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王在晉守遼期間，正是努爾哈赤在西邊忙於運糧，東邊鎮壓暴亂，顧此失彼的時候，明廷竟任命王在晉這樣經略，退守山海關，毫無東進、恢復失地之心，這對努爾哈赤來說，實在是不可多得的幫助。正是在這期間，使後金能夠把右屯衛的存糧基本運完，又從容地發兵鎮壓了鎮江人民的反抗，攻占了錦義地區的戚家堡、十官兒屯、十三山等地占山反抗的遼民據點。
為了探清明軍的虛實，求得內部整頓奏效，努爾哈赤曾經委託西部蒙古的根根兒向經略王在晉表示願意與明廷講和。王在晉聽了以後，回答說：後金對於朝廷不是講和的問題，應當是乞降。投降以後，將遼東各城歸還朝廷，上地、人民、叛臣都要交清，否則，惟有進剿一途[18]。王在晉的口氣雖然很硬，但卻無意東進，努爾哈赤也無力西擾，雙方弄成了各自為守的局面。
從天啟二年八月，到夭啟五年十一月，由於邊防重臣一再更易，皇帝恢復遼東的旨意毫無進展，加上明廷閹黨當權，竟以宰臣駐守邊關，命令閣臣孫承宗出關，鎮守遼邊[19]，這是破例的做法。
閣臣孫承宗守遼的功績在於造成了與後金較長時期對峙的局面，奠定了寧遠之戰的勝利基礎。孫承宗到了遼邊以後，首先定出軍制，明確各官的職守。他任命馬世龍作為守遼的主將佩平遼將軍的大印，特賜給尚方劍，王世欽、尤世祿作馬世龍的副手，又任命馬世龍為總兵官，派祖大壽駐守覺華島，副將趙率教駐守前屯衛，衛前築堡數十個。監軍袁崇煥，鹿善繼、茅元儀等積極向閣臣請求駐守寧遠城。孫承宗從長遠考慮，決意修復寧遠城，與部下同僚等議定以後，命令祖大壽率部先去興工修築。祖大壽最初認為，朝廷沒有足夠的力量遠守，雖然孫承宗令他將寧遠城加固修築，但他只修築了十分之一。天啟三年(公元1623年，天命八年)九月，孫承宗欲圖大舉收復失地，為此對寧遠、覺華島的戰略地位很重視。他認為山海關以東的前屯衛、寧遠城，可以屯聚重兵，積儲糧草，尤其是寧遠城，應當先以驍勇的大將統率水師駐紮。若是敵兵攻擊寧遠城，水師可以繞其背後進行攻擊，寧遠守軍攻擊敵人之首，湯泉、瓏山、首山等寧遠周圍重要地方埋設伏兵，襲擊敵人側翼。如果敵人進攻關城，那麼寧遠居其後。前有堅城，後有勁兵，寧遠、關城都可以守，阻敵人於二百里之外。這是寧遠城的最初攻守布局[20]。
閣臣孫承宗為了守關，力圖恢復失地，曾立志要有一番作為，對於遼河東西的戰守問題做過較詳細的分析，從據守、款和、恢復三個方面提出問題。他說，以“守”來說：關城所聚集的都是秦、晉、川、湖、齊、梁、燕、趙的兵，客兵為主。他們除了顧及吃糧以外，要使他們捐棄祖宗墳墓、妻室、子女，約邊疆效死是很難的，況且糧草不濟，就是糧草齊備，國家也難以長期坐養十萬邊兵，速戰不能，久守坐困，師老財匱，必然發生兵變。以“款”來說，如果撤寧遠，坐守關城，關外二百里之內，蒙古八部三十六家，部眾二十多萬，安插不易，不安插也必然發生變故，所以非據守寧前各地不可。以“恢復”來說，守住寧遠，可以阻敵人於寧前以外，否則，後金占了寧遠，關城更不易守了，恢復失地也難以做到。
