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元和元年(84年)，朝廷又派司馬和恭等率八百人增援班超。在朝廷的支持下，班超決定征服莎車，確保南道的安全。班超調集疏勒與于闐兵從東西夾擊莎車，然而戰事進行極不順利，莎車以重利引誘疏勒王忠反叛，班超另立疏勒王府丞成大為疏勒王，徵發疏勒未反之人攻忠。半年後，康居出精兵救忠。班超遣使以重金賄賂康居王姻親月氏王，於是月氏王勸康居王罷兵，攜忠回國。疏勒叛亂雖然被平定，但莎車卻始終沒有被攻克。三年之後，忠一面秘密與龜茲商議，企圖借龜茲之力恢復王位；一面遣使回國，詐稱欲降，以試探班超的態度。班超也將計就計，佯稱允許其回國。等忠一回到疏勒，即被班超殺掉。此後，班超便完全控制了疏勒的局勢，再無後顧之憂，遂於章和元年(87年)再次發動征服莎車的戰役。班超調集于闐諸國兵二萬五千人，浩浩蕩蕩殺奔莎車；龜茲也集合北道溫宿、姑墨、尉頭諸國兵五萬多人來救莎車。雙方兵力相差懸殊，於是班超與于闐王商議，故意宣揚漢軍將西歸疏勒，于闐兵將東歸回國。龜茲王果然中計，自率一萬多人赴莎車之西，準備攔擊漢軍；溫宿王將八千騎赴莎車之東，準備阻擊于闐兵。二軍調動之後，班超突然對莎車兵營發動猛攻，莎車軍大亂，五千多人被斬首，莎車被迫投降，龜茲諸國見大勢已去，各自歸國。班超降服莎車，威震西域，從此南道暢通無阻。永元元年(89年)，竇憲大破北匈奴，登燕然山，刻石銘功而還。第二年五月，竇憲遣副校尉閻磐擊敗北匈奴於伊吾，車師前後國歸降漢朝，為班超統一西域奠定了堅實的基礎。正當班超準備趁漢軍大敗北匈奴之機再次打通北道時，一個意外的情況發生了。
和帝永元二年(90年)，一向與漢朝關係和睦的大月氏王以班超曾拒絕其與漢朝通婚的請求為由，遣副王謝率七萬大軍逾蔥嶺攻班超。班超麾下將士十分驚慌，但班超卻非常鎮定，曉諭部下說：“月氏兵雖多，但逾越蔥嶺遠道而來，糧食運輸必然困難。只要我們儲備充足的糧食，堅壁清野，不過十日，月氏大軍必然因乏糧而失敗。”果然不出班超所料，月氏大軍氣勢洶洶而來，受阻於班超陣前，久攻不下，四處擄掠又無所得，派往龜茲求援的使者又被班超遣人截殺，月氏大軍陷入糧盡的絕境。副王謝進退維谷，遣使向班超謝罪，請求網開一面，放其生還歸國。班超趁機與月氏重修舊好，放月氏大軍回國。為此月氏非常感激班超，年年遣使赴漢，與漢朝重新和好。
班超擊退大月氏的第二年(永元三年，91年)二月，竇憲遣耿夔擊北匈奴於金微山，北單于兵敗，被迫開始西遷，班超最後統一西域的時機完全成熟。十月，北道龜茲、姑墨、溫宿見匈奴勢力已經退出西域，失去依賴，遂向班超投降。十二月，東漢政府決定恢復西域都護府，任命班超為都護，設都護府於龜茲它乾城(其地不詳，約位於新疆庫車西南)；徐幹為長史，屯居疏勒。至此，西域僅有焉耆、危須、尉犁三國因曾攻殺都護陳睦，害怕班超降罪，不敢歸降外，其餘諸國都被平定。永元六年(94年)秋，班超調集龜茲、鄯善等八國兵七萬多人，開始了統一西域的最後一戰。班超率大軍由北道東上，首先逼近尉犁國界。班超遣使告喻三國國王：都護前來是想鎮撫三國，只要三國國王改過向善，遣王公大臣前來迎接，都護重賞後一定退兵。焉耆王於是遣左將北鞬支前來迎接班超，試探虛實。北鞬支名義上是北匈奴派往焉耆的侍子，實際上是匈奴的監軍。班超一見北鞬支，便厲聲斥責說：“你雖是匈奴的侍子，卻掌握焉耆實權。焉耆王不肯前來，完全是你在作祟!”有人建議殺之，班超認為此人權重於王，殺之會驚動焉耆王，必然會拼死一搏，增加平定三國的困難，因此贈以重禮遣回。不久，焉耆王親率王公來見班超，奉獻珍寶，但內心並不真想歸附，所以派人拆毀開都河上的唯一的一座葦橋，企圖阻止班超大軍進入焉耆。班超毅然率大軍涉水而過，進抵距王城南河城(一作員渠城)二十餘里處駐紮。焉耆王大驚，想棄城而逃。這時忽然又接到班超的來信，聲稱將厚賞諸國國王及大臣。焉耆王等信以為真，與尉犁王沉、北鞬支等三十餘人赴宴，相國腹久等人害怕被殺，逃往山谷。眾人坐定之後，班超突然變臉，喝令將焉耆王等人綁縛，押至陳睦被害處斬首，傳送首級至京師報功，隨即發兵攻掠焉耆王城，屠殺五千多人，俘獲一萬五千多人，牲畜三十多萬頭，更立曾為漢朝侍子的元孟為焉耆王，尉犁、危須也重立新王。至此，班超大功告成，西域五十餘國重歸漢朝。永元七年(95年)，班超因平定西域，被封為定遠侯，後人稱其為“班定遠”，當年封侯於萬里之外的壯志終於如願以償。
