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新任將軍德川慶喜並不甘心交出政權，立即率兵從大阪向京都進軍。以薩摩藩和長州藩為主力的新政府軍與幕府軍在京都附近的鳥羽、伏見地區激戰三天，結果數量占優勢的幕府軍被打敗，德川慶喜從海路退奔江戶。新政府組成東征軍，進軍關東地區，並迅速兵臨江戶城下。幕府知道沒有取勝的可能，於是獻城投降。在東北地區，以會津藩為首組成“奧羽越列藩同盟”，繼續反對新政府。由於當地農民紛紛起義，新政府軍進展順利。1868年11月，東北地區的叛亂被評定。幕府海軍將領夏本武揚率八艘軍艦和幕府殘兵逃至北海道，並在1869年1月建立“蝦夷共和國”。同年6月，在新政府軍的進攻下，夏本武揚投降。因1868年為農曆戊辰年而被稱為“戊辰戰爭”的內戰結束。
四、 各項改革
年4月，新政府頒布了《五條誓文》，即施政綱領。其具體內容為：廣興會議，萬機決於公論；上下一心，盛行經綸；公武同心，以至於庶民，須使各遂其志，人心不倦；破舊來之陋習，立基於天地之公道；求知識於世界，大振皇基。隨後頒布《政體書》，仿效奈良時代實行太政官制，最高職位為太政官，下設立法、行政、司法機構，並規定了官員的任命及其職責。同年10月改年號為“明治”，11月改江戶為“東京”，作為新首都，天皇及政府機構遷至東京。此後明治政府實施一系列改革措施，在鞏固新政權的同時，推動資本主義經濟的迅速發展。其措施主要有：
第一，建立中央集權式的政治體制。首先在1869年6月，明治政府強制實行“奉還版籍”政策，也就是命令各藩將領地和人民的統治權上交中央政府，舊藩主成為中央任命的藩知事，但必須執行中央的政策。兩年之後，明治政府又宣布新措施“廢藩置縣”，將舊藩主遷住東京，坐食俸祿。將藩改為縣制單位，最初共有3府302個縣，後改為3府72縣，1888年合併為3府42縣。儘管各藩具有的債務負擔以及建立中央集權體制以對抗西方列強的意識使廢藩置縣得以順利進行，但中央政府也為此承擔了相當於兩年國家預算的債務；
第二，改革身份制度，廢除封建俸祿。從1869年到1872年，政府連續頒布法令，廢除傳統時代的士、農、工、商身份制度，將過去的公卿諸候等貴族改稱為“華族”，將藩主以下的武士改為“士族”，廢除“穢多”、“非人”等賤民稱呼，與過去的農、工、商統稱為平民；准許武士從事工商業，平民也可以擔任文武官職等；1873年頒布《徵兵令》，年滿20歲男性均有服兵役義務；另外，為減輕財政負擔，政府逐步減少士族的俸祿，在1876年頒布《金祿公債條例》，由政府一次性發給士族“金祿公債”，從而廢除了封建俸祿制度。為解決領取少量公債的一般士族生活困難問題，政府優先錄用舊士族充任官吏、教師、軍人、警察等公職，同時鼓勵士族向地廣人稀的北部地區或北海道移民，在內地各府縣低價出售土地給士族等。儘管如此，遺留問題較多，成為後來士族叛亂的重要原因。
第三，改革土地制度，實施新地稅。1871年10月，明治政府廢除過去農作物栽培品種的限制；1872年3月，允許土地進行買賣，同年10月允許農民從事其他職業；1873年7月，政府頒布《地稅改革條例》，其主要內容為：按照地價的3%徵收貨幣地稅，徵收對象為土地所有者，其他附加稅不得超過地稅的三分之一。儘管允許土地可以買賣等政策適應了資本主義的發展，但地稅仍占到收穫量的三分之一，因而對農民是一項沉重的負擔。
第四，“殖產興業”，推動資本主義工商業的發展。明治政府一方面廢除各藩設立的關卡，撤消工商業界的行會制度和壟斷組織，獎勵貿易，統一貨幣，創辦銀行，發行紙幣，設立郵政通訊機構，促進鐵路及海運的發展，為新型經濟的出現創造條件。另一方面，為鼓勵民間資本投資近代工業，政府投入大量資金輸入先進設備，建立許多具有示範效應的國營“模範工廠”。其中包括鐵路、礦山、造船、機械、水泥、玻璃、紡織、制絲等產業，共建立了數十家近代工廠企業，同時對民間企業進行重點扶植。後來為減輕政府財政負擔，另外也是鑑於民間資本及其經營已逐漸成熟，政府在1880年制定了《出售官營工廠條例》，將許多官營企業低價處理給與政府關係密切的特權商人。這一措施不僅促進了商業高利貸資本向產業資本的轉化，也推動了80年代輕工業領域產業革命的出現。在農業及畜牧業方面，設立育種場、種畜場，同時設置東京駒場農學校、北海道札幌農學校，招聘外國教師任教，培養農業專家和技術人員。
第二節 自由民權運動
一、精英分裂
年11月，明治政府為修改同歐美國家簽訂的不平等條約，派出了以右大臣岩倉具視為首的大型使節團前往美國與歐洲，同時參觀學習西方的文明與技術。該使節團花費一年零九個月的時間，訪問了歐美11個國家，儘管未能達到修改條約的目的，但歐美各國先進的生產力卻使使節團成員大開眼界，痛感只有自身迅速富強，才有可能真正平等、獨立。在此期間，國內的留守政府成員以西鄉隆盛、板垣退助為中心，藉口朝鮮拒絕接受日本國書而主張對其進行征討，但遭到已回國的岩倉使節團成員岩倉具視、大久保利通的堅決反對，他們認為日本的當務之急是發展國力。“內治優先派”與“征韓派”相持不下，最後在“內治優先派”的操縱下，天皇下達“整頓國政，富國文明之進步，乃燃眉之課題”的聖旨，決定了“征韓派”的敗北。西鄉隆盛、副島種臣、後藤象二郎、板垣退助和江藤新平等被迫辭職下野。史稱“明治六年政變”。
