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這個強烈的信號讓大明的文官集團安心了，這消息不是私下的口頭協定，而是公諸於眾。如果這樣還不放心，那就沒有合作基礎了。以陳燮的武裝力量為基礎，控制皇帝進而控制整個國家的穩定。達到一個和平改革的目的，這是陳燮想要的結果，也是文官能接受的結果。站在皇帝的力量，掌握了廉政公署這個大殺器，也不算全都虧完了，勉強接受吧。
建新六年秋，大明進入了一個新的時代。這個新時代的最大特性，就是保留了皇權，並且以憲法的形式確立了皇權的合法性，而不是過去那套“奉天承運”。作為一個特色的立憲變種，大∴明保留了貴族階級已經相應的特權。說起特權這個東西，任何體制下都不可避免，更不要說在大明了。
新的時代本質上還是把整個大明的人分出了兩個階級，統治階級的組成有傳統的皇族、勛貴、文官集團、士紳、新興的資本家組成，其餘的全部都是“民”。兩個階級唯一相同的地方，體現在稅收法律上。就算是皇帝的產業，也要交稅，這一條太牛逼了。把整個大明都搞的一點脾氣都沒有。看見了吧？皇帝都得交稅，你算個蛋蛋。
要的就是這個效果！真正的特權隱藏在法律的字面之下。國會成員的參選權、選舉權，用法律的形式規定，每年納稅不少於五十銀圓者才有選舉資格，參選者每年納稅不少於三百銀圓。就這兩條出來，就斷了多少人參政議政的念想。其次是另外一個渠道。就是公務員的科舉，你得是學霸，還得在實際工作中成績混個中上，才有資格繼續你的仕途之路。
想要投身政治，這兩條路只能二選一，要麼你有錢，用交稅說話，要麼你是學霸+實幹，用能力說話。雖然政府依舊掌握了官員的任免權利。吏部依舊是個熱的燙手的衙門，但是今非昔比了，任何一個官員在任職期間，當地議會都會提交一份報告，綜合評價這個官員的政績。這份報告，對官員的前途有極大的影響。這就是議會手裡的大殺器！好聽一點叫監督政府，難聽一點叫拿著顯微鏡找官員的麻煩。
確立了權利和義務之後，接下來的就是政府機構改革了。首先改革的就是禮部。過去的禮部太混沌了，鬍子眉毛一把抓。權責不明。改革首當其衝就是禮部，首先保留了禮部這個稱謂，但是其職能變得非常單一，就管一些禮儀上的事情。祭祀、祭天之類的儀式，都歸禮部管。其他的只能部門被分離出來，增加理藩部、教育部這兩個部門。第二個改革的部門是刑部。分割成檢察部、警察部。一個負責查案，一個負責審核批捕。工部分成了工業部、格物部（科技部）、水利部，本來還打算城裡一個地質部，結果一想土地礦山都是私人的，就算是公家的最終也是由私人去開發。就不用多出這麼一個部門浪費公帑了。都察院、大理寺被取消，以部門納入皇帝直屬的宣傳部，這是朱慈烺為自己爭取的一個重要的砝碼。有了這個部門在手裡，今後辦個報紙就得由宣傳部門批准不說，你還得交管理費。就這個部門，還是國家出錢養著，皇權不能什麼都落不下吧？對於這個事情，陳燮沒堅持，他要就給他了。反正今後跟皇帝較勁是的建新政府，陳燮呆不了多久，五年就得閃人。在一個就是大理寺，直接取消了，審案今後是法院的事情，立案、查案是警察的事情，核准、批捕、搜查令是檢察院的事情，還留著這麼一個機構幹啥？同時被取消的部門還有六科，這玩意就是給皇帝掌握權力做助手的，也可以取消了。不過這個部門不是真的取消，而是改頭換面，以內閣秘書處的名頭粉墨登場，說穿了就是給內閣大佬做秘書吧。以前是給皇帝打下手，換東家而已。
吏部的變化不大，甚至連名字都沒變，變化的是內部的職能和結構，一定程度的人員精簡是必須的，新的體制下，吏部用不了那麼多人了。就是根據各地議會和地方官員的報告，派人去核實一下之後，分配縣以上的官員位子。這個權利，打死吏部上下都不會放手的。
兵部的改革最為慘烈，八成以上的文官被踢出了這個體系，兵部的名稱都被取消了，直接設總參謀部，海軍部、陸軍部，三個部門等級平行，實際上掌握權力的是總參。任何師級（少將）以上的調動和任免，都必須由總參批准。調動一兵一卒，必須有參謀簽字才能執行。
戶部的改革放在了最後，這部門真不好太早動，不然各種事情不能正常的撥款，都得亂套。這個部門改起來事情最多，首先是增加一個財政部，所有軍政部門撥款，都從這裡出。其次增加一個統計局，用各種數據說話，兼職查帳。廉政公署要查帳，都得請他們出馬配合。最後是分割出來一個稅務部和國土部。這個兩個部門一個負責收稅，一個負責管理國家土地資源。分割出來的四個部門，別看財政部牛叉吧。真正牛叉的其實是稅務部，所有的人員都是精銳不說，待遇都比別的部門要高一些。為什麼這麼安排，因為這是大家的錢袋子的來源啊。陳燮對別的部門改革都不很上心，但是對稅務部的組建，則是每個細節都去盯著看。力爭把這個部門建設成鬼見愁，是個人被查出來偷稅漏稅，都得讓他恨爹媽把自己生出來才行。石頭裡都得榨出油水，稅務法細緻的讓人看著頭皮都發麻。偷漏稅的懲罰必須讓敢這麼做的人傾家蕩產。最牛叉的是稅務部是有武裝的，船舶司改名海關之後，下面的偵緝隊都是稅務部管。各級稅務部門也設有偵緝隊，敢於暴力抗稅，堅決武裝鎮壓。