在對待遼民的問題上，閣臣孫承宗的看法與王在晉相反，他認為議兵必須先考慮土著居民，主張安插遼人，在兩衛(寧遠、前屯)、三所、二十七堡中，屯田守邊。這屯田守邊叫做“以遼人守遼土，以遼土養遼人”。經過孫閣臣的苦心經營，使寧前、錦義的戰守形勢發生很大變化。山海關上的守戰器械從關城移入前屯、寧遠。袁崇煥率領三位參將經營寧遠城，與祖大壽等共同制定規劃，決定命令諸將分段修築，期限一年完成。由名將滿桂(蒙古族)協助施工。寧遠城修竣以後，袁崇煥就職守城，他誓與此城共存亡。天啟五年(公元1625年，夭命十年)夏天，袁崇煥分派將士向錦州以東各地駐守。這樣，據守寧遠城的規模初步確定下來了[21]。這時，孫承宗率領眾將已經恢復了中前所、前屯衛、中後所、中右所、守堡四十七座，即寧遠、前屯、錦州、右屯等四百多里，招募遼兵三萬，由馬世龍等三位大將更番訓練。遼兵分為十二營，每個營各有主將，步佐、騎佐、輕車。此外還有水師五營，都由馬世龍統率。共訓練出弓弩手五萬名，火銃手六百名。打造兵船一千五百艘，兵車六萬，馬、牛、器械、盔甲、火器，總計資金達百餘萬。另外，安插遼民三十萬，官兵屯田五千餘頃。部將統兵守城護堡，人民安心耕田，逃入關內的遼民紛紛返回故土，先後出關的多達十餘萬。從山海關到寧前各衛，車騎於途，城堡輻輳，頗有太平景象。軍餉也大為節省，官軍屯田得銀兩十五萬，鹽利銀三萬四千多兩，軍卒採集青草，節省馬草、馬料十八萬兩。孫承宗安插遼人用遼人之策，大得民心，成為努爾哈赤爭取遼民的一大障礙，同時，寧遠城、前屯衛一帶日漸殷富，為寧遠之戰的勝利奠定了雄厚的物質基礎。
在具備這些條件後，閣臣孫承宗準備實現皇上的“寧遠、廣寧及河東土宇，漸圖恢復”[22]的訓示。承宗上疏後，皇上立即命令有關部門，供應閣臣提出的二十四萬的興師軍餉。但朝中魏忠賢等閹黨操持權柄，故意使兵、工二部文移往來，拖延時間，致使餉費久久不能到關，結果，承宗的興師計劃[23]，沒能得到實現。
孫承宗身為兵部尚書，東閣大學士，守邊請餉，皇上又有批覆，魏忠賢怎麼敢軟磨硬抗，不撥餉到關，遲誤軍機呢?當時，皇帝昏聵，寵信閹黨首領魏忠賢。魏忠賢為人忌賢妒能，趨炎附勢。天啟五年(公元1625年，天命十年)初，魏忠賢見孫承宗守邊三年，功高望眾，便想拉攏他，但孫承宗見他不正派，不願意與他交結，因此魏忠賢記恨在心。天啟五年的下半年，孫承宗因為收復失地計劃不能實現，想借西巡薊遼，路過北京的機會，面見皇上，陳述邊情。他原計劃在十一月十四日人京，兼賀萬壽節。這事被閹黨魏廣徵知道了，他急速把消息轉告了魏忠賢。魏忠賢聽了大為惶恐，經過密謀後，誣衊孫承宗“左袒東林”[24]，擁重兵過京師，欲“清君側”[25]，指使御史李藩、崔呈秀等彈劾孫承宗此行是“挾兵震主”。魏忠賢親自到皇上面前陷害孫承宗，皇帝不辨真假、聽信誣告，慌忙下旨給孫承宗說：守邊遠離信守戍地，非祖宗之制，違犯者法不寬宥，並命令兵部發飛騎三次，阻止他人京。這時，孫承宗已經到了通州，聞命即刻敗興而歸。他回到關上以後，左思右想，無計可施，只好屢屢上疏，請求罷職回家。這不能不說是由於皇帝昏聵，使老臣不能效命疆場，誤了邊疆大事[26]。