永元十二年(100年)，班超經營西域已經二十多年，歲月的流逝，鞍馬的勞頓，這位當年的壯漢，如今已是鬢髮皆白，疾病纏身，思鄉情切，因此上書朝廷，以“不敢望到酒泉郡，但願生入玉門關”的懇切語言，請求和帝早日准其還鄉。不料奏章雖上，三年杳無音信。妹妹班昭不得不再次上書，歷陳其兄功績及老病纏身之狀，終於感動了和帝，下詔征班超回朝。永元十四年(102年)八月，班超終於回到闊別三十一年的中土，一個月之後便與世長辭了。
和帝永元二年(90年)，一向與漢朝關係和睦的大月氏王以班超曾拒絕其與漢朝通婚的請求為由，遣副王謝率七萬大軍逾蔥嶺攻班超。班超麾下將士十分驚慌，但班超卻非常鎮定，曉諭部下說：“月氏兵雖多，但逾越蔥嶺遠道而來，糧食運輸必然困難。只要我們儲備充足的糧食，堅壁清野，不過十日，月氏大軍必然因乏糧而失敗。”果然不出班超所料，月氏大軍氣勢洶洶而來，受阻於班超陣前，久攻不下，四處擄掠又無所得，派往龜茲求援的使者又被班超遣人截殺，月氏大軍陷入糧盡的絕境。副王謝進退維谷，遣使向班超謝罪，請求網開一面，放其生還歸國。班超趁機與月氏重修舊好，放月氏大軍回國。為此月氏非常感激班超，年年遣使赴漢，與漢朝重新和好。
班超擊退大月氏的第二年(永元三年，91年)二月，竇憲遣耿夔擊北匈奴於金微山，北單于兵敗，被迫開始西遷，班超最後統一西域的時機完全成熟。十月，北道龜茲、姑墨、溫宿見匈奴勢力已經退出西域，失去依賴，遂向班超投降。十二月，東漢政府決定恢復西域都護府，任命班超為都護，設都護府於龜茲它乾城(其地不詳，約位於新疆庫車西南)；徐幹為長史，屯居疏勒。至此，西域僅有焉耆、危須、尉犁三國因曾攻殺都護陳睦，害怕班超降罪，不敢歸降外，其餘諸國都被平定。永元六年(94年)秋，班超調集龜茲、鄯善等八國兵七萬多人，開始了統一西域的最後一戰。班超率大軍由北道東上，首先逼近尉犁國界。班超遣使告喻三國國王：都護前來是想鎮撫三國，只要三國國王改過向善，遣王公大臣前來迎接，都護重賞後一定退兵。焉耆王於是遣左將北鞬支前來迎接班超，試探虛實。北鞬支名義上是北匈奴派往焉耆的侍子，實際上是匈奴的監軍。班超一見北鞬支，便厲聲斥責說：“你雖是匈奴的侍子，卻掌握焉耆實權。焉耆王不肯前來，完全是你在作祟!”有人建議殺之，班超認為此人權重於王，殺之會驚動焉耆王，必然會拼死一搏，增加平定三國的困難，因此贈以重禮遣回。不久，焉耆王親率王公來見班超，奉獻珍寶，但內心並不真想歸附，所以派人拆毀開都河上的唯一的一座葦橋，企圖阻止班超大軍進入焉耆。班超毅然率大軍涉水而過，進抵距王城南河城(一作員渠城)二十餘里處駐紮。焉耆王大驚，想棄城而逃。這時忽然又接到班超的來信，聲稱將厚賞諸國國王及大臣。焉耆王等信以為真，與尉犁王沉、北鞬支等三十餘人赴宴，相國腹久等人害怕被殺，逃往山谷。眾人坐定之後，班超突然變臉，喝令將焉耆王等人綁縛，押至陳睦被害處斬首，傳送首級至京師報功，隨即發兵攻掠焉耆王城，屠殺五千多人，俘獲一萬五千多人，牲畜三十多萬頭，更立曾為漢朝侍子的元孟為焉耆王，尉犁、危須也重立新王。至此，班超大功告成，西域五十餘國重歸漢朝。永元七年(95年)，班超因平定西域，被封為定遠侯，後人稱其為“班定遠”，當年封侯於萬里之外的壯志終於如願以償。
永元十二年(100年)，班超經營西域已經二十多年，歲月的流逝，鞍馬的勞頓，這位當年的壯漢，如今已是鬢髮皆白，疾病纏身，思鄉情切，因此上書朝廷，以“不敢望到酒泉郡，但願生入玉門關”的懇切語言，請求和帝早日准其還鄉。不料奏章雖上，三年杳無音信。妹妹班昭不得不再次上書，歷陳其兄功績及老病纏身之狀，終於感動了和帝，下詔征班超回朝。永元十四年(102年)八月，班超終於回到闊別三十一年的中土，一個月之後便與世長辭了。