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一三五二年，安徽鳳陽的賣卜人郭子興也在濠州集眾起兵反元，也稱自己的軍隊為紅巾軍，接受韓宋帝國的領導，在皖南、漸東攻城掠地，兵鋒直指江蘇。郭子興死後，大將朱元璋統領其部眾揮師東進，於一三五六年攻下南京，並以南京為根據地四出征討，成為江南最大的武裝割據力量。
除了紅巾軍外，鹽販張士誠於一三五三年在江蘇高郵集眾暴動，攻占江蘇全境，另一位鹽販方國珍則把浙江變成自己的獨立王國。黃河以南的蒙古統治呈現土崩瓦解的跡象。
韓宋帝國宰相劉福通自潁州舉義後，一直領兵在最前方同蒙古帝國的主力部隊浴血奮戰。他於攻陷開封作為首都後，即向蒙古發動總攻，分三路進兵。東路由大將毛貴率領，攻山東省。西路由大將白不信、李喜喜率領，攻陝西省。北路由大將關先生、破頭潘率領，攻開平。東路兵團前期進軍順利，一舉攻占了山東省省會濟南，把山東省蒙古人的勢力一掃而光，然後兵鋒直指大都，一直挺進到距大都只五十公里的柳林村。蒙古第十八任大汗脫歡帖木兒手足無措，準備放棄大都向北逃亡。但宰相拓拔太平堅持固守。毛貴攻擊不能得手，孤軍不能久留，只好返回山東，最後被尾追而至的蒙古主力軍擊潰。西路兵團深入關中後，因孤軍深入後無援兵，在蒙古人優勢兵力的圍攻下戰敗潰散，漏網的部眾被天完帝國的大將明玉珍收編。只有北路兵團取得了較大的戰果，該軍一路勢如破竹，穿過山西，沿途摧毀蒙古帝國的所有抵抗，攻陷蒙古帝國的上都開平。開平距作為首都的大都只二百五十公里，理所當然成為西路軍的下一個攻擊目標，在大都先行把大汗擒獲，把蒙古帝國的心臟摘除。不知什麼原因，西路兵團沒有這樣做，卻向與戰略重心沒多大關係的更遙遠的東方進軍，攻陷遼陽，進入高麗王國。高麗兵團不能抵抗，只好向北路兵團投降。遺憾的是，這隻所向無敵的革命部隊，經過長途遠征和一連串勝利，頭腦已經發昏，軍紀空前敗壞，引起高麗人民極大的痛恨。高麗王國充分利用農民軍的弱點，有計劃的出動大批美女，跟農民將士交往纏綿，男子則乘機把他們的戰馬和武器藏匿。一切準備妥當後，高麗軍民發動突如其來的反擊，被高麗女人掏空了身子的農民軍不能抵抗，在溫柔鄉里引頸受戳，關先生也身首異處。只剩下萬餘人轉斗脫險，逃回中國，意料中地掉進蒙古人設置的陷阱，全軍覆沒。
韓宋帝國三路出征，把自己的有生力量消耗殆盡。蒙古軍隊乘機發動反攻，韓宋帝國的首都開封在血腥中陷落。劉福通保護小明王韓林兒突出重圍，千里轉戰到安豐，在那裡招集殘餘部眾繼續抗擊蒙古軍隊。一三六三年，韓宋帝國雪上加霜，遭到另一位變民首領張士誠的反噬襲擊，宰相劉福通戰死沙場，帝國的支柱倒塌了，餘部出奔滁州，在張士誠的追擊下不能支持，應朱元璋的邀請前往南京。這個昨天的部將今天的暴發戶沒有胸懷容納舊日的恩主，密令奉迎的軍隊在瓜步鎮把韓林兒推入長江溺死，對外則詭稱小明王失足落水，看上去一切都順理成章。韓宋帝國自此壽終正寢，這個率先舉義的農民政權，在變民集團中第一個走向滅亡，但它在最前方擋住了蒙古的主力部隊，把蒙古帝國的牆基掏空，使其它的變民集團在它的卵翼下有機會發展壯大自己的力量，為蒙古帝國的最後覆亡創造了條件。
