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在日本的細菌部隊中，只有第731部隊用炸彈炸毀了全部設施。南京與廣州的細菌部隊並沒有這樣做。這是因為，在細菌戰問題上，日本害怕受到國際社會譴責的只有兩點，一是進行活人人體實驗，一是實際使用生物武器。1925年的日內瓦議定書中並沒有禁止貯存或製造生物武器。在進行人體實驗和開發使用武器這一點上，南京的1644部隊（多摩部隊）的所作所為跟第731部隊如出一轍，所不同的只是規模略小一些。兩者之間的不同就在於第731部隊從設計之初就建有關押用於解剖的活人的牢房，並有四周貼有瓷磚的專門的人體解剖室。如不加以銷毀，就很容易被蘇聯發現而被追究戰爭責任。而南京的1644部隊所在地是原南京中央醫院，關押被實驗者的地方只是頂層的四樓，很容易恢復成原來的樣子，不易留下犯罪的證據。其他地方的細菌部隊也是一樣，比如北平的細菌部隊在北京中央防疫處，廣州的在中山大學醫學系。
日本戰敗後，石井四郎回到日本，對石井等人而言，最重要的就是能免除對戰犯罪責的追究。石井將其在研製細菌武器時以3000個中國人、蒙古人、朝鮮人、英國人、美國人和蘇聯人的人體實驗記錄和在中國戰場實施的細菌戰、屠殺中國軍民、破壞農牧業生產的經驗，總結出四篇文章，作為換取其本人及其3000名部下的生命安全的交換條件。這四篇文章是：1.《用活人作細菌武器的試驗報告書》，由19人執筆，共60頁。
2.《對摧毀農作物的細菌戰研究》，長達20頁。
3.《關於對牲畜進行細菌戰的研究》，由10人執筆。
4.《20年來對細菌戰的全面研究總結性文章》，石井四郎執筆。
還附有8000張使用細菌武器進行活人人體實驗和活人解剖的幻燈片。
1945年之後，日本準備細菌戰的事實已經毋庸置疑。由於美國也試圖從事生化武器的研究，因此急於搞清日本細菌武器研究的水平和細菌武器的使用情況。但是由於第731部隊銷毀了日本細菌戰科學家的名單，使美國人無法找到審訊的對象。在這種情況下，美國只能從軍事入手進行調查。1945年8月下旬，在美國陸軍部的要求下，麻省理工學院院長康普頓率領科學家赴日進行調查。同時，美國生物戰研究中心狄特里克堡也派遣桑德斯中校隨行，調查日軍生物戰的情況。
大約在1945年底或1946年初，美國情報機關陸續找到五名大佐與少將級的第731部隊聯絡人員，雙方在鎌倉市的高級旅館中展開談判。這就是所謂的“鎌倉會議”。在會議過程中，石井四郎以公開所有實驗內容和細菌武器技術為條件，要求美國以書面保證其免罪，只有不追究他本人及其上司、部下的戰犯罪責，他才願意將內容詳細供出。石井一再聲稱他們是具有高水準的理論基礎及專業知識的研究者，其所擁有的研究成果中，有幾項是針對專用於遠東地理條件之生物武器用病原體。同時，他們也開發出依此研究而衍生的生物戰攻防戰略、戰術及使用方法。此外，針對寒帶地區所使用的生物戰方法亦在研究之列。由於這些內容深具戰爭與醫學價值，因此桑德斯一面將石井口述內容交給麻省理工學院院長康普頓，請其轉交給五角大樓的高層官員，同時與麥克阿瑟、威洛比商量是否免除石井四郎等生化部隊相關者的戰犯身份問題。桑德斯在日本只住了10個星期，在此期間，審訊了很多日本軍界高層領導人，包括陸軍參謀總長、前關東軍總司令梅津美治郎、石井的副手增田知貞、細菌炸彈專家金子順一，但未能見到石井四郎。後因病回國，美國又派湯姆森接替其工作，繼續對石井部隊進行調查。
