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大英明汗努爾哈赤的移民政策引起的更為嚴重的社會後果是它打擊了中小地主階級和明朝中下級官吏，嚴重地侵犯了他們的切身利益，觸動了遼河東西各個社會階層。從天啟元年大移民、大遷徙以後，遼民無論是貧是富都要遷移，富有的家庭多田土、多財產，既不易於搬動，也不願意遠徙，他們常常被列入被驅趕之戶。一旦被趕，豬、馬、牛等家產，一律歸公。最富裕的戶到了新的地方，也只是按照規定，十五口之家給兩匹馬、兩頭牛、兩頭驢。貧窮的戶，十口之家，只給一頭牛、一頭驢。更貧的戶，十個男丁僅給一匹馬[17]。原有的耕地，按照牛錄被重新均分，原有的地主失去了田園和不勞而獲的生活，變為自食其力，耕作在田的農人了。從努爾哈赤遷移人口的地區來看，凡是遼河東西的居民幾乎全部被牽動了。這就從根本上否定了最初在遼民中推行的“各守舊業”的政策，深深地觸動了明朝在遼東的封建勢力的根基。那些在後金剛剛進入遼瀋的時候，按“各守舊業”的政策，慶幸保住田園的中小地主階級和中、下級漢族官吏，還能在遼民的抗金波濤中，靜坐兩端，苟且偷生。如今，他們失掉了往昔的一切，變成了赤貧戶。他們憤怒了，相繼投入抗金的波濤中去。這就是天啟三年以後，後金社會村村相通，戶戶相結，集體逃跑、暴動，民族矛盾和階級矛盾加劇和社會危機加深的重要原因之一。
從天啟四年到天啟五年，從城鎮到鄉間，處處都燃起了反抗的怒火。面對這一切，努爾哈赤完全把責任推到以李永芳、佟養性為代表的漢官和漢民的身上。事實上，正是由努爾哈赤政策本身的變化所造成的。大英明汗努爾哈赤任用漢官的目的是讓他們私查暗訪，告密捉好，加強後金奴隸主貴族集團的統治。然而，遼民日益激烈的反抗鬥爭，使努爾哈赤大失所望，對於漢官他疑心重重。夭啟二年正月，努爾哈赤對李永芳、佟養性等人，公開指責他們與河西的明人有勾結，故意損害他的事業，表示今後不再相信他們[18]。努爾哈赤還嚴厲指責漢官貪賄，擅自索取屬下人民的財物，包庇毛文龍派來的“奸細”，不肯檢舉、查獲他們[19]。天啟三年五月，復州人民再次暴動。李永芳情況不明，誤認是傳言。後來證實果然有其事，努爾哈赤便憤怒異常。他下書給李永芳，大加斥責。書中說：李永芳!念你在撫順的時候，是一個深明事理的人，才把我們金女的身子許配給你，上天保佑我有了葉赫部、哈達部、烏拉部、輝發部，打敗了明朝的四路大軍，得了撫順、清河、開原、鐵嶺、瀋陽、遼陽、廣寧、蒙古等地。李永芳!你不相信嗎?你每每念記明帝可以長久存在，認為我只是暫時的。遼東漢人叛亂的事，來書舉發不絕，我都收查在案。你的讕言耽誤我的大事。漢人投入明境的時候，你高興，被我發覺後殺了，不順你的心意。你若是誠心不苦累我兵，不勞苦我國人民，就要管好你任內的事，平定逃叛。如果那樣，就算我的過錯，你的讕言為對。你輕視我，然而，我聽說你們漢人的劉邦曾經作過淮下吏，老天保佑他做了皇帝。宋太祖是個市井無賴之徒，也做了皇帝，傳國數世。朱元璋沒有父母，孤獨乞食，投在郭元帥(郭子興)帳下幹事，也做了皇帝，傳了十三、四世。你雖然思念明朝，可是，天示異兆，明國將亡，你能阻止嗎?你目中沒有我這個養父，但你是我家的女婿，這件事，蒙古人，明人，朝鮮人都知道。今天考慮到若是判你的罪，他國的人會嘲笑我，也會嘲笑你，所以不判你的罪，默默地了結此事。我這些話，都是發自胸中的憤恨啊[20]!