四、 各項改革
年4月，新政府頒布了《五條誓文》，即施政綱領。其具體內容為：廣興會議，萬機決於公論；上下一心，盛行經綸；公武同心，以至於庶民，須使各遂其志，人心不倦；破舊來之陋習，立基於天地之公道；求知識於世界，大振皇基。隨後頒布《政體書》，仿效奈良時代實行太政官制，最高職位為太政官，下設立法、行政、司法機構，並規定了官員的任命及其職責。同年10月改年號為“明治”，11月改江戶為“東京”，作為新首都，天皇及政府機構遷至東京。此後明治政府實施一系列改革措施，在鞏固新政權的同時，推動資本主義經濟的迅速發展。其措施主要有：
第一，建立中央集權式的政治體制。首先在1869年6月，明治政府強制實行“奉還版籍”政策，也就是命令各藩將領地和人民的統治權上交中央政府，舊藩主成為中央任命的藩知事，但必須執行中央的政策。兩年之後，明治政府又宣布新措施“廢藩置縣”，將舊藩主遷住東京，坐食俸祿。將藩改為縣制單位，最初共有3府302個縣，後改為3府72縣，1888年合併為3府42縣。儘管各藩具有的債務負擔以及建立中央集權體制以對抗西方列強的意識使廢藩置縣得以順利進行，但中央政府也為此承擔了相當於兩年國家預算的債務；
第二，改革身份制度，廢除封建俸祿。從1869年到1872年，政府連續頒布法令，廢除傳統時代的士、農、工、商身份制度，將過去的公卿諸候等貴族改稱為“華族”，將藩主以下的武士改為“士族”，廢除“穢多”、“非人”等賤民稱呼，與過去的農、工、商統稱為平民；准許武士從事工商業，平民也可以擔任文武官職等；1873年頒布《徵兵令》，年滿20歲男性均有服兵役義務；另外，為減輕財政負擔，政府逐步減少士族的俸祿，在1876年頒布《金祿公債條例》，由政府一次性發給士族“金祿公債”，從而廢除了封建俸祿制度。為解決領取少量公債的一般士族生活困難問題，政府優先錄用舊士族充任官吏、教師、軍人、警察等公職，同時鼓勵士族向地廣人稀的北部地區或北海道移民，在內地各府縣低價出售土地給士族等。儘管如此，遺留問題較多，成為後來士族叛亂的重要原因。
第三，改革土地制度，實施新地稅。1871年10月，明治政府廢除過去農作物栽培品種的限制；1872年3月，允許土地進行買賣，同年10月允許農民從事其他職業；1873年7月，政府頒布《地稅改革條例》，其主要內容為：按照地價的3%徵收貨幣地稅，徵收對象為土地所有者，其他附加稅不得超過地稅的三分之一。儘管允許土地可以買賣等政策適應了資本主義的發展，但地稅仍占到收穫量的三分之一，因而對農民是一項沉重的負擔。
第四，“殖產興業”，推動資本主義工商業的發展。明治政府一方面廢除各藩設立的關卡，撤消工商業界的行會制度和壟斷組織，獎勵貿易，統一貨幣，創辦銀行，發行紙幣，設立郵政通訊機構，促進鐵路及海運的發展，為新型經濟的出現創造條件。另一方面，為鼓勵民間資本投資近代工業，政府投入大量資金輸入先進設備，建立許多具有示範效應的國營“模範工廠”。其中包括鐵路、礦山、造船、機械、水泥、玻璃、紡織、制絲等產業，共建立了數十家近代工廠企業，同時對民間企業進行重點扶植。後來為減輕政府財政負擔，另外也是鑑於民間資本及其經營已逐漸成熟，政府在1880年制定了《出售官營工廠條例》，將許多官營企業低價處理給與政府關係密切的特權商人。這一措施不僅促進了商業高利貸資本向產業資本的轉化，也推動了80年代輕工業領域產業革命的出現。在農業及畜牧業方面，設立育種場、種畜場，同時設置東京駒場農學校、北海道札幌農學校，招聘外國教師任教，培養農業專家和技術人員。
第二節 自由民權運動
一、精英分裂
年11月，明治政府為修改同歐美國家簽訂的不平等條約，派出了以右大臣岩倉具視為首的大型使節團前往美國與歐洲，同時參觀學習西方的文明與技術。該使節團花費一年零九個月的時間，訪問了歐美11個國家，儘管未能達到修改條約的目的，但歐美各國先進的生產力卻使使節團成員大開眼界，痛感只有自身迅速富強，才有可能真正平等、獨立。在此期間，國內的留守政府成員以西鄉隆盛、板垣退助為中心，藉口朝鮮拒絕接受日本國書而主張對其進行征討，但遭到已回國的岩倉使節團成員岩倉具視、大久保利通的堅決反對，他們認為日本的當務之急是發展國力。“內治優先派”與“征韓派”相持不下，最後在“內治優先派”的操縱下，天皇下達“整頓國政，富國文明之進步，乃燃眉之課題”的聖旨，決定了“征韓派”的敗北。西鄉隆盛、副島種臣、後藤象二郎、板垣退助和江藤新平等被迫辭職下野。史稱“明治六年政變”。