孫承宗嚴守遼邊近四年間，厚積儲，時刻備戰，卻沒有能夠得到進展，為努爾哈赤提供了喘息的機會。那麼，努爾哈赤為什麼三年多時間沒有再向遼西推進呢?一是明廷閣臣親自守邊，對此不能不慎重對待。二是天啟三年以後，後金城鄉漢民暴動，此起彼伏。加上饑荒嚴重，“盜賊”興起。後金大規模地屠殺漢民，編立農奴制莊園，民族關係十分緊張，階級鬥爭也很複雜，社會動盪不安，進軍遼西不能不有後顧之憂。這種形勢，明朝的一些有識之士也看得很清楚。他們認為，後金的兵力有限，全部人馬西向不可能，若不全部發兵，便辦不成大事。若進兵遼西，內部不夠安定，顧慮頗多。後金得了遼東，鞏固內部，耕田播種，不得不用遼人，又不能不防遼人。蒙古游弋於西，需要時時設防。朝鮮王國威脅於東。西南臨三岔河，南臨滄海，有可能隨時受到明軍的襲擊。北界又有蒙古，若是西進怎麼能輕易得到千里土地呢?即使一切順利，後金兵久戰之後，也還要稍稍休息[27]，這個分析是比較合乎實際的。事實上，努爾哈赤自從占了遼瀋，進軍廣寧以後，被國內的事弄得焦頭爛額，不要說內部漢民叛變，只東江明將毛文龍的騷擾，就弄得後金民不得安居，兵不得久住。天啟三年劉愛塔等南四衛的守官相繼叛變歸明，明將張盤活動於金州、旅順一帶。在這期間，由於毛文龍及其部下向後金腹地進攻，努爾哈赤花了不少精力，派遣使臣送書給毛文龍，要求雙方講和。這些事使努爾哈赤無暇於對西方用兵，所以有所謂“鷙伏三年”不肯動兵的事。三是遼東舊督臣王象乾，善於撫慰蒙古各部，孫承宗又執行用遼人之議，安插遼民，改變了民心所向，這都不利於努爾哈赤舉兵西進[28]。況且，努爾哈赤的用兵，一向是見機而行，見勢不利，豈能貿然進兵。到了天啟五年(公元1625年，天命十年)底，閣臣孫承宗罷官已去，努爾哈赤對內已經編莊完畢，基本上將遼民的反抗暫時鎮壓下去了。儘管國內仍然危機四伏，生產停滯，但出現了一個暫時的安定時期，而恰在這個時候，遼西的軍事形勢，也發生了有利於後金的變化，因此，寧遠之戰的爆發便臨近了。
為了探清明軍的虛實，求得內部整頓奏效，努爾哈赤曾經委託西部蒙古的根根兒向經略王在晉表示願意與明廷講和。王在晉聽了以後，回答說：後金對於朝廷不是講和的問題，應當是乞降。投降以後，將遼東各城歸還朝廷，上地、人民、叛臣都要交清，否則，惟有進剿一途[18]。王在晉的口氣雖然很硬，但卻無意東進，努爾哈赤也無力西擾，雙方弄成了各自為守的局面。
從天啟二年八月，到夭啟五年十一月，由於邊防重臣一再更易，皇帝恢復遼東的旨意毫無進展，加上明廷閹黨當權，竟以宰臣駐守邊關，命令閣臣孫承宗出關，鎮守遼邊[19]，這是破例的做法。
閣臣孫承宗守遼的功績在於造成了與後金較長時期對峙的局面，奠定了寧遠之戰的勝利基礎。孫承宗到了遼邊以後，首先定出軍制，明確各官的職守。他任命馬世龍作為守遼的主將佩平遼將軍的大印，特賜給尚方劍，王世欽、尤世祿作馬世龍的副手，又任命馬世龍為總兵官，派祖大壽駐守覺華島，副將趙率教駐守前屯衛，衛前築堡數十個。監軍袁崇煥，鹿善繼、茅元儀等積極向閣臣請求駐守寧遠城。孫承宗從長遠考慮，決意修復寧遠城，與部下同僚等議定以後，命令祖大壽率部先去興工修築。祖大壽最初認為，朝廷沒有足夠的力量遠守，雖然孫承宗令他將寧遠城加固修築，但他只修築了十分之一。天啟三年(公元1623年，天命八年)九月，孫承宗欲圖大舉收復失地，為此對寧遠、覺華島的戰略地位很重視。他認為山海關以東的前屯衛、寧遠城，可以屯聚重兵，積儲糧草，尤其是寧遠城，應當先以驍勇的大將統率水師駐紮。若是敵兵攻擊寧遠城，水師可以繞其背後進行攻擊，寧遠守軍攻擊敵人之首，湯泉、瓏山、首山等寧遠周圍重要地方埋設伏兵，襲擊敵人側翼。如果敵人進攻關城，那麼寧遠居其後。前有堅城，後有勁兵，寧遠、關城都可以守，阻敵人於二百里之外。這是寧遠城的最初攻守布局[20]。
