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年少的康熙帝這時已認識到，讓鰲拜繼續專權，給清帝國帶來的後果將是嚴重的。於是康熙帝就在鰲拜一手製造更換旗地事件的第二年，也就是公元一六六七年(康熙六年)，便毅然開始親理政事。這一年，康熙帝方才十四歲。
當時，輔政大臣中的蘇克薩哈看到康熙帝既然已經親政，便要求辭去輔政大臣的職務，交出權力。詭計多端的鰲拜不願仿效蘇克薩哈交出權力，便羅織罪名，誣陷蘇克薩哈的辭職是“背負先帝”，“藐視沖主”，“心懷異心”，要將蘇克薩哈斬首抄家。當時，由於鰲拜還把持著很大的權力，致使剛剛開始親政的康熙帝無法更改鰲拜的決定。結果蘇克薩哈還是被判處了絞刑，含冤死去。在蘇克薩哈死後的兩年多時間裡，鰲拜的權勢更加膨脹。與此同時，康熙帝與鰲拜之間的矛盾也日趨尖銳化。
到了一六六九年(康熙八年)，十六歲的康熙帝在政治上已逐漸成熟，終於與鰲拜進行了攤牌鬥爭。
年輕的康熙帝首先以下棋為掩護，將親信大臣索額圖等召進宮來定下計謀，然後突然召見鰲拜入宮。當鰲拜和往常一樣有恃無恐隻身走進宮時，康熙帝出其不意歷數了他的結黨營私、圖謀不軌等罪行，並喝令左右將他拿下去!這時，預先埋伏好的十幾名精於摔跤的布庫少年，一擁而上，將鰲拜捆翻在地。接著又以迅雷不及掩耳之勢，將他的心腹黨羽一網打盡。鰲拜所犯罪行有三十條之多，最初被判處死刑。據說不久他請求晉謁康熙帝。當康熙帝降恩召見時，他請年輕的皇上看了他為搭救清太宗而在自己身上留下的傷疤，因此康熙帝赦免了他的死刑，改判無期徒刑。後來，鰲拜在服刑中結束了一生。
康熙智擒鰲拜，是其政治生涯中的一個轉折點。此後，他宣布永停圈地，平反蘇克薩哈冤案，舉行“經筵”講座，頒布“聖諭十六條”，復改內三院為內閣。為了避免鰲拜專權的歷史事件重演，不斷削弱諸王旗主的勢力，使曾經左右軍國大事的議政王大臣會議形同虛設。到公元一六七七年(康熙十六年)，又設立了南書房以壓抑內閣權力，從而進一步強化了中央集權。總之，在清除鰲拜之後，康熙帝開始處於強者的地位。正如康熙帝自己表述的那樣：“今天下大小事務，皆聯一人親理”。從此，清代的歷史，在康熙帝的統治下，翻開了新的一頁。
二 平定三藩
在智擒鰲拜後的第四年，也就是公元一六七三年(康熙十二年)，終於爆發了“三藩”武裝叛亂事件。這對當時年僅二十歲的康熙皇帝的治國才能，是一個嚴峻的考驗。
這裡所說的“三藩”，是指因帶領清軍入關、鎮壓農民起義起家，被清初統治者封為平西王並留鎮雲南的吳三桂;因較早降清並鎮壓農民起義，被封為平南王而留鎮廣東的尚可喜;以及明朝降清將領的後裔——承襲了祖父耿仲明和父親耿繼茂靖南王爵位並留鎮福建的耿精忠。
這三個地方割據勢力，在軍事上各擁重兵。其中耿精忠、尚可喜各有兵力十五佐領及綠旗兵各六七千。吳三桂擁有五十三佐領和綠旗兵一萬二千，超過耿、尚兵力的總和。在政治上，他大搞獨立王國，結黨營私，例如在雲貴地區收攬黨羽，樹立山頭，並將知縣以上的官吏百計羅致，為私人服務。在這個地區里，凡他任命的官吏將佐，不受中央吏部和兵部的控制。在經濟上，他壟斷了地方財權。例如在雲南“廣徵關市，榷稅鹽井、金礦、銅山之利”，還“招徠商旅，資以藩本，使廣通貿易，殖貨財”，財政收支戶部不得過問。同時，他還大肆兼併土地，不僅將雲南明代黔國公沐氏的田莊全部據為己有，還將已歸農民耕種的明代衛所軍田占為己有。而分別留鎮福建和廣東的耿精忠和尚可喜，在各自的控制地區里，也有類似的劣跡。如耿精忠“以稅斂暴於閩”，尚可喜“令其部人私充鹽商，據津口，立總店”，在廣東大發橫財，就是很明顯的例子。