湯姆森到達日本的時候，正值國際遠東軍事法庭將對日本甲級戰犯進行開庭審判。同時，第731部隊的第二任部隊長北野政次也從上海的戰俘營乘坐美國飛機回到日本。調查始於1946年1月17日，持續數月，地點在石井的住處，調查內容主要是細菌戰部隊的編制以及訓練作戰生產能力。石井四郎的抵制辦法是儘量少說，把細菌戰的研究規模說得很小，既不承認活體試驗，又緘口不連累天皇及其他人，一切責任由他負擔。2月25日調查結束之後，湯姆森於1946年5月完成了《湯姆森報告》。
湯姆森在調查報告中為731細菌部隊的石井四郎等人開脫。
湯姆森在報告中只是對日本在中國實行細菌戰的罪行進行了簡單的描述，說日本研究出了能夠在細菌戰中使用的傷寒、副傷寒、炭疽熱、馬鼻疽、鼠疫、破傷風、氣性壞疽等病原菌，以及過濾性病毒、立克次氏體（斑疹傷寒等的病原體），日本軍隊研究出的在細菌戰中散布細菌的方法有：使用炸彈、炮彈、飛機噴霧和人工散布。他們把研究的重點放在了發展炸彈上。到1940年時，已經發明和實驗了九種用於飛機投擲的炸彈，其中包括為污染地面和產生傳染雲而設計的炸彈，還有破壞人的皮膚，利用傷口進行感染的炸彈。第731部隊研製的C型炸彈和宇治炸彈是細菌炸彈中最有效的，但是都有一些缺陷，如果石井四郎讓武器專家設法彌補這些缺陷，加以改良，則一定能夠製造出更有威力的細菌炸彈。然後指出日本軍隊的防疫淨水方法是最有效的細菌防禦手段。查明和預防戰場上發生的傳染病，對它們進行控制是防疫、淨水等部隊的任務。湯姆森故意隱去了第731部隊在中國進行細菌戰的事實，說：“雖然第731部隊的這些東西值得注意，但是日本絕對沒有能夠把細菌武器實用化。”通過這些分析，湯姆森得出如下結論：有關日本軍隊細菌戰的活動，不同來源的情報是一致的。提供人在被審問時提供的情報，其數量和內容都像是事先得到了指示。所有情報都是憑本人的記憶提供的，因為據說完整的記錄根據日本陸軍的命令銷毀了。接受審問的人都儘可能把日本軍隊細菌戰的規模，尤其對其發展攻擊型武器傾注的力量說得很小。
日本戰敗後，石井四郎回到日本，對石井等人而言，最重要的就是能免除對戰犯罪責的追究。石井將其在研製細菌武器時以3000個中國人、蒙古人、朝鮮人、英國人、美國人和蘇聯人的人體實驗記錄和在中國戰場實施的細菌戰、屠殺中國軍民、破壞農牧業生產的經驗，總結出四篇文章，作為換取其本人及其3000名部下的生命安全的交換條件。這四篇文章是：1.《用活人作細菌武器的試驗報告書》，由19人執筆，共60頁。
2.《對摧毀農作物的細菌戰研究》，長達20頁。
3.《關於對牲畜進行細菌戰的研究》，由10人執筆。
4.《20年來對細菌戰的全面研究總結性文章》，石井四郎執筆。
還附有8000張使用細菌武器進行活人人體實驗和活人解剖的幻燈片。
1945年之後，日本準備細菌戰的事實已經毋庸置疑。由於美國也試圖從事生化武器的研究，因此急於搞清日本細菌武器研究的水平和細菌武器的使用情況。但是由於第731部隊銷毀了日本細菌戰科學家的名單，使美國人無法找到審訊的對象。在這種情況下，美國只能從軍事入手進行調查。1945年8月下旬，在美國陸軍部的要求下，麻省理工學院院長康普頓率領科學家赴日進行調查。同時，美國生物戰研究中心狄特里克堡也派遣桑德斯中校隨行，調查日軍生物戰的情況。
