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湯姆森認為，由於日本陸軍和海軍的協作關係不好，限制了細菌戰的研究和發展，不能在軍事用途上充分發揮日本的科學力量，妨礙了細菌武器的實用化。日本即使研製出了實用的細菌武器，由於害怕化學國家的報復，也不會使用它。據目前所知，日本不掌握美國細菌戰活動的情況。
在湯姆森的報告中，有些內容值得我們注意，即審問第731部隊負責人時，他們的口供是一致的。他們“提供的情報，其數量和內容都像是事先得到了指示”。事後根據原第731部隊的回憶，在後來召開的731戰友會“精魂會”上，北野政次原軍醫中將向老部下們透露，在美軍審訊開始之前，盟軍總司令部安排了一次石井與北野的秘密會晤，允許商量關於必須保密的事項的口徑。因此美軍的審訊只是走過場。
湯姆森報告之後，麥克阿瑟乃於1947年5月6日，以“C52423號電”請示陸軍部，其電文內容分為五點：1.蘇聯曾交給美國一份俘虜審問調查書副本，其中被蘇聯所俘虜的前第731部隊重要成員川島清及柄澤十三夫，都在審問調查書中作了相當多的事實陳述。
2.有三個日本人證實活人實驗一事，石井本人也對之加以默認，並承認至少實施了三次對中國的實戰試驗。此外，根據增田所提出的可靠情報來源指出，他們亦從事植物生物戰的研究，而且上司(大概是參謀本部)不但知道生物戰研究的計劃，並曾正式加以批准。
3.迄今為止所得到的日本人供詞，都是利用日本人畏懼蘇聯的心理，不斷進行勸說而搜集的。在蘇聯要求引渡的威脅下，日本人希望達到換取美國許諾免其戰爭罪責的願望，因此主動提供活人實驗的結果、毀滅穀物的研究、生物戰上重要的技術情報及大部分精密數據等。上述手法如從免除戰犯審判的觀點來看，也可用相當的手法從下級隊員那裡獲得這些資料。美國如果希望獲得更進一步的數據資料，須向這些日本人妥協，保證他們所提供的情報將被留在諜報系統，而不是作為戰犯的證據。如果美國答應以書面保證石井及其協助者免受戰犯罪責的起訴，即可獲得日軍陸軍高層內部的計劃和石井細菌戰的全部理論內容，而且也可使石井獲得從前部下的全力協助。
麥克阿瑟在電報中強調了石井部隊資料的重要性，希望華盛頓陸軍部能夠接受石井的要求。但是由於事關重大，陸軍部沒有馬上同意麥克阿瑟的建議。
1947年6月7日，麥克阿瑟的法務局局長再次給陸軍部發電，證實731細菌部隊確實存在，並且說蘇聯可能已經掌握了日本人從事細菌戰的部分證據，這些證據可能導致盟國在中國和亞洲等地進行調查，如果不儘快採取措施，則生物戰資料將有被公開的危險。
1947年7月1日，美國學者韋特等人給美國陸軍部和國務院寫了一份限閱報告，報告指出：目前日本人在中國進行細菌戰的證據只有一小部分被蘇聯掌握，如果石井等人被起訴，則所有秘密將公開給各國，因此韋特等建議從美國國防利益和國家安全的角度出發，應當避免公開審判。
第四章細菌戰要員大結局：第一節戰後日美交易與細菌戰犯的免責2 [本章字數：2916 最新更新時間：2009-07-10 16:15:58.0]
1947年9月，美國國務院、陸軍部、海軍部聯合會議委員以極密電的形式終於給麥克阿瑟作出了答覆，對如何處理石井四郎軍醫中將等731高級軍官，收集細菌戰資料，做了詳細的指示，其內容如下：1.麥克阿瑟司令官不對石井及其他日本有關人員做任何承諾，繼續收集儘可能多的情報。
2.由此得到的情報，事實上提供給情報系統。如果這種方法不能掩蓋事實真相，在東京國際軍事法庭查清石井等人的犯罪證據之前，繼續像目前這樣收集情況。
3.不對石井等人許諾免除戰犯罪，但是美國當局從美國安全保障的立場出發，不追究石井及其同夥的戰犯罪責任。
美國國務院在絕密電報中，拒絕了石井四郎要求進行書面約定的要求，因為美國知道，即使不與石井進行書面約定，也可以從石井和其部下處獲得必要的情報，但如果留下書面材料，事後必將給美國帶來麻煩。石井也清楚，只要將他們的材料交給諜報系統，就不會公開，也就不會作為戰犯的證據，因此採取了與美國合作的態度。國務院的這份電報是美國政府第一次明確了美國對待第731部隊細菌戰犯罪的態度。即雖不許諾免除戰犯罪，繼續收集細菌戰的情報，但美國也無意追究其戰犯罪責。
另外，為了進一步確認石井所提供的資料的價值，1947年10月，美國國防部又派出了2名細菌專家希爾博士和維克托博士前往日本，對石井的資料進行調查評估。他們在日本訪問了19名細菌戰專家，進一步了解了日本生化部隊的實情。同年12月12日，2名細菌專家完成調查後，給美國陸軍化學戰軍團韋特將軍寫了報告，指出：“石井部隊的資料是日本的科學家花費幾百萬美元經費和長年研究的成果。這種資料由於關係到人體實驗，是我們自己的實驗室有所顧忌而不能得來的。而獲得這些資料總共只支出25萬日元(約合當時美金700元)的微少數目，跟實際研究的花費相比真是太便宜了。”美方在了解上述資料的價值之後，即要求只要石井等人供出情報，其餘之事便可妥協。因為美國可不費吹灰之力，就憑空獲得日軍花費十幾年時間及無數金錢的研究成果。於是，國務院又給麥克阿瑟發了“SFFl881”號電報，內容歸納如下：1、日本的細菌戰經驗，對於美國的細菌戰研究計劃有很大的價值。