閣臣孫承宗為了守關，力圖恢復失地，曾立志要有一番作為，對於遼河東西的戰守問題做過較詳細的分析，從據守、款和、恢復三個方面提出問題。他說，以“守”來說：關城所聚集的都是秦、晉、川、湖、齊、梁、燕、趙的兵，客兵為主。他們除了顧及吃糧以外，要使他們捐棄祖宗墳墓、妻室、子女，約邊疆效死是很難的，況且糧草不濟，就是糧草齊備，國家也難以長期坐養十萬邊兵，速戰不能，久守坐困，師老財匱，必然發生兵變。以“款”來說，如果撤寧遠，坐守關城，關外二百里之內，蒙古八部三十六家，部眾二十多萬，安插不易，不安插也必然發生變故，所以非據守寧前各地不可。以“恢復”來說，守住寧遠，可以阻敵人於寧前以外，否則，後金占了寧遠，關城更不易守了，恢復失地也難以做到。
在對待遼民的問題上，閣臣孫承宗的看法與王在晉相反，他認為議兵必須先考慮土著居民，主張安插遼人，在兩衛(寧遠、前屯)、三所、二十七堡中，屯田守邊。這屯田守邊叫做“以遼人守遼土，以遼土養遼人”。經過孫閣臣的苦心經營，使寧前、錦義的戰守形勢發生很大變化。山海關上的守戰器械從關城移入前屯、寧遠。袁崇煥率領三位參將經營寧遠城，與祖大壽等共同制定規劃，決定命令諸將分段修築，期限一年完成。由名將滿桂(蒙古族)協助施工。寧遠城修竣以後，袁崇煥就職守城，他誓與此城共存亡。天啟五年(公元1625年，夭命十年)夏天，袁崇煥分派將士向錦州以東各地駐守。這樣，據守寧遠城的規模初步確定下來了[21]。這時，孫承宗率領眾將已經恢復了中前所、前屯衛、中後所、中右所、守堡四十七座，即寧遠、前屯、錦州、右屯等四百多里，招募遼兵三萬，由馬世龍等三位大將更番訓練。遼兵分為十二營，每個營各有主將，步佐、騎佐、輕車。此外還有水師五營，都由馬世龍統率。共訓練出弓弩手五萬名，火銃手六百名。打造兵船一千五百艘，兵車六萬，馬、牛、器械、盔甲、火器，總計資金達百餘萬。另外，安插遼民三十萬，官兵屯田五千餘頃。部將統兵守城護堡，人民安心耕田，逃入關內的遼民紛紛返回故土，先後出關的多達十餘萬。從山海關到寧前各衛，車騎於途，城堡輻輳，頗有太平景象。軍餉也大為節省，官軍屯田得銀兩十五萬，鹽利銀三萬四千多兩，軍卒採集青草，節省馬草、馬料十八萬兩。孫承宗安插遼人用遼人之策，大得民心，成為努爾哈赤爭取遼民的一大障礙，同時，寧遠城、前屯衛一帶日漸殷富，為寧遠之戰的勝利奠定了雄厚的物質基礎。
在具備這些條件後，閣臣孫承宗準備實現皇上的“寧遠、廣寧及河東土宇，漸圖恢復”[22]的訓示。承宗上疏後，皇上立即命令有關部門，供應閣臣提出的二十四萬的興師軍餉。但朝中魏忠賢等閹黨操持權柄，故意使兵、工二部文移往來，拖延時間，致使餉費久久不能到關，結果，承宗的興師計劃[23]，沒能得到實現。