當北方的紅巾軍全軍覆沒之際，南方的紅巾軍政權也進入了倒計時。建都武昌的天完帝國在帝國的鼎盛時期發生了內亂，皇帝徐壽輝在宦官美女的包圍下恣情享樂，不思進取，把當初舉義起事的初衷拋到九霄雲外，在將士面前日益喪失威信，實權逐漸滑落到宰相倪文俊手中。倪文俊對這個沒落帝王不能忍受，陰謀謀殺他，由自己當皇帝，沒想到螳螂捕蟬，黃雀在後，擁有更大野心的大將陳友諒發動先發制人的政變，殺死倪文俊，坐上了宰相的高位，取得了控制政府的力量。一三六０年，陳友諒把已成為傀儡的徐壽輝殺掉，自己登上了皇位，改國號為"漢"，建都武昌。陳友諒在內鬥中雖然站在勝利的一方，但他的日子也不多了，陳漢帝國和天完帝國相比，力量已嚴重消弱。盤踞四川的大將明玉珍不承認他的政權，在成都宣布獨立，建立明夏帝國，不再服從陳漢帝國的節制。這時暴發起來的朱元璋正在乘勝西進，在陳漢帝國的西部邊界鄂東贛北和漢軍發生衝突。一三六四年，朱元璋和陳友諒在鄱陽湖展開關係帝國命運的決戰，陳友諒的運氣太還，當戰鬥進入膠著狀態時，他從船艙里偶爾探出頭來，竟被流箭射死，本來占優勢的陳漢兵團不可挽回地失敗了。兒子陳理年幼，不能統率他的部隊，只好舉國向朱元璋投降。
最後站出來收穫紅巾軍的戰果，給搖搖欲墜的蒙古帝國最後一擊的幸運兒是打著紅巾軍招牌，實際上與紅巾軍沒多大關聯的朱元璋集團。朱元璋在攻陷南京後，頭腦忽然開了竅，意識到人才的重要，把浙皖名士李善長、劉基、宋濂網羅進他的政權，這是他比別的農民領袖的高明之處。朱元璋採納李善
長、劉基的建議，把以報復和掠奪為宗旨的農民軍改造成為一支有紀律有政治目標的武裝力量，並在戰略上作出有利於保存實力和鞏固新生政權的調整。當其它變民集團尤其是韓宋帝國在和蒙古人苦鬥時，朱元璋卻避開蒙古人的打擊力量，把作戰目標對準中國人的其它抗暴力量，奪取他們的地盤，把對方的軍隊編入自己的隊伍，以擴充自己的實力。朱元璋的戰略對整個中國的民族革命來說是卑鄙的，但對他的政權是明智的。當其它變民集團在抗擊蒙古人的戰鬥中兩敗俱傷時，朱元璋的實力卻大大的膨脹，為他最後收穫勝利果實打下了堅實的基礎。繼一三六四年滅亡陳漢帝國後，朱元璋又於一三六七年打敗了張士誠和方國珍，把富庶的江浙併入自己的政治版圖，自此整個江南進入掌握，取得了和蒙古人爭奪中國的優勢。朱元璋在溺死韓林兒後，順理成章地坐上了韓宋帝國的第一把交椅，並於一三六八年即皇帝位，改稱明王朝（白蓮教又號稱"明教"），定都南京。這時朱元璋才正式面對蒙古帝國，一個被農民軍掏空了牆基，力量已今非夕比的虛弱帝國。朱元璋兵團在大將徐達的率領下大舉北伐，沒有經過大的戰鬥，就輕而易舉地把驚魂未定的蒙古統治者趕出了中國本土。