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明朝初期由於首都在南京，需要運到北方的糧食並不多，主要是供養北部地區將士的軍糧，因此多採取海運的方式。自首都遷到北京後，需要從南方調撥的糧食和其他物資實在數量太大，而海運風險大、成本高，遠遠不能滿足，於是，通過京杭大運河的漕運是糧食與其他物資北運的主要方式。朝廷開始對大運河進行了大規模的整治，擴大從杭州通往北京的漕河運輸能力——疏浚會通河，造漕船三千餘艘，用於轉運；同時在大運河沿岸淮安、徐州、臨清、德州和天津五處建置漕糧倉庫，即水次倉。
明朝中央政府規定了各省的漕糧份額。浙江：六十三萬石；江西：五十七萬石；河南：三十八萬石；山東：三十七萬五千石；湖廣：二十五萬石；南直隸：一百七十九萬四千四百石。也就是說，通過漕運到達京師的糧食總數四百萬擔左右，南直隸加浙江占了二百四十萬擔左右，超過了一半。江西、湖廣、山東諸省的糧食最終也要經過運河的部分航道進行轉運。據此，完全可以說，大運河乃明帝國的國脈。
由於漕運的重要性，管理漕運的官僚機構也位階趨高並日益膨脹。明朝初期設置京畿都漕運司，以漕運使主之。京師北遷後，置漕運府總兵官。景泰二年（一四五一年）設漕運總督，與漕運總兵一文一武同理漕政。漕府領衛軍十二總，十二萬七千六百人，運船一萬一千七百艘，另遮洋總（海軍）七百人，海船三百五十艘，專門負責漕糧運輸，稱為運軍。
正德帝的堂弟嘉靖帝即皇帝位後，京杭大運河對帝國政治、經濟的重要性沒有絲毫減弱，嘉靖七年（一五二八年），朝廷花了很大的力氣疏浚了通惠河，使漕糧能夠直接運到東便門下。在此之前，由於通惠河被壅塞，南方運來的糧食只能在通州上岸，並在當地的倉庫里儲存。儲糧地離京師五十多里地，在當時走陸路用騾馬運輸，效率十分低下。嘉靖帝下決心疏通通惠河還有一個背景——“土木堡之變”後，明帝國對北方草原的遊牧民族處於守勢，在京郊的通州儲存那麼多的糧食，很不安全。明代正統十四年（一四四九年），蒙古的也先部入侵，京師閉關，通州漕糧沒來得及全部搶運進城，剩下的一把火燒掉以避免資敵。這可是血淋淋的教訓。
嘉靖帝並沒有學他的荒唐堂兄，找個機會沿運河南下，去視察南方那片花花江山，他在位四十五年，喜歡在深宮煉丹修道。唯一的一次南下，是回到他生長的湖北鍾祥（當時已升格為承天府），拜祭生父的顯陵，並決定將死於京城的生母蔣太后靈柩南運合葬於湖北。這次他走的是陸路，經過今天的河北、河南進入湖廣。
對大明帝國來說，兩大工程關係到國運。其一是經濟命脈京杭大運河，依靠其輸血才能養活北方的朝廷和北疆戍邊的將士。其二則是從遼東蜿蜒到西北嘉峪關的長城，這是抵禦北部敵人的屏障。這一屏障到底沒有阻擋住李自成進城，也沒法阻擋清兵的鐵騎跨過長城，成為統治中華的新主人。
作為清朝“戰利品”的大運河
大運河，可以說是清朝入關後獲得的最重要的“戰利品”。
作為一個來自北方的征服者，東北和蒙古草原廣袤而肥沃的土地，成為清朝的“保留地”，整個王朝的公共支出，幾乎全部取自原明帝國統治下的諸省，特別是富庶的東南諸省。大運河並沒有因為明帝國的滅亡而衰落，它在清朝皇帝的心目中，地位更為重要，它不但是吸取東南膏腴之地財富的“抽血機”，而且是清朝皇帝防範漢人反抗的戰略通道，是皇帝控制最富庶之地的“權杖”。
順治一朝，經過血腥的屠殺，清朝軍隊基本上控制了東南地區；到了康熙朝早期，朝廷平定了三藩之亂，收復了台灣。整個南方基本上算平定下來，胡人入主中原作為既定事實也被多數士民承認，最高統治者沿著大運河視察東南諸省的條件到此成熟了，於是便有了康熙、乾隆祖孫的十二次南巡。京杭大運河，進入了歷史上最繁忙也最輝煌的時期。
與明朝皇帝沿著運河南下回到故鄉不一樣，清朝皇帝沿運河南下，是去視察一個超級大公司新開闢的“市場”，這裡的人民曾對他們充滿敵意。南巡對清朝皇帝而言，乃是威懾加懷柔。
康熙二十三年（一六八四年），三十一歲的康熙帝首次南巡。皇帝正當盛年，清帝國國勢亦如最高統治者的年歲。這次南巡，有兩件大事極具象徵意義。其一是十一月康熙南巡到明朝的舊都江寧（南京），拜謁了孝陵。南京對明朝的遺民來說，最具符號意義。此次視察，康熙帝題寫了“治隆唐宋”的匾額來褒獎明太祖朱元璋，目的是安撫東南一帶乃至整個原大明版圖內的漢人。同時也應該有彰顯合法性的考量，用現在的話來說，強調了大明江山的“股權”交給滿清是合法轉讓而非搶奪。
第二件事是康熙帝坐船經運河返京，在運河邊重要城市濟寧上岸，然後駕臨相距百里左右的曲阜。在此他拜謁了孔廟，題贈“萬世師表”匾額，並聽取了孔子第六十四代孫孔尚任對儒家經典的講解。這舉動當然更是為了爭取漢族士人對其統治合法性的認同。