早在鰲拜專權時期，康熙帝已經注意到這個問題，等到清除鰲拜之後，康熙帝更是把這種危及國家安定的割據分裂勢力視為心腹大患，密切注視著事態的發展，並在積極尋找解決“三藩”問題的有利時機。
到了一六七三年，一個撤藩的有利時機，終於來到了。這一年，尚可喜因年事已高，便上疏要求回遼東養老，並請求讓他的兒子尚之信繼承平南王爵位，仍留鎮廣東。年青的康熙帝抓住這一時機，只同意尚可喜回遼東養老，不同意尚之信留鎮廣東而決定撤藩。康熙帝決定撤藩的消息很快傳到了雲南和福建。吳三桂和耿精忠為了試探康熙帝的真意，先後都耍了表面上打報告請求撤藩，而暗地裡卻調兵遣將準備叛亂的花招。當康熙帝收到他們要求撤藩的報告後，群臣議論譁然，多數大臣擔心撤藩會惹出大禍。康熙帝則斷然指出：“吳逆蓄謀久，不早圖之，養癰成患，何以善後了況其勢已成，撤亦反，不撤亦反，不若先發制之”。於是下令同意吳三佳、耿精忠同時撤藩。吳三桂在摸清了康熙帝的真正意圖後，便在一六七三年十一月率先舉行叛亂，自稱“天下都招討兵馬大元帥”，殺了清朝派駐雲南的重要官員。一六七四年三月，耿精忠響應吳三桂，在福州起兵叛亂。一六七六年二月，尚之信也在廣東起兵響應叛亂。再加上其他與吳三桂素有聯繫的漢族將領也紛紛叛亂。一時之間，戰火幾乎燃遍了半個中國。
當吳三桂在雲南昆明發動軍事叛亂的消息，十萬火急地傳到北京之時，滿朝文武大臣為之震驚。其中，只有少數人堅決主張平叛，而大多數人或主張“以德服人”，不要動武，或主張恢復三藩的權力，殺掉同意撤藩的官員，向吳三桂讓步。更有甚者，如西藏達賴喇嘛五世，竟向康熙帝提出了“裂土罷兵”，承認分裂割據的合法化。在這種複雜的形勢下，康熙帝力排異議，斷然決心武力平叛。儘管在“三藩”叛亂的戰幕剛剛揭開之時，吳三桂依仗其雄厚的兵力東進貴州、湖南，北攻四川、陝西，在軍事上取得了一時的優勢。但是，康熙帝在平叛戰鬥中，表現了卓越的指揮才能：一是集中力量打擊吳三桂。具體措施是處決吳三桂留在北京的長子和孫子，以表示平叛的決心，同時下令停撤平南、靖南二藩以孤立吳三桂。二是建立後方軍事基地。具體措施是選定山東的兗州和山西的太原作為集結兵力的進擊基地，妥善處理北京的奴僕起義，不使矛盾激化。三是阻止吳三桂的軍隊渡江，具休措施是調遣八旗勁旅守住湖北荊州。四是切斷吳三桂與耿精忠的軍事聯繫，具體措施是派兵進入江西，預防吳、耿兩軍在江西會師。五是千方百計穩定西北局勢，具體措施是先以優勢兵力擊敗陝西的王輔臣，然後恢復他的官爵，授予他靖寇將軍的榮銜，仍讓他的部隊駐紮在陝西漢中地區。儘管王輔臣其人一再叛附不定，但最後還是將他爭取了過來，從而消除了“三邊動搖，勢難猝定”的後顧之優。因此，當戰爭進行到公元一六七六年年終時，康熙帝便扭轉了戰機，穩定住西北局勢，粉碎了吳三桂的湖南防線，並取得耿精忠、尚之信先後降清的一系列軍事勝利。從此以後，吳三桂陷入了軍事上的孤立。到了公元一六七八年(康熙十七年)，每況愈下的吳三桂孤注一擲，在湖南衡州(今衡陽市)稱帝，幾個月後死去。不久，他留下的部隊便在清軍的強大攻勢下敗退到昆明。清軍從湖南、廣西、四川進入雲南並包圍了昆明。吳三桂的孩子吳世璠進行頑抗，到了公元一六八一年(康熙二十年)底，清軍將領趙良輔率部攻下了昆明城，吳世璠自殺。至此，前後歷時達八年之久的“三藩”之亂，遂告平定。這一年，康熙帝方才二十八歲。白晉所寫的《康熙帝傳》在描寫康熙帝平定三藩之亂期間的勞累情景時說：“他為掌握叛亂的全部情況，按照事情的輕重緩急，夜以繼日地召開會議、發布諭令。”並說：“康熙皇帝以令人難以置信的勤奮處理政務，發布了一系列卓越的詔令”。