大英明汗努爾哈赤不信任漢官的結果，使一部分本來就不積極做事的漢官，更不肯勤於職守了[21]。有的漢官在女真官吏的管轄下，地位卑微，似同阿哈，難於生活。他們暗中與明廷相通，或找機會悄悄地逃走了[22]。連鎮守金州、復州、蓋州的副將，一度效忠於努爾哈赤的劉愛塔也離心離德，想投靠明廷。天啟三年初，劉愛塔曾經在大貝勒代善的紅旗下，很不得志，連他的乘馬、財物也被旗主貝勒奪去，受盡虐待，幾乎不能活下去。因此，愛塔派遣部將金應奎到登州、蓬萊私通明朝官員，願意以復州作為內應，投歸明朝。明廷派遣總兵官沈有容，以舟師聯合毛文龍所部，集結在海外，等待劉愛塔起事。在愛塔還沒能開始進行起事，努爾哈赤已經偵知明朝的舟師到了海外，他恐怕金州有失，當即採取了措施，把沿海居民暫時移到復州。愛塔首次預謀獻城歸明的事受阻了。同年五月，劉愛塔又派人與明官約定，將要在六月二十日深夜獻出復州城。後來，因為愛塔與部下的備官王丙有了矛盾，密謀之事被王丙告發了。努爾哈赤得報後，迅速調發大兵三萬，包圍了復州城，逮捕劉愛塔，對復州、金州兩城進行屠城。遼南軍民紛紛逃難，先後逃入朝鮮王國的難民多達十餘萬[23]。
由於女真官員語言不通，民情不熟，無法控制漢民，而漢官又不願意也不敢認真去管理漢民，甚至有的完全不管，使漢民敢於集體逃走。留下的漢人也不肯從事生產，自願變成流民，所以社會上到處乞食的流浪者日益增多。逃亡、殺掠、搶劫等事件層出不窮，加重了後金的社會的混亂。
天啟四年，由於生產遭到嚴重的破壞，後金境內，居民沒有糧食吃，物價飛漲，社會日用品奇缺。穀物一升由白銀一兩，上漲到八兩。一匹馬由過去的十幾兩白銀，上漲到三百兩。一匹蟒緞由過去的四、五兩銀，猛漲到一百五十兩或二百兩，相當於過去的四十倍到五十倍[24]。與此同時，社會上出現了“盜賊興起”，人相食的嚴重情況。社會經濟已經接近於崩潰的邊緣。
天啟五年(公元1625年，天命十年)，大英明汗努爾哈赤在社會上出現嚴重動亂之後，大生殺機。屠殺的對象不僅是暴動的，無谷和少谷的漢人，而且把矛頭指向明朝革職官員、秀才，以及一切可疑的人。同年十月，努爾哈赤下令：總兵官以下，守備官以上的八旗各級官員，到各城鄉、村屯去甄別漢人。凡是在八貝勒家和一般女真家庭中服役的漢人都綁來盤查。讓現任的漢族官員，將各自近親的人領出來。被甄別出來的人口，即被懷疑的人均留在村中，最後，努爾哈赤命令八旗大臣，統兵分路到各個村莊去，將留下的漢人，統統殺光。在這次血洗遼地的慘案中，無辜被殺的居民和秀才難以統計。事後清查，只有三百名秀才得以倖免[25]。
大英明汗努爾哈赤所施行的一系列不利於團結漢民、漢官，並且激化民族矛盾的作法，嚴重地挫傷了漢族人民的感情，影響了後金社會的迅速發展和對東北地區統一事業的進程[26]，當時的人就批評努爾哈赤犯了“多疑過殺”的錯誤，影響了後金的發展、壯大[27]。
大英明汗努爾哈赤對於遼民採取編莊的管理辦法，是始於天啟二年(公元1622年，天命七年)二月，當時由都堂下書給漢官石廷柱、劉愛塔等，命令他們將移戶編莊，這些莊戶有自己的家畜，分給田地，配給耕具[28]。莊戶既然有自己的經濟，有自己的生產資料，說明他們不是被驅趕的戶，也不是阿哈。因此，這種莊不是阿哈莊，是與三年以後的大規模編莊，在性質上是一致的[29]。
從天啟四年到天啟五年，從城鎮到鄉間，處處都燃起了反抗的怒火。面對這一切，努爾哈赤完全把責任推到以李永芳、佟養性為代表的漢官和漢民的身上。事實上，正是由努爾哈赤政策本身的變化所造成的。大英明汗努爾哈赤任用漢官的目的是讓他們私查暗訪，告密捉好，加強後金奴隸主貴族集團的統治。然而，遼民日益激烈的反抗鬥爭，使努爾哈赤大失所望，對於漢官他疑心重重。夭啟二年正月，努爾哈赤對李永芳、佟養性等人，公開指責他們與河西的明人有勾結，故意損害他的事業，表示今後不再相信他們[18]。努爾哈赤還嚴厲指責漢官貪賄，擅自索取屬下人民的財物，包庇毛文龍派來的“奸細”，不肯檢舉、查獲他們[19]。天啟三年五月，復州人民再次暴動。李永芳情況不明，誤認是傳言。後來證實果然有其事，努爾哈赤便憤怒異常。他下書給李永芳，大加斥責。書中說：李永芳!念你在撫順的時候，是一個深明事理的人，才把我們金女的身子許配給你，上天保佑我有了葉赫部、哈達部、烏拉部、輝發部，打敗了明朝的四路大軍，得了撫順、清河、開原、鐵嶺、瀋陽、遼陽、廣寧、蒙古等地。李永芳!你不相信嗎?你每每念記明帝可以長久存在，認為我只是暫時的。遼東漢人叛亂的事，來書舉發不絕，我都收查在案。你的讕言耽誤我的大事。漢人投入明境的時候，你高興，被我發覺後殺了，不順你的心意。你若是誠心不苦累我兵，不勞苦我國人民，就要管好你任內的事，平定逃叛。如果那樣，就算我的過錯，你的讕言為對。你輕視我，然而，我聽說你們漢人的劉邦曾經作過淮下吏，老天保佑他做了皇帝。宋太祖是個市井無賴之徒，也做了皇帝，傳國數世。朱元璋沒有父母，孤獨乞食，投在郭元帥(郭子興)帳下幹事，也做了皇帝，傳了十三、四世。你雖然思念明朝，可是，天示異兆，明國將亡，你能阻止嗎?你目中沒有我這個養父，但你是我家的女婿，這件事，蒙古人，明人，朝鮮人都知道。今天考慮到若是判你的罪，他國的人會嘲笑我，也會嘲笑你，所以不判你的罪，默默地了結此事。我這些話，都是發自胸中的憤恨啊[20]!
