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明朝的“兩京制”當然也有不利之處。其一是形成“天子守國門”的狀態，首都長期處在北部遊牧民族武裝力量的威脅之下，皇帝和眾臣動輒置身於抗擊外敵的最前線。正統十四年（一四四九年），英宗親征蒙古瓦剌被俘虜，瓦剌首領也先帶兵突破長城，圍困北京。朝野恐慌，有大臣提議遷都南京，于謙等人頂住了壓力，反對遷都，立英宗弟弟郕王為監國（後即皇帝位），打敗進犯的瓦剌部，解京師之圍。嘉靖二十九年（一五五〇年）蒙古土默特部首領俺答帶兵突破古北口，包圍了北京，明朝堅守京師數日，俺答大肆搶掠城郊後撤離，是為“庚戌之變”。後金崛起於東北建州後，其騎兵越過長城，騷擾京畿，直逼京師，屢有發生，如崇禎二年的廣渠門之戰。但“天子守國門”的另一面也讓明朝君臣長期有一種憂患意識，對北部的威脅不敢稍有鬆懈。“兩京制”另一不利之處則是使統治成本劇增。明朝的經濟是南重北輕，北京周邊的經濟欠發達，朝廷通過漕運數千里從南方富庶地區運來糧食及其他物品供養京師。明朝前期，征運漕糧食的地區主要有南直隸、浙江、江西、湖廣、河南和山東六省，其中只有山東處在北方。其數額宣德時最高達六百七十四萬石。成化八年（一四七二年）始規定歲運四百萬石的常額。自正德、嘉靖以後，連漕糧改折（約一百至二百石）在內才勉強達到此數。主要征自南直隸和浙江，約占全國漕糧的六成。除漕糧外，還有白糧，由蘇州、松江、常州、嘉興和湖州五府供納，歲額二十一萬四千石，均系當地出產的粳糯米。數千里漕運，損耗巨大，加重百姓的負擔。但總體說來，為了維持一個帝國一統，保持南北平衡，這樣的成本支出也是必要的。
崇禎十七年（一六四四年），又一支勁旅突破居庸關，包圍了北京城。這次進犯的不是草原上的蠻夷騎兵，而是崛起於西北的李自成率領的造反軍隊。明朝君臣這次沒有逃過劫難，崇禎以發覆面，在煤山一棵歪脖子槐樹上上吊自殺。終明一代，自遷都北京後，歷代皇帝代代相承，完成了“天子守國門，君王死社稷”的悲壯之舉。
吳三桂借滿洲八旗兵報君父之仇，引狼入室，滿洲人占領了北京城，成為紫禁城的新主。留都南京的一整套備份版朝廷，卻沒有起到了應有的抗爭作用，而是眾臣擁立福王稱帝於南京。當然弘光朝僅僅支撐短短的一年，便亡於清兵的鐵蹄下。從此，北京和南京兩座美麗的城池留給了異族，分別長眠在南京孝陵衛和北京長陵之下的朱元璋朱棣父子，任由自己的臣民剃髮易服，臣服於來自關外的異族。但這對南京、北京兩城營建起著決定性作用的父子，連同為社稷江山殉難的崇禎帝，畢竟贏得了新朝統治者的尊重，清朝統治者對南京的孝陵和北京的十三陵予以善待；清朝皇帝還營建了思陵，禮葬崇禎帝，並設置司香內使（即守陵太監）管理十三陵；對南京城外的孝陵，也是如此管理。康熙南巡時，特到孝陵拜祭，並題寫“治隆唐宋”的匾額，清朝後期國門大開後，來南京的洋人越來越多，有司還專門在孝陵前樹立用六國文字書寫的石碑，提醒洋人不要亂寫亂畫，尊重陵墓的一磚一石、一草一木。
正因為如此，遺民顧炎武拜謁前朝帝王陵墓時，還能碰上守陵的“舊識中官”。
帝國的命脈大運河
全漢昇在《唐宋帝國與運河》中曾論述道，中央政府是否能夠成功地統治全國，依賴於是否能夠有效地利用長江下游的經濟資源，是否能夠將這一地區的物資迅速通過運河運輸到首都通常所在的華北地區。
大運河的重要性，到了明清時期更為突出。
大運河曾是明帝國的臍帶
明正德十五年（一五二〇年）九月十五日，京杭大運河上一個重要的港口——淮安府清江浦。
一群人正在水面上划船打魚，這些人衣著華貴，舉止優雅，岸邊旌旗蔽日，侍衛如林，顯然這不是普通漁民為了謀生的漁業活動。誰知道樂極生悲，船突然翻了，一個三十左右的青年人掉進水中。旁邊船上的人立刻像炸了鍋似的，叫聲震天，許多人不顧一切地跳進水裡，把青年人救上岸。青年雖然保住了一條命，但受到了極大的驚嚇，染上了重病。這個人就是當時大明朝第一人正德皇帝朱厚照。
第二年三月，正德帝駕崩，年僅三十一歲，他沒有留下一個子嗣，也沒有親弟弟。群臣商議，將正德帝一位堂弟朱厚熜從封地湖北鍾祥請到北京，作為朱厚照老爸孝宗的過繼兒子繼承大統，是為嘉靖帝。最後鬧出了把整個大明朝廷折騰得天翻地覆的“大禮議”事件，帝國元氣大傷。