當時，輔政大臣中的蘇克薩哈看到康熙帝既然已經親政，便要求辭去輔政大臣的職務，交出權力。詭計多端的鰲拜不願仿效蘇克薩哈交出權力，便羅織罪名，誣陷蘇克薩哈的辭職是“背負先帝”，“藐視沖主”，“心懷異心”，要將蘇克薩哈斬首抄家。當時，由於鰲拜還把持著很大的權力，致使剛剛開始親政的康熙帝無法更改鰲拜的決定。結果蘇克薩哈還是被判處了絞刑，含冤死去。在蘇克薩哈死後的兩年多時間裡，鰲拜的權勢更加膨脹。與此同時，康熙帝與鰲拜之間的矛盾也日趨尖銳化。
到了一六六九年(康熙八年)，十六歲的康熙帝在政治上已逐漸成熟，終於與鰲拜進行了攤牌鬥爭。
年輕的康熙帝首先以下棋為掩護，將親信大臣索額圖等召進宮來定下計謀，然後突然召見鰲拜入宮。當鰲拜和往常一樣有恃無恐隻身走進宮時，康熙帝出其不意歷數了他的結黨營私、圖謀不軌等罪行，並喝令左右將他拿下去!這時，預先埋伏好的十幾名精於摔跤的布庫少年，一擁而上，將鰲拜捆翻在地。接著又以迅雷不及掩耳之勢，將他的心腹黨羽一網打盡。鰲拜所犯罪行有三十條之多，最初被判處死刑。據說不久他請求晉謁康熙帝。當康熙帝降恩召見時，他請年輕的皇上看了他為搭救清太宗而在自己身上留下的傷疤，因此康熙帝赦免了他的死刑，改判無期徒刑。後來，鰲拜在服刑中結束了一生。
康熙智擒鰲拜，是其政治生涯中的一個轉折點。此後，他宣布永停圈地，平反蘇克薩哈冤案，舉行“經筵”講座，頒布“聖諭十六條”，復改內三院為內閣。為了避免鰲拜專權的歷史事件重演，不斷削弱諸王旗主的勢力，使曾經左右軍國大事的議政王大臣會議形同虛設。到公元一六七七年(康熙十六年)，又設立了南書房以壓抑內閣權力，從而進一步強化了中央集權。總之，在清除鰲拜之後，康熙帝開始處於強者的地位。正如康熙帝自己表述的那樣：“今天下大小事務，皆聯一人親理”。從此，清代的歷史，在康熙帝的統治下，翻開了新的一頁。
二 平定三藩
在智擒鰲拜後的第四年，也就是公元一六七三年(康熙十二年)，終於爆發了“三藩”武裝叛亂事件。這對當時年僅二十歲的康熙皇帝的治國才能，是一個嚴峻的考驗。
這裡所說的“三藩”，是指因帶領清軍入關、鎮壓農民起義起家，被清初統治者封為平西王並留鎮雲南的吳三桂;因較早降清並鎮壓農民起義，被封為平南王而留鎮廣東的尚可喜;以及明朝降清將領的後裔——承襲了祖父耿仲明和父親耿繼茂靖南王爵位並留鎮福建的耿精忠。
這三個地方割據勢力，在軍事上各擁重兵。其中耿精忠、尚可喜各有兵力十五佐領及綠旗兵各六七千。吳三桂擁有五十三佐領和綠旗兵一萬二千，超過耿、尚兵力的總和。在政治上，他大搞獨立王國，結黨營私，例如在雲貴地區收攬黨羽，樹立山頭，並將知縣以上的官吏百計羅致，為私人服務。在這個地區里，凡他任命的官吏將佐，不受中央吏部和兵部的控制。在經濟上，他壟斷了地方財權。例如在雲南“廣徵關市，榷稅鹽井、金礦、銅山之利”，還“招徠商旅，資以藩本，使廣通貿易，殖貨財”，財政收支戶部不得過問。同時，他還大肆兼併土地，不僅將雲南明代黔國公沐氏的田莊全部據為己有，還將已歸農民耕種的明代衛所軍田占為己有。而分別留鎮福建和廣東的耿精忠和尚可喜，在各自的控制地區里，也有類似的劣跡。如耿精忠“以稅斂暴於閩”，尚可喜“令其部人私充鹽商，據津口，立總店”，在廣東大發橫財，就是很明顯的例子。
