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曹操在運用賞罰的手段時，常常是獎賞頻繁，賞多於罰。部下一有軍功，他就及時給予高度的評價，作為對部下的精神鼓勵。除撫背讚許褚外，又如荀彧從袁紹處投奔曹操，曹操見其才能出眾，當即稱讚說： “此吾之子房也。”(第十回)關羽圍困曹仁於樊城，徐晃奉命解救曹仁，他孤軍深入敵圍，大獲全勝。操見到徐晃軍隊整齊，即稱讚說： “徐將軍真有周亞夫之風矣!”(第七十六回)他常把部下比作歷史上有所作為的某一名人，這既是一種獎勵，又是一種期望。按照心理學的觀點，領導人對部下的這一比擬，會使部下在潛意識中把自己認同於這位名人，從而模仿名人的風格。這種人物比擬式獎勵對部下性格影響的內在性和持久性是其他手段所難及的。操還常對初見面的人以適度地讚揚作為聯絡感情的手段，袁譚曾派辛毗出使於曹操，操與之言語投機，即當面感嘆： “恨與辛佐治相見之晚也!”(第三十二回)曹操得了荊州，即撫慰荊州名士蒯越說： “吾不喜得荊州，喜得異度蒯越的字也。”(第四十二回)同時封給蒯官爵。由於對方來自敵人集團，這種適當地讚揚就解除了對方的戒備心，消除了雙方的思想隔閡。
曹操頻繁使用獎勵手段，但對部下的懲罰卻十分謹慎。官渡之戰曹操打敗袁紹，從紹軍遺下之物中撿到後方人士暗通袁紹的書信一束。操身旁的人建議按信逐一核對，殺掉寫信之人，操回答說： “當紹之強，孤亦不能自保，況他人乎?”(第三十回)讓人將書信燒掉，不再追問。可以想像，如果要罰，就會搞得自己內部人心惶惶，不利於以後的建設與恢復，從長遠的觀點看，不罰比罰要好得多。獎勵會使部下增強自信心，懲罰會使部下對領導人產生畏懼心理，懲罰過多會使領導者與部下的關係緊張，因而應慎用之。
曹操賞罰的獨特之處，還在於他把獎罰作為教育部下的一種手段，而不僅僅是作為對實施對象以前行為的評價。通過獎，他啟發部下應該怎樣做人；通過罰，他警戒部下不應該怎樣做人，從而使他為部下設定的理想人格在部下身上逐步內在化。曹操特別敬佩關羽“事主不忘其本”的忠義精神，這不正是他希望自己的部下所具有的精神嗎？於是他在關羽歸降期間厚加獎賞，超常標準地對待。關羽得知劉備下落，即封存操平日所賜之物，留書離去，操得知此訊後對手下人講： “財賄不以動其心，爵祿不以移其志，此等人吾深敬之。”(第二十七回)關羽不接受曹操的任何禮物，因此，曹操對關羽勉強放行，以此作為關羽可以接受的最後的禮物。他就關羽離去一事教育部下說： “不忘故主，來去明白，真丈夫也。汝等皆當效之。”希望他的部下能對他忠心耿耿，雖百折不易其志。袁紹的謀士沮授被曹操俘獲，明確表示不降，曹操留沮授於軍中，以禮厚待，授卻在營中盜馬準備回到袁紹一邊，操怨而殺之，授至死神色不變。曹操後悔地說： “吾誤殺忠義之士也！”(第三十四回)令厚禮殯殮，建墳安葬，並在墓上題： “忠烈沮君之墓”。袁紹謀士審配被操俘獲後大罵曹操，曹操對他講： “卿忠於袁氏，不容如此。今肯降吾否?”(第三十二回)審配堅決表示不降，請求速斬。臨刑前，他面向城北的袁紹之墓而跪，表示對袁紹的忠貞。曹操將審配葬於城北，以慰其忠義之魂。袁譚被操所殺後，曹操將其首級掛於北門外，傳令敢有哭者斬之。青州別駕王修曾因諫袁譚被逐，見袁譚死並知曹操之號令，竟前來哭喪，曹操問他是否不怕死，王修回答說： “我生受其辟命，亡而不哭，非義也。畏死忘義，何以立於世乎!若得收葬譚屍，受戮無恨。”(第三十三回)操遂命令王修收葬譚屍，並授王修以官職。
曹操對袁紹謀士許攸的態度就有所不同。許攸少時曾與曹操為友，後為袁紹謀士，官渡之戰中向袁紹獻奇計，未被採納，又受審配迫害，投往曹操，向曹操獻計先斷袁紹烏巢之糧，致使袁紹敗績。許攸在官渡之戰中為曹操立下了絕大功勞，後來因為戲謔許褚，被褚殺掉。曹操知道後狠狠地責備了許褚，厚葬了事。曹操對許攸被殺，並沒有過多地追究責任，並且對這樣立有大功的人，死後的處理遠趕不上沮授，其中重要的原因是許攸背叛故主，無忠義之名，曹操極不願意在他的軍中表彰這樣的人物。
馬騰曾與曹操門下侍郎黃奎勾結伺機刺殺曹操，不想黃奎之妾與奎的妻弟苗澤私通，苗澤探得馬騰真情，告與曹操，操設法捕獲了馬騰與黃奎全家並斬殺之。苗澤向曹操表示，他不願加賞，只求得黃奎之妾為妻，操笑著答道： “你為了一婦人，害了你姐夫一家，留此不義之人何用!”(第五十七回)令將苗澤、黃奎之妾一同斬首。
還有一次，操奪取漢中時，急攻張魯不下，後來打聽到張魯手下謀士楊松貪受賄賂，遂暗中使人以金帛送之，結為內應，楊松為曹操奪取漢中起了相當大的作用。操平定漢中後，厚待張魯，卻將楊松斬首示眾。操並不過分注意對各人以前功過的肯定，而是要通過獎罰的手段告諭部下： 對主上忠貞不貳的人，即使死了，也能得到好的結果，而賣主求榮的人是決然不會有好下場的。這對部下是無聲的但卻十分高超的教育方法。