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順帝雖是少年，很識諳宮廷政術，為壓制燕帖木兒家族勢力，他拜伯顏為中書右丞相之後，又進其為太師，“兼領威武、阿速諸衛”。不久，又進封伯顏為秦王，“總領蒙古、欽察、斡羅思諸衛親軍都指揮使”，這樣一來，燕帖木兒家族直轄的欽察籍禁衛軍也全歸拔伯顏管轄。
伯顏像燕帖木兒的兒子，中書左丞相唐其勢見伯顏一派勢力越來越大，官職又居於自己之上，非常不滿，當眾氣鼓鼓說：“天下者，本我家天下也！伯顏何人，位居我上！”所以，這小伙子常常“裹甲帶刀”入伯顏家中找碴，或半夜找幾個欽察軍官飲酒。動靜鬧騰挺大，但唐其勢為人“猛憨無術，實無他異謀也”。政治勢力，向來是此消彼長。伯顏深知這個辱臭未乾的唐其勢連他爸燕帖木兒本事的十分之一都沒有，便密奏元順帝說唐其勢與其弟塔剌海、其叔答里以及蒙古宗王晃火帖木兒等人勾結謀反，“謀援立（燕帖古思，元文宗親子）以危社稷”，並唆使宗王徹徹脫入宮內告變。
元順帝深恨燕帖木兒一家，馬上下詔伯顏率兵“平亂”。
伯顏得御詔後，立即逮捕了唐其勢。《元史》上講唐其勢伏兵東郊後，親率勇士數人入宮想弒帝。此舉完全說不通。如果是縝密部署，燕帖木兒家族勢力又大，換掉皇帝並不是什麼特大的難事。從史書字裡行間之中，可以判讀出當時的真實情況：唐其勢、塔剌海兄弟二人，白天去宮內見妹妹、順帝的皇后伯牙吾。伯顏忽然在元順帝允許下生變，率眾多禁衛甲士入宮抓人，唐其勢“攀折殿檻不肯出”（如果真是有意帶刀謀反，以唐其勢之勇武，肯定應該殊死搏鬥），其弟塔剌海見狀，抱住妹妹的大腿哀號求救。當時，元順帝也在不遠處觀變，伯牙吾皇后驚呼：“陛下救我！”一直恨得牙根痒痒的元順帝高言：“汝兄弟為逆，豈能相救！”聽皇帝如此說，伯顏殺心頓熾，當頭一刀就把塔剌海劈成兩片，鮮血濺了伯牙吾皇后滿身。接著，他又按順帝“指示”，把伯牙吾皇后貶出宮，並在開平的居舍中讓士兵往其口內灌藥，毒死了這位皇后。與其同時，伯顏發兵攻殺將兵在外的燕帖木兒另一個弟弟答里，清洗朝內和禁衛軍中的燕帖木兒黨人，盡誅其血親，沒收全部家財。
這場清洗中，元文宗之子、燕帖木兒的“義子”燕帖古思年交數歲，並未牽連被殺，仍然當他的“皇太子”（其實他是元順帝的堂弟）。燕帖古思所以能“倖免”於難，還在於他有親媽“太皇太后”即元文宗皇后卜答失里罩護，此婦人不是什麼賢良善類，元文宗、燕帖木兒死後，她一直與伯顏私通。以天下第一肉與天下第一臣，一為肉體之歡，二為將來之算。卜答失里深知，宮外沒有信得過的帶兵大臣護佑，她母子性命非常脆弱。
正是由於她與伯顏有一腿，這位新權臣慫使元廷“議尊皇太后為太皇太后”。漢官許有王深諳禮制，上奏說：“皇上於太后，母子也。若如太皇太后，則為孫也。且大元制律，封贈祖父母，降父母一等，即彰明推恩之法，近重而遠輕。今尊皇太后為太皇太后，看似尊之，實則遠之輕之。”元順帝不聽，伯顏不聽，於是，本為元順帝嬸娘的元文宗皇后聽上去倒成了順帝的祖母。
順帝原皇后燕帖木兒的女兒伯牙吾被毒死後，後宮自然要有人填上位置。元順帝本人很想立高麗女人奇氏為皇后，可從政治方面考量，只能把心愛的奇氏立為次宮皇后，居興聖宮，號興聖宮皇后；立翁吉剌氏為正宮皇后。這位正宮皇后乃元世祖皇后察必的曾孫，血系高貴。“（翁吉剌）後性節儉，不妒忌，動以禮法自持”，所以，元順帝及日後奇氏所生的太子都一直很敬重她。至正二十五年，翁吉剌氏病死，免去了日後亡國流離之苦，也算是好人有“好報”吧。