康熙帝第二次南巡是在康熙二十八年（一六八九年），這次他來到了大運河最南端所在的浙江省，併到紹興府拜祭了中國儒家經典中上古聖君之一的大禹陵墓。其目的和首次一樣，只是工夫做得更細緻了。
明朝中央政府規定了各省的漕糧份額。浙江：六十三萬石；江西：五十七萬石；河南：三十八萬石；山東：三十七萬五千石；湖廣：二十五萬石；南直隸：一百七十九萬四千四百石。也就是說，通過漕運到達京師的糧食總數四百萬擔左右，南直隸加浙江占了二百四十萬擔左右，超過了一半。江西、湖廣、山東諸省的糧食最終也要經過運河的部分航道進行轉運。據此，完全可以說，大運河乃明帝國的國脈。
由於漕運的重要性，管理漕運的官僚機構也位階趨高並日益膨脹。明朝初期設置京畿都漕運司，以漕運使主之。京師北遷後，置漕運府總兵官。景泰二年（一四五一年）設漕運總督，與漕運總兵一文一武同理漕政。漕府領衛軍十二總，十二萬七千六百人，運船一萬一千七百艘，另遮洋總（海軍）七百人，海船三百五十艘，專門負責漕糧運輸，稱為運軍。
正德帝的堂弟嘉靖帝即皇帝位後，京杭大運河對帝國政治、經濟的重要性沒有絲毫減弱，嘉靖七年（一五二八年），朝廷花了很大的力氣疏浚了通惠河，使漕糧能夠直接運到東便門下。在此之前，由於通惠河被壅塞，南方運來的糧食只能在通州上岸，並在當地的倉庫里儲存。儲糧地離京師五十多里地，在當時走陸路用騾馬運輸，效率十分低下。嘉靖帝下決心疏通通惠河還有一個背景——“土木堡之變”後，明帝國對北方草原的遊牧民族處於守勢，在京郊的通州儲存那麼多的糧食，很不安全。明代正統十四年（一四四九年），蒙古的也先部入侵，京師閉關，通州漕糧沒來得及全部搶運進城，剩下的一把火燒掉以避免資敵。這可是血淋淋的教訓。
嘉靖帝並沒有學他的荒唐堂兄，找個機會沿運河南下，去視察南方那片花花江山，他在位四十五年，喜歡在深宮煉丹修道。唯一的一次南下，是回到他生長的湖北鍾祥（當時已升格為承天府），拜祭生父的顯陵，並決定將死於京城的生母蔣太后靈柩南運合葬於湖北。這次他走的是陸路，經過今天的河北、河南進入湖廣。
對大明帝國來說，兩大工程關係到國運。其一是經濟命脈京杭大運河，依靠其輸血才能養活北方的朝廷和北疆戍邊的將士。其二則是從遼東蜿蜒到西北嘉峪關的長城，這是抵禦北部敵人的屏障。這一屏障到底沒有阻擋住李自成進城，也沒法阻擋清兵的鐵騎跨過長城，成為統治中華的新主人。
作為清朝“戰利品”的大運河
大運河，可以說是清朝入關後獲得的最重要的“戰利品”。
作為一個來自北方的征服者，東北和蒙古草原廣袤而肥沃的土地，成為清朝的“保留地”，整個王朝的公共支出，幾乎全部取自原明帝國統治下的諸省，特別是富庶的東南諸省。大運河並沒有因為明帝國的滅亡而衰落，它在清朝皇帝的心目中，地位更為重要，它不但是吸取東南膏腴之地財富的“抽血機”，而且是清朝皇帝防範漢人反抗的戰略通道，是皇帝控制最富庶之地的“權杖”。
順治一朝，經過血腥的屠殺，清朝軍隊基本上控制了東南地區；到了康熙朝早期，朝廷平定了三藩之亂，收復了台灣。整個南方基本上算平定下來，胡人入主中原作為既定事實也被多數士民承認，最高統治者沿著大運河視察東南諸省的條件到此成熟了，於是便有了康熙、乾隆祖孫的十二次南巡。京杭大運河，進入了歷史上最繁忙也最輝煌的時期。
與明朝皇帝沿著運河南下回到故鄉不一樣，清朝皇帝沿運河南下，是去視察一個超級大公司新開闢的“市場”，這裡的人民曾對他們充滿敵意。南巡對清朝皇帝而言，乃是威懾加懷柔。
康熙二十三年（一六八四年），三十一歲的康熙帝首次南巡。皇帝正當盛年，清帝國國勢亦如最高統治者的年歲。這次南巡，有兩件大事極具象徵意義。其一是十一月康熙南巡到明朝的舊都江寧（南京），拜謁了孝陵。南京對明朝的遺民來說，最具符號意義。此次視察，康熙帝題寫了“治隆唐宋”的匾額來褒獎明太祖朱元璋，目的是安撫東南一帶乃至整個原大明版圖內的漢人。同時也應該有彰顯合法性的考量，用現在的話來說，強調了大明江山的“股權”交給滿清是合法轉讓而非搶奪。
第二件事是康熙帝坐船經運河返京，在運河邊重要城市濟寧上岸，然後駕臨相距百里左右的曲阜。在此他拜謁了孔廟，題贈“萬世師表”匾額，並聽取了孔子第六十四代孫孔尚任對儒家經典的講解。這舉動當然更是為了爭取漢族士人對其統治合法性的認同。
康熙帝第二次南巡是在康熙二十八年（一六八九年），這次他來到了大運河最南端所在的浙江省，併到紹興府拜祭了中國儒家經典中上古聖君之一的大禹陵墓。其目的和首次一樣，只是工夫做得更細緻了。