大約在1945年底或1946年初，美國情報機關陸續找到五名大佐與少將級的第731部隊聯絡人員，雙方在鎌倉市的高級旅館中展開談判。這就是所謂的“鎌倉會議”。在會議過程中，石井四郎以公開所有實驗內容和細菌武器技術為條件，要求美國以書面保證其免罪，只有不追究他本人及其上司、部下的戰犯罪責，他才願意將內容詳細供出。石井一再聲稱他們是具有高水準的理論基礎及專業知識的研究者，其所擁有的研究成果中，有幾項是針對專用於遠東地理條件之生物武器用病原體。同時，他們也開發出依此研究而衍生的生物戰攻防戰略、戰術及使用方法。此外，針對寒帶地區所使用的生物戰方法亦在研究之列。由於這些內容深具戰爭與醫學價值，因此桑德斯一面將石井口述內容交給麻省理工學院院長康普頓，請其轉交給五角大樓的高層官員，同時與麥克阿瑟、威洛比商量是否免除石井四郎等生化部隊相關者的戰犯身份問題。桑德斯在日本只住了10個星期，在此期間，審訊了很多日本軍界高層領導人，包括陸軍參謀總長、前關東軍總司令梅津美治郎、石井的副手增田知貞、細菌炸彈專家金子順一，但未能見到石井四郎。後因病回國，美國又派湯姆森接替其工作，繼續對石井部隊進行調查。
湯姆森到達日本的時候，正值國際遠東軍事法庭將對日本甲級戰犯進行開庭審判。同時，第731部隊的第二任部隊長北野政次也從上海的戰俘營乘坐美國飛機回到日本。調查始於1946年1月17日，持續數月，地點在石井的住處，調查內容主要是細菌戰部隊的編制以及訓練作戰生產能力。石井四郎的抵制辦法是儘量少說，把細菌戰的研究規模說得很小，既不承認活體試驗，又緘口不連累天皇及其他人，一切責任由他負擔。2月25日調查結束之後，湯姆森於1946年5月完成了《湯姆森報告》。
湯姆森在調查報告中為731細菌部隊的石井四郎等人開脫。
湯姆森在報告中只是對日本在中國實行細菌戰的罪行進行了簡單的描述，說日本研究出了能夠在細菌戰中使用的傷寒、副傷寒、炭疽熱、馬鼻疽、鼠疫、破傷風、氣性壞疽等病原菌，以及過濾性病毒、立克次氏體（斑疹傷寒等的病原體），日本軍隊研究出的在細菌戰中散布細菌的方法有：使用炸彈、炮彈、飛機噴霧和人工散布。他們把研究的重點放在了發展炸彈上。到1940年時，已經發明和實驗了九種用於飛機投擲的炸彈，其中包括為污染地面和產生傳染雲而設計的炸彈，還有破壞人的皮膚，利用傷口進行感染的炸彈。第731部隊研製的C型炸彈和宇治炸彈是細菌炸彈中最有效的，但是都有一些缺陷，如果石井四郎讓武器專家設法彌補這些缺陷，加以改良，則一定能夠製造出更有威力的細菌炸彈。然後指出日本軍隊的防疫淨水方法是最有效的細菌防禦手段。查明和預防戰場上發生的傳染病，對它們進行控制是防疫、淨水等部隊的任務。湯姆森故意隱去了第731部隊在中國進行細菌戰的事實，說：“雖然第731部隊的這些東西值得注意，但是日本絕對沒有能夠把細菌武器實用化。”通過這些分析，湯姆森得出如下結論：有關日本軍隊細菌戰的活動，不同來源的情報是一致的。提供人在被審問時提供的情報，其數量和內容都像是事先得到了指示。所有情報都是憑本人的記憶提供的，因為據說完整的記錄根據日本陸軍的命令銷毀了。接受審問的人都儘可能把日本軍隊細菌戰的規模，尤其對其發展攻擊型武器傾注的力量說得很小。