在湯姆森的報告中，有些內容值得我們注意，即審問第731部隊負責人時，他們的口供是一致的。他們“提供的情報，其數量和內容都像是事先得到了指示”。事後根據原第731部隊的回憶，在後來召開的731戰友會“精魂會”上，北野政次原軍醫中將向老部下們透露，在美軍審訊開始之前，盟軍總司令部安排了一次石井與北野的秘密會晤，允許商量關於必須保密的事項的口徑。因此美軍的審訊只是走過場。
湯姆森報告之後，麥克阿瑟乃於1947年5月6日，以“C52423號電”請示陸軍部，其電文內容分為五點：1.蘇聯曾交給美國一份俘虜審問調查書副本，其中被蘇聯所俘虜的前第731部隊重要成員川島清及柄澤十三夫，都在審問調查書中作了相當多的事實陳述。
2.有三個日本人證實活人實驗一事，石井本人也對之加以默認，並承認至少實施了三次對中國的實戰試驗。此外，根據增田所提出的可靠情報來源指出，他們亦從事植物生物戰的研究，而且上司(大概是參謀本部)不但知道生物戰研究的計劃，並曾正式加以批准。
3.迄今為止所得到的日本人供詞，都是利用日本人畏懼蘇聯的心理，不斷進行勸說而搜集的。在蘇聯要求引渡的威脅下，日本人希望達到換取美國許諾免其戰爭罪責的願望，因此主動提供活人實驗的結果、毀滅穀物的研究、生物戰上重要的技術情報及大部分精密數據等。上述手法如從免除戰犯審判的觀點來看，也可用相當的手法從下級隊員那裡獲得這些資料。美國如果希望獲得更進一步的數據資料，須向這些日本人妥協，保證他們所提供的情報將被留在諜報系統，而不是作為戰犯的證據。如果美國答應以書面保證石井及其協助者免受戰犯罪責的起訴，即可獲得日軍陸軍高層內部的計劃和石井細菌戰的全部理論內容，而且也可使石井獲得從前部下的全力協助。
麥克阿瑟在電報中強調了石井部隊資料的重要性，希望華盛頓陸軍部能夠接受石井的要求。但是由於事關重大，陸軍部沒有馬上同意麥克阿瑟的建議。
1947年6月7日，麥克阿瑟的法務局局長再次給陸軍部發電，證實731細菌部隊確實存在，並且說蘇聯可能已經掌握了日本人從事細菌戰的部分證據，這些證據可能導致盟國在中國和亞洲等地進行調查，如果不儘快採取措施，則生物戰資料將有被公開的危險。
1947年7月1日，美國學者韋特等人給美國陸軍部和國務院寫了一份限閱報告，報告指出：目前日本人在中國進行細菌戰的證據只有一小部分被蘇聯掌握，如果石井等人被起訴，則所有秘密將公開給各國，因此韋特等建議從美國國防利益和國家安全的角度出發，應當避免公開審判。
第四章細菌戰要員大結局：第一節戰後日美交易與細菌戰犯的免責2 [本章字數：2916 最新更新時間：2009-07-10 16:15:58.0]
1947年9月，美國國務院、陸軍部、海軍部聯合會議委員以極密電的形式終於給麥克阿瑟作出了答覆，對如何處理石井四郎軍醫中將等731高級軍官，收集細菌戰資料，做了詳細的指示，其內容如下：1.麥克阿瑟司令官不對石井及其他日本有關人員做任何承諾，繼續收集儘可能多的情報。
2.由此得到的情報，事實上提供給情報系統。如果這種方法不能掩蓋事實真相，在東京國際軍事法庭查清石井等人的犯罪證據之前，繼續像目前這樣收集情況。
3.不對石井等人許諾免除戰犯罪，但是美國當局從美國安全保障的立場出發，不追究石井及其同夥的戰犯罪責任。
美國國務院在絕密電報中，拒絕了石井四郎要求進行書面約定的要求，因為美國知道，即使不與石井進行書面約定，也可以從石井和其部下處獲得必要的情報，但如果留下書面材料，事後必將給美國帶來麻煩。石井也清楚，只要將他們的材料交給諜報系統，就不會公開，也就不會作為戰犯的證據，因此採取了與美國合作的態度。國務院的這份電報是美國政府第一次明確了美國對待第731部隊細菌戰犯罪的態度。即雖不許諾免除戰犯罪，繼續收集細菌戰的情報，但美國也無意追究其戰犯罪責。
另外，為了進一步確認石井所提供的資料的價值，1947年10月，美國國防部又派出了2名細菌專家希爾博士和維克托博士前往日本，對石井的資料進行調查評估。他們在日本訪問了19名細菌戰專家，進一步了解了日本生化部隊的實情。同年12月12日，2名細菌專家完成調查後，給美國陸軍化學戰軍團韋特將軍寫了報告，指出：“石井部隊的資料是日本的科學家花費幾百萬美元經費和長年研究的成果。這種資料由於關係到人體實驗，是我們自己的實驗室有所顧忌而不能得來的。而獲得這些資料總共只支出25萬日元(約合當時美金700元)的微少數目，跟實際研究的花費相比真是太便宜了。”美方在了解上述資料的價值之後，即要求只要石井等人供出情報，其餘之事便可妥協。因為美國可不費吹灰之力，就憑空獲得日軍花費十幾年時間及無數金錢的研究成果。於是，國務院又給麥克阿瑟發了“SFFl881”號電報，內容歸納如下：1、日本的細菌戰經驗，對於美國的細菌戰研究計劃有很大的價值。