大英明汗努爾哈赤不信任漢官的結果，使一部分本來就不積極做事的漢官，更不肯勤於職守了[21]。有的漢官在女真官吏的管轄下，地位卑微，似同阿哈，難於生活。他們暗中與明廷相通，或找機會悄悄地逃走了[22]。連鎮守金州、復州、蓋州的副將，一度效忠於努爾哈赤的劉愛塔也離心離德，想投靠明廷。天啟三年初，劉愛塔曾經在大貝勒代善的紅旗下，很不得志，連他的乘馬、財物也被旗主貝勒奪去，受盡虐待，幾乎不能活下去。因此，愛塔派遣部將金應奎到登州、蓬萊私通明朝官員，願意以復州作為內應，投歸明朝。明廷派遣總兵官沈有容，以舟師聯合毛文龍所部，集結在海外，等待劉愛塔起事。在愛塔還沒能開始進行起事，努爾哈赤已經偵知明朝的舟師到了海外，他恐怕金州有失，當即採取了措施，把沿海居民暫時移到復州。愛塔首次預謀獻城歸明的事受阻了。同年五月，劉愛塔又派人與明官約定，將要在六月二十日深夜獻出復州城。後來，因為愛塔與部下的備官王丙有了矛盾，密謀之事被王丙告發了。努爾哈赤得報後，迅速調發大兵三萬，包圍了復州城，逮捕劉愛塔，對復州、金州兩城進行屠城。遼南軍民紛紛逃難，先後逃入朝鮮王國的難民多達十餘萬[23]。
由於女真官員語言不通，民情不熟，無法控制漢民，而漢官又不願意也不敢認真去管理漢民，甚至有的完全不管，使漢民敢於集體逃走。留下的漢人也不肯從事生產，自願變成流民，所以社會上到處乞食的流浪者日益增多。逃亡、殺掠、搶劫等事件層出不窮，加重了後金的社會的混亂。
天啟四年，由於生產遭到嚴重的破壞，後金境內，居民沒有糧食吃，物價飛漲，社會日用品奇缺。穀物一升由白銀一兩，上漲到八兩。一匹馬由過去的十幾兩白銀，上漲到三百兩。一匹蟒緞由過去的四、五兩銀，猛漲到一百五十兩或二百兩，相當於過去的四十倍到五十倍[24]。與此同時，社會上出現了“盜賊興起”，人相食的嚴重情況。社會經濟已經接近於崩潰的邊緣。
天啟五年(公元1625年，天命十年)，大英明汗努爾哈赤在社會上出現嚴重動亂之後，大生殺機。屠殺的對象不僅是暴動的，無谷和少谷的漢人，而且把矛頭指向明朝革職官員、秀才，以及一切可疑的人。同年十月，努爾哈赤下令：總兵官以下，守備官以上的八旗各級官員，到各城鄉、村屯去甄別漢人。凡是在八貝勒家和一般女真家庭中服役的漢人都綁來盤查。讓現任的漢族官員，將各自近親的人領出來。被甄別出來的人口，即被懷疑的人均留在村中，最後，努爾哈赤命令八旗大臣，統兵分路到各個村莊去，將留下的漢人，統統殺光。在這次血洗遼地的慘案中，無辜被殺的居民和秀才難以統計。事後清查，只有三百名秀才得以倖免[25]。
大英明汗努爾哈赤所施行的一系列不利於團結漢民、漢官，並且激化民族矛盾的作法，嚴重地挫傷了漢族人民的感情，影響了後金社會的迅速發展和對東北地區統一事業的進程[26]，當時的人就批評努爾哈赤犯了“多疑過殺”的錯誤，影響了後金的發展、壯大[27]。
大英明汗努爾哈赤對於遼民採取編莊的管理辦法，是始於天啟二年(公元1622年，天命七年)二月，當時由都堂下書給漢官石廷柱、劉愛塔等，命令他們將移戶編莊，這些莊戶有自己的家畜，分給田地，配給耕具[28]。莊戶既然有自己的經濟，有自己的生產資料，說明他們不是被驅趕的戶，也不是阿哈。因此，這種莊不是阿哈莊，是與三年以後的大規模編莊，在性質上是一致的[29]。