伯顏誅殺燕帖木兒之族之後，“獨秉國鈞，專權自恣，變亂祖宗成憲，虐害天下，漸有jian謀。”沒有約束的權力不僅腐蝕人，還會使人日益瘋狂。他不僅在朝中遍植黨羽，還讓親侄脫脫擔任禁宮侍衛長，“伺帝起居”。值得慶幸的是，脫脫自幼受教於漢族大儒吳直方，深知君君臣臣之禮，憂慮伯父伯顏所為，並主動向順帝表明忠君不貳的心意。
伯顏的祖輩是蒙古蔑兒乞部，被成吉思汗打敗後受懲為奴，一直歸屬蒙古宗王統轄。所以，伯顏父祖功勞顯赫，仍舊是上有“使長”（類似八旗的“旗主”）的奴才。到了伯顏這輩，蒙古的剡王（剡王乃蒙哥汗第三子玉龍答失的孫子）仍是他的使長。以前，每逢見剡王，伯顏都要按照規矩奴對主一般跪拜。待他大權獨攬，伯顏不念舊情，忽然發怒：“我為太師，位極人臣，豈容再有使長在我頭上！”其實，這也怪剡王不“主動”，他應該提前“申請”免除伯顏的奴籍。蒙古宗王大大咧咧慣了，憑侍自己是元帝的直系血親，沒料到朝廷內“首席”大臣會把實權攬於己手。於是，伯顏也乾脆，派人上奏剡王徹徹篤謀反，並請順帝在賜死剡王的詔令上畫押。元順帝年紀雖輕，知道宗王血親不好隨意殺，很久沒有畫押用印。伯顏心中惱怒，不待元順帝簽署文件，擅自以皇帝名義下詔，殺掉了剡王及其子共十二人。不久，他又誣蒙古宣讓王、威順王（二人均為忽必烈第九子脫歡之孫）有逆謀，貶罷二人王位，“不待旨而行”。這一切，均讓順帝懷怒於心，敢怒而不敢言。
大都有民謠：“上把君欺，下把民虐，太皇太后倚恃著”，正是諷刺伯顏擅權。
伯顏擅權以外，還特別仇視漢人。至元元年，他首先上章罷停當年的禮部科舉，並對元順帝說：“陛下您日後生了太子，千萬別讓他讀漢人書，那些漢人愛哄弄人、欺負人。我先前手下有人牽馬執鞭的漢人，好久不見其面，問其家屬，支吾說他出外應科舉未回。為臣我真想不到，牽馬墜蹬的這些漢奴都混入應考隊伍中。”更可怕的是，伯顏家裡，養有一個西藏巫婆名叫畀畀，曾“預言”伯顏將死於“南人”之手。於是，為了不使“預言”成真，伯顏上書元順帝請求殺盡天下張王劉李趙五大姓漢人，“（順）帝不從”。此計不成，伯顏又下令禁元朝國內漢人、南人、高麗人執持軍器，並把這幾類人所擁有的馬匹全部充公。
伯顏如此仇視漢人，法令益肆嚴苛，天下漸亂。河南散山有“棒胡”造反，惠州有朱光卿造反，閩漳有李智甫造反，袁州（今江西宜春）有彭瑩玉造反，等等。其間，最轟動的一件事，是至元四年（1338年）底河南行省發生的一件離奇大事：河南省台孟端這樣一個類似今天副處級調研員的一個芝麻官，竟然與幾個人合謀，殺掉了幾乎河南所有的省級大員，並把持了行省政務長達五天之久。
孟端，河南杞縣一個漢人小吏，“其人貧無資，寡交遊，人皆謂（之）不辦事，鬱郁不得志”，又久不得補官。憤懣之下，孟端曾在省台內的牆上趁醉寫詩：“人皆謂我不辦事，天下辦事有幾人？袖裡屠龍斬蛟手，埋沒青鋒二十春”。多虧元朝對文字敏感的人不多，蒙古行省長官又多不識字，此事未被捅出來。而後，與孟端年輕時一起讀書的朝中御史搞“外調”，看見孟端落魄，“力為言之，乃得補（河南省台）”，這又是個無俸的虛官。無邊的希望變成巨大的失望，這個河南胥吏心中的怨毒一發不可收拾，咬牙切齒，目中噴火，在家中怒吼：“我必殺行省掌權輩！”