開手腳大幹，盡變伯顏舊政，使時政煥然一新。
脫脫“更化”，主要表現在以下幾個方面：
第一，當然是政治平反。平反剡王冤案，召還宣讓王、威順王二王，復其王爵。
第二，恢復科舉取士制度，復行太廟四時祭禮。科舉的恢復與脫脫教師吳直方大有關聯，這位老儒很有心計，他對脫脫說：“科舉之行，不一定非要增加國家官俸的支出。有此制度，家家讀書，人人思舉，人讀書則不敢做壞事，以君臣孝道為綱，如此，於治道大有裨益。”所以，科舉之興，既籠絡了漢族士人，又沖淡了民族隔閡，還能消解民間造反之心，可謂一舉三得。
第三，譯唐朝《貞觀政要》等書頒行天下，並修遼、金、宋國史。後世總以為這三史是脫脫主持，其實不然。聖正四年，漢族官員歐陽元、揭傒斯等人基本把三朝歷史修撰完畢，上呈脫脫。脫脫不納，搖頭說：“此秀才事，我不知。”眾人不知就裡。其中有聰明人，提醒道：“丞相喜名，現在史成，每卷都列明修撰人名，獨不見脫脫丞相之名，他心裡肯定不高興。前代史書，雖是多名史官同修，但總裁之名獨歸一人，如歐陽修的《唐書》，司馬光的《資治通鑑》，等等。三史之成，實賴丞相脫脫大力扶助，如果我們把丞相列為總裁官，最終依賴他進呈御覽，以此為一代盛典，豈不美哉！”
如此一辦，脫脫大喜。其實，遼、金、宋三史之成，體例確實出自脫脫獨斷。修史之前，諸儒議論紛紛，有的想以宋朝為正統，以遼、金為附史；有的認為當以宋朝為南朝，以遼、金為北朝。結果，脫脫拍板：“三國各與正統，各系其年號”，所以才有現在的《遼史》、《金史》、《宋史》。但“君子終以為非也”。滿清雖也出身“夷狄”，又與女真為一系，乾隆帝時仍下詔以宋為正統。
無論如何，三史告成，並舉行了授受儀式。“儀部鼓吹導從，前後輝光，自史館進至宣文閣，（順）帝具禮服接之，觀者以為近代無之。”
第四，開宣文閣，選儒臣入講經筵。伯顏掌權時，把元文宗時代的奎章閣制度破壞殆盡。脫脫入相後，改奎章閣為宣文閣，大集儒士，尊儒崇孔，重修文治。
由於上述種種措施的出台，元順帝、脫脫君臣協睦，元朝政治一度顯得非常清明。這一段時間，自至元六月到至元四年五月，大概有四年之久，即脫脫首度出相階段。
而後，五年時間內，元廷進入阿魯圖、別兒怯不花、朵兒只當權時期。阿魯圖人品不錯，但很快被別兒怯不花擠兌走。這位別兒怯不花任相後，由於很早前他與脫脫之父馬札兒台有舊怨，便向順帝重提伯顏兄弟擅權的舊事，使得順帝發怒，一紙詔書把老頭子貶往甘肅安置。脫脫為人孝順，力請俱行，“在道則閱騎乘廬帳，食則視其品之精粗”。呵護備至。畢竟甘肅不比大都，又遠道辛苦，沒過多久馬札兒台就病死，後被追封為德王。由此事也可見出，脫脫前期並無權臣姿態，雖有清除伯顏的大功，他該放權時放權，其父遭貶也無怨言和不當舉動，君臣之義，未嘗虧欠。
繼別兒怯不花之後，朵兒只為相，他提拔漢人賀惟一為左丞相。這位賀惟一被元順帝賜以蒙古名字，即“蒙古太平”，以“蒙古”為姓，可見順帝當時對他的尊寵。
脫脫二次當權，是至元九年夏到至元十四年底的這一段時間。這幾年中，黃河天災導致“賈魯治河”，財政危機引致“變更鈔法”，天災人禍，終於使元朝走上不歸之路。
脫脫第一次辭相，除身體原因外，也有迷信的原因，“術者言年月不利”，所以，他連上十七道辭職書，方得順帝允准，下詔封其為鄭王，並賜金銀巨萬。而後，別兒怯不花為相，日進讒言，元順帝把脫脫之父馬札兒台外貶，其實也是憶念伯顏跋扈的“舊惡”，恨和尚憎及袈裟，自然慢慢疏遠了脫脫。
但是，脫脫辭相後的幾年中，元朝國內叛亂四起，災害不斷，元順帝等人不得不想起脫脫的“好處”。此外，脫脫自己去甘肅侍候老父，其子加剌張卻留在宮中給太子愛猷識理達臘作伴（順帝正宮皇后生有一子名“真金”，兩歲就病死。迷信的元帝室，竟然取與忽必烈太子相同的名字，可見其壽不永）。這兩個孩子同歲，自幼長在一起，脫脫之妻又哺辱過太子，自然關係親密。兩個孩子在皇宮中一起玩，太子讓加剌張和自己一同嘴呼老鴉叫聲，張臂作翅膀狀，圍著大殿奔跑。玩得高興，太子又讓加剌張嘴學老鴉叫，自己要背著他繞殿奔跑。加剌張年紀雖小，很懂禮數，跪倒說：“我加剌張，不過是奴才身份；太子您是使長，我不敢讓您背著我。”皇太子也是孩童心性，見對方掃自己興頭，掄拳就猛砸加剌張腦袋，砸得小孩子嚎啕大哭。元順帝正在殿內，問左右情由。宦官們便把實情相告。元順帝連連點頭，大喜道：“這孩子真明事理！”皇后奇氏與脫脫老婆關係不錯，趁機也說：“脫脫好人，不應久讓他在外。”順帝點頭。
不久，jian臣哈麻也遊說元順帝讓脫脫再入京為相。順帝很奇怪，問：“脫脫昔日當丞相時，曾抓住你錯處，打你一百零七杖，怎麼你也替他說好話。”哈麻丑表功，說：“脫脫罰我，確實我有過錯；如果為臣因此仇視他，就不應該了。脫脫，人還是好人。”君臣對話間，皇后奇氏正在簾後偷聽，她是哈麻真正的“幕後”指使。見順帝若有所思，奇氏便派人把脫脫從甘州召回。
哈麻在脫脫初次為相時，與脫脫之弟、御史大夫也先帖木兒關係很鐵，“日至其門”。所以，別兒怯不花當丞相時，屢屢中傷脫脫父子兄弟，“哈麻每於（順）帝前力營護之，以故得免。”彼時，如果哈麻落井下石，估計脫脫當時就可能不保性命。此外，中書左丞相太平（賀惟一）也是脫脫得還大都的進言人之一。但脫脫對此並不知情。日後，脫脫手下一個小人汝中柏嫉恨太平，唆使脫脫在朝中盡逐太平薦引之人，還差點殺掉太平。幸虧脫脫之母解勸，太平在當時才得以不死。
脫脫回京後，並未立即入見順帝，因為無詔旨召見他。
一天，乘元順帝高興，皇后奇氏忽喚與皇太子玩耍的脫脫兒加喇張，問：“想你爹脫脫嗎？”小孩子立即跪倒，說：“我很想爹爹。”順帝感動，問左右：“脫脫現在何處，可讓他回京。”奇後忙說：“脫脫已在城中，很想見皇帝您。”順帝即刻派人召脫脫入宮。