孫承宗身為兵部尚書，東閣大學士，守邊請餉，皇上又有批覆，魏忠賢怎麼敢軟磨硬抗，不撥餉到關，遲誤軍機呢?當時，皇帝昏聵，寵信閹黨首領魏忠賢。魏忠賢為人忌賢妒能，趨炎附勢。天啟五年(公元1625年，天命十年)初，魏忠賢見孫承宗守邊三年，功高望眾，便想拉攏他，但孫承宗見他不正派，不願意與他交結，因此魏忠賢記恨在心。天啟五年的下半年，孫承宗因為收復失地計劃不能實現，想借西巡薊遼，路過北京的機會，面見皇上，陳述邊情。他原計劃在十一月十四日人京，兼賀萬壽節。這事被閹黨魏廣徵知道了，他急速把消息轉告了魏忠賢。魏忠賢聽了大為惶恐，經過密謀後，誣衊孫承宗“左袒東林”[24]，擁重兵過京師，欲“清君側”[25]，指使御史李藩、崔呈秀等彈劾孫承宗此行是“挾兵震主”。魏忠賢親自到皇上面前陷害孫承宗，皇帝不辨真假、聽信誣告，慌忙下旨給孫承宗說：守邊遠離信守戍地，非祖宗之制，違犯者法不寬宥，並命令兵部發飛騎三次，阻止他人京。這時，孫承宗已經到了通州，聞命即刻敗興而歸。他回到關上以後，左思右想，無計可施，只好屢屢上疏，請求罷職回家。這不能不說是由於皇帝昏聵，使老臣不能效命疆場，誤了邊疆大事[26]。
孫承宗嚴守遼邊近四年間，厚積儲，時刻備戰，卻沒有能夠得到進展，為努爾哈赤提供了喘息的機會。那麼，努爾哈赤為什麼三年多時間沒有再向遼西推進呢?一是明廷閣臣親自守邊，對此不能不慎重對待。二是天啟三年以後，後金城鄉漢民暴動，此起彼伏。加上饑荒嚴重，“盜賊”興起。後金大規模地屠殺漢民，編立農奴制莊園，民族關係十分緊張，階級鬥爭也很複雜，社會動盪不安，進軍遼西不能不有後顧之憂。這種形勢，明朝的一些有識之士也看得很清楚。他們認為，後金的兵力有限，全部人馬西向不可能，若不全部發兵，便辦不成大事。若進兵遼西，內部不夠安定，顧慮頗多。後金得了遼東，鞏固內部，耕田播種，不得不用遼人，又不能不防遼人。蒙古游弋於西，需要時時設防。朝鮮王國威脅於東。西南臨三岔河，南臨滄海，有可能隨時受到明軍的襲擊。北界又有蒙古，若是西進怎麼能輕易得到千里土地呢?即使一切順利，後金兵久戰之後，也還要稍稍休息[27]，這個分析是比較合乎實際的。事實上，努爾哈赤自從占了遼瀋，進軍廣寧以後，被國內的事弄得焦頭爛額，不要說內部漢民叛變，只東江明將毛文龍的騷擾，就弄得後金民不得安居，兵不得久住。天啟三年劉愛塔等南四衛的守官相繼叛變歸明，明將張盤活動於金州、旅順一帶。在這期間，由於毛文龍及其部下向後金腹地進攻，努爾哈赤花了不少精力，派遣使臣送書給毛文龍，要求雙方講和。這些事使努爾哈赤無暇於對西方用兵，所以有所謂“鷙伏三年”不肯動兵的事。三是遼東舊督臣王象乾，善於撫慰蒙古各部，孫承宗又執行用遼人之議，安插遼民，改變了民心所向，這都不利於努爾哈赤舉兵西進[28]。況且，努爾哈赤的用兵，一向是見機而行，見勢不利，豈能貿然進兵。到了天啟五年(公元1625年，天命十年)底，閣臣孫承宗罷官已去，努爾哈赤對內已經編莊完畢，基本上將遼民的反抗暫時鎮壓下去了。儘管國內仍然危機四伏，生產停滯，但出現了一個暫時的安定時期，而恰在這個時候，遼西的軍事形勢，也發生了有利於後金的變化，因此，寧遠之戰的爆發便臨近了。