正德帝在大運河上落水，可視為明朝一個轉折性事件，從此大明不可逆轉地走向衰落。此後的明朝皇帝，幾乎都是“宅男”，享國累加達九十三年的嘉靖、萬曆兩祖孫，更是數年隱居深宮，不樂接見臣工。
明朝自成祖朱棣遷都北京後，南京成為“留都”。但南直隸和浙江，無論從政治層面還是經濟層面而言，都是遠在北京的朝廷必須依賴的重要地區。從政治層面來說，此地是太祖高皇帝朱元璋發跡之地，朱元璋在此慢慢經營積蓄力量而遂有天下。從經濟層面來說，朝廷差不多一半的賦稅出於這些地區，北京城內的皇帝和大小官員靠這一地區的錢糧供養。在交通以水運為王的時代，大運河的價值怎麼估計都不過分，大運河成為大明帝國的“生命線”。甚至可以說，成為大明皇帝與“母體”緊緊相連的“臍帶”。
崇禎十七年（一六四四年），又一支勁旅突破居庸關，包圍了北京城。這次進犯的不是草原上的蠻夷騎兵，而是崛起於西北的李自成率領的造反軍隊。明朝君臣這次沒有逃過劫難，崇禎以發覆面，在煤山一棵歪脖子槐樹上上吊自殺。終明一代，自遷都北京後，歷代皇帝代代相承，完成了“天子守國門，君王死社稷”的悲壯之舉。
吳三桂借滿洲八旗兵報君父之仇，引狼入室，滿洲人占領了北京城，成為紫禁城的新主。留都南京的一整套備份版朝廷，卻沒有起到了應有的抗爭作用，而是眾臣擁立福王稱帝於南京。當然弘光朝僅僅支撐短短的一年，便亡於清兵的鐵蹄下。從此，北京和南京兩座美麗的城池留給了異族，分別長眠在南京孝陵衛和北京長陵之下的朱元璋朱棣父子，任由自己的臣民剃髮易服，臣服於來自關外的異族。但這對南京、北京兩城營建起著決定性作用的父子，連同為社稷江山殉難的崇禎帝，畢竟贏得了新朝統治者的尊重，清朝統治者對南京的孝陵和北京的十三陵予以善待；清朝皇帝還營建了思陵，禮葬崇禎帝，並設置司香內使（即守陵太監）管理十三陵；對南京城外的孝陵，也是如此管理。康熙南巡時，特到孝陵拜祭，並題寫“治隆唐宋”的匾額，清朝後期國門大開後，來南京的洋人越來越多，有司還專門在孝陵前樹立用六國文字書寫的石碑，提醒洋人不要亂寫亂畫，尊重陵墓的一磚一石、一草一木。
正因為如此，遺民顧炎武拜謁前朝帝王陵墓時，還能碰上守陵的“舊識中官”。
帝國的命脈大運河
全漢昇在《唐宋帝國與運河》中曾論述道，中央政府是否能夠成功地統治全國，依賴於是否能夠有效地利用長江下游的經濟資源，是否能夠將這一地區的物資迅速通過運河運輸到首都通常所在的華北地區。
大運河的重要性，到了明清時期更為突出。
大運河曾是明帝國的臍帶
明正德十五年（一五二〇年）九月十五日，京杭大運河上一個重要的港口——淮安府清江浦。
一群人正在水面上划船打魚，這些人衣著華貴，舉止優雅，岸邊旌旗蔽日，侍衛如林，顯然這不是普通漁民為了謀生的漁業活動。誰知道樂極生悲，船突然翻了，一個三十左右的青年人掉進水中。旁邊船上的人立刻像炸了鍋似的，叫聲震天，許多人不顧一切地跳進水裡，把青年人救上岸。青年雖然保住了一條命，但受到了極大的驚嚇，染上了重病。這個人就是當時大明朝第一人正德皇帝朱厚照。
第二年三月，正德帝駕崩，年僅三十一歲，他沒有留下一個子嗣，也沒有親弟弟。群臣商議，將正德帝一位堂弟朱厚熜從封地湖北鍾祥請到北京，作為朱厚照老爸孝宗的過繼兒子繼承大統，是為嘉靖帝。最後鬧出了把整個大明朝廷折騰得天翻地覆的“大禮議”事件，帝國元氣大傷。
正德帝在大運河上落水，可視為明朝一個轉折性事件，從此大明不可逆轉地走向衰落。此後的明朝皇帝，幾乎都是“宅男”，享國累加達九十三年的嘉靖、萬曆兩祖孫，更是數年隱居深宮，不樂接見臣工。
明朝自成祖朱棣遷都北京後，南京成為“留都”。但南直隸和浙江，無論從政治層面還是經濟層面而言，都是遠在北京的朝廷必須依賴的重要地區。從政治層面來說，此地是太祖高皇帝朱元璋發跡之地，朱元璋在此慢慢經營積蓄力量而遂有天下。從經濟層面來說，朝廷差不多一半的賦稅出於這些地區，北京城內的皇帝和大小官員靠這一地區的錢糧供養。在交通以水運為王的時代，大運河的價值怎麼估計都不過分，大運河成為大明帝國的“生命線”。甚至可以說，成為大明皇帝與“母體”緊緊相連的“臍帶”。