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後來，這艘偵察潛艇遭到一架飛機的轟炸，最後在島的東海岸上擱淺了。
艇長是一個名叫坂牧的海軍中尉，被俘後，從他身上搜出了那張標著美國軍艦位置的地圖。另一艘“袖珍潛艇”，不知是由於操縱秩失誤還是由於不能堅持潛航，於8 時35 分浮現在港口的水面上，正好在“柯蒂斯號”飛機加油艦前面。剎時間，幾艘軍艦一起開火，接著，“莫納漢號”驅逐艦就迎頭沖擅過去，“袖珍潛艇”當即沉沒了。後來，這艘小潛艇被打撈上來，運到美國，成為海軍在戰爭期間舉辦的展覽中的新鮮玩藝兒。一艘小潛艇竟然吸引了那麼多的美國觀眾，這在世界上也是絕無僅有的。
日本在襲擊珍珠港的戰鬥中使用了五艘這種袖珍潛艇，全部報銷。
金海軍上將曾寫道：“雖然有幾艘四十五噸的潛水艇參戰，但是，這次襲擊仍然是以空襲為主”。三百六十一架飛機從航空母艦起飛，分成三個梯隊襲擊珍珠港。研究珍珠港事件的歷史學家們不謀而合，幾乎一致把空襲過程分為如下幾個階段：第一步是從7 時55 分到8 時25 分，由魚雷飛機、俯衝轟炸機出擊。從8 時25 分到8 時40 分，“除個別飛機繼續進攻外，保持暫時平靜”。第二梯隊的任務是高空轟炸，自8 時40 分開始，至9 時15 分止。緊跟著就是第三梯隊的進攻，由俯衝轟炸機衝到硝煙中投彈，一直炸到9 時45 分。轟炸持續時間是1 小時又50 分。
最有效的攻擊是由魚雷飛機進行的。這些飛機使用的是帶穩定裝置的特種魚雷，適用於水位淺（十三到十五米深）的珍珠港。美國人曾認為，由於珍珠港水位淺，可以排除人用魚雷飛機攻擊的可能性。然而，襲擊一開始，幾乎相當於駐太平洋戰列艦艦隊全部兵力的八艘美國裝甲艦（只有“科羅拉多號裝甲艦當時正在美國修理）在5 分鐘之內全部喪失了戰鬥力。
唐納德·W ·米切爾在《美國現代海軍史》一書中寫道：“任何一個活著的美國人都永遠不會忘記12 月7 日這天的下午。雖然戰爭是意料之中的事，但是這個開端卻是當頭一棒。可能任何國家都沒有遭受過這樣的打擊。公眾輿論頓時譁然，要求追究責任。不久，太平洋艦隊總司令赫斯本德·E ·金梅爾海軍上將、夏威夷群島駐軍司令肖特上將等好幾個軍事頭目都被罷了官。
乍看起來，珍珠港指揮部似乎應該承擔主要責任。但是，也應看到，12 月7 日清晨，日、美中間尚未宣戰，尤其是珍珠港孤立於太平洋之上，與橫檳相隔六百公里，離當時最近的日本基地（馬紹爾群島）也有四百多公里這麼遙遠的距離在心理上造成的影響是值得考慮的。美國最高指揮部曾再三發出警告，珍珠港也採取了一些防範措施。但是，歸根結底，美國人幾乎一致認為，攻擊珍珠港是冒險，是不大可能的。事後不久，一個調查委員會的報告人說：“我們是用西方人的眼光看問題的。我們對東方人的思想、對日本人視死如歸的精神狀態根本不了解。”
襲擊珍珠港的日本“特種潛艇”實際上就是一種自殺性的進攻武器。這種潛艇長24 米，直徑近2 米，排水量為46 噸，載魚雷2 枚，採用電池推進器，可潛航5 小時，可以說是一個水底怪物。開始時計劃用潛水母艦把官們運到珍珠港灣附近，使其從水下悄悄地接近美艦，然後施放魚雷，襲擊目標。
這一作戰構思和方案是由當時的中尉岩佐直治、松尾敬宇等立志捨身報國的青年軍官提出的。看起來，這和“九死一生”的思想是不相容的。山本司令曾以出擊後將無法回返為理由一度駁回了這一提案。但是，到9 月底，在進一步研究了回收方法之後，他們又一次提出了申請，山本司令官又以出擊人員活著回來的希望為渺茫為理由再一次駁回了這一提案。可是，這2 名中尉並沒有死心，他們又多次向山本司令陳述這一方案，最後終於打動了山本司令官，於是，山本終於允諾了，並把它稱之為甲種潛艇——海軍是這樣命名的——同時，下令進一步研究能夠活著回來的可能性。在進行了大幅度的改進後，至11 月中旬終於如願以償，至此，“特種潛艇”的續航時間增大到16 小時。
實際上，“特種潛艇”並不是一種新式武器，上述2 個中尉的構思來自“載人魚雷”——日俄戰爭時曾使用過。1940 年，日本海軍終於決定著手製造。1941 年，“特種潛艇”第一號服役，取名為“小潛艇”，開戰的當年日本已擁有近20 艘這種潛艇，都是以“甲種潛艇”命名的。這種潛艇是以在艦隊決戰前後和混亂情況下進行襲擊為目的而製造的（一旦動力耗盡也可以逃脫），而不是為潛入嚴密警戒的敵軍港的冒險作戰而製造的。一旦真需要潛入敵軍港作戰的話，無疑那是需要過人的膽量和高超的技術。
現在，當人們冷靜回顧一下的時候，誰都會認為那樣做簡直不可想像，但在當時這確實是事實。對這一自殺性的作戰方案，最後決定了如下10 名隊員：岩佐直治大尉、古野繁實、橫山正治兩位中尉，廣尾彭、酒卷和男兩名少尉，佐佐木、橫山薰范、上田定、片山義雄、稻垣清5 名軍士。他們分成5 艘“特種潛艇”（一艘2 人），於12 月8 日上午3 時開始，每隔3 分鐘啟航1 艘，依次向珍珠港挺進。計劃裡應外合，與空襲機群同時發起對珍珠港的進攻，攻擊結束後，分別駛向在拉奈島以西7 海里處接應的日潛水母艦。