早在鰲拜專權時期，康熙帝已經注意到這個問題，等到清除鰲拜之後，康熙帝更是把這種危及國家安定的割據分裂勢力視為心腹大患，密切注視著事態的發展，並在積極尋找解決“三藩”問題的有利時機。
到了一六七三年，一個撤藩的有利時機，終於來到了。這一年，尚可喜因年事已高，便上疏要求回遼東養老，並請求讓他的兒子尚之信繼承平南王爵位，仍留鎮廣東。年青的康熙帝抓住這一時機，只同意尚可喜回遼東養老，不同意尚之信留鎮廣東而決定撤藩。康熙帝決定撤藩的消息很快傳到了雲南和福建。吳三桂和耿精忠為了試探康熙帝的真意，先後都耍了表面上打報告請求撤藩，而暗地裡卻調兵遣將準備叛亂的花招。當康熙帝收到他們要求撤藩的報告後，群臣議論譁然，多數大臣擔心撤藩會惹出大禍。康熙帝則斷然指出：“吳逆蓄謀久，不早圖之，養癰成患，何以善後了況其勢已成，撤亦反，不撤亦反，不若先發制之”。於是下令同意吳三佳、耿精忠同時撤藩。吳三桂在摸清了康熙帝的真正意圖後，便在一六七三年十一月率先舉行叛亂，自稱“天下都招討兵馬大元帥”，殺了清朝派駐雲南的重要官員。一六七四年三月，耿精忠響應吳三桂，在福州起兵叛亂。一六七六年二月，尚之信也在廣東起兵響應叛亂。再加上其他與吳三桂素有聯繫的漢族將領也紛紛叛亂。一時之間，戰火幾乎燃遍了半個中國。
當吳三桂在雲南昆明發動軍事叛亂的消息，十萬火急地傳到北京之時，滿朝文武大臣為之震驚。其中，只有少數人堅決主張平叛，而大多數人或主張“以德服人”，不要動武，或主張恢復三藩的權力，殺掉同意撤藩的官員，向吳三桂讓步。更有甚者，如西藏達賴喇嘛五世，竟向康熙帝提出了“裂土罷兵”，承認分裂割據的合法化。在這種複雜的形勢下，康熙帝力排異議，斷然決心武力平叛。儘管在“三藩”叛亂的戰幕剛剛揭開之時，吳三桂依仗其雄厚的兵力東進貴州、湖南，北攻四川、陝西，在軍事上取得了一時的優勢。但是，康熙帝在平叛戰鬥中，表現了卓越的指揮才能：一是集中力量打擊吳三桂。具體措施是處決吳三桂留在北京的長子和孫子，以表示平叛的決心，同時下令停撤平南、靖南二藩以孤立吳三桂。二是建立後方軍事基地。具體措施是選定山東的兗州和山西的太原作為集結兵力的進擊基地，妥善處理北京的奴僕起義，不使矛盾激化。三是阻止吳三桂的軍隊渡江，具休措施是調遣八旗勁旅守住湖北荊州。四是切斷吳三桂與耿精忠的軍事聯繫，具體措施是派兵進入江西，預防吳、耿兩軍在江西會師。五是千方百計穩定西北局勢，具體措施是先以優勢兵力擊敗陝西的王輔臣，然後恢復他的官爵，授予他靖寇將軍的榮銜，仍讓他的部隊駐紮在陝西漢中地區。儘管王輔臣其人一再叛附不定，但最後還是將他爭取了過來，從而消除了“三邊動搖，勢難猝定”的後顧之優。因此，當戰爭進行到公元一六七六年年終時，康熙帝便扭轉了戰機，穩定住西北局勢，粉碎了吳三桂的湖南防線，並取得耿精忠、尚之信先後降清的一系列軍事勝利。從此以後，吳三桂陷入了軍事上的孤立。到了公元一六七八年(康熙十七年)，每況愈下的吳三桂孤注一擲，在湖南衡州(今衡陽市)稱帝，幾個月後死去。不久，他留下的部隊便在清軍的強大攻勢下敗退到昆明。清軍從湖南、廣西、四川進入雲南並包圍了昆明。吳三桂的孩子吳世璠進行頑抗，到了公元一六八一年(康熙二十年)底，清軍將領趙良輔率部攻下了昆明城，吳世璠自殺。至此，前後歷時達八年之久的“三藩”之亂，遂告平定。這一年，康熙帝方才二十八歲。白晉所寫的《康熙帝傳》在描寫康熙帝平定三藩之亂期間的勞累情景時說：“他為掌握叛亂的全部情況，按照事情的輕重緩急，夜以繼日地召開會議、發布諭令。”並說：“康熙皇帝以令人難以置信的勤奮處理政務，發布了一系列